Сначала власть перешла к боярским группировкам Шуйских и Бельских. Начался период боярского правления, в течение которого во главе государства находятся то одни, то другие. Впрочем, обе группировки пытались проводить внутреннюю политику своих предшественников: в частности, по-прежнему шла губная реформа. Но бесконечная борьба за власть сводила на нет все их усилия.
Бояре достигли желанного: получили царство без правителя, и ринулись к богатству и славе, вступив при этом в непримиримую борьбу друг с другом. Они стали присваивать себе дворы, сёла, и имущество, принадлежащее семье Великого князя. Расхватав в кормление города и уезды, бояре «грабили» жителей, не считаясь с нормами «кормов», секли плетьми посадских людей и вымогали у них деньги.
1538. — Бывший фаворит Елены Глинской князь Иван Фёдорович Овчина-Телепнёв арестован, а в следующем году умер в тюрьме.
1539. — Бельские берут верх над Шуйскими.
1539. — Губные грамоты белозерцам и каргопольцам.
1540. — Макарий редактирует «Четьи Минеи», чтения ежемесячные, официальный русский церковный календарь, действовавший до Петра I.
Казна Великого князя была расхищена, и полки было не на что содержать, а между тем, с юга приступала новая грозная опасность — турки. В 1541 году пала Венгрия. В битве под Будой янычары перебили 16 тысяч австрийских солдат, пытавшихся помочь венграм. Сулейман Великолепный считал себя повелителем всех тюркских ханств: Крымского, Астраханского и Казанского, и непобедимые янычары были готовы двинуться на север. Крымский хан грозил, что придёт на Москву с янычарами и «нарядом пушечным». Вскоре после битвы при Буде янычары впервые приняли участие в татарском набеге; над Московией нависла смертельная опасность, а воеводы ссорились за «места» и не хотели идти против крымцев.
В среде московских горожан всё больше росло недовольство боярским правлением. Налицо был кризис власти, экономики, армии. Следует понимать, что проблема была не в турках, а во внутреннем устройстве. В Европе возникли новые методы ведения войны, появилась новая техника. Сосед Руси — Польша, уже начала перестройку армии на новых основах, и чтобы не отставать в этом деле, Москве требовались радикальные реформы и большие материальные затраты. А вместо этого, при отсутствии твёрдой власти в стране шло её разграбление. Встал вопрос о выживании страны.
1541. — Поход крымского хана Сагиб-Гирея на Москву. После безуспешной осады Зарайска войска хана двинулись к берегам Оки, но русские войска, которыми командовал князь Дмитрий Фёдорович Бельский, вынудили их отступить.
1542. — Иван Шуйский захватывает власть и отправляет Ивана Бельского в заточение на Белоозеро, где его убьют в тюрьме.
1543, декабрь. — Иоанн IV приказывает своим псарям задушить Андрея Шуйского.
1544. — Волнения в Пскове.
1546. — Волнения в Казани, изгнание крымского хана Сафа-Гирея, и его очередное возвращение в Казань.
В этот краткий период Шах-Али совершил новую попытку вступления на казанский престол. Он прибыл в Казань по полой воде, и церемония возведения на престол была совершена 13 июня в присутствии русских послов. Однако история повторилась: свергнутый Сафа-Гирей успел заключить договор с Ногайским правительством, и со значительным военным отрядом двинул на Казань. Шах-Али бежал, и русское правительство долго не знало о его местонахождении. Оказалось, он бежал из Казани вниз по Волге на судах; на Волге встретил касимовских татар и на их лошадях добрался до русской границы.
Он опять поселился в Касимове.
В Казань беспрепятственно вступил хан Сафа. Однако в марте 1549 года он скоропостижно скончался, и опять встал вопрос о престолонаследии. И опять Крым пожелал видеть в Казани своего ставленника.
У Сафа-Гирея осталось трое взрослых сыновей, живших в Крыму, и один младенец при его вдове Сююн-Бике, жившей в Казани — Утямыш. Казанцами был избран царевич Булюк, но крымский хан Сагиб не дал согласия, и просил у султана Сулеймана назначения на казанский престол царевича Девлета, двоюродного дяди Булюка, жившего в Стамбуле. А царевич Булюк (будущий убийца Сагиба) был Сагибом арестован и заключён в Инкерманскую крепость. Вообще для Сагиба эта история закончилась как-то нехорошо: турецкий султан, за что-то на него сердитый, для вида назначил Девлета ханом казанским, но одновременно приказал Сагибу идти войной на черкесов. Сагиб, довольный своим политическим успехом, двинул всей ордой через таманскую переправу, а Девлет прибыл в Крым, захватил власть и освободил Булюка и прочих врагов Сагиба. Кстати, сам Булюк впоследствии «был убит собственноручно Девлет Гераем по самому ничтожному поводу», как сообщает крымский историк XVIII века Сеид-Мухаммед Риза.
