После потери Греции в трудном положении оказался Крит. Каннингхэм готовился отразить попытку вторжения. Крейсера и эсминцы постоянно патрулировали севернее острова, для их поддержки в море находились тяжелые корабли. Однако господство германской авиации не позволяло использовать для доставки подкреплений бухту Суда. 20 мая после бомбардировки на Крит был высажен германский воздушный десант. Попытка высадить десант с моря не удалась, ибо 21–22 мая англичане истребили в море конвой с войсками. В ходе поддержки, а затем и эвакуации войск с Крита Средиземноморский флот понес крупные потери от ударов германской авиации. Уцелевшие корабли прибыли в Александрию, почти израсходовав боеприпасы и топливо. Вывезли 18 тысяч человек из 30. Многие корабли получили повреждения. Каннингхэм в донесении отмечал героические действия измученных экипажей и писал: «Но то, что они выдержали, является лучшим показателем их заслуг».
Мальту могла постигнуть судьба Крита. Однако германская авиация была переброшена для подготовки вторжения в СССР. Авианосцы доставили истребители, которые укрепили оборону острова. Итальянцы не помешали англичанам проводить конвои на Мальту и в Александрию. Самолеты и подводные лодки успешно действовали на итальянских коммуникациях.
Однако вскоре положение ухудшилось. С сентября до конца года через Гибралтар прошли на Средиземное море 26 германских подводных лодок. Одной из первых их жертв стал «Арк Ройял»; торпедированный авианосец затонул во время доставки самолетов на Мальту. 25 ноября подводная лодка потопила линкор «Бархэм», были потоплены либо повреждены другие корабли. 19 декабря 1941 года итальянские боевые пловцы подорвали в гавани Александрии оба английских линкора. В довершение несчастий на Сицилию возвращались германские бомбардировщики.
Все эти проблемы, а также вступление в войну Японии вновь поставили на повестку дня вопрос об уходе англичан из восточного бассейна Средиземного моря. Однако и в 1942 году корабли Каннингхэма продолжали выполнять свой долг. Основными задачами были доставка снабжения для Мальты и Армии Нила и нарушение неприятельских коммуникаций с Африкой. Но у адмирала не было достаточно сил для решения всех задач. В январе итальянский флот провел в Африку 2 конвоя, и Роммель получил возможность перейти в наступление, оттесняя английские войска к границе Египта. Потеря аэродромов в Киренаике осложнила обеспечение доставки конвоев на Мальту. Итальянцы провели под прикрытием линкоров конвой в Триполи. Каннингхэму не с чем было выйти в море, как это бывало ранее. В марте адмирал все же решил помешать неприятелю доставить подкрепления в Африку и послал 3 легких крейсера и 10 эсминцев контр?адмирала Вайэна, но флагманский крейсер потопила подводная лодка, другие корабли подверглись атаке авиации, а британские ВВС не смогли воспрепятствовать движению конвоя. Полученные подкрепления позволили Роммелю вторгнуться в Египет. Совсем тяжелым стало и положение Мальты. Однако решать эти проблемы пришлось преемнику Каннингхэма, получившего новое назначение.
1 апреля Эндрью Каннингхэм спустил флаг и отправился в Англию. Ему после почти трех лет сражений предстояло возглавить военно?морскую миссию в США. Моряк в Вашингтоне присутствовал на совещаниях начальников штабов по планированию боевых действий. Затем его назначили заместителем Эйзенхауэра в проведении операции «Торч». План операции предусматривал высадки английских войск в Алжире и Оране (Средиземное море) и американских — в Касабланке, на побережье Марокко. Каннингхэм со своим штабом расположился внутри скалы Гибралтара. Благодаря организаторской деятельности его штаба высадка прошла успешно, а переговоры Эйзенхауэра и Каннингхэма с адмиралом Дарланом позволили прекратить сопротивление вишистских войск. Занятые в ходе операции морские и воздушные базы обеспечили перевозки в западной части Средиземного моря.
20 февраля 1943 года Каннингхэма вновь назначили главнокомандующим Средиземноморским флотом. Поддерживая наступление 8?й армии в Тунисе, его крейсера и эсминцы во взаимодействии с ВВС не допускали неприятельские подкрепления в Африку. Когда же британские войска 7 мая овладели Тунисом и Бизертой, адмирал отдал приказ: «Топить, жечь, уничтожать. Не упустите никого». Последнее относилось к тем войскам, которые пытались переправиться в Европу. 13 мая капитулировал последний солдат Оси в Африке. Задолго до того флот начал тралить минные поля в Узостях, и 5 мая Каннингхэм сообщал адмиралтейству: «Проход через Средиземное море чист». Уже через неделю возобновились перевозки между Гибралтаром и Александрией, корабли начали ходить в Индию и Австралию через Суэцкий канал. Успешнее шла борьба с подводными лодками; уменьшились потери от германской авиации благодаря развитой системе авиабаз союзников.
