Целью экспедиции был поиск знаменитой Земли Санникова, найти которую так и не удалось. Из-за плохих погодных условий экспедиции пришлось разделиться на две части: Толль и ещё несколько человек остались на застрявшей во льдах "Заре", другая часть пошла за подмогой. С того дня Толля в живых никто не видел. Колчак организовал спасательную экспедицию (9 янв.1903-26февр. 1904 г., пытался найти несчастного Толля, но усилия оказались тщетны. В ходе спасательной экспедиции занимался научными исследованиями, дал многим географическим объектам имена участников экспедиции Толля. Позже остров в Таймырском заливе назовут в честь Колчака. Вернувшись в Петербург и узнав о начинавшейся Русско-японской войне, подал рапорт Великому князю Константину Константиновичу, руководившему Академий наук, об "отчислении" от Академии и передаче в военно-морское ведомство. Великий князь удовлетворил просьбу Колчака, перед этим попросив выступить с отчётом о проделанной работе, проведённых исследованиях и т. д. В 1906 г. за участие в экспедиции и проведённые изыскательские работы Колчак был награждён Константиновской медалью, высшей наградой Академии наук, и, кроме того, сам П.П.Семёнов-Тян-Шанский оценил экспедицию как важный географический подвиг.
5 марта 1904 г. произошло ещё одно радостное событие — свадьба Александра Васильевича и Софьи Фёдоровны Омировой. Они договорились пожениться, когда Колчак вернётся из полярной экспедиции, но Софья, сгорая от нетерпения, отправилась навстречу мужу, в Устьянск на берегу Ледовитого океана. Свадьбу сыграли в Иркутске.
И снова судьба решила посмеяться: среди предков Софьи Омировой был обер-гофмейстер барон К.В. Миних, брат того самого Миниха, которому паша Колчак сдал Очаков.
С 18 марта по 20 декабря 1904 г. Колчак воевал в Порт-Артуре. С 20 марта по 17 апреля на крейсере "Аскольд". В ночь на 30-е марта Колчак оказался свидетелем гибели "Петропавловска" вместе с адмиралом Макаровым на борту. Неизвестно, о чём Колчак думал в те минуты: может быть, о том, что и сам мог быть на борту гибнущего флагмана?
с 17 по 21 апреля Александр Васильевич — на минном транспорте "Амур", с 21 апреля по 2 ноября командовал миноносцем "Сердитый", со 2 ноября по 20 декабря — артиллерийской батареей в Скалистых горах. К счастью для потомков, сохранился дневник Александра Васильевича, повествующий о событиях тех дней. С 21 декабря 1904 по конец апреля 1905 раненый Колчак пребывал в плену у японцев, а 4 июня 1905 г. вернулся на Родину. Позже, 12 декабря 1905 г., за доблесть в боях за Порт-Артур Александр Васильевич будет награждён золотой саблей с надписью "За храбрость" (с 1913 г. будет приравнена к Ордену Святого Георгия). С 27 июня по 28 декабря 1905 г. — отпуск для лечения. С 29 декабря 1905 г. по апрель 1906 г. Колчак будет прикомандирован к Академии наук для обработки материалов Русской полярной экспедиции. С 1 мая 1906 г. — служба в Морском генеральном штабе (с 26 мая — завотделением русской статистики Моргенштаба). Колчак стоял у истоков создания этого учреждения, которое сыграет значительную роль в возрождении русского флота. Позже, в 1912 г., напишет интересную во всех отношениях работы "Служба Генерального штаба" И "Какой России нужен флот", основанные на материалах, собранных в период работы в Моргенштабе.
С 29 мая 1908 г. назначен командиром строящегося ледокола "Вайгач": идёт подготовка к новой полярной экспедиции. С 28 октября 1909 г. по 20 октября 1910 г. — принимает участие в экспедиции, из Петербурга через южные моря доходит до Арктики, но возвращается во Владивосток: его вновь зовут в Моргенштаб в ожидании предстоящей "большой программы" по возрождению флота и морской обороны Балтики. В том же1909 г. выходит его книга "Лёд Карского и Сибирского морей".
(Дальнейшие события относительно подробно показаны как в данном цикле, так и в художественных фильмах, поэтому подробно описаны будут только наиболее важные даты)
24 февраля 1910 года — рождение сына Ростислава.
