После приказа об его аресте Калиновский действовал под конспиративными фамилиями Макаревич, Чарнецкий, Хамович, Хамуциус… Осенью 1862 года он возглавил Литовский провинциальный комитет, готовивший освободительное восстание в Беларуси. Кастусь встал во главе наиболее последовательных революционеров, которых в отличие от либералов («белых») называли «красными». Они выступали против сословного неравенства, за демократическую республику, передачу земли крестьянам.
Калиновский считал, что народы Беларуси, Литвы и Украины должны сами решить вопрос о своей независимости. «Белые» же видели главную задачу в восстановлении Речи Посполитой в границах 1772 года.
После начала восстания «белым» удалось отстранить Калиновского и его соратников от руководства. Он стал повстанческим командиром Городенской губернии, смог привлечь к участию в вооруженной борьбе много крестьян. Летом 1863 года Кастусь вновь взял в свои руки руководство виленским повстанческим центром, который также называли «красным жондом».
Восстание в Беларуси уже задыхалось. Один из инсургентов — повстанческий комиссар Могилевской губернии Витовт Парфиянович — на допросе выдал Калиновского. В феврале 1864 года «диктатор восстания», проживавший в Вильне в «Святоянских мурах» под именем Игната Витаженца, попал в руки царских жандармов.
Во время следствия и суда Кастусь держался с необычайным мужеством. На предложение облегчить свою судьбу, назвав некоторые адреса и имена, он ответил: «Если гражданская откровенность составляет добродетель, то шпионство оскверняет человека. Сознание чести, собственного достоинства и того положения, какое я занимал в обществе, не дозволяют мне следовать по иному пути».
Царский военно-полевой суд вынес постановление: казнить вождя инсургентов через повешение. Приговор был исполнен 10(22) марта 1864 года на виленской торговой площади Лукишки. Слушая на эшафоте текст приговора, в котором предводитель повстанцев был назван «дворянином Калиновским», он выкрикнул: «У нас нет дворян, у нас все равны!»
Из царской тюрьмы Кастусь передал на свободу свое написанное по-белорусски и обращенное к народу завещание — «Лкгг зпад шыбенщы» («Письмо изпод виселицы»).
«Браты мае, мужыю родныя! Зпад шыбенщы маскоускай прыходзщь мне да вас шсащ і, можа, раз астатж. Горка паюнуць мне зямельку родную і цябе, дарап мой народзе. Грудзі застогнуць, забалщь сэрца, но не жаль зпнуць за тваю прауду.
Прымі, народзе, па шчырасщ мае слова прадсмертнае, бо яно як бы з таго свету толью для дабра твайго нашсана.
Няма, братю, большага шчасця на гэтым свеце, як калі чалавек у галаве мае розум і навуку. Тады ён толью можа быць у радзе, жыць у дастатках і тады толью, памагпушыся Богу, заслужыць неба, бо, збагашушы навукай розум, разауе сэрца і народ свой шчыра палюбщь. Но як дзень з ночай не ходзяць разам, так не щзе разам навука праудзіва з няволяй маскоускай. Ды пакуль яна у нас будзе, у нас шчога не будзе, не будзе прауды, багацтва і шякай навую, адно намі, як скащнай, варочаць будуць, не для дабра, но на папбель нашу.
Для тагото, народзе, як толью калі пачуеш, што браты твае зпад Варшавы бюцца за прауду і свабоду, тады і ты не аставайся ззаду, но, ухашушы за што зможаш, за касу, сякеру, і цэлай грамадой Щ31 ваяваш за свае чалавечае і народнае права, за сваю зямлю родную. Бо я табе зпад шыбенщы кажу, народзе, што тады толью зажывеш шчасшва, калі над табой маскаля ужо не будзе!
Твой слуга Яськагаспадар зпад
ВІЛЬНІ».
В тюрьме, перед смертью, написано и единственное известное сегодня стихотворение Кастуся Калиновского, посвященное его любимой:
Марыська чарнаброва, галубка мая, Дзе ж падзелася шчасие /ясна доля
твая?
Усепрай шло, прайшло, як бы не
бывала,
Адна страшна горыч у грудзях
застала…
Одновременно это и обращение ко всему белорусскому народу:
Бывай здаровы, мужыцк/ народзе, Жыв/у шчасщ, жыві у свабодзе I часаму спамяш пра Яську свайго, Што заг/нуу за прауду для дабра твайго.
Церковный собор в Полоцке принимает акт о ликвидации унии
Для российского самодержавия белорусов как самостоятельного народа не существовало. Униатская же церковь с ее народным языком в обучении, проповедях утверждала обратное. Между тем униатами в Беларуси в конце XVIII века были каждые три жителя из четырех, а православными — всего 6,5 процента. Уже при Екатерине II из опасного униатства в надежное православие российского образца перевели полтора миллиона наших предков. Шла обработка греко-католических иерархов. Униатский митрополит Лисовский в 1806 году повелел в молитвах имя царя вспоминать раньше, чем имя папы.
С особой жестокостью против народной веры боролся униатский епископ Иосиф Семашко, украинец по происхождению, переметнувшийся на сторону царизма. Он принудительно вводил в униатских духовных семинариях и в церковных отчетах русский язык. Священники вынуждены были вести богослужения по служебникам, присланным из Москвы и Петербурга. Несогласных судили как церковных и государственных преступников. На глазах у верующих из храмов выбрасывали боковые алтари, ломали органы. Все эти издевательства российская, а затем и советская историческая наука безапелляционно называла освобождением белорусов от религиозного угнетения.
Многие униаты искали спасения в католицизме. Только в 1834 году 35 тысяч белорусских детей из униатских семей родители крестили по римскому обряду.
Война самодержавия с униатством официально завершилась 12 февраля 1839 года. В этот день в Полоцке начался церковный собор, где тон задавал Семашко. Святая София, которая уже два с половиной века была грекокатолическим храмом, услышала постановление о возвращении своих прихожан «в лоно прародительской православной веры, дабы пребывать отныне в послушании Святейшего Правительствующего Всероссийского Синода».
Даже в условиях жестокого давления в Белорусской униатской диацезии (церковном округе) в 1838 году из 680 священников за присоединение к православию подписались только 186. Однако это не помешало привезенному из России православному епископу Смарагду заявить, будто «уния расползлась, как ветхий и дырявый мех». Колонизаторы лишили Беларусь религии, которую с полным правом можно считать национальной, народной (так ее называли К. Калиновский, М. Богданович и ряд других деятелей нашего возрождения), закрепили разделение белорусов на католиков и православных. Вот одна из причин слабой национальной консолидации белорусов, из-за чего мы испытали столько несчастий и в следующем веке.