Однако не все поверили. В южных областях государства распространились слухи, что царь Димитрий спасся от убийц, подосланных Шуйским, и в народе возникло движение в его пользу. Население многих южных городов отказалось признать Шуйского царем и стало готовиться к походу на Москву для изгнания его и возвращения престола Димитрию. Холоп князя Телятевского, Иван Болотников, собрал огромные полчища всякого сброда и двинулся с ними на Москву, во имя Димитрия, которого он будто бы видел живым в Польше. Чтобы привлечь на свою сторону народ, Болотников в своих грамотах призывал Крестьян к грабежу дворянских вотчин и поместий, к избиению воевод, дьяков и торговых людей. Во многих местах к Болотникову пристали и войска. В то же время почти все города восстали против Шуйского. Только после упорной борьбы царю удалось справиться с восстанием. В октябре 1607 года Болотников был разбит царскими войсками под Тулой и взят в плен. После этой победы Шуйский распустил войска по домам, думая, что восстание усмирено. Однако он жестоко ошибся.
В октябре того же года появился в Стародубе (Черниговская губерния) новый мнимый Димитрий Иоаннович. К нему примкнули остатки разбитых под Тулой полчищ Болотникова, с которыми он и дошел до Орла. Здесь к нему присоединилось несколько тысяч поляков, побуждаемых отчасти желанием отомстить за смерть своих соотечественников, погибших вместе с Лжедимитрием в Москве, отчасти стремлением к наживе и приключениям. У нового самозванца оказалось войска даже больше, чем у первого. Весной 1608 года он двинулся из Орла на север и в июне подошел к Москве, став лагерем в селе Тушине (в 12 верстах к западу от Москвы). Его армия непрерывно увеличивалась. Кроме разного собиравшегося в Тушино сброда, Ян Сапега привел с собой из Польши 7 000 человек. В общем войско второго Лжедимитрия скоро дошло до 100 000 человек. С этими силами он попытался было взять Москву приступом, но потерпел неудачу, и решил начать осаду столицы. Его план состоял в том, чтобы отрезать Москву от сообщения с другими областями государства, а эти последние постепенно подчинить себе; тогда столица пала бы сама собой. Южные области, за исключением Рязанской земли, уже признали его. Самозванец решил подчинить себе также северные области и отправил для этого большой отряд под начальством поляка Лисовского.
Отряд Лисовского взял город Дмитров (в 70 верстах от Москвы) и 23 сентября 1608 года подошел к Троице-Сергиевой лавре, чтобы завладеть и ею. Но обитель преподобного Сергия в течение 16 месяцев героически отражала приступы врагов. Пока шла осада лавры, войска нового Лжедимитрия, или, как его тогда называли русские люди, «Тушинского вора», овладели громадной территорией. Из крупнейших городов только Смоленск, Новгород и Нижний Новгород не подчинились «вору». Положение государства было крайне опасным. Волновались инородцы, крестьяне, мелкие горожане. «Народ, — по словам проф. Платонова, — решительно не знал, верить ли новому самозванцу, которого признала даже и Марина Мнишек, или же остаться при Шуйском, которого не за что было любить».
Шуйский не мог собственными силами справиться с самозванцем, и решил обратиться к иноземной помощи. В 1609 году он заключил союз с шведским королем Карлом IX, который прислал в Россию вспомогательный отряд под начальством Делагарди. Племянник царя, Михаил Васильевич Скопин-Шуйский, соединился с Делагарди и двинулся от Новгорода к Москве, очищая по дороге области от тушинских шаек. Поход Шуйского и Делагарди был очень успешен. Но в это время на Западе появилась новая гроза для государства: польский король Сигизмунд, домогавшийся шведского престола, узнав о союзе Карла с Шуйским, счел себя врагом последнего и осадил Смоленск. Оттуда он отправил в Тушино посольство сообщить полякам, что им приличнее служить своему королю, нежели самозванцу. Значительное число поляков послушалось короля и отправилось к нему в Смоленск. В Тушине произошел раскол. Поляки открыто насмехались над самозванцем и разоблачали его обман. При таких обстоятельствах «Тушинский вор» решил оставить Москву и уйти в Калугу, куда и прибыл в конце 1609 года.
Король Сигизмунд объявил себя претендентом и на русский престол. Его домогательства нашли поддержку среди московских бояр, живших в Тушине. После долгих переговоров с польским королем тушинские бояре предложили русский престол сыну Сигизмунда, королевичу Владиславу, но с условием ограничения самодержавной власти. 4 февраля 1610 года Сигизмунд принял это предложение, но осуществление его отложил до взятия Смоленска.