15 апреля 1912 года — вступает в должность командира эскадренного миноносца "Уссуриец". Через год, в апреле 1913 года, умирает отец, Василий Колчак. С 17 мая 1913 по 3 марта 1914 — командование эскадренным миноносцем "Пограничник". С 14 июля 1914 г. — флаг-капитан по оперативной части Штаба командующего Морскими силами Балтийского моря. В начале 1915 года знакомится с Анной Васильевной Тимирёвой. С 19 декабря — командующий минной дивизией Балтфлота. Награждён Орденом Святого Георгия IV-й степени. 10 апреля 1916 года — произведён в контр-адмиралы. 28 июня 1916 — производство в вице-адмиралы и назначение командующим Черноморским флотом. Вместе с Колчаком на Черноморский флот был переведён его друг М.И. Смирнов, участвовавший в неудачной для союзников Дарданелльской операции. Втроём с А.Д. Бубновым они придали окончательную форму плану Босфорской операции. 4 июля был принят Николаем II, после чего направился в Севастополь.
Узнав о Февральской рев., расценил ее как возможность довести войну до победного конца, считая это "самым главным и самым важным делом, стоящим выше всего, — и образа правления, и политических соображений".
"Моя точка зрения была просто точкой зрения служащего офицера, который этими вопросами не занимался. Я считаю, что при нашей присяге моя обязанность заключается в несении службы так, как эта присяга того требовала. Я относился к монархии как к существующему факту, не критикуя и не вдаваясь в вопросы по существу об изменениях строя. Я был занят тем, чем занимался. Как военный, я считал обязанностью выполнять только присягу, которую я принял, и этим исчерпывалось все мое отношение. И, сколько я припоминаю, в той среде офицеров, где я работал, никогда не возникали и не затрагивались эти вопросы".
А.В. Колчак.
Столкнувшись с "новой дисциплиной", основанной на классовом сознании, Колчак определил ее как "распад и уничтожение русской вооруженной силы". В июле 1917, передав свои полномочия контр-адмиралу В.К. Лукину, Колчак приехал в Петроград к А. Ф. Керенскому и был командирован в качестве начальника морской военной миссии в США. Узнав в Сан-Франциско об Октябрьском перевороте, не счел его заслуживающим внимания. В ноябре 1917в Японии Колчак узнал о намерении Сов. правительства подписать с Германией мир и решил не возвращаться на родину: "Как адмирал русского флота я считал для себя сохраняющими всю силу наши союзные обязательства в отношении Германии". Колчак был принят на британскую службу и в 1918 приступил к формированию вооруженных сил для борьбы с "германо-большевиками". В ноябре 1918 приехал в Омск, где был назначен военным и морским министром правительства эсеровской Директории. В дек. 1918 Колчак совершил переворот, объявив себя "Верховным правителем России", и поставил себе цель "победу над большевизмом и установление законности и правопорядка". Обладая половиной золотого запаса России, получив военную поддержку Англии, Франции, Японии, США, повел успешную борьбу в Сибири, на Урале и Дальнем Востоке. К весне 1919 в армии Колчак находилось до 400 тыс. человек (на фронте, однако, фактически воевало не более ста пятидесяти тысяч человек, в том числе рабочие отряды ижевцев и воткинцев, воевавших под красными знамёнами). Его власть признали А. И. Деникин, Н. Н. Юденич, Е. К. Миллер. Восстанавливая частную собственность на предприятия и землю, Колчак предоставил право командующим военными округами закрывать органы печати, выносить смертные приговоры, что вызвало сопротивление в тылу Колчака. Финский генерал К. Маннергейм предложил Колчаку двинуть на Петроград 100-тыс. армию в обмен на независимость Финляндии, но Колчак, выступавший за "единую и неделимую" Россию, отказался. К лету 1919 главная группировка войск Колчака была разбита. Курс Колчака на реставрацию дореволюционных порядков привел к массовому партизанскому движению. Потерпев поражение, Колчак передал власть А.И.Деникину и атаману Г.М. Семенову, 15янв. 1920 Колчак был арестован чехословаками, которые передали его эсеро-меньшевистскому "Политическому центру". После перехода власти к большевистскому ВРК по тайному предложению В.И. Ленина иркутский ревком постановил расстрелять Колчака. Тело Колчака было спущено в прорубь.
