1 июня 1956 года в торжественной обстановке начальник Военно-Морских Учебных Заведений ВМФ вручил первым выпускникам Высшего Военно-Морского Инженерного Училища Подводного Плавания дипломы инженеров и офицерские погоны с кортиками как символ принадлежности к славному офицерскому корпусу Советского Военно-Морского Флота.
В 1956 году училищу было разрешено открыть адъюнктуру, что позволило организовать активную и широкую подготовку научно – педагогических кадров за счет привлечения способной офицерской молодежи с флотов. Другим важным событием 1956 года было распоряжение начальника ВМУЗ об организации в училище подготовки инженеров-механиков на подводные лодки со специальными энергетическими установками. К началу 1956–1957 учебного года всем отличникам учебы, желающим служить на новых лодках, было предложено написать рапорты, хотя содержание понятия «новые лодки» держалось в строгой тайне и не раскрывалось.
После специального анкетирования, проведенного особым отделом, было отобрано 30 курсантов. Из них сформировали учебную спецгруппу, которой начали читать новые курсы «Ядерные энергетические установки подводных лодок», «Ядерные реакторы и парогенераторы», «Паротурбинные установки», «Дозиметрия». Большое внимание уделялось практическим занятиям, лабораторным и расчетно-графическим работам, а также курсовому проектированию по новым темам. Дипломники этой спецгруппы были первыми, кто делал дипломные работы по темам, связанным с ядерной энергетикой подводных лодок.
Среди выпускников 1958 года (третий выпуск ВВМИУ ПП) тридцать молодых лейтенантов получили дипломы с присвоением квалификации «инженер-механик» по специальности «Специальные энергетические установки подводных лодок», и таким образом, выпуск 1958 года официально можно считать первым выпуском инженер – лейтенантов на атомные подводные лодки.
Все работы по созданию учебно-лабораторной базы, необходимой для обеспечения учебного процесса, в течение 1955–1956 гг. проводились в основном силами личного состава кафедр и лабораторий.
Силами курсантов был построен 100-метровый стрелковый тир, не предусмотренный генеральным планом. Это обеспечило возможность проведения занятий по огневой подготовке с офицерским и старшинским составом училища, организовать работу по развитию стрелкового спорта и проведению занятий, проводить стрелковые соревнования и подготовить сборные стрелковые команды для участия в различных соревнованиях.
В 1958 году была упразднена курсовая система организации учебного процесса и управление учебными подразделениями. Вместо этого были созданы два факультета: дизельный и
электротехнический, а также ряд кафедр по новым направлениям подготовки инженеров флота. При переходе на факультетскую систему управления было создано несколько новых кафедр специального профиля: «Атомные энергетические установки подводных лодок и их боевое использование», «Автоматическое управление энергетическими установками подводных лодок», «Ядерные реакторы и парогенераторы АЭУ подводных лодок». Для обеспечения практических и лабораторных работ кафедр была создана общефакультетская лаборатория. В мае 1960 года решением Главнокомандующего ВМФ на базе четырех специальных кафедр был организован специальный факультет – факультет атомных энергетических установок.
В июле 1957 года по распоряжению командований Черноморским флотом училищу для учебных целей была передана подводная лодка М-113 XII серии. 17 августа1957 года ее подняли на стенку, разрезали на шесть частей и трейлерами перевезли на строительную площадку. В марте 1958 года силами кафедры и бригады рабочих Николаевской сдаточной базы кораблей строительство и монтаж этой уникальной комплексной УТС по борьбе за живучесть был закончен. В 1959–1960 годах силами личного состава училища было построено здание лаборатории. На базе этой комплексной лаборатории в августе 1960 года была создана объединенная кафедра теории, устройства, живучести управления подводной лодкой – ТУЖУ ПЛ.
В 1962 году вступила в строй лаборатория тренажеров по управлению подводной лодкой, которая позволила не только обеспечить все практические занятия курсантов по курсу ТУЖУ ПЛ, но и оказывала большую помощь флоту, обеспечивая тренировки личного состава 153-й Бригады Подводных Лодок Черноморского флота. Были построены пожарный и водолазный полигоны – лучшие в системе учебных заведений ВМФ. По тактикотехническому заданию, разработанному кафедрой силами Морского завода №-13 ВМФ на базе прочного корпуса подводной лодки тип «М» XV серии была смонтирована водолазная башня высотой 20 метров для отработки глубоководных погружений и выхода из аварийной подводной лодки.
