Тогда же президент СССР Михаил Горбачев передал президенту Польши Войцеху Ярузельскому списки расстрелянных польских военнопленных и некоторые другие документы НКВД.
В том же году прокуратура Харьковской области возбудила уголовные дела: 22 марта — по факту обнаружения захоронений в лесопарковой зоне Харькова, а 20 августа — в отношении Берии, Меркулова, Сопруненко (в 1939 - 43 гг. начальника Управления НКВД СССР по делам о военнопленных и интернированных). Бережкова (начальника Старобельского лагеря военнопленных) и других сотрудников НКВД.
6 июня 1990 года прокуратура Калининской области возбудила еще одно дело — о судьбе польских военнопленных, содержавшихся в Осташковском лагере и бесследно исчезнувших в мае 1940 года. Эти дела были переданы в Главную военную прокуратуру (ГВП) СССР и 27 сентября 1990 года объединены и приняты ею к производству под № 159. ГВП образовала следственную группу во главе с А.В. Третецким.
В 1991 году следственная группа ГВП совместно с польскими специалистами провела частичные эксгумации в 6-м квартале лесопарковой зоны Харькова, на территории дачного поселка УКГБ по Тверской области в 2 км от поселка Медное и в Катынском лесу. Основным результатом этих эксгумаций стало окончательное установление в процессуальном порядке мест захоронения расстрелянных польских узников Старобельского и Осташковского лагерей военнопленных.
Через год, 14 октября 1992 года, по распоряжению президента России Б.Н. Ельцина были обнародованы и переданы Польше документы, изобличающие руководство СССР в совершении катынского преступления:
1) упомянутое выше решение Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 года о расстреле польских узников;
2) «постановочная» записка Берии к этому решению, адресованная Сталину (с собственноручными подписями членов Политбюро Сталина, Ворошилова, Молотова и Микояна, а также отметками о голосовании «за» Калинина и Кагановича);
3) записка Шелепина Хрущеву от 3 марта 1959 года и другие документы из Президентского архива.
Так стали достоянием общественности документальные доказательства того, что жертвы «катынского преступления» были казнены по политическим мотивам — как «закоренелые, неисправимые враги советской власти».
Тогда же впервые стало известно, что расстреляны были не только военнопленные, но и заключенные тюрем западных областей УССР и БССР (то есть беларусы и украинцы с «освобожденных» территорий). Решение Политбюро от 5 марта 1940 года предписывало, как уже говорилось, расстрелять 14.700 военнопленных и 11 тысяч заключенных. Из записки Шелепина Хрущеву следует, что военнопленных примерно столько и расстреляли, однако заключенных было расстреляно меньше — 7305 человек. Причина «недовыполнения» неизвестна.
25 августа 1993 года президент России Борис Ельцин со словами «Простите нас...» возложил венок к памятнику жертв Катыни на варшавском мемориальном кладбище «Повонзки».
5 мая 1994 года заместитель начальника Службы безопасности Украины генерал А. Хомич передал заместителю Генерального прокурора Польши С. Снежко поименный алфавитный список 3435 заключенных тюрем западных областей УССР с указанием номеров предписаний, которые, как было установлено в 1990 году, означали отправку на расстрел. Список, сразу же опубликованный в Польше, стал условно именоваться «украинским».
«Беларуский список» до сих пор неизвестен. Если «шелепинское» число расстрелянных заключенных верно и если обнародованный «украинский список» полон, то в «беларуском списке» должны значиться 3870 человек. Таким образом, к настоящему времени нам известны имена 17.987 жертв катынского преступления, а 3870 жертв (заключенные тюрем западных областей БССР) остаются безымянными. А ведь в этом списке должны быть не только поляки, но и западные беларусы.
Причина сокрытия «беларуского списка» властями Республики Беларусь неизвестна. «В Катыни и в других местах рядом с телами польских офицеров лежат и беларусы. Поляков мы откопали, а эти жертвы забыты», — сказал Анджей Вайда, автор потрясающего фильма «Катынь».
