Приказом НКВД СССР № 0373 от 18 сентября 1942 г. Центральный финансово-плановый отдел НКВД СССР был разделен на два отдела: Центральный финансовый отдел НКВД СССР и Плановый отдел НКВД СССР. Начальником ЦФО НКВД СССР был назначен Л.И.Берензон, начальником Планового отдела НКВД СССР — Б.С.Вайнштейн. Штат ЦФО НКВД СССР — 90 человек, штат Планового отдела НКВД СССР — 28 человек.
Приказом НКВД ССР от 3 ноября 1942 г. на базе 5 с/о НКВД СССР было образовано 5 управление (шифровальное). Его начальником был назначен бывший начальник 5 с/о майор гб И.Г.Шевелев. Приказом НКВД СССР от 17 ноября 1942 г. (на основании постановления СНК ССС № 1201-598с от 16 июля 1942 г.) для работы по улучшению использования технического состояния автотранспорта НКВД в составе НКВД СССР был организован Автотранспортный сектор. Штат сотрудников — 5 человек. Начальник — А.П.Сапунов.
Постановлением СНК СССР от 4 февраля 1943 г. Меркулову Всеволоду Николаевичу было присвоено спецзвание "Комиссар государственной безопасности 1 ранга". Специальное звание "Комиссар государственной безопасности 2 ранга" было присвоено:
Абакумову Виктору Семеновичу;
Кобулову Богдану Захаровичу;
Круглову Сергею Никифоровичу;
Серову Ивану Александровичу;
Чернышеву Василию Васильевичу.
Указом ПВС от 9 февраля 1943 г. для органов и войск НКВД были введены новые знаки различия — погоны, а приказом НКВД СССР от 18 февраля 1943 г. было приказано перейти на новые знаки различия — погоны (с 10 марта по 15 мая 1943 г.)
Тогда же указом ПВС от 9 февраля 1943 г. для начсостава органов НКВД и милиции были установлены новые специальные звания.
НКГБ — МГБ СССР
апрель 1943 г. — март 1953 г
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 апреля 1943 г. из состава НКВД СССР, вновь, как и в 1941 году, был выделен самостоятельный Наркомат государственной безопасности СССР (НКГБ СССР), возглавить который было вновь поручено В.Н.Меркулову.
Военная контрразведка (УОО) так же, как это было в 1941 году, постановлением СНК СССР № 415-138сс от 19 апреля 1943 г. была передана в Наркомат обороны и Наркомат военно-морского флота СССР. Были созданы Главное управление контрразведки (ГУКР) "Смерш" НКО СССР и Управление контрразведки (УКР) "Смерш" НК ВМФ.
Структура НКГБ СССР была определена решением Политбюро П 40/91 от 14 апреля 1943 г. "Об образовании НКГБ СССР" и объявлена постановлением СНК СССР № 393-129сс от 14 апреля 1943 г. Несколько позже постановлением СНК СССР № 621–191 сс от 2 июня 1943 г. было утверждено "Положение о Народном комиссариате государственной безопасности СССР". В соответствии с постановлением СНК СССР № 393-129сс от 14 апреля 1943 г. первым заместителем наркома госбезопасности был назначен Б.З.Кобулов, а постановлением СНК СССР № 511 от 11 мая 1943 г. заместителем наркома госбезопасности СССР по кадрам был назначен М.Г.Свинелупов.
В течение мая 1943 г. приказами НКГБ СССР были утверждены штаты основных структурных подразделений центрального аппарата НКГБ СССР:
— 1 управление (разведка);
— 2 управление (контрразведка) (создано на базе 2 и 3 управлений, ЭКУ и 3 с/о НКВД СССР);
— 3 управление (транспортное);
— 4 управление (организация террора и диверсий на занятых немцами территориях);
— 5 управление (шифровально-дешифровальное и спецсвязь);
— 6 управление (охрана руководителей партии и правительства) (создано на базе 1 отдела НКВД СССР);
— отдел "А" (учетно-архивный) (создан из переданных в НКГБ СССР части отделений и личного состава 1 с/о НКВД СССР);
— отдел "Б" (оперативно-технический);
— отдел "В" (военная цензура и перлюстрация корреспонденции);
— следственная часть по особо важным делам;
— секретариат НКГБ СССР;
— отдел кадров НКГБ СССР;
— административно-хозяйственное финансовое управление (АХФУ).
Таким образом созданный в 1943 году НКГБ СССР включал в себя семь управлений (вместе с АХФУ), четыре самостоятельных отдела "А", "Б", "В" и ОК, следственную часть и секретариат.
До 1946 года эта структура претерпела небольшие изменения.
15 ноября 1945 г. "для оперативно-чекистского обслуживания" объектов спецназначения (занятых созданием атомной бомбы) был организован в составе НКГБ СССР отдел "К".
