А. Шлайхер направляет внимание на исследование "материально-телесных условий" речевой деятельности. Он признаёт то, что материальной основой языка являются мозг, органы речи и органы чувств, что действительное назначение языка -- быть органом мысли, мышлением в звуковой материи. Язык он понимает как "звуковое выражение мысли", как "мыслительный процесс, выявляющийся с помощью звука". Он признаёт равнозначность образования языка, с одной стороны, и развития мозга и органов речи, с другой стороны. Язык, по его мнению, создаётся на основе звукоподражаний и непроизвольных выкриков, при одновременном формировании материального субстрата мышления и механизма говорения, и в этом процессе находит воплощение собственно человеческая способность к реализации духа в членораздельных звуках, очеловечивание природы. А. Шлайхер идёт по пути приближения к современному учению о связи языка с деятельностью высшей нервной системы, предвосхищая некоторые идеи нейролингвистики и биолингвистики.
Он следует философии истории Гегеля, различая в соответствии с ней в развитии языка два периода -- юность (развитие по восходящей линии, совершенствование языка) и старение (развитие по нисходящей линии, распад языка) и уподобляя периоды развития отдельного языка периодам развития животных организмов (первоначальное создание, развитие, жизнь). А. Шлайхер считает, что язык -- это исключительное свойство, привилегия человека, в то время как у животных нет языка, а есть лишь "ужимки". Он убеждён в естественнонаучной природе законов развития языка (в особенности фонетических законов). Отсюда его требование учитывать при сравнении языков прежде всего регулярные звуковые соответствия. Им разграничиваются генетическое родство языков и их типологическое сходство. Родство языков понимается как наследование ими единой "звуковой материи".
А. Шлайхер первым предпринимает попытки реконструкции индоевропейского праязыка. Эпохальное значение имеет его басня, написанная на гипотетическом праязыке. Дополнительно к "теории родословного древа", с которой прежде всего и связывают имя А. Шлайхера, он выдвигает идеи о географическом варьировании языков и о языковых контактах. Лингвистику ("глоттику") он квалифицирует как часть естественной истории человека, а филологию как науку историческую. В этом разделении уже заложено обсуждавшееся впоследствии Ф. де Соссюром различение "внутренней" и "внешней" лингвистики. Он хорошо понимает необходимость различать системное рассмотрение и историю языка, систему языка и его становление, развитие (что позднее воплотилось в соссюровском различении синхронии и диахронии).
А. Шлайхер внёс огромный вклад в разработку лингвистической типологии. Им в основном были сохранены все уже выделенные предшественниками типы и признаны пути развития языков от изоляции к флексии, в новых флективных языках он находит свидетельства их деградации. Языковые элементы делятся им на выражающие значения (корни) и выражающие отношения (суффиксы и флексии). Классификация языковых типов строится на основе взаимоотношений корневых и некорневых частей слова. Соответственно различаются корневые, агглютинативные и флективные классы языковых организмов. Языки определяются им как корневые при недифференцированном выражении понятия и отношения, как агглютинативные -при обособленном выражении понятия и отношения, как флективные -- при тесном единстве выражения понятия и отношения. Флективный тип оценивается как наиболее совершенный. В каждом типологическом классе выделяются синтетический и аналитический подтипы. Им уже намечается скользящая типологическая классификация (сложивашаяся в 20 в. в работах Э. Сепира). Закладываются основы для разработки теории стадиальных трансформаций морфологических типов.
А. Шлайхеру принадлежат следующие основные труды, оказавшие большое влияние на современников: "Языки Европы в систематическом освещении" (1850), "Морфология церковнославянского языка" (1852), "Руководство по изучению литовского языка" (1855--1857), "О морфологии языка" (1859), "Компендиум сравнительной грамматики индоевропейских языков" (1861).
В последнем из названных трудов излагается принципиально новая концепция сравнительной грамматики индоевропейских языков по сравнению с грамматикой Ф. Боппа. Здесь предпринимается попытка реконструкции индоевропейского праязыка -- более не отождествляемого с санскритом, но считающегося его идеализированной моделью -- с опорой на уже открытые к тому времени фонетические законы. Прослеживается его развитие в каждом из разветвлений. Для целей наглядности используется (что уже имело место у предшественников, парежде всего в работах Э. Лотнера) схема родословного древа, иллюстрирующая идею последовательного распада первоначального единства на отдельные языки и диалекты. Одновременно А. Шлайхер подчёркивает необходимость учёта контактов соседствующих языков. Он указывает на наличие фактора языковой непрерывности при движении между двумя отдалёнными географическими пунктами. Преимущественное внимание он уделяет фонетической стороне языка и меньшее стороне морфологической. А. Шлайхер верит в нисходящее направление развития языка (упадок, деградацию) в исторический период).
