На охваченных мятежом землях Петр Иванович, имея в руках огромную воинскую силу, почувствовал себя полным господином. Обе столицы были далеко, вокруг бушевало кровавое море крестьянской войны, и Панин не стал смущаться в выборе методов для подавления бунтовщиков. Ни при А. И. Бибикове, ни при Ф.Ф. Щербатове, прежних командующих, край не видел ничего подобного от представителя правительственной власти. Террор охватил очищенные от повстанцев земли; для устрашения волнующихся крестьян Панин приказал казнить мятежников прямо на месте поимки, без суда и следствия. Именно тогда вниз по рекам поплыли плоты с колесованными и подвешенными за ребра пугачевцами.
Однако на Волге власти главнокомандующего противодействовал Павел Сергеевич Потемкин, руководитель Казанской следственной комиссией, переживший с населением в казанской крепости страшные дни, когда Пугачев сжег город, а захваченных горожан расстрелял на поле из пушек. Между Паниным и Потемкиным разгорелась настоящая борьба из-за подследственных. Прошедшие через панинский сыск, уже никому не могли ничего рассказать. Звериная жестокость Петра Панина показала себя в приемах допросов в военной канцелярии. Эти вопросы подробно исследованы в недавно опубликованной источниковедческой работе современного историка Р.В. Овчинникова, посвященной материалам следствия и суда над Пугачевым. Число подвергшихся разного рода наказаниям по приговорам Панина составило около двадцати тысяч человек.
Павел Сергеевич писал из Казани Екатерине II и своему брату, жалуясь на действия Панина. Особенно возмутило Потемкина то, что Петр Иванович, захватив секретаря Пугачева мценского купца Трофимова -- составителя последних указов мнимого императора Петра III (он действовал под именем А. И. Дубровского), не только не передал его следственной комиссии, обращением во время допросов довел до смерти. Из рук правительства ушел один из главных свидетелей, который, по словам Павла Сергеевича, был "всех умнее". В могиле "тайны нужные вместе с ним погребены", - заключал Потемкин. Почему Петр Иванович сначала долго держал "обер-секретаря" в Царицыне и Саратове, а когда встал вопрос о его передаче, позволил убить на допросе? Что мог рассказать 24-летний грамотный сотрудник Пугачева? Об этом остается только догадываться.
1 октября 1774 г. выданный собственными сообщниками Пугачев был привезен А.В. Суворовым в Симбирск, где пленника принял Панин. На допросе он накинулся на злодея с кулаками и вырвал ему клок бороды. Вскоре следствие переместилось в Москву, сюда же вместе с "главными колодниками" приехал П.С. Потемкин. Именно здесь, в Первопрестольной, разгорелась последняя схватка между сторонниками и противниками императрицы в деле, связанном с крестьянской войной. Екатерина официально не принимала участия в следствии и суде, но ее переписка с П.С. Потемкиным, М.Н. Волконским и генерал-прокурором Сената А.А. Вяземским, председательствовавшем на суде, доказывает, что она ни на минуту не выпускала из рук нитей следствия и проводила через своих приверженцев нужные ей решения.
Панинская группировка всячески старалась повлиять на следствие и суд, она добивалась сурового наказания вожаков восстания, в частности смертной казни через четвертование по крайней мере для 30 - 50 человек. Подобный шаг преследовал не только устрашение. В России вообще отвыкли от подобных зрелищ за время царствования Елизаветы Петровны, давшей обет "никого не казнить смертью". Никита Иванович помнил, как неприятно был поражен Петербург казнью В.Я. Мировича, ведь столица ожидала помилования. Обильная кровь на московских плахах не могла вызвать восторга у общества Первопрестольной. Партия Панина стремилась прочно связать имя императрицы со страшными событиями крестьянской войны и жестокой расправой над повстанцами. Но одно дело вешать мятежников в далеком Оренбуржье, и совсем другое - в сердце страны, на глазах у всего дворянства. Сам собой напрашивался вопрос, а достоин ли царствовать государь, допустивший в России новую смуту и такую кровавую расправу над побежденными?
