При штате центрального аппарата НКВД СССР в 10000 человек подлежали эвакуации 7000 человек, и при штате центрального аппарата НКГБ СССР в 11000 человек подлежали эвакуации 7500 человек. Всего намечалось эвакуировать 33000 человек сотрудников НКВД — НКГБ СССР и членов их семей. К октябрю 1941 г. в Москве остались лишь небольшие опергруппы от каждой структурной части НКВД СССР, а в марте 1942 г. в связи с изменением обстановки на фронте почти весь центральный аппарат НКВД СССР вернулся в Москву.
После объединения НКВД и НКГБ СССР и сокращения штатов в связи с начавшейся войной численность центрального аппарата НКВД СССР к концу 1941 г. составляла около 9000 человек.
С началом военный действий два заместителя наркома ВД СССР И.И.Масленников и С.Н.Круглов убыли на фронт, а обязанности по наблюдению за работой управлений и отделов НКВД СССР были распределены следующим образом:
Л.П.Берия — нарком внутренних дел СССР — наблюдал за работой: 1 управления, Следчасти по ОВД, 2, 4, и 5 с/о, Секретариата ОСО, Контрольно-инспекторской группы, ЦФПО и Секретариата НКВД СССР;
В.Н.Меркулов — 1 зам. НКВД СССР — 2 и 3 управления, УКМК, 3 с/о, 1 отдел и Моботдел;
Б.З.Кобулов — Транспортное и экономическое управления и 6 с/о;
В.С.Абакумов — Управление особых отделов (УОО);
И.А.Серов — ГУМ, ГУПО, ГУМПВО, 1 с/о, тюремное управление, УПВИ, Штаб истребительных батальонов и УГА;
А.Н.Аполлонов (и.о. начальника войск НКВД, а с 12 марта 1942 г. зам. НКВД СССР по войскам) — все войсковые управления;
В.В.Чернышов — ГУЛАГ, ГУЛЖДС, УЛЛП, УМТС, ХОЗУ, Отдел ж.д. и водных перевозок;
Л.Б.Сафразьян — ГУАС, ГУШОСДОР, Главгидрострой;
А.П.Завенягин — ГУЛГМП, Главпромстрой, Управление лагерей по строительству Куйбышевских заводов и Дальстрой;
Б.П.Обручников — отдел кадров.
В августе — декабре 1941 г. произошли следующие изменения в структуре Центрального аппарата НКВД СССР:
23 августа для руководства возложенным на НКВД строительством оборонительных сооружений было образовано Главное управление оборонительных работ (ГУОБР) НКВД СССР. Его начальником был назначен К.А.Павлов, но в составе НКВД СССР этот главк был недолго и уже 15 октября 1941 г. он был передан в состав НКО СССР;
26 августа Управление конвойных войск НКВД СССР и Управление войск НКВД СССР по охране ж.д. сооружений и особо важных предприятий промышленности были реорганизованы в Отдел конвойной службы ГУВВ НКВД СССР, в Отдел службы по охране ж.д. объектов ГУВВ НКВД СССР и в Отдел службы по охране промышленных объектов ГУВВ НКВД СССР;
28 августа в связи с массовым переселением немцев Поволжья был образован Отдел спецпереселений (ОСП) НКВД СССР. Его начальником был назначен И.В.Иванов ОСП НКВД СССР, как самостоятельный отдел центрального аппарата НКВД СССР, просуществовал недолго и 14 ноября 1942 г. он был упразднен, а его функции были переданы в Отдел трудовых и спецпоселений ГУЛАГа НКВД СССР;
5 сентября был образован 7 с/о НКВД СССР (по чекистскому обслуживанию производства минометного вооружения). Начальником 7 с/о НКВД СССР был назначен (по совместительству) начальник ЭКУ НКВД СССР П.Я.Мешик, а 10 ноября начальником 7 с/о НКВД СССР был назначен И.Н.Ткаченко. 14 ноября 1942 г. 7 с/о НКВД СССР был упразднен;
30 сентября на базе Отдела по борьбе с бандитизмом ГУМ НКВД СССР был создан Отдел по борьбе с бандитизмом (ОБЕ) НКВД СССР. Его начальником был назначен С.А.Клепов.
В директиве СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 г. "О мобилизации всех сил и средств на разгром фашистских захватчиков", в выступлении И.В.Сталина по радио 3 июля 1941 г. и в постановлении ЦК ВКП(б) от 18 июля 1941 года "Об организации борьбы в тылу германских войск" говорилось о создании в тылу противника невыносимых условий для врага и всех его пособников, о создании партизанских отрядов и диверсионных групп для борьбы с частями вражеской армии, для взрыва мостов, дорог, порчи телефонной и телеграфной связи, поджогов лесов, складов и обозов. Во исполнение этих указаний для руководства разведывательно-диверсионными группами НКВД, действующими в тылу противника, 3 октября 1941 г. в составе НКВД СССР был организован 2 отдел (начальник — старший майор гб П.А.Судоплатов. Ранее он с 5 июля 1941 г. возглавлял Особую группу при наркоме ВД с теми же задачами).
24 октября 1941 г. Главгидрострой НКВД СССР был расформирован, а в составе Главпромстроя (ГУЛПС) НКВД СССР был создан Отдел гидротехнических работ при штате сотрудников в 35 человек. Бывший начальник Главгидростроя НКВД СССР Я.Д.Рапопорт был назначен заместителем начальника ГУЛПС НКВД СССР, а начальником Отдела гидротехнических работ ГУЛПС НКВД СССР был назначен бывший зам. начальника Главгидростроя НКВД СССР С.Я.Жук.
