К концу марта в центральном аппарате НКВД завершили разработку плана по вывозу поляков из лагерей и тюрем к местам казни. Заключённых из всех украинских тюрем вывозили на расстрел в Киев, Харьков и Херсон, из беларуских — в Минск. Для уничтожения заключенных Осташковского лагеря была приготовлена Калининская тюрьма, заранее освобождённая от других заключённых. Одновременно недалеко от Калинина, в районе поселка Медное, экскаваторы вырыли несколько огромных ям.
С начала апреля поляков начали вывозить на расстрел эшелонами по 350 - 400 человек. Непосредственно в Катыни расстрел осуществлялся следующим образом: обреченных людей связывали (иногда также накидывали на голову шинель) и подводили ко рву, после чего стреляли из пистолета им в затылок. В Харькове и Калинине расстрелы производились в тюрьмах. Использовались в основном пистолеты «Вальтер» и «Браунинг» под патрон «Браунинг» калибра 7,65 мм (немецкое происхождение патронов послужило потом предметом для многочисленных спекуляций советских сочинителей). Казни продолжались с начала апреля до середины мая 1940 года в рамках «Операции по разгрузке лагерей».
Вопрос о «пропавших» офицерах
Осенью 1941 - весной 1942 года польские официальные лица неоднократно обращались к советским властям с запросами о судьбе тысяч «пленных» офицеров. Советская сторона отвечала, что сведений о них нет. 3 декабря 1941 года, на личной встрече в Кремле с польским премьер-министром генералом Владиславом Сикорским и генералом Андерсом, Сталин соврал, что эти офицеры, возможно, сбежали в Маньчжурию.
Андерс, ставший руководителем польской армии, формировавшейся на территории СССР, предпринимал все возможное, чтобы отыскать «пропавших» офицеров, и даже командировал с этой целью одного из своих подчиненных, графа Юзефа Чапского (сидевшего ранее в Старобельском лагере). Позже он вспоминал в своих мемуарах:
«Меня все более грызла тревога. Со стороны советских властей — молчание или уклончивые формальные ответы. А тем временем появились страшные слухи о судьбе пропавших. Что их вывезли на северные острова за Полярным кругом, что их утопили в Белом море и т.п.. Фактом было то, что ни об одном из 15.000 пропавших пленных не было с весны 1940 года никаких известий и никого из них, буквально — ни одного, не удалось отыскать. Только весной 1943 года открылась миру страшная тайна, мир услышал слово, от которого до сих пор веет ужасом: Катынь».
13 апреля 1943 года германское радио официально сообщило об обнаружении в Катыни под Смоленском захоронений польских офицеров, расстрелянных советскими властями. По распоряжению немецких властей установленные фамилии казненных стали зачитывать через громкоговорители на улицах и площадях оккупированных польских городов. Уже 15 апреля 1943 года последовало официальное опровержение Совинформбюро, согласно которому польские военнопленные летом 1941 года были заняты на строительных работах западнее Смоленска, попали в руки немцев и были расстреляны ими.
С конца марта по начало июня 1943 года германская сторона при участии Технической комиссии Польского Красною Креста провела эксгумацию в Катыни. Были извлечены останки 4243 польских офицеров, по обнаруженным личным документам установлены имена и фамилии 2730 из них. Трупы были перезахоронены в братские могилы рядом с первоначальными захоронениями, а результаты эксгумации летом того же года опубликованы в Берлине и книге «Amtliches Material zum Massenmord von Katyn». Найденные на трупах документы и предметы немцы передали для детального изучения в Институт судебной медицины и криминалистики в Кракове.
25 сентября 1943 года Красная Армия вошла в Смоленск. Только 12 января 1944 года была создана советская «Специальная комиссия по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров», председателем которой назначили академика Н.Н. Бурденко. Но уже с октября 1943 года специально откомандированные работники НКВД-НКГБ готовили фальсифицированные «доказательства» ответственности германских властен за расстрел польских офицеров под Смоленском. Согласно официальному сообщению, советская эксгумация в Катыни производилась с 16 по 26 января 1944 года по указанию «комиссии Бурденко». Из вторичных могил, оставшихся после немецкой эксгумации, и одной первичной могилы, которую немцы не успели исследовать, были извлечены останки 1380 человек, по найденным документам комиссия установила личные данные 22 человек.
