В Боярской Думе и Государевом дворе шла непрекращающаяся борьба за чины, титулы, должности. Этому способствовало то, что дума действовала по воле государя, не имея самостоятельной компетенции. Заседания Боярской Думы времен Ивана III проходили почти ежедневно. Бояре съезжались к князю с рассветом и заседали до вечера. Некоторые проблемы государь решал без участия думы, некоторые дума решала без него, но по его поручению, с последующим утверждением. При Иване III действовал и совет из наиболее близких к царю людей, называемый Ближней думой. Она не имела постоянного состава и часто называлась Комнатной или Тайной думой. Ее члены могли и не иметь думного чина. Решения Ближней думы не имели законодательной силы, но именно на ней обсуждались многие дела, прежде чем поступить на рассмотрение Боярской Думы, число членов которой в 1505 году — году смерти Ивана III — составляло двенадцать человек, пятеро бояр и семеро окольничих.
В январе 1547 года семнадцатилетний Иван IV принял титул царя и начал править Московским государством — как учили. Боярское правление в годы безотцовщины наложило отпечаток на его характер и образ жизни. Ближняя дума стала «Избранной радой», неофициальным царским советом, состоявшим из А. Адашева, А. Сильвестра, князей Курбского и Курлятева. Старую систему управления государством — Государев двор с путными и введенными боярами — сменила приказная система.
Приказы, от слова «приказ» — поручение, зародились из даваемых боярам государевых поручений. Непосредственно поручения царя стали пополнять грамотные чиновники, дьяки. Первыми дьяками стали церковные служители, почти единственные образованные люди в государстве. Сначала при царе находились два дьяка, потом их стало семеро. Поручения царя стали постоянными, появились должности казначея и печатника.
С увеличением объема работы дьякам «для письма» придавались чиновники поменьше, подьячие, которые работали в особом помещении, «избе» — канцелярии. Вскоре «избы» стали постоянно действующими государственными органами — приказами. Дьяки — государевы, дворцовые, боярские, монастырские, городские — стали чиновниками правительственной администрации. Они образовали аппарат Боярской Думы, выполняли финансовые, дипломатические, военные поручения. По этому отраслевому принципу стали создаваться государственные органы — функциональные, а не территориальные. В противовес родовитому боярству, на дела которого Иван IV досыта насмотрелся в детстве, царь активно создавал дьяческое сословие, служившее лично ему.
Дьяки постепенно набирали силу, становились дворянами, получали поместья, дослуживались до чина окольничего и даже боярина. Многие дворяне, которые не могли выдвинуться в толчее князей и бояр, шли служить в приказы. Уже при Иване IV была создана наследственная приказная бюрократия, обязанная своим возвышением царю и тесно связанная между собой. Образованные люди, видя, как управляется государство родовитыми боярами, захотели сделать это лучше. За свою работу они захотели и чины, и поместья, и вотчины. Их деятельность можно было использовать на благо государства, давая чины и земли за заслуги. Дьяков можно было использовать и просто как «пушечное мясо» в борьбе за самодержавную власть. Однако «пушечное мясо» быстро научилось стрелять само. Именно деятельность приказных людей начала определять ход российской истории и ее лицо.
Первым приказом, упомянутом в российских источниках, стала Казна, во главе с казначеем и печатником, хранителем «большой государственной печати». Казенный приказ ведал дипломатическими отношениями, поместными, ямскими, холопьими делами. Почти сразу у казначея и печатника появились помощники — поместный, ямской и посольский дьяки. В Боярской Думе была создана Посольская изба. Позже были образованы Поместный, Ямской и Холопий приказы, которые создавались по решению царя и Боярской Думы: «царь указал, а бояре приговорили». В 1549 году Посольская изба была преобразована в приказ.
Для решения тех или иных проблем при Боярской Думе создавались особые комиссии, важнейшие из которых были преобразованы в приказы. Появились Разрядный и Разбойный приказы. Приказ большого прихода ведал сбором налогов и таможенных пошлин.