Приказом НКВД СССР № 001702 от 19 ноября 1941 г. Моботдел НКВД СССР был упразднен.
Приказом НКВД СССР № 001613 от 21 ноября 1941 г. было объявлено постановление ГКО № 903сс от 17 ноября 1941 г. о предоставлении Особому совещанию НКВД СССР права выносить меры наказания по возникающим в органах НКВД делам о контрреволюционных преступлениях и особо опасных преступлениях против порядка управления СССР вплоть до расстрела. Указанное постановление ГКО не было отменено вплоть до 1 сентября 1953 г., когда указом ПВС СССР Особое совещание МВД СССР было упразднено.
Интересно отметить, что центральный аппарат НКВД СССР в 1941 г. обслуживали 682 автомашины, из них 52 грузовые и 12 спецмашин (автозаки) 1 с/о НКВД СССР, которые размещались на трех автобазах Автотехнического отдела ХОЗУ НКВД СССР: автобаза № 1 (легковая) — Варсанофьевский переулок, дом 9; автобаза № 2 (легковая) — Сущевский вал, 33; автобаза № 3 (грузовая) — улица Зоологическая, 26.
Наркома внутренних дел СССР Л.П.Берия обслуживали два "Кадиллака" и "Бьюик", первого заместителя НКВД СССР В.Н.Меркулова обслуживали два "Бьюика" и "Додж". Парк легковых автомобилей состоял также из автомобилей таких марок, как: "Паккард", "Мерседес", "Гудзон", "Линкольн", "Форд", "Шевроле", "Крейслер", "Шкода", а также из отечественных: ЗИС-101 и М-1.
В 1941 г. основные управления и отделы центрального аппарата НКВД СССР размещались на улице Дзержинского в доме № 2, а также: ГУЛАГ и другие лагерные управления размещались в доме № 3 по улице Кирова, на улице Дзержинского в домах № № 12 и 13 и на Покровском бульваре в доме № 14; ГУ АС размещался на улице Куйбышева в доме № 8; Главное управление милиции размещалось на улице Чкалова в домах №№ 30 и 36, в доме № 5/12 по Фуркасовскому переулку, в доме № 25 на Садово-Сухаревской улице и в доме № 242 по Ленинградскому шоссе. Главное архивное управление размещалось в доме № 17 по Большой Пироговской улице.
Отметим также, что центральный аппарат НКВД СССР в 1941 г. обслуживали следующие тюрьмы центрального подчинения, расположенные в городе Москве:
Внутренняя тюрьма НКВД СССР (емкость — 570 мест, штат — 308 сотрудников, начальник тюрьмы — капитан гб А.Н.Миронов);
Бутырская тюрьма НКВД СССР (емкость — 3500 мест, штат — 1184 сотрудника, начальник тюрьмы — майор гб А.Л.Пустынский);
Лефортовская тюрьма НКВД СССР (емкость — 625 мест, штат — 315 сотрудников, начальник тюрьмы — капитан гб И.Ф.Ивашко);
Сухановская тюрьма НКВД СССР (емкость — 225 мест, штат — 161 сотрудник, начальник тюрьмы — лейтенант гб Г.Е.Ионов).
Совместным приказом НКВД и НК ВМФ СССР 11 января 1942 г. 3 управление НК ВМФ было преобразовано в отдел морской контрразведки в составе УОО НКВД СССР.
Приказом НКВД СССР от 18 января 1942 г. на основе 2 отдела было образовано 4 управление НКВД СССР (разведка, террор и диверсии в тылу противника). Начальником управления был назначен старший майор гб П.А.Судоплатов, заместителями — старший майор гб Н.Д.Мельников и майор гб В.А.Какучая, приказом НКВД СССР от 20 августа 1942 г. заместителем начальника 4 управления был назначен старший майор гб Н.И.Эйтингон.
Приказом НКВД СССР № 00150 от 19 января 1942 г. ГУВВ НКВД СССР было расформировано и созданы:
Управление войск НКВД по охране железных дорог (начальник управления генерал-майор А.П.Курлыкин);
Управление войск НКВД по охране особо важных предприятий промышленности (начальник управления — генерал-майор И.С.Любый);
Управление конвойных войск (начальник управления — генерал-майор М.С.Кривенко){2}.
Постановлением СНК СССР от 11 марта 1942 г. генерал-майор А.Н.Аполлонов был назначен заместителем НКВД СССР по войскам.
Приказом НКВД СССР № 00852 от 28 апреля 1942 г.{3} было образовано ГУВВ НКВД СССР и в его составе — Управление войск по охране тыла действующей Красной Армии. Начальником ГУВВ НКВД СССР был назначен генерал-майор И.С.Шередега, а начальником Управления войск НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии — старший майор гб А.М.Леонтьев.
Приказом НКВД СССР № 0373 от 18 сентября 1942 г. Центральный финансово-плановый отдел НКВД СССР был разделен на два отдела: Центральный финансовый отдел НКВД СССР и Плановый отдел НКВД СССР. Начальником ЦФО НКВД СССР был назначен Л.И.Берензон, начальником Планового отдела НКВД СССР — Б.С.Вайнштейн. Штат ЦФО НКВД СССР — 90 человек, штат Планового отдела НКВД СССР — 28 человек.