В Казани же, как только выяснилось, что царевич Булюк не приедет, в том же 1549 году провозгласили ханом маленького Утямыша, а царица Сююн-Бике была объявлена регентшей. Правительство сформировалось в прежнем составе, — из крымских татар.
Тем временем в Москве, в январе 1547 года, на царство венчался Иоанн IV, официально приняв титул царя и Великого князя всея Руси. В конце 1548 года царь начал зимний поход против казанцев. Вдохновителем этого похода, как и следующего, был митрополит Макарий; русские источники говорят, что царь «умыслил поход вместе с митрополитом» — молодой государь в тот период был проводником широких замыслов, которые возникали у митрополита Макария. Первый поход Иоанна IV на Казань окончился неудачно; его организация оказалась совершенно неправильной.
Несколько слов об обстановке, в которой вырос царь. Историки частенько приводят сплетни, чтобы объяснить его жизнь и действия. Вдруг напишут: «он ещё ребёнком любил сбрасывать с крыши собак и потом любоваться их предсмертными судорогами, но в жестокий век на это не обратили внимания». И вот уже вроде как целая эпоха в истории государства Российского объяснена.
Однако вот что писал сам царь в первом послании Курбскому:
«…Когда по Божьей воле, сменив порфиру на ангельскую [монашескую] одежду, наш отец, великий государь Василий, оставил бренное земное царство и вступил на вечные времена в Царство Небесное предстоять перед царём царей и господином государей, мне было три года, а покойному брату, святопочившему Георгию, один год; остались мы сиротами, а мать наша, благочестивая царица Елена, — столь же несчастной вдовой, и оказались словно среди пламени: со всех сторон на нас двинулись войной иноплеменные народы — литовцы, поляки, крымские татары, Надчитархан, нагаи, казанцы, а вы, изменники, тем временем начали причинять нам многие беды — князь Семён Бельский и Иван Ляцкий, подобно тебе, бешеной собаке, сбежали в Литву — и куда только они не бегали, взбесившись! И в Царьград, и в Крым, и к нагаям, и всюду подымали войну против православных. Но ничего из этого не вышло: по Божьему милосердию и молитвам наших родителей все эти замыслы рассыпались в прах, как заговор Ахитофела. Потом изменники подняли на нас нашего дядю, князя Андрея Ивановича, и с этими изменниками он пошёл было к Новгороду, а от нас в это время отложились, и присоединились к князю Андрею многие бояре во главе с твоим родичем, князем Иваном Семёновичем, внуком князя Петра Львова-Романовича, и многие другие. Но с Божьей помощью этот заговор не осуществился. Не это ли то доброжелательство, за которое их хвалишь?.. Затем они изменническим образом стали уступать нашему врагу, великому князю литовскому, наши вотчины, города Радогощь, Стародуб, Гомель, — так ли доброжелательствуют?..
Когда же Божьей судьбой родительница наша, благочестивая царица Елена, переселилась из земного царства в Небесное, остались мы с покойным братом Георгием круглыми сиротами — никто нам не помогал… Было мне в это время восемь лет; подданные наши достигли осуществления своих желаний — получили царство без правителя, об нас, государях своих, заботиться не стали, бросились добывать богатство и славу и напали при этом друг на друга. И чего только они не наделали! Сколько бояр и воевод, доброжелателей нашего отца, перебили! Дворы, сёла и имения наших дядей взяли себе и водворились в них! Казну матери перенесли в большую казну и при этом неистово пихали её ногами и кололи палками, а остальное разделили между собой. А ведь делал это дед твой, Михаиле Тучков. Тем временем князья Василий и Иван Шуйские самовольно заняли при мне первые места и стали вместо царя, тех же, кто больше всех изменял нашему отцу и матери, выпустили из заточения и привлекли на свою сторону. А князь Василий Шуйский поселился на дворе нашего дяди, князя Андрея Ивановича, и его сторонники, собравшись, подобно иудейскому сонмищу, на этом дворе захватили Фёдора Мишурина, ближнего дьяка при нашем отце и при нас, и, опозорив его, убили…
Нас же с покойным братом Георгием начали воспитывать как иностранцев или как нищих. Какой только нужды не натерпелись мы в одежде и в пище! Ни в чём нам воли не было, ни в чём не поступали с нами, как следует поступать с детьми. Припомню одно: бывало, мы играем в детские игры, а князь Иван Васильевич Шуйский сидит на лавке, опершись локтем о постель нашего отца и положив ногу на стул, а на нас и не смотрит — ни как родитель, ни как властелин, ни как слуга на своих господ. Кто же может перенести такую гордыню? Как исчислить подобные тяжёлые страдания, перенесённые мною в юности? Сколько раз мне и поесть не давали вовремя. Что же сказать о доставшейся мне родительской казне? Всё расхитили коварным образом — говорили, будто детям боярским на жалованье, а взяли себе, а их жаловали не за дело, назначали не по достоинству; бесчисленную казну нашего деда и отца забрали себе и паковали себе из неё золотых и серебряных сосудов и надписали на них имена своих родителей, будто это их наследственное достояние…»