26 января 1944 года газета «Известия» опубликовала официальное сообщение комиссии Бурденко, согласно которому военнопленные поляки, находившиеся летом 1941 года в трех лагерях западнее Смоленска и оставшиеся там после вторжения германских войск в Смоленск, были расстреляны немцами осенью 1941 года. Для «легализации» этой версии на мировой арене СССР попытался использовать Международный военный трибунал (МВТ), судивший в 1945 - 46 годах в Нюрнберге главных нацистских военных преступников. Однако, заслушав 1 - 3 июля 1946 года показания свидетелей защиты (представленных немецкими адвокатами) и обвинения (представленных советской стороной), ввиду очевидной неубедительности советской версии МВТ принял решение не включать катынский расстрел в свой приговор в качестве одного из преступлений нацистской Германии.
В 1951 году была создана специальная комиссия Палаты представителей Конгресса США по вопросам Катыни, под председательством Р. Дж. Мэддена. Комиссия пришла к выводу, что массовые убийства польских офицеров совершили органы НКВД, и рекомендовала вынести результаты расследования на публичное обсуждение в Организации Объединённых Наций с целью созыва Международного трибунала, однако Белый дом не поддержал эту инициативу.
3 марта 1959 года председатель КГБ при Совете Министров СССР А. Н. Шелепин направил первому секретарю ЦК КПСС Н. С. Хрущеву записку под грифом «совершенно секретно». Ее содержание подтверждало, что 14.552 пленника — офицеров, жандармов, полицейских «и т.п. лиц бывшей буржуазной Польши», а также 7305 заключенных тюрем Западной Украины и Западной Беларуси были расстреляны в 1940 году на основании решения Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 года (в том числе 4421 человек — в Катынском лесу). В записке предлагалось уничтожить все учетные дела на расстрелянных.
При этом на протяжении всех послевоенных лет Министерство иностранных дел СССР многократно предпринимало официальные демарши, лицемерно утверждая, что установлена ответственность гитлеровцев за расстрел польских военнослужащих в Катынском лесу.
Но «катынская ложь» — это не только попытки СССР навязать мировому сообществу советскую версию расстрела в Катыни. Это eщe и один из элементов внутренней политики коммунистического руководства Польши, приведенного к власти Сталиным после нового «освобождения» страны.
Другое направление этой политики заключалось в широкомасштабных преследованиях и попытках очернить бывших членов Армии Крайовой (АК) — массового антигитлеровского вооруженного подполья, подчинявшегося в годы войны польскому «лондонскому» правительству в изгнании (с которым СССР разорвал отношения в апреле 1943 года, после того как оно обратилось в Международный Красный Крест с просьбой расследовать убийство польских офицеров, чьи останки были обнаружены в Катынском лесу).
Одновременно карались любые высказывания и действия, прямо или косвенно подвергавшие сомнению советскую версию гибели пленных польских офицеров, в том числе попытки родственников установить на кладбищах или в костёлах памятные плиты с указанием 1940 года как времени смерти их родственников. Польские органы госбезопасности разыскивали свидетелей и участников немецкой эксгумации и принуждали их к заявлениям, «изобличающим» немцев как виновников расстрела.
Советский Союз признал вину только через полвека после казни пленных польских офицеров. 13 апреля 1990 года было опубликовано официальное заявление ТАСС, гласившее:
«Выявленные архивные материалы в своей совокупности позволяют сделать вывод о непосредственной ответственности за злодеяния в катынском лесу Берии, Меркулова и их подручных. Советская сторона, выражая глубокое сожаление в связи с катынской трагедией, заявляет, что она представляет одно из тяжких преступлений сталинизма».