В 1962 году была запущена в эксплуатацию первая действующая паротурбинная установка, состоящая из турбогенератора и парового котла, позволившая организовать планомерную практическую подготовку курсантов по эксплуатации ремонту паросилового оборудования подводной лодки. Действующая установка была смонтирована и запущена в эксплуатацию силами инженерного и лаборантского состава.
13 августа 1960 года кафедра электрооборудования подводных лодок была разделена на две самостоятельные кафедры: электроприводов подводных лодок и электроэнергетических систем подводных лодок. На кафедре атомных энергетических установок в 1966–1967 учебном году был смонтирован, и вступил в строй тренажер «Учеба-75» (МГР-154) по управлению АЭУ подводной лодки. В 1970 году был смонтирован и включен в учебный процесс тренажер «Пульт-70» (МТР-554) по управлению АЭУ. В этом же году были начаты разработка документации и строительство лаборатории «Борт-70» с действующей энергетической установкой. 12 августа 1972 года приказом Главнокомандующего ВМФ эта лаборатория включена в учебный процесс для отработки практических навыков курсантов по обслуживанию атомной энергетической установки подводной лодки.
На кафедре ядерных реакторов были разработаны, смонтированы и запущены в работу тренажер «УТ-2» на базе ЭВМ по управлению ядерным реактором и электронный имитатор нейтронно-физических процессов в ядерном реакторе «Сигма». На кафедре автоматического управления и контроля корабельных энергетических установок, была создана лаборатория систем управления и защиты, представляющая собой развернутый комплекс, состоящий из двухбортного, действующего натурного тренажера СУЗ подводных лодок второго поколения и двенадцать малогабаритных тренажеров, что позволяло проводить практические занятия и тренировки в составе одного учебного класса при высокой загрузке курсантов.
16 апреля 1964 года в соответствии с Директивой Главного Штаба ВМФ №-ОМУ(3)/701556 Третье Высшее Воєнно – Морское Инженерное Училище было переименовано в Севастопольское Высшее Военно-Морское Инженерное Училище. Работа в училище обогатилась новыми идеями и содержанием научно-методической работы. Регулярными стали научно-методические и научно-практические конференции профессорско-преподавательского состава по актуальным вопросам обучения и воспитания курсантов. В 1971–1972 годах на конференциях обсуждались вопросы о путях дальнейшего улучшения эксплуатационной подготовки выпускников училища, о повышении организации и качества нового набора, о совершенствовании учебно-воспитательного процесса, повышении эффективности преподавательского труда, улучшении качественных показателей успеваемости, укреплении воинской дисциплины. Была развернута работа по всестороннему обобщению опыта службы выпускников училища на флотах на основе анализа их практической деятельности и учета запросов флотов в отношении уровня их подготовленности. Особое место в этот период в практике обучения и воспитания занимали вопросы эксплуатационной подготовки курсантов. Расширялся парк тренажеров и действующих установок, отрабатывались новые формы занятий, тренировок и учений на них с целью наиболее эффективного освоения курсантами вопросов эксплуатации современной сложной корабельной техники. Но самым важным элементом эксплутационной подготовки всегда была корабельная практика, особенно участие курсантов в дальних морских походах кораблей. В 1969 году по решению Главнокомандующего ВМФ впервые несколько классов третьего курса училища в полном составе участвовали в дальнем морском походе по маршруту Мурманск – Северная Атлантика – Куба – Западная Африка – Мурманск.
Все эти годы училище продолжало благоустраиваться. В 1965 году построено здание курсантской столовой. Вошли в строй многоквартирный жилой дом для семей военнослужащих и сотрудников училища, районная котельная и шлюпочная база. В 1966 году было принято в эксплуатацию двухэтажное здание медицинской службы училища. Новые просторные помещения для читального зала, отделения художественной литературы, отделов библиографии и комплектования, хранилища учебного фонда получила фундаментальная библиотека. В 1977 году вступил в строй четвертый спальный корпус – пятиэтажное общежитие гостиничного типа для курсантов старших курсов, предусматривающих размещение личного состава одной роты в пределах одного этажа, в отдельных комнатах по 3–4 человека. В общих помещениях рот устанавливались гимнастические снаряды, столы для настольного тенниса и бильярда. Был создан комбинат бытового обслуживания – комплекс служб, включающий оборудованные современными средствами магазины, буфеты, банно-прачечное хозяйство, парикмахерскую, мастерскую по ремонту обуви, швейную мастерскую, курсантское кафе, клуб-кафе «Бригантина». Был реконструирован и расширен спортивный комплекс, позволявший заниматься любыми видами спорта не только на обязательных заня тиях по физической подготовке, но и в часы досуга.