Тем временем князь М. Г1. Скопин-Шуйский и Делагарди деятельно готовились к походу против польского короля. Но в самый разгар этих приготовлений неожиданное горе постигло русскую землю: молодой герой Скопин-Шуйский, надежда России, скончался. После его смерти, очень загадочной по обстоятельствам, главное начальство над войсками было поручено князю Димитрию Шуйскому. Скоро этот бездарный воевода был наголову разбит при селе Клушине (24 июня 1610 года) литовским гетманом Жолкевским. После этого поражения русских войск союзник Делагарди был вынужден отступить к Новгороду, и царь Василий Шуйский остался совсем без армии.
Нище не встречая сопротивления, Жолкевский быстро двинулся к Москве, приводя все города, лежавшие на пути, к присяге Владиславу. Одновременно с ним Лжедимитрий II, «Тушинский вор», тоже двинулся из Калуги к Москве и через несколько дней остановился лагерем в подмосковном селе Коломенском. У Шуйского не было ни армии для борьбы с «вором» и Сигизмундом, ни преданности и влияния среди собственных подданных. Поэтому его падение стало неизбежным. И действительно, 17 июля 1610 года он был свергнут с престола и пострижен в монахи. А через неделю (24 июля) Жолкевский подошел уже к самой Москве.
Таким образом, Русское государство опять осталось без царя. Среди боярства шла усиленная борьба из-за кандидатов на престол. Кое-как собранный Земский Собор избрал на московский престол, несмотря на резкие протесты патриарха Гермогена и других, польского королевича Владислава. 17 августа Москва присягнула новому царю. «Тушинский вор», узнав о недовольстве духовенства и простого народа избранием Владислава, пытался было склонить их на свою сторону, но безуспешно. Вскоре Жолкевский вошел со своими войсками в Москву, и Лжедимитрий бежал с Мариной Мнишек опять в Калугу.
Расположившись в Москве, Жолкевский отправил к Владиславу в Смоленск большое посольство, во главе которого поставил самых видных лиц государства: ростовского митрополита Филарета Никитича Романова и князя В. В. Голицына. Прибыв к Сигизмунду, посольство скоро увидело, что поляки обманули русских: они отказались пустить Владислава в Москву и предложили избрать царем его отца, короля Сигизмунда. Послы поняли также, что Владислав — подставное лицо и что король и польские паны хотят вполне подчинить Россию Польше. Об этих планах поляков посольство тотчас же известило население Москвы.
На защиту России первым стал патриарх Гермоген. Он и слышать не хотел о присяге Сигизмунду и отказался подписать боярскую грамоту об этом, отправленную послам под Смоленск. Угрозы Гонсевского и Михаила Салтыкова не подействовали на него. В половине декабря 1610 года он стал рассылать по городам грамоты, в которых разрешал народ от присяги Владиславу и призывал всех русских людей идти на освобождение Москвы от поляков.
На призыв патриарха Гермогена откликнулись города Рязань, Нижний, Ярославль, Суздаль, Владимир, Кострома и некоторые другие по верхнему и среднему течению Волги и ее притоков. Ополчения этих городов двинулись к Москве; по дороге к ним присоединялись бывшие тушинцы. Все шли, воодушевленные желанием спасти православную веру и Русское государство от захвата поляками. В начале весны 1611 года эти ополчения подошли к Москве и осадили ее. Поляки засели в Кремле и Китай-городе. Осада пошла сперва довольно удачно для русских; но летом возникла вражда между служилыми людьми и тушинским сбродом. Предводитель рязанского ополчения, душа всего дела освобождения Москвы, Прокопий Ляпунов был убит казаками. После его смерти ополчения служилых людей одно за другим стали расходиться по домам: взаимные распри и вражда сословий помешали освобождению Москвы от поляков. Все Московское государство, казалось, стояло на краю гибели.
Между тем на северо-западе появился новый враг. Это были недавние союзники русских — шведы. Делагарди захватил город Корелу и всю Новгородскую область, так что новгородцы были вынуждены присягнуть одному из сыновей шведского короля. Месяцем раньше пал Смоленск, и Смоленская область перешла во власть Сигизмунда. Осенью 1611 года Сигизмунд особой грамотой подарил польскому народу Смоленскую и Черниговскую области, отнятые у Москвы. В то же время литовский гетман Ходкевич подошел к Москве, приведя с собой большие подкрепления осажденным в столице полякам. Таким образом, русскую землю разоряли одновременно шведы, поляки и казацко-холопский сброд под начальством Трубецкого и Заруцкого, поддерживавших новых самозванцев: Лжедимитрия III, появившегося в Псковской земле, и сына Марины Мнишек — мнимого царевича Ивана Дмитриевича.