13 июля 1994 года руководитель следственной группы ГВП А. Ю. Яблоков (сменивший А. В. Третецкого) вынес постановление о прекращении уголовного дела на основании пункта 8 статьи 5 ПК РСФСР (за смертью виновных). При этом в постановлении Сталин, члены Политбюро ЦК ВКП(б) Молотов, Ворошилов, Микоян, Калинин и Каганович, Берия и другие руководители и сотрудники НКВД, а также исполнители расстрелов признаны виновными в совершении преступлений, предусмотренных пунктами «а», «b», «с» статьи 6 Устава Международного военного трибунала в Нюрнберге (преступления против мира, военные преступления, преступления против человечности). Именно такая квалификация Катынского дела (но по отношению к нацистам) уже была дана советской стороной в 1945 - 1946 годах при внесении его на рассмотрение МВТ.
Таким образом, Главная военная прокуратура России официально признала Политбюро и руководство НКВД УГОЛОВНЫМИ ПРЕСТУПНИКАМИ. Если бы кто-либо из них был сегодня жив, то подлежал бы расстрелу или пожизненному заключению, включая самого главного преступника — Сталина.
Однако такое юридическое решение могло вызвать бурю негодования в России, и к тому же отрицало восхваление «героев войны» в советском искусстве (кино, театре, литературе и пр.). Ведь в таком случае оказывалось, что вся московская хунта «освободителей Европы от нацизма» — уголовники. И если в отношении Берия официальные лица делали вид, что не знают о том, что Берия не реабилитирован и остается — по обвинению — агентом иностранных разведок, то называть уголовными преступниками Сталина и всех членов Политбюро казалось «скандальным».
В итоге, как считают, после личного вмешательства президента В. В. Путина, Главная военная прокуратура и Генеральная прокуратура РФ через три дня отменили постановление Яблокова, а дальнейшее расследование поручили другому прокурору.
21 сентября 2004 года ГВП РФ прекратила уголовное дело № 159 на основании пункта 4 части 1 статьи 24 Уголовно-процессуального кодекса РФ (за смертью виновных). Сообщив об этом общественности лишь через несколько месяцев, тогдашний Главный военный прокурор А. Н. Савенков на своей пресс-конференции 11 марта 2005 года объявил секретными не только большинство материалов расследования, но и само постановление о прекращении «Катынского дела». Тем самым был засекречен содержащийся в постановлении персональный состав виновных. Именно на это обстоятельство сегодня руководство Польши жалуется Путину и Медведеву: «Виновные так и не названы персонально».
Из ответа ГВП РФ на последовавший запрос общественной организации «Мемориал» видно, что виновными признаны «ряд конкретных высокопоставленных должностных лиц СССР», чьи действия квалифицированы по пункту «б» статьи 193-17 действовавшего в 1926 - 1958 годах Уголовного кодекса РСФСР (превышение власти лицом начальствующего состава РККА, имевшее тяжелые последствия при наличии особо отягчающих обстоятельств).
ГВП сообщила также, что в 36 томах уголовного дела встречаются документы, имеющие гриф «секретно» и «совершенно секретно», а в 80 томах — документы с грифом «для служебного пользования». На этом основании доступ к 116 из 183 томов закрыт (63 % материалов). Осенью 2005 года с остальными 67 томами, «не содержащими сведений, составляющих государственную тайну», были ознакомлены польские прокуроры.
Возникает вопрос: что же такого «секретного» могут содержать документы 1940 года? Совершенно ясно, что «секретного» в них не больше, чем в документах 1740 года. Так называемая «секретность» заключается только в желании скрыть от людей преступления кремлевских уголовников и палачей НКВД.
Самое поразительное даже не это: руководство Российской Федерации приносит официальные извинения за убийство поляков. Главная военная прокуратура квалифицирует это как преступление — но при том Россия отказывает в реабилитации жертв Катыни, так как не хочет создавать прецедент в выплатах компенсации жертвам сталинизма. Ведь в таком случае Россию, объявившую себя «правопреемником СССР» завалят аналогичные иски из всех бывших союзных республик и стран соцлагеря. Катынь — только «вершина айсберга», а тысячи других страшных аналогичных преступлений Кремля до сих пор скрываются под грифами «секретно» и «совершенно секретно» именно для того, чтобы «не портить имидж России» и нe платить компенсации жертвам сталинизма.