Совместным приказом НКГБ и НКВД СССР № 0014/0032 от 10 января 1946 года отдел "С" (разведка и обработка материалов по атомной проблеме) был передан из НКВД СССР в НКГБ СССР.
Приказом НКГБ СССР № 00107 от 22 марта 1946 г. в соответствии с постановлением Верховного Совета СССР от 15 марта 1946 г. НКГБ СССР был переименован в Министерство государственной безопасности СССР (МГБ СССР). Соответственно, были переименованы и местные управления и отделы НКГБ в управления и отделы МГБ.
Существенная реорганизация произошла в 6 управлении МГБ СССР. Приказом МГБ СССР № 00134 от 15 апреля 1946 г. на его основе было создано Управление охраны № 2 МГБ СССР, а 1-й отдел 6 управления, занимавшийся охраной Сталина, был преобразован в Управление охраны № 1. Штаты управления охраны № 1 были объявлены приказом МГБ СССР № 00152 от 24 апреля 1946 г. Таким образом организация охраны Сталина (Управление охраны № 1) была отделена от охраны остальных членов Политбюро и Правительства (Управление охраны № 2).
Кардинальное расширение и изменение структуры МГБ СССР произошло 4 мая 1946 г., когда вместо В.Н.Меркулова министром госбезопасности СССР был назначен В.С.Абакумов, а возглавляемый им ГУКР "Смерш" МВС СССР влился в МГБ СССР. Решение об этом было принято Политбюро ЦК ВКП(б) П 51/IV от 4 мая 1946 г. Согласно этому решению в МГБ СССР включалась военная контрразведка в качестве самостоятельного 3 Главного управления МГБ СССР. 1 и 2 управления МГБ СССР были также преобразованы в Главные управления. Кроме того, возникли новые управления и самостоятельные отделы. В результате этих изменений структура МГБ СССР приобрела следующий вид:
— 1 Главное управление (разведка);
— 2 Главное управление (контрразведка);
— 3 Главное управление (военная контрразведка);
— 4 управление (розыскное) (осуществляло руководство розыском "агентуры иностранных разведок, заброшенной в СССР, и прочих вражеских элементов") (ранее существовавшее 4 управление по организации террора и диверсий в тылу противника в годы войны было упразднено приказом МГБ СССР № 00447 от 9 октября 1946 г.);
— 5 управление (оперативное);
— 6 управление (шифровально-дешифровальное);
— Транспортное управление (чекистское обслуживание транспорта);
— Управление охраны № 1 (охрана И.В.Сталина);
— Управление охраны № 2 (охрана остальных руководителей партии и правительства);
— Управление коменданта Московского Кремля;
— Отдел "А" (учетно-архивный);
— Отдел "Б" (оперативной техники);
— Отдел "В" (перлюстрация корреспонденции);
— Отдел "Д" (экспертизы и подделки документов) (выделен из отдела "Б");
— Отдел "К" (чекистское наблюдение на объектах атомной промышленности);
— Отдел "О" (оперативная работа по духовенству всех конфессий) (выделен из 2 управления);
— Отдел "Р" (радио-контрразведка);
— Отдел "С" (перевод и обработка материалов по атомной проблеме. В 1946 г. функции этого отдела были переданы в 1 Главное управление МГБ);
— Отдел "Т" (борьба с "лицами высказывающими угрозы террористического характера в отношении партийных и советских руководителей");
— Следчасть по особо важным делам (на правах управления);
— Отдел "ДР" (служба проведения диверсий и актов индивидуального террора);
— Отдел "ДН" (служба дезинформации) (фактически этот отдел не был создан);
— Административно-хозяйственное и финансовое управление (АХФУ);
— Управление кадров;
— Инспекция при министре;
— Секретариат МГБ СССР;
— Юридическое бюро МГБ СССР.
Во второй половине 1946 года произошло еще несколько существенных реорганизаций некоторых структурных подразделений центрального аппарата МГБ СССР. По результатам проверки работы НКГБ — МГБ СССР, отраженных в акте приема-передачи дел от прежнего министра Меркулова новому — Абакумову, Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение П 53/39 от 20 августа 1946 г. о необходимости изменения структуры МГБ СССР. В результате были созданы:
— Отдел оперативной техники (ООТ) (изготовление опертехники и снабжение ею местных органов) (применение опертехники оставалось прерогативой отдела "Б");
— Тюремный отдел (руководство тюрьмами МГБ как в центре, так и на периферии) (организован приказом МГБ СССР № 00396 от 27 сентября 1946 г.).
— Особое совещание при министре (для вынесения внесудебных решений по следственным делам, ведущимся в МГБ). (Штат секретариата ОСО МГБ СССР был объявлен приказом МГБ СССР № 00496 от 2 ноября 1946 г.);
— Управление делами (было организовано на базе АХФУ);