В 1124 году с помощью иоаннитских рыцарей была снята осада арабов с главного порта Иерусалимского королевства – Яффы и взят Тир, богатейший город в Восточном Средиземноморье. В 1153 году иоанниты участвовали во взятии Аскалона – важного египетского города, в 1168 году – в неудачной осаде Каира. К концу XII века в ордене иоаннитов служили более шестисот рыцарей.
После потери крестоносцами завоеванных ими земель на Востоке, в конце XIII века иоанниты перебрались на Кипр, захваченный в 1191 году отрядами английского короля Ричарда Львиное Сердце и проданный тамплиерам. Храмовники перепродали остров королю Иерусалимского королевства Ги де Лузиньяну. Иоанниты построили замки в Никосии, Колосси, в Лимиссо двадцать лет была резиденция ордена.
В начале XIV века орден иоаннитов почти четыре года воевал с Византией за остров Родос, расположенный у берегов Малой Азии. В 1310 году на Родос иоанниты перенесли резиденцию ордена и стали называться «сувереном Родоса», что было утверждено папой Климентом V. Иоанниты стали называться Родосскими рыцарями. В 1312 году, после разгрома ордена тамплиеров, большая часть его имущества и недвижимости в соответствии с буллой римского папы Климента V перешла к Родосским рыцарям – только в Европе Иоаннитский орден тогда имел 656 командорств, в каждом из которых обязательно был организован госпиталь.
Именно на Родосе окончательно сформировался устав ордена и сложилась иерархическая структура ордена иоаннитов. Великий магистр, избираемый пожизненно рыцарями-выборщиками, провоевавшими не менее трех лет и не менее тринадцати лет служившие ордену, совместно с восемью столпами – начальниками «языков» Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии, руководил Советом и Священным Капитулом ордена. Великий Госпитальер – столп Франции – считался первым заместителем Великого магистра, Казначеем был столп Прованса, Интендантом – столп Арагона, Великий Канцлер – столп Кастилии – являлся министром иностранных дел и хранителем документов, Великий Маршал – столп Оверни – командовал орденской пехотой, столп Англии – кавалерией, Великий Бальи – столп Германии – отвечал за крепости и замки. В XV веке в ордене была введена должность Главного санитара – инфермерария, считавшаяся одной из самых главных.
На Родосе иоаннитские рыцари создали великолепный военный флот, переняв лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На галере находились несколько рыцарей, 200 солдат. Иоанниты применяли знаменитый «греческий огонь». Самый большой корабль иоаннитов, построенный в XV веке – «Святая Анна» – по праву считался первым броненосцем. Иоанниты боролись с мамелюками, совершали рейды на сирийское и ливанское побережье.
В 1310 году флот Родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в 150 километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского государства, образованного в 1299 году Осман-беем и Орхан-беем. Через 8 лет у острова Хиос рыцари рассеяли 80 турецких судов. В 1320 году 30 рыцарских кораблей отбросили 80 турецких судов, попытавшихся высадить на Родосе десант. В 1347 году флот иоаннитов разгромил в сражении при острове Имроз турецкий флот из 100 судов. В 1365 году иоанниты в союзе с войсками кипрского правителя Пьера де Лузиньяна участвовали в разгроме египетского флота и взятии Александрии. Иоанниты совершали рейды на города Леванта, Малой Азии, Египта, постоянно увеличивая свою военную мощь.
В 1440 году рыцари отбросили от Родоса десант египетского султана, потери иоаннитов к египтянам соотносились как один к десяти. В 1444 году рыцари снова отбились от египтян после полуторамесячной осады, отбросив их двадцатитысячную армию. Дело кончилось в 1448 году подписанием мирного договора Родоса и Египта.
В 1453 году войска турецкого султана Мехмеда II уничтожили Византию. Султан объявил войну Ордену иоаннитов и поклялся разорить Родос. В середине XV века Родосские рыцари, готовясь к турецкому нашествию, укрепили Родос – были выкопаны рвы и построена стометровая стена со стороны моря высотой до десяти метров. В мае 1480 года семидесятитысячная турецкая армия попыталась взять Родос. Остров со всех концов света прибыли защищать более шестисот рыцарей всех восьми «языков» ордена. В бою за центральный пункт обороны Родосской крепости – форт Сент-Николас – в сражении в проломе стены рыцари отбросили турок. Сам великий магистр в бою получил пять ран. Родосские рыцари стали посылать брандеры, зажигавшие турецкие суда. В августе 1480 года турки ушли с Родоса, превратив весь остров, кроме крепости, в груду развалин. В историю вошли слова великого магистра Филиппа д’Обюссона, сказанные в проеме стены: «Лучше умрем здесь, чем отступим. Можем ли мы когда славнее за веру умереть?» При осаде погибло более десяти тысяч турок.