Екатерина это прекрасно понимала, и потому так упорно боролась за каждую жизнь в судебном приговоре. В нужный момент она осуществила нажим, и негласно настояла на смягчении приговора. Суд принял решение наказать смертью только самого Пугачева и пятерых его ближайших сподвижников, которые были повешены. В вопросе о выборе способа казни для самозванца тоже развернулась невидимая борьба. По закону Пугачева должны были четвертовать, но палачу было передано тайное приказание императрицы "промахнуться" и сначала отрубить "злодею" голову.
Нелегко прошло и подписание Манифеста о прощении бунта. Провозглашение подобного документа прекращало преследования бывших повстанцев в стране. Оно ставило точку в крестьянской войне, а значит и в полномочиях Петра Ивановича. Во взбудораженной, охваченной карательными акциями России легче было осуществлять намеченные планы.
В феврале 1775 г. царский поезд прибыл в Москву. Восторженный прием, оказанный на улицах города толпами народа наследнику престола Павлу резко контрастировал с той холодностью, с которой москвичи встречали Екатерину II. Ехавший за каретой цесаревича его молодой друг Андрей Кириллович Разумовский шепнул на ухо Павлу: "Ваше высочество, если б вы только захотели..."
Любовь старой столицы к наследнику еще больше убеждала Паниных в возможности осуществления их планов. Но чуткая к любым колебаниям общественного мнения императрица сделала шаг к сближению с сыном, она стала призывать его для обсуждения подготавливаемых ею документов. Братья Панины решили действовать через Павла.
В первой половине марта Екатерина работала над Манифестом "о забвении" всего, связанного с бунтом Пугачева. Она давала его для ознакомления Петру Ивановичу, который продержал документ чуть дольше положенного. Вероятно, он успел переговорить с цесаревичем, прежде чем тот высказал свое мнение матери. В записке Г.А. Потемкину 18 марта 1775 г. она говорила: "вчерась Великий Князь поутру пришед ко мне... сказал,.. прочтя прощение бунта, что это рано. И все его мысли клонились к строгости". Однако императрица не вняла доводам сына. На другой день она прочитала Манифест в Сенате и при его оглашении, по ее словам, "многие тронуты были до слез". Внутренняя смута была подавлена, и меры, предпринятые Екатериной, не позволили Паниным передать корону наследнику Павлу Петровичу.
Во время летних торжеств, посвященных годовщине Кючук-Кайнарджийского мирного договора 10 июня 1774 г., награждали не только отличившихся в войне с Турцией. Усмирители бунта тоже получили свои награды, хотя само название "Пугачевщина" не произносилось, а участвовавшим в ее подавлении офицерам вспоминали только их заслуги на поле боя с внешним врагом. Петр Иванович получил похвальную грамоту, меч с алмазами, алмазные знаки ордена св. Андрея Первозванного и 60 тысяч рублей на "поправление экономии". Панин прекрасно понимал, что на этот раз его партия проиграна и 9 августа 1775 г. вновь подал в отставку. Он продолжал близко общаться с Павлом Петровичем, долгие годы по переписке участвовал в разработке конституционных проектов для будущего императора, но заметной политической роли уже не играл, особенно после того как в начале 80-х гг. панинская группировка в Петербурге была окончательно вытеснена русской партией Потемкина. Никита Иванович удалился от дел и умер 31 марта 1783 г. Петр пережил брата на шесть лет, он скончался 15 апреля 1789 г. в своем селе Дугине под Москвой. Масонские круги старой столицы откликнулись на это событие горестными одами и речами, отмечая в покойном "чуждое всякого пристрастия сердце, непотрясаемую твердость, примерную любовь, усердие, ревность ко главе и всему составу общества". Так ушел из жизни человек, которого императрица Екатерина II боялась увидеть диктатором над своей страной и сделала все возможное, чтобы не пропустить его к власти.