Все приказы имели свои помещения и штат. Их руководство было коллегиальным. Стоявшие во главе приказов лица назывались судьями, теми, кто имел право принимать решения. Приказным делопроизводством и даже самими приказами часто вместе с боярами руководили дьяки. Непосредственно канцелярскими делами занимались подьячие, делившиеся на старших, средней руки и младших. Дьяки и подьячие получали денежное, хлебное, а иногда и поместное жалованье. Старшие подьячие вместе с дьяками руководили составлением документов. Средние подьячие готовили тексты, наводили справки в архиве приказа. Младшие подьячие осуществляли техническую работу по переписке документов набело. В провинциальных таможенных, земских, губных избах подьячие сами вели делопроизводство. «Площадные подьячие» исполняли обязанности современных нотариусов и адвокатов. В приказе могли работать от пяти до пятисот человек. Труд тысяч приказных служащих плохо или вообще не оплачивался и они жили за счет приношений просителей. Злоупотреблениям не было конца. Для контроля за деятельностью приказов и выполнением секретных поручений царя был создан Приказ тайных дел, в штате которого были один тайный дьяк и семь подьячих. Создание Приказа тайных дел не помогло. Деятельность приказов называли «московской волокитой», говоря, что «прежняя правда в небеса улетела, а московская кривда поселилась».
Были созданы десятки приказов. Наряду с отраслевыми были созданы и территориальные приказы, ведавшие определенными областями государства. Большинство приказов размещалось в Московском Кремле на Ивановской площади, в приказных палатах и избах. Обычно приказ помещался в просторной избе из двух-трех срубов. Изба отапливалась глиняными печами, а двери и слюдяные окна для тепла были обиты сукном и войлоком. В избе находились простые столы и скамейки. Дела хранились в лубяных и осиновых коробах. Судьи и дьяки сидели в хорошо обставленной горнице, просители стояли и сидели в сенях или на крыльце.
Делопроизводство в приказах велось чрезвычайно запутанными способами. Рабочий день в них продолжался почти половину суток, часто работали и в праздники. Несмотря на это, приказы были завалены нерешенными государственными делами. До частных дел руки вообще не доходили. Их приходилось «решать» просителям. Контроль за работой приказов вели с помощью жалоб и доносов приказных служащих. Исполнение работы и решение дел зависело от служебных качеств судей, дьяков, подьячих, приставов, переводчиков, даже сторожей. Приказов было множество — Аптекарский, Астраханских дел, Большого дворца, Большого прихода, Большой казны, Бронный, Великого княжества Литовского, Великой России, Верхней типографии, Владимирской четверти, Галицкой четверти, Городового дела, Денежного и хлебного сбора, Денежной раздачи, Доимочный, Житный, Записной, Земский, Золотых дел, Иконный, Иноземный, Казанского дворца, Казачий, Казенный, Калмыцких дел, Княжества Смоленского, Конюшенный, Костромской четверти, Купецких дел, Ловчий, Мещанского суда, Монастырский, Мушкетного дела, Новгородской четверти, Оружейной палаты, Панский, Печатный, Полковых дел, Полоняничный, Посольский, Постельничий, Приказных дел, Пушкарский, Разбойный, Разрядный, Розыскных дел, Ратных дел, Рудного сыска, Семеновский, Серебряный, Сибирский, Сокольничий, Стрелецкий, Судный, Сыскной, Тайных дел, Устюжской четверти, Хлебный, Челобитный, Ямской.
Одним из главных приказов был Разрядный. Он вел «разряд» — войсковую роспись ратных людей, в которой указывались занимаемые ими должности. Разряд ведал службой ратных людей, вел разрядные книги, назначал воевод, контролировал выплату поместного и денежного жалованья. Он проводил особые смотры дворян и детей боярских для определения их в воинскую службу, повышал или понижал в чине, увеличивал или уменьшал размер поместья, судил проворовавшихся воевод, приказных, ратных людей. Разрядный приказ быстро стал важнейшим органом управления государства. Ему подчинялись областные разряды — военные округа.
В 1577 году был создан Поместный приказ. Он ведал государственными землями, раздаваемыми в качестве земельного жалованья, поместья, служилым людям. Поместный приказ выдавал акты на право владения землей, жалованные грамоты, решал земельные споры, вел «даточные книги» с указанием размеров всех поместий. Он вел переписи населения — в 1533 году в Московском государстве жили девять миллионов человек.
Оружейная палата, арсенал, ведал изготовлением и хранением оружия, боеприпасов и военного снаряжения. Палатой заведовал Оружейный приказ.
