В свою очередь ЦК КП(б) Украины организовал с 1 августа 1941 г. большую партизанскую школу в Киеве. В ней было подготовлено 45 высококвалифицированных инструкторов, которые в свою очередь обучили свыше 4500 специалистов. Такая же школа действовала в Харькове. Учебные пункты с аналогичными задачами в 1941 г. действовали в различных городах Украины. В течение первого года войны в них прошло обучение большое количество специалистов для работы в тылу противника.
По инициативе того же П. К. Пономаренко Орловский обком партии организовал с помощью ОУЦ партизанскую школу в Орле, которая подготовила не одну сотню специалистов для партизанских отрядов Орловской области. В августе 1941 г. Ленинградским обкомом ВКП(б) совместно с Военным советом Ленинградского фронта была создана тройка по организации и руководству партизанским движением на оккупированной территории Ленинградской области. В ее состав вошли представители обкома партии, военной разведки и органов государственной безопасности. В течение последних пяти месяцев 1941 г. в прифронтовых и фронтовых районах Ленинградской области было сформировано и переправлено через линию фронта 287 партизанских отрядов и диверсионно-разведывательных групп общей численностью 11 683 человека. В это же время из числа личного состава войск НКВД и истребительных батальонов было сформировано 15 отрядов, которые были переправлены в тыл противника для проведения операций по заданию Военного совета Ленинградского фронта.
Для подготовки квалифицированной агентуры, способной решать поставленные задачи в тылу врага, органами госбезопасности была создана сеть конспиративных квартир по обучению кадров диверсионно-разведывательной работы и трех школ по подготовке агентов-радистов. Там же готовили агентов-боевиков для работы в тылу врага, которые придавались в качестве прикрытия оперативным работникам при проведении ими мероприятий в тылу противника, и агентов-маршрутников, связников, вербовщиков, которые затем оседали на оккупированной территории.
Большую роль в развитии партизанского движения сыграли истребительные отряды и батальоны, возникшие в первые дни войны во многих городах и районах, которым угрожало вторжение войск противника. Уже к концу 1941 г. их насчитывалось более 1500. Они составили значительную часть партизанских отрядов и диверсионно-разведывательных групп, забрасываемых органами государственной безопасности на оккупированную врагом территорию. Всего за первый год войны в партизанских спецшколах было подготовлено и заброшено в тыл противника свыше 12 тыс. специалистов.
Уже к концу 1941 г. на временно оккупированной территории действовало более 2000 партизанских отрядов общей численностью более 90 тысяч партизан. А всего в годы войны в тылу врага действовало 6200 партизанских формирований, в состав которых входили Один миллион Триста тысяч партизан. И ещё Один миллион Пятьсот тысяч человек составляли организационно оформленные партизанские резервы, пополнявшие по мере необходимости боевые партизанские части и соединения.
В январе 1942 г. по указанию ЦК ВКП(б) в Москве были созданы 3 партизанские спецшколы. Перед каждой из них были поставлены конкретные задачи. Спецшкола № 001 готовила комиссаров и их заместителей для партизанских формирований, спецшкола № 002 — инструкторов минно-подрывного дела, руководителей диверсионных групп, командиров и начальников штабов партизанских отрядов, спецшкола № 003 — радистов-операторов. Сроки обучения в этих учебных заведениях вначале были короткими, 50–100 часов. Это было обусловлено необходимостью срочной засылки в тыл противника партизанских кадров. Но со второй половины 1942 г. учебный процесс был перестроен, и новая программа насчитывала уже 250 часов обучения. Эти специальные партизанские школы после создания ЦШПД перешли в его подчинение. В декабре 1942 г. на базе спецшколы № 001 была создана Центральная школа партизанского движения с переменным составом в 20 слушателей. Она готовила заместителей командиров партизанских бригад по разведке. В это же время спецшкола № 002 была преобразована в Центральную школу партизанских кадров по подготовке командиров и начальников штабов партизанских отрядов, а также инструкторов минно-подрывного дела. Обучение в ней осуществлялось по 500 — часовой программе. Подготовка проходила в обстановке, максимально приближенной к боевой. Спецшкола № 003 была преобразована в Центральную радиошколу. Подготовка радистов-операторов продолжалась 250 часов, чего было явно недостаточно. Но партизаны остро нуждались в радистах, и увеличить срок их обучения не представлялось возможным.
