Уже первичные действия парализовали нормальную жизнь Казанского царства. Прекратился торговый обмен, нарушился подвоз продуктов, волжская торговля была уничтожена: всюду стояли заставы, плавание по рекам было запрещено, товары осматривались и отбирались. Страна была охвачена кольцом непроходимой блокады.
В июне в Казани начались волнения. «Чуваша арская» (по-видимому, Арские вотяки) приходили в столицу к ханскому двору «с боем на крымцев», и требовали подчинения московитам, но правительство крымца, оглана Кучака разогнало мятежников. Увеличивалось число недовольных непримиримостью правительства, которое довело жителей до такой крайности. Происходили волнения, и со дня на день можно было ждать переворота.
Понимая уже, чем дело кончится, крымский гарнизон решился на бегство, и триста человек, оставивши свои семьи, внезапно выехали из Казани. Судьба их оказалась печальной: «их побили на голову и потопили» на Каме. Сам Кучак попал в плен; всего в Москву было отправлено пленных 46 человек, — они все были казнены. Историк М. Худяков пишет: «Таков был конец крымского засилья в Казани; крымцы, составлявшие опору для хана Сафы и для Сююн-Бике, окончили дни на плахе в русской столице».
После бегства крымского гарнизона дни крымской династии на казанском престоле были уже сочтены, — власть перешла к сторонникам мира с Россией. Образовалось временное правительство, во главе которого стали оглан Худай-Кул и князь Нур-Али Ширин. Новое правительство немедленно вступило в мирные переговоры, и в Свияжск была отправлена депутация приглашать Шах-Али на престол. Начался дипломатический этап операции: Шах-Али заключил с казанцами перемирие на 20 дней и предложил отправить послов в Москву.
Посольство отправилось, везя согласие признать ханом Шах-Али, выдать русским хана Утямыша, царицу Сююн-Бике и оставшиеся в Казани семейства бежавших крымцев, а также освободить всех русских пленных; со своей же стороны Казань требовала снятия блокады и восстановления свободы передвижения. Москва эти условия приняла. В то же время русское правительство прислало в Свияжск свою инструкцию, согласно которой Шах-Али должен был управлять лишь луговой стороной и Арской землёй, тогда как горная сторона (нынешняя Чувашия) целиком должна принадлежать русскому государству, поскольку государь эту сторону «божиим милосердием взял, до их челобития». Об этом условии казанцы не были извещены, а Шах-Али, узнав, что ханство должно разделиться на две части, очень возражал.
Переговоры для заключения окончательного договора состоялись в Свияжске 9 августа. Шах-Али произнёс «от государя жалованную речь». Неожиданное объявление условия, касавшегося присоединения горной стороны к Московии, произвело тяжёлое впечатление на казанцев. Посольство заявило, что многое является неприемлемым, и это не было пустой фразой. Шах-Али не стал вступать в пререкания и велел делать по государеву наказу, в случае же не принятия русских условий грозил разрывом переговоров и немедленным наступлением русского войска. В итоге договор был подписан на тех условиях, какие предложила Москва, вопрос же о горной стороне, с согласия обоих сторон, решено было передать собранию «всей земли», которое должно было быть созвано на границе спорной территории.
14 августа состоялось народное собрание — курултай, которое должно было выразить волю народа по вопросу о горной стороне. В собрании принимали участие духовенство, огланы, князья и мурзы. Собрание началось чтением договорных условий, предложенных московским правительством. Казанцы «все стали о горной стороне говорити, что того им учинити не можно, что земля разделити», но русские упорно стояли на том, что сам бог государю то учинил, и что «тому уже инако не бывать, как его бог учинил», и достигли того, что казанцы согласились на русские предложения. Договор был подписан.
Кроме того, было отменено христианское рабство, и все русские пленники, находившиеся в пределах Казанского ханства, должны были получить освобождение. В первую очередь, немедленно, следовало освободить рабов, которыми владели в Казани князья, об остальных же невольниках казанцы дали обязательство, что они будут освобождены все до одного, — и впредь было запрещено, под страхом смертной казни, владеть русскими невольниками.
М. Худяков пишет:
«Отмена христианского рабства составляла крупнейшую реформу в экономической жизни Казанского ханства, и эта реформа была обусловлена не внутренними потребностями, а давлением иностранного государства».
