Одной из основ организации тринадцатого легиона была строгая иерархия, благодаря чему каждый воин при любом положении знал свои обязанности и долг. Общее руководство легионом осуществлял Робаут Жиллиман, определяющий стратегические цели и назначения, а также командовавший любым флотом и операцией, при которой присутствовал. На следующей ступени находились магистры орденов, каждый из которых командовал приблизительно 10,000 десантников и частью пустотного флота Ультрамара. Им оказывали поддержку легаты — старшие офицеры и командующие. Каждый орден легиона включал в себя десять рот, состоящих в свою очередь из тысячи Легионес Астартес, возглавляемых капитаном, ответственным за тактическое развёртывание, эффективность действий и обучение своих воинов.
Ряд орденов сохранял и применял геральдику и меньшие подразделения раннего XIII-го легиона, храня память о достижениях «Рождённых Войной» терранцев первого поколения или о разном происхождении воинов, но с годами после начала массового набора из Ультрамара это начало исчезать. В последние десятилетия Великого крестового похода все воины, независимо от происхождения, следовали общей подробной организационной схеме, с позволенными представителям высших эшелонов небольшими отклонениями в личной геральдике и почестях. Все двадцать пять орденов легиона, обладавшего к началу Ереси Хоруса огромной численностью в приблизительно 250,000 легионеров, составляли единую согласованную армию с всеобщей вертикалью власти и могли действовать как единое целое во время полномасштабных стратегических наступлений, либо, благодаря гибкости устройства, безупречно служить в качестве меньших подразделений, проводящих отдельные операции.
Подобно тому, как магистры орденов и капитаны XIII-го легиона возглавляли воинства крестоносцев, тетрархи и их легаты управляли многочисленными военными организациями царства Ультрамар и защищали его миры. Каждый из тетрархов являлся военным диктатором одного из пяти «княжеских миров» и правил субсектором. Их назначал сам примарх, являвшийся повелителем Макрагга и центральных миров Ультрамара, хотя, как правило, обязанности управления этими планетами возлагались на его сенешаля, пока сам Жиллиман вёл воинства Империума в крестовые походы.
Легаты представляли собой отдельный личный состав офицеров, занимавших положение, примерно соответствующее претору в стандартной терранской организации. Они служили командующими армий Легионес Астартес, размещённых в пределах самого Ультрамара, а также подразделений, не входящих в обычные боевые порядки легиона. В частности, легаты, занимавшие весьма уважаемое положение, и иногда называемые командорами-феодалами, возглавили свиты сюзеренов-инвиктариев каждого тетрарха. Общее руководство двумя орденами эвокатов и боевым миром Арматура также осуществлял легат, в чьи обязанности входило поддержание постоянного притока рекрутов для крестовых орденов легиона. Другой легат возглавлял вигил оператии и надзирал за общественным порядком, занимая положение, обеспечивающее ему в Ультрамаре одновременно большее влияние и мрачную славу.
Флот Ультрамаринов
В противоположность многочисленным армадам космодесантников других легионов, флот Ультрамара был относительно небольшим. Так сложилось исторически, и Робаут Жиллиман считал достоинством легиона тесное сотрудничество с флотилиями Армады Империалис сегментума Ультима, рассчитывая на их поддержку при необходимости использования эскадры кораблей первого ранга или масштабной орбитальной бомбардировки. Как известно, сам примарх говорил, что его воины не созданы для безликих артиллерийских дуэлей звёздных кораблей, разделенных многими километрами глубокой пустоты, и желал, чтобы его флот был организован для планетарного штурма и состоял из специально предназначенных для этого кораблей.
Вследствие этого Ультрамарины никогда не использовал многочисленные эскадры самых грозных кораблей первого ранга, которых в разные времена во флоте легиона насчитывалось менее тридцати или тридцати пяти. Со временем многие линкоры XIII-го были уничтожены в сражениях: в частности, первый флагман погиб в катастрофе в скоплении Осириса. Из уцелевших тяжёлых кораблей первого ранга большинство служило XIII-му с дней его основания и начала Великого крестового похода, за время которого неоднократно происходило переоснащение. После принятия Робаутом Жиллиманом руководства легионом в состав его флота вошла лишь горстка грозных кораблей первого ранга; впрочем, два из них были мощнейшими линкорами типа «Глориана».
Основные силы пустотного флота легиона составляли средние крейсера и меньшие по тоннажу боевые баржи различных типов, а также значительное количество лёгких и специально спроектированных ударных крейсеров, фрегатов и быстрых патрульных катеров, которые строились на верфях миров Ультрамара. Подобная организация флота обеспечивала легиону гибкость и необходимый размах проведения операций орденами, однако по совокупной огневой мощи и тоннажу Ультрамарины находились на среднем уровне, значительно уступая, скажем, Имперским Кулакам в плане разрушительной мощи и численности, а Гвардии Смерти в количестве тяжёлых линкоров.
Участие в войне
Перед приказом о сборе на Калте для крестового похода против Гаслака основные силы XIII-го легиона были рассредоточены по южному и восточному секторам галактики в составе многочисленных флотов крестоносцев. Из них Жилилман отозвал на Калт двадцать полных орденов, из которых четырнадцать встретились у Сатурна в системе Сол для пополнения припасов перед отправлением в путь. Вследствие этого на Калт было высажено около двухсот тысяч Легионес Астартес, а также бесчисленные вспомогательные подразделения. Размах резни на поверхности планеты был настолько велик, что точное число потерь невозможно получить, однако после сражения систему Калта смогло покинуть не более сорока тысяч Ультрамаринов, из которых многие были ранены, а неизвестное количество воинов оказалось в ловушке под поверхностью разрушенного и облучённого мира.
О не отозванных для крестового похода Гаслака орденах известно следующее.
Седьмой орден вёл тяжёлые бои на Восточной Окраине, сдерживая распространение заражения храви, которое угрожало уничтожить основанные в регионе имперские колонии, а потому не мог отправиться на сбор, тогда как десятый был рассеян по всей северо-восточной окраине расширяющегося Империума, и не мог прибыть вовремя по причине огромного отдаления от Калта. Двадцать четвёртый и двадцать пятый ордена, состоявшие из эвокатов, а также девятнадцатый орден, были рассредоточены по самым важным мирам Ультрамара с приказом защищать их, пока Жиллиман вёл основные силы легиона на войну. Они даже не догадывались о грядущей буре, но оказались избавлены от её первых ударов.