Далее, среди трудов А. Шлайхера могут быть названы "Теория Дарвина и наука о языке" (1863; русский перевод: 1864), "Значение языка для естественной истории человека" (1865), "Немецкий язык" (1860; переработанное и расширенное издание после смерти автора: 1869). В последней книге он даёт наиболее полное изложение своих теоретических взглядов на материале германских языков. Важны его рассуждения о природе фонетических законов и о роли аналогии, о системной организации языка, о различении частных и всеобщих, универсальных звуковых законов, о противопоставлении литературного немецкого языка и диалектов как искусственного и естественных образований, о необходимости создания "диалектной карты Германии". Велик его интерес к физиологии звуков, которая легла впоследствии в основу физиологической фонетики.
Для последующей истории науки о языке были весьма важны следующие идеи А. Шлайхера: выдвижение и отстаивание принципа системности в историческом языкознании; указание на взаимодействие в развитии языка звуковых законов и изменений по аналогии; выработка строго метода реконструкции праязыка; развитие морфологической и генеалогической классификаций языков; указание на важность изучения взаимодействия языков в пространстве; привлечение внимания к физиологической и психофизиологической сторонам речевой деятельности.
Биологическая (натуралистическая) концепции языка, одновременно с А. Шлайхером и вслед за ним, развивалась в работах Морица Карла Раппа (1803--1883); Фридриха Макса Мюллера (1825--1900), считавшего, что мозг выделяет мысль, подобно тому как печень выделяет жёлчь (1861; русский перевод: 1865), Александра Абеля Овлака (1876, русский перевод: 1881), частично у Уильяма Дуайта Уитни, повлиявшего в определённой степени на становление концепции Ф. де Соссюра (1875; русский незаконченный перевод: 1885). Резкой критике биологизм в языкознании подвергается с позиций психологизма в работах Х. Штайнталя, А.А. Потебни, И.А. Бодуэна де Куртенэ. Но и у психологистов термин "организм" долго ещё употреблялся как метафора, служившая для обозначения целостности языка, взаимной обусловленности его частей. Кстати, это слово широко употреблялось и предшественниками А. Шлайхера.
В дальнейшем доведённый А. Шлайхером до высокой ступени совершенства сравнительно-исторический метод использовался для открытии целого ряда новых звуковых законов. Герман Грассман, относясь с особым вниманием к фонетической стороне и в основном опираясь на шлайхеровские идеи, открывает (1863) закон, касающийся мнимой аномалии в соотношении начальных губных согласных в ряде языков. Грациадио Изая Асколи обнаруживает (1870) два ряда соответствий индоевропейским гуттуральным согласным. Карл Бругман (1876) и Йоханнес Шмидт (1871--1875) вносят уточнения в состав праиндоевропейского вокализма. Осуществляется успешный опыт Германа Остгофа по реконструкции индоевропейских слоговых сонантов -- носовых и плавных. Карл Вернер (1877) открывает закон о соотношении германских рефлексов индоевропейских смычных в зависимости от места ударения. Г. Коллиц и Й. Шмидт (1879--1981) формулируют закон палатализации и проводят разграничение языков centum и satem (в зависимости от реализации индоевропейского заднеязычного смычного).
Младограмматики, несмотря на их психологическую ориентацию, принимают основные идеи А. Шлайхера о звуковых законах, грамматической аналогии и его метод реконструкции прошлых языковых состояний. Лингвогеографические идеи А. Шлайхера оказали влияние на Г. Шухардта, Й. Шмидта, составителей первых диалектографических атласов, исследователей проблемы языковых союзов. Уже в 50-х и 60-х гг. начали возникать теории, предполагающие известную текучесть границ данной языковой группы по отношению к другим, географическую вариативность языков, языковую непрерывность в пространстве, взаимодействие граничащих языков (Адольф Пикте, Герман Фридрих Эбель, Йоханнес Шмидт с его знаменитой "теорией волн": 1872).