Новое нападение турок на Родос произошло в 1522 году – весной огромная армия турок под командованием султана Сулеймана Великолепного на четырехстах кораблях высадилась на Родос. 200 000 турок до октября штурмовали крепость, которую защищали триста рыцарей и восемь тысяч пехотинцев. 20 декабря Родос капитулировал на почетных условиях. Турецкая армия при осаде потеряла каждого второго. 180 рыцарей и почти 5 000 родосцев 1 января 1523 года уплыли с Родоса, увезли с собой знамена, пушки, оружие, иконы, мощи, священные сосуды, орденский архив. Император Священной Римской империи Крал V, узнав о турецком нашествии на иоаннитов, сказал: «Ни одна битва не была проиграна так достойно, как битва за Родос». Впоследствии на могиле защитника Родоса великого магистра Вилье де л’Илль – Адама высекли надпись: «Здесь покоится Доблесть – победительница счастья».
24 марта 1530 года император Карл V подписал указ, по которому острова Мальта, Гоццо и Комино, а также стратегический город Триполи на северном побережье Африки передавался Ордену иоаннитов в виде дворянского свободного лена – feudum perpetuum, nobile, liberum, fransum. Лен условно подчинялся вице-королю Сицилии. 25 апреля 1530 года грамоту утвердил римский папа. Верховная власть иоаннитов на Мальте была признана всеми христианскими странами, поддерживавшими с орденом дипломатические отношения.
По договору иоаннитские рыцари должны были охранять от постоянных набегов тунисских пиратов южное побережье Франции и Италии. Орден стал именовать себя «сувереном Мальты». Великий магистр на Мальте имел титул: «Преимущественное Величество». Он являлся правящим государем, ему подчинялись все восемь «языков» – наций. Язык ордена составляли кавалеры Большого Креста, командоры и простые рыцари одного государства, образовывавшие великое приорство того же государства. Каждое приорство было разделено на бальи, или судебные округа, также состоящие из командорств. Судьи – бальи делились на бальи капитулярные, монастырские и по милости. В каждом орденском приорстве была своя казна, деньги в которую собирались в сборных пунктах, располагавшихся на торговых путях, и направлялись в резиденцию ордена.
Флот иоаннитов три раза в год выходил в крейсерское плавание в открытое море из Большой Мальтийской гавани, обычно закрытой железной цепью. Борьба рыцарей с пиратами принесла рыцарскому флоту европейскую славу. Рыцари освобождали тысячи христианских пленников, захватывали сотни пушек и галер. В 1547 и 1551 годах турецкий десант пытался высадиться на Мальте, но был сброшен в море. У входа в гавань Мальты рыцари выстроили форты Сент-Эльмо и Сан-Анжело, форт Сан-Микаэль. Триполи большая турецкая армия все-таки взяла, и его отбить не удалось.
В августе 1557 года великим магистром ордена иоаннитов стал гасконец Жан Паризо де ла Валетт, в тридцатилетнем возрасте участвовавший в защите Родоса от армии турецкого султана Сулеймана.
18 мая 1565 года тридцатитысячная турецкая армия, состоявшая только из янычар, под командованием сераскера Мустафы-паши, штурмовавшего Родос в 1522 году, высадилась на Мальте. У великого магистра было 600 орденских рыцарей и 7 000 солдат. Чуть позже из Сицилии удалось перебросить на Мальту около пятидесяти рыцарей и тысячу испанских аркебузиров.
Форт Сет-Эльмо защищали 120 рыцарей и рота испанцев – турецкий штурм Мальты начался с него. За месяц боев, в которых погиб почти весь гарнизон, сократив янычар на 10 000.
15 июля 1565 года ожесточенный штурм выдержала Бирга. Тысяча янычар на десяти кораблях попробовала обойти Биргу через южную сторону форта Сан-Анжело, но попала под убийственный огонь засадной батареи, первый же залп которой отправил на дно девять судов и восемьсот янычар.
До 7 августа продолжался непрерывный обстрел крепости Бирги, и штурм, произошедший в этот день, закончился бы её взятием, если бы отряд, направленный Ла Валеттом, не разгромил лагерь турок, которые вернулись его отбивать. 18 августа еще один турецкий штурм был отбит благодаря изумительному мужеству отчаянно рубившихся рыцарей по главе с раненым Ла Валеттом.
