Постановлением СНК СССР № 245 от 28 февраля 1939 г. заместителями наркома внутренних дел СССР были назначены: комбриг И.И.Масленников (по войскам); майор гб С.Н.Круглов (по кадрам).
8 марта 1939 г. ГУПВВ НКВД СССР было разделено на шесть главных управлений:
Главное управление погранвойск (ГУПВ) НКВД) СССР (начальник — Г.Г.Соколов);
Главное управление войск НКВД СССР по охране ж.д. сооружений (А.И.Гульев);
Главное управление войск НКВД СССР по охране особо важных предприятий промышленности (Е.В.Козик);
Главное управление конвойных войск НКВД СССР (В.М.Шарапов);
Главное управление военного снабжения (ГУВС) НКВД СССР (А.А.Вургафт);
Главное военно-строительное управление войск (ГВСУ) НКВД СССР (И.С.Любый).
Общее руководство образованными главными управлениями было возложено на заместителя наркома ВД СССР по войскам И.И.Масленникова.
20 апреля 1939 г. был сформирован Мобилизационный отдел (Моботдел) НКВД СССР. Его начальником был назначен майор гб И.С.Шередега.
Приказом НКВД СССР № 363 от 19 июня 1939 г. при наркоме внутренних дел СССР была организована Контрольно-инспекторская группа. Этим же приказом руководителем этой группы был назначен заместитель начальника Секретариата НКВД СССР капитан гб Н.С.Сазыкин (по совместительству).
20 июня 1939 г. был организован 5 спецотдел (Гохран) НКВД СССР. Его начальником был назначен старший лейтенант гб В.Н.Владимиров.
22 июня 1939 г. был организован Отдел железнодорожных и водных перевозок НКВД СССР. (Начальник — капитан гб С.И.Зикеев).
5 августа 1939 г. была образована Следчасть ГТУ НКВД СССР. Начальником Следчасти и заместителем начальника ГТУ НКВД СССР был назначен майор гб Н.И.Синегубов.
Приказом НКВД СССР № 0253 от 9 августа 1939 г. Переселенческий отдел НКВД СССР был расформирован.
4 сентября 1939 г. Следчасть НКВД СССР была расформирована, а на основе ее аппарата были организованы:
Следчасть ГУГБ НКВД СССР во главе с майором гб В.Т.Сергиенко;
Следчасть ГЭУ НКВД СССР во главе с майором гб П.Я.Мешиком.
В.Т.Сергиенко стал также заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР (до него начальником Следчасти НКВД СССР и заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР был Б.З.Кобулов.
19 сентября 1939 г. было образовано Управление НКВД СССР по военнопленным и интернированным (УПВИ НКВД СССР). Начальником этого управления был назначен майор П.К.Сопруненко.
На 1 января 1940 г. структура центрального аппарата НКВД СССР была следующей:
Руководство НКВД СССР (5 человек: Берия, Меркулов, Масленников, Чернышов, Круглов);
Секретариат НКВД СССР (200 человек, начальник С.С.Мамулов);
Секретариат ОСО при НКВД СССР (В.В.Иванов);
Особое техническое бюро (ОТБ) при НКВД СССР (72 человека, начальник — В.А.Кравченко);
Особое бюро при НКВД СССР (42 человека, — П.А.Шария);
Контрольно-инспекторская группа при НКВД СССР (10 человек, — Н.И.Павлов;
Особоуполномоченный НКВД СССР (70 человек, — А.Г.Стефанов);
Секретариат 1-го заместителя НКВД СССР по ГУГБ Меркулова;
Контрольно-инспекторская группа при заместителе НКВД СССР (М.Д.Балябин);
Секретариат заместителя НКВД СССР В.В.Чернышева;
Отделение по организованному набору рабочей силы при заместителе НКВД СССР (3 человека);
Инспекция по котлонадзору при НКВД СССР (10 человек, — Н.П.Стружков);
Постоянная техническая комиссия при НКВД СССР;
Сектор капитальных работ при НКВД СССР (10 человек, — Б.С.Вайнштейн);
Отдел ж.д. и водных перевозок НКВД СССР (15 человек, — С.И.Зикеев);
Сектор ширпотреба НКВД СССР (14 человек, — М.М.Митюшин);
ГУГБ НКВД СССР (1484 человека, — В.Н.Меркулов):
1 отдел (охрана правительства) — (Н.С.Власик);
2 отдел (СПО) (233 человека, — П.В.Федотов);
3 отдел (КРО) (247 человек, — Т.Н.Корниенко);
4 отдел (00) (394 человека, — В.М.Бочков);
5 отдел (ИНО) (225 человек, — П.М.Фитин);
7 отдел (шифровальный) (230 человек, — А.И.Копытцев);
Следчасть ГУГБ (155 человек, — В.Т.Сергиенко).
ГЭУ (629 человек — Б.З.Кобулов):
1 отдел (промышленность) — (Г.П.Андреев);
2 отдел (оборонная промышленность);
3 отдел (сельское хозяйство);
4 отдел (Гознак и аффинажные заводы) — (Г.ПАндреев по совместительству);
5 отдел (авиационная промышленность) — (А.В.Шахов);
6 отдел (топливная промышленность);
Следчасть ГЭУ — (П.Я.Мешик).
ГТУ (496 человек, — С.Р.Мильштейн):
1 отдел (ж.д. транспорт) — (Л.С.Буянов);
2 отдел (водный транспорт) — (Д.Г.Карягин);
3 отдел (связь, шосдорстрой, гражданский воздушный флот) — (И.С.Белов);
Следчасть ГТУ — (Н.И.Синегубов).