В апреле 1942 г. по решению ЦК КП(б) Белоруссии в целях срочного пополнения партизанских формирований в г. Муроме был создан Особый белорусский сбор. Его курсантами стали в основном белорусы — военнослужащие Красной Армии и работники тыловых организаций. С апреля по ноябрь 1942 г. 20 — дневный курс обучения в нем прошли более 23 тыс. человек. Все они влились в партизанские отряды. В это же время по решению ЦК КП (б) Украины была создана оперативная школа в Ворошиловграде. Там за 45 — дневный курс обучения готовили командиров партизанских формирований. Там же по трехмесячной программе обучали радистов. К июню 1942 г. ее закончили 71 командир-организатор и 23 радиста. Дальнейшее обучение в ней пришлось прекратить из-за неблагоприятно складывающейся обстановки на фронте.
Однако подобная система подготовки партизанских кадров через краткосрочные курсы уже не удовлетворяла растущим запросам партизанского движения. Требовалась коренная перестройка системы обучения партизанских специалистов. Суть ее состояла в том, чтобы подготавливать специалистов более узкой, но высокой квалификации, способных не только выполнять порученное задание, но и организовывать массовое обучение тактике партизанских действий прямо в тылу врага.
К концу 1942 г. в стране действовало 8 специальных школ и 10 учебных заведений по подготовке специалистов для партизанского движения. Срок обучения в этих школах достигал 3–6 месяцев, численность переменного состава в партизанских школах достигла 4 тыс. человек. В 1943 г. количество школ было сокращено. В них теперь обучалось менее 2 тысяч человек. Всего в школах и учебных пунктах в годы войны было обучено, по отчётам штабов партизанского движения, 27 тысяч человек, в том числе в процентах: подрывников-минеров — 75 %, разведчиков — 8 %, радистов — 3 %, организаторов-командиров — 5 %, инструкторов-минеров — 5 % и прочих — 4 %. С 1943 г. обучение партизан-диверсантов началось непосредственно в партизанских формированиях. В мае того же года по решению ЦК КП(б) Украины в крупных партизанских соединениях были созданы школы подготовки партизан-диверсантов и спецслужбы для руководства диверсионной работой. Немало специалистов было переброшено на оккупированную территорию по воздуху, но чаще диверсионно-разведывательные группы и партизанские отряды перебрасывались в тыл противника походным порядком через линию фронта. С января 1944 г., после расформирования ЦШПД и его спецшкол, подготовка партизанских кадров продолжалась в стационарных школах республиканских штабов партизанского движения и учебных пунктах их представительств при фронтовых штабах. Всего в спецшколах было обучено более 22 тысяч организаторов партизанской борьбы, командиров и начальников штабов партизанских частей и соединений, руководителей партизанской разведки и контрразведки, инструкторов подрывного дела, радистов.
В то же время необходимо отметить, что на первых порах попытки организации партизанских действий были не вполне удачны. Так, по состоянию на 1 марта 1942 г. из 1974 партизанских отрядов, сформированных и заброшенных на оккупированную территорию Украины, в ЦК компартии Украины имелись сведения только о 241 отряде. В течение второй половины 1941 г. на оккупированную территорию Белоруссии было отправлено 437 отрядов. Но к началу 1942 г. в числе действующих значилось только 50 отрядов. На 10 июля 1942 г. в Ленинградской области действовало 72 партизанских отряда. Значительно лучше обстояли дела у смоленских, брянских и калининских партизан, где через год осталось до 25–30 % отрядов и групп, переброшенных или оставленных в тылу противника при отходе наших войск. В Ленинградской области на оккупированной территории в первый период войны немцам удалось разбить 4 партизанские бригады, 41 партизанский отряд, уничтожить десятки подпольных организаций и групп.