Понять эту фразу можно по-разному. Действительно, без дармового труда рабов благосостояние рабовладельцев должно было ухудшиться. Потребностей к такому шагу у рабовладельцев, конечно, не было, — понадобилось принуждение «иностранного государства».
После подписания договора началась поголовная присяга казанцев: к присяге пошли все люди казанские по сто человек, и по двести, и по триста. Присягали три дня кряду.
16 августа состоялся въезд Шах-Али в столицу. Вместе с ним в Казань вошёл гарнизон — 300 человек касимовских татар и 200 русских стрельцов. 17 августа представители Москвы предложили хану приступить к освобождению пленных и рабов. Хан послал приставов, и приказал собрать всех пленных к себе на двор и объявил им свободу. В первый же день было освобождено 2700 человек. Затем, судя по спискам, которые вели в Свияжске при выдаче хлебного довольствия, во всём Казанском ханстве было освобождено 60 тысяч невольников. Как потом оказалось, многих всё же спрятали.
Затем в Казани осталось только русское посольство для наблюдения за освобождением рабов «и иных для управных дел», а русские войска были уведены, заставы сняты, блокада отменена.
В октябре в Казани в среде самого правительства возник раскол; во главе оппозиции стали сибирские князья Бибарс Растов с братьями. Они вступили в сношения с ногайцами, но заговор был раскрыт. Хан пригласил заговорщиков на пир во дворец и верные хану князья произвели во время пира резню; успевших выскочить во двор убивали русские стрельцы, окружившие ханский дворец. Убийства были произведены также и в частных домах; всего в течение двух дней было убито 70 человек. Но многие успели бежать в ногайские степи.
Между тем, Шах-Али был в безвыходном положении. Он дал слово казанцам «выпросить» у русских горную сторону и хорошо сознавал, что спокойствие не наступит, пока она не будет возвращена. Но на все просьбы он получал от русских категорический отказ: правительство заявляло, что царь её не отдаст — «ему её бог дал», «да если и отдать, то, как же быть Свияжскому городу?», и т. д. Кроме того, русское правительство упрекало хана в несоблюдении пункта договора об освобождении всех невольников и постоянно пугало угрозой войны.
Пришло время для последнего пункта программы, политического: создания унии, союза двух государств. Для этого следовало заменить хана русским наместником. В таком случае, нужда в разделении ханства на две части вообще отпадала; согласившись на унию, казанцы получали обратно горную сторону. Как реально осуществить этот проект? Сторонники Москвы, находившиеся в Свияжске — князь Чапкун Отучев, Бурнаш и другие, советовали русским открыть военные действия против Казани. Казанское же посольство, оставшееся в Москве (князь Нур-Али Булатов Ширин и князь Костров, хаджи Али-Мерден) рекомендовало низложить Шах-Али и назначить в Казань русского наместника. Это более соответствовало намерениям русского правительства, желавшего покончить дело без войны.
В январе 1552 года московское правительство привлекло казанское посольство к обсуждению вопросов о причинах недовольства ханом, о способах его устранения, о том, «наместнику у них коим обычаем быти», и как ему присягать. В Москве никак не желали оскорбить национальных чувств будущих союзников.
Послы рекомендовали следующие мероприятия, при которых будущее устройство Казанского ханства под властью русского государя мыслилось вполне автономным. Они предлагали в своей программе: 1) сохранение в Казани мусульманской администрации, причём русскому наместнику предоставлялось право назначений и увольнений — он определял, кто из казанцев должен находиться на службе в Казани, кто на службе по деревням, и кто удалялся в отставку в свои поместья; 2) сохранение автономии Казанского ханства в финансовом отношении — казной распоряжался наместник, а не центральное правительство русского государства; 3) прерогатива наделения землями предоставлялась не наместнику, а самому царю — единственный пункт программы, ограничивавший автономию местной администрации.
Итак, по проекту, выработанному самими казанцами, устанавливалась уния двух государств. Внутренняя организация казанского ханства должна была остаться неприкосновенной; всё сводилось к замене хана русским наместником, назначавшимся царём из числа русских людей, и к осуществлению основных пожеланий русского правительства — вечного мира между обоими государствами и уничтожения христианского рабства; казанцы получали воссоединение обеих частей своего государства, так как на искусственное отторжение горной стороны русское правительство могло смотреть лишь как на временную, а не постоянную меру.