1 спецотдел (1 с/о (учетно-статистический) (358 человек, — Л.Ф.Баштаков);
2 с/о (опертехника) (621 человек, — Е.П.Лапшин);
3 с/о (обыски, аресты, наружное наблюдение) (147 человек, — Д.Н.Шадрин);
4 с/о (лаборатории) (61 человек, — М.П.Филимонов);
5 с/о (Гознак, Гохран) (18 человек, — В.Н.Владимиров);
Моботдел (31 человек, — И.С.Шередега);
Отдел кадров (362 человека, — С.Н.Круглов);
Главное тюремное управление (225 человек, — АТ.Галкин);
ЦФПО (165 человек, — Л.И.Берензон);
АХУ (4088 человек, — Ю.Д.Сумбатов-Топуридзе);
ГАУ (233 человека, — И.И.Никитинский);
ГУПО (250 человек, — Н.А.Истомин);
ГУРКМ (1043 человека, П.Н.Зуев);
ГУЛАГ (2040 человек, — В.В.Чернышев);
ГУШОСДОР (920 человек, — В.Т.Федоров);
ЦОАГС — (Ф.М.Солодов);
УКМК (1466 человек, — Н.К.Спиридонов);
ГУПВ (552 человека, — Г.Г.Соколов);
Главное управление войск НКВД по охране ж.д. сооружений (180 человек, — А.И.Гульев);
Главное управление конвойных войск НКВД (137 человек, — В.М.Шарапов);
Главное управление войск НКВД по охране промпредприятий (141 человек, — Е.В.Козик);
ГУВС (761 человек, — ААВургафт);
ГВСУ (134 человека, — И.С.Любый);
УПВИ (56 человек, — П.К.Сопруненко);
Центральный совет спортивного общества "Динамо" (126 человек);
Московское управление Дальстроя (117 человек);
Центральный клуб сотрудников НКВД СССР (158 человек, — Е.В.Шалыт).
Всего на 1 января 1940 г. по центральному аппарату по штатам числилось 32642 человека.
В 1940 году произошли следующие изменения в структуре НКВД СССР:
4 января 1940 г. на базе Отдела ж.д. строительства ГУЛАГа и Управления ж.д. строительства на Дальнем Востоке было образовано Главное управление лагерей ж.д. строительства (ГУЛЖДС) НКВД СССР. Его начальником был назначен НАФренкель.
Приказом НКВД СССР № 001013 от 17 августа 1940 г. в составе НКВД СССР было сформировано Главное управление политпропаганды войск НКВД СССР. Начальником этого главка был назначен дивизионный комиссар П.Н.Мироненко.
28 августа 1940 г. для руководства строительством авиационных заводов в Куйбышевской области было образовано Управление особого строительства (Особстрой) НКВД СССР во главе с заместителем начальника ГУЛАГа НКВД СССР А.П.Лепиловым.
13 сентября 1940 г. на базе Гидротехнического отдела ГУЛАГа было образовано Главное управление гидротехнического строительства (Главгидрострой) НКВД СССР во главе с Я.Д.Рапопортом.
29 октября 1940 г. в составе НКВД СССР было организовано Главное управление местной противовоздушной обороны (ГУМПВО) НКВД СССР во главе с В.В.Осокиным.
НКВД — НКГБ СССР
февраль 1941 г. — июль 1941 г
Указом ПВС СССР от 3 февраля 1941 г. НКВД СССР был разделен на два наркомата: НКВД СССР и НКГБ СССР наркомом внутренних дел СССР был назначен Л.П.Берия, а наркомом государственной безопасности СССР — В.Н.Меркулов.
3 февраля 1941 г. Л.П.Берия был также назначен заместителем председателя СНК СССР по совместительству, где ему поручили курировать работу НКВД, НКГБ, НКлеспрома, НКцветмета, НКнефтепрома, и НКречфлота.
Структура образованного НКГБ СССР быта следующей:
Руководство НКГБ СССР:
В.Н.Меркулов — нарком государственной безопасности СССР;
И.А.Серов — 1 зам. НКГБ СССР;
Б.З.Кобулов — зам. НКГБ СССР;
М.В.Грибов — зам. НКГБ СССР по кадрам.
1 управление (разведка за границей) — (П.М.Фитин);
2 управление (контрразведка) — (П.В.Федотов);
3 управление (секретно-политическое) — (С.Р.Мильштейн);
Следчасть (на правах управления) — (Л.Е.Влодзимирский);
УКМК — (Н.К.Спиридонов);
1 отдел (охрана правительства) — (Н.С.Власик);
2 отдел (учетно-статистический) — (Л.Ф.Баштаков);
3 отдел (обыски, аресты, наружное наблюдение) — (Д.Н.Шадрин);
4 отдел (опертехники) — (Е.П.Лапшин);
5 отдел (шифровальный) — (А.И.Копытцев);
Отдел кадров — (М.В.Грибов);
Административно-хозяйственный и финансовый отдел (АХФО) — (А.М.Давыдов);
Секретариат НКГБ СССР — (В.А Голованов).
Тогда же в феврале 1941 года Особый отдел ГУГБ НКВД СССР был расформирован, а вместо него были созданы: 3 управление Наркомата обороны (НКО) СССР и Наркомата военно-морского флота (НК ВМФ) и 3 отдел НКВД СССР (по оперативной работе в войсках НКВД), куда и были переданы функции бывшего Особого отдела бывшего ГУГБ НКВД СССР. Начальником 3 отдела НКВД СССР был назначен А.М.Белянов. Начальником 3 управления НКО СССР стал бывший начальник ОО ГУГБ НКВД СССР А.И.Михеев, начальником 3 управления НК ВМФ был назначен бывший начальник 10 отделения ОО ГУГБ НКВД СССР Петров А.И.