7 апреля 1943 года Объединенный комитет начальников штабов утвердил замысел высадки в Сицилии 8?й британской и 7?й американской армий, которые поддерживали корабли соответствующих флотов; общее командование на море осуществлял адмирал Э. Каннингхэм. По его предложению был предварительно взят островок Пантеллерия.
Операция «Хаски» была назначена на 10 июля. 20 мая адмирал Каннингхэм познакомил с планом операции подчиненных ему английских и американских морских командиров. В операции участвовали 2590 военных кораблей и десантных судов. Во время перехода к районам высадки все английские и американские корабли находились под командованием Каннингхэма, а затем переходили в ведение командиров десантных соединений. С конца мая началось движение конвоев, сначала из США, затем из Англии и Африки. Ими управляли штаб Каннингхэма в Алжире и адмиралтейство. Так как операцию готовили секретно, то потери составили всего 4 судна, потопленных подлодками.
4 июля Каннингхэм отдал приказ о проведении операции «Хаски» в ночь на 9 июля. За сутки до ее начала Эйзенхауэр с Каннингхэмом и штабом направились на Мальту, где была хорошая связь. Из?за плохой погоды противник не ожидал высадки. Сопротивление оказалось слабым. К вечеру 10 июля английские войска закрепились на берегу, захватили Сиракузы, а 13 июля Аугусту — вскоре оба порта принимали суда. Американцы встретили большее сопротивление, однако 22 июля захватили Палермо и направились на Мессину. В условиях активности германской авиации и подводных лодок Каннингхэм отмечал, что «длительное пребывание на якоре такого большого количества кораблей вблизи вражеского берега при столь малых потерях граничит с чудом». Когда противник оказал упорное сопротивление наступающим к Катании английским войскам, адмирал вызвал с Мальты линкор «Уорспайт», который огнем орудий главного калибра поддержал наступление. Флотоводец был готов высадить десант в тыл противника, но Монтгомери дважды отказывался от этого и предпочел наступать вдали от моря. В результате противника не разгромили, а вытеснили из Сицилии.
21 июля Объединенный комитет начальников штабов принял решение, что следующий десант будет в Италии, в Салерно, южнее Неаполя, тогда как 8?я армия Монтгомери должна была форсировать Мессинский пролив. К началу сентября было завершено сосредоточение войск и судов. Адмиралтейство беспокоило, хватит ли у Каннингхэма сил, чтобы обеспечить войска у Салерно. 1 сентября адмирал назначил днем высадки 9?е сентября, а 3 сентября, не встречая сопротивления, армия Монтгомери форсировала Мессинский пролив и начала продвижение к Неаполю. К 9 сентября в Тирренское море вошли соединения прикрытия и поддержки. Накануне было объявлено о подписании перемирия с Италией. Каннингхэм приказал кораблям итальянского флота направиться из Специи на юг по определенному маршруту. 9 сентября 3 линкора, 6 крейсеров и эсминцы выступили, но задержка адмирала Бергамини позволила германской авиации атаковать и потопить управляемыми бомбами линкор «Рома». Остальные суда встретили и проводили на Мальту корабли, посланные Каннингхэмом. Туда же отконвоировали и флот из Таранто. Адмирал докладывал адмиралтейству: «Счастлив уведомить Их лордства, что итальянский линейный флот теперь стоит под прицелом орудий крепости Мальта». Посланные Каннингхэмом корабли заняли Таранто, затем Бриндизи и другие порты, необходимые для снабжения войск в Италии и действий на коммуникациях.
Высадка 9 сентября у Салерно прошла успешно, но далее войска встретили упорное сопротивление. По запросу адмирала Хьюитта Каннингхэм направил с Мальты линейные корабли, которые огнем помогали расширить плацдарм американским войскам. Благодаря артобстрелу попытка германского контрудара была сорвана. 16 сентября войска Монтгомери установили связь с десантом. 1 октября союзники заняли Неаполь, который начали расчищать, чтобы сделать базой снабжения.
Когда с первым морским лордом Дадли Паундом на конференции в Квебеке в августе случился апоплексический удар, встал вопрос о его замене. Черчилль не хотел назначать независимого Каннингхэма, но был вынужден согласиться с общим мнением моряков и вызвать адмирала. На посту первого лорда Каннингхэм оставался решительным и независимым. Когда эскадра Фрезера повредила авиабомбами линкор «Тирпиц», стоящий в Альтен?фьоде, и отошла, Каннингхэм потребовал повторить атаку, чтобы уничтожить корабль, и добился повторной попытки. Он продолжал консультировать У. Черчилля по морской стратегии.
