С 9 по 12 сентября 3 из 4?х групп оперативного соединения быстроходных авианосцев нанесли удары по Филиппинам и полностью истребили пытавшуюся противодействовать японскую авиацию. 13 сентября 1944 года Хэлси предложил отказаться от высадки на острова Палау, обойти остров Яп, а освободившиеся силы использовать для высадки на остров Лейте. После согласования с Макартуром решили не отказываться от подготовленной атаки на Палау, но на Яп не высаживаться. В результате высадка на остров Лейте, ранее назначенная на 20 сентября, была перенесена на 20 октября.
В сентябре 38?е оперативное соединение нанесло удары по Маниле и другим пунктам на Филиппинских островах. На земле было разбито почти 3000 самолетов, потоплено много судов и кораблей. В октябре авианосцы занялись истреблением неприятельских сил, которые японцы могли использовать с ближайших баз против американских войск при высадке в заливе Лейте. 12–16 октября разгорелось сражение американских кораблей с японской базовой авиацией на острове Формоза.
От ударов противника получили повреждения американские крейсера. Услышав сообщение токийского радио о том, что почти весь американский флот потоплен, Хэлси решил выманить неприятельские корабли из Внутреннего моря. Он приказал организовать «1?ю дивизию поврежденных кораблей» из 2?х пострадавших тяжелых крейсеров и их эскорта. Была пущена в ход радиодезинформация с целью показать, что весь флот сильно пострадал. Однако японскому флоту, вышедшему в море, было приказано вернуться, ибо летчики видели слишком много кораблей.
К началу высадки на Филиппинах 3?й флот включал 12 быстроходных авианосцев и 6 новых линкоров с охранением из крейсеров и эсминцев. Непосредственную поддержку высадки должен был осуществлять 7?й флот. Несмотря на то что в конце сентября Хэлси три дня вел переговоры с Макартуром и Кинкейдом о согласований действий, общего командования 2 флотами не создали, что сказалось в ходе сражения.
17 октября передовой отряд флота вторжения овладел островками при входе в залив Лейте. 20 октября после артиллерийской подготовки войска высадились на берег острова Лейте. На острове и в воздухе завязались тяжелые бои. Японцы были вынуждены послать почти весь флот против американских сил, осуществляющих высадку на Филиппины. Артиллерийским кораблям вице?адмирала Курита следовало прорваться в залив Лейте с юга через проливы Сан?Бернардино и Суригао и истребить силы вторжения; авианосным силам вице?адмирала Одзава предстояло стать приманкой для кораблей Хэлси.
По плану Хэлси из 38?го оперативного соединения следовало на случай генерального сражения выделить все быстроходные линкоры и одну авианосную группу в 34?е оперативное соединение. Не имея сведений о действиях противника, флагман 22 октября отправил одну авианосную группу на Улити для отдыха и пополнения запасов. Остальные группы 23 октября приняли топливо и вернулись на позицию. Только 24 октября стало известно о приближении японских надводных сил к заливу Лейте. Однако 2 отряда надводных кораблей были приняты за один и Кинкейд полагал, что справится с ним без поддержки авиации, а Хэлси сосредоточил все усилия против центральных сил.
Сначала центральное соединение Куриты успешно атаковали 2 подводные лодки, затем — самолеты Хэлси. Однако адмирал опасался контрудара японских авианосцев и выслал много поисковых групп для разведки. Когда же появились неприятельские атакующие самолеты, пришлось поднимать в воздух все истребители и отложить удар по противнику. Американцам удалось сбить большое количество самолетов, действовавших с Лусона. Был потерян лишь авианосец «Принстон». Американцы атаковали центральное соединение и добились попадания торпед и бомб в линкор «Мусаси», который затонул, и в другие корабли. Однако в 12 часов 45 минут радиолокация обнаружила группу неприятельских самолетов, выпущенных с авианосцев Одзавы. Отбив атаки, американцы через 4 часа обнаружили японские авианосцы.
Американские надводные корабли 7?го флота при помощи авиации эскортных авианосцев 24 октября в течение дня почти полностью истребили два соединения, направлявшихся в залив Лейте с юга. Однако оставшиеся в строю корабли центрального соединения во главе с «Ямато» прорвались к заливу Сан?Бернардино, где стояли эскортные авианосцы.
Это произошло потому, что Хэлси отказался от мысли выделить линкоры и крейсеры из 2 оперативных групп в 34?е оперативное соединение, чтобы истребить корабли Куриты при выходе из пролива Сан?Бернардино. Он посчитал важнейшей задачей уничтожение авианосцев Одзавы и направился со всеми силами к северу, не оставив у пролива ни одного корабля и не предупредив Кинкейда. Таким образом, ловушка сработала, и Курита смог пробиться в район высадки. Однако он промедлил, не сразу оценив обстановку, и позволил 7?му флоту принять контрмеры. Курита, когда победа была уже близка и его огонь мог уничтожить все эскортные авианосцы, а затем и транспорты, в последний момент не решился продолжать движение вперед и отступил. На отходе его корабли получили дополнительные повреждения от ударов оперативной группы авианосцев, которую выслал Хэлси.
Сам адмирал, полагая по донесениям летчиков центральную группу японских кораблей выведенной из строя, действовал против неатакованного соединения авианосцев Одзавы. Он выдвинул вперед 6 линейных кораблей с крейсерами и эсминцами, чтобы прикрыть авианосцы на случай появления линкоров «Исэ» и «Хьюга». С утра 25 октября американские самолеты наносили удар за ударом по неприятельским кораблям. Несмотря на просьбу Кинкейда о помощи, Хэлси продолжал истребление японского соединения. Только получив запрос Нимица, где находится 34?е оперативное соединение, Хэлси направил его и одну из авианосных групп срочно к Филиппинам. Остальные 2 группы атаковали корабли Одзавы; из 17 его кораблей 9, в том числе все авианосцы, были потоплены авиацией, и один — подводной лодкой; остальные вернулись в Японию, ибо теперь Хэлси избрал другую цель. Он намеревался перехватить силы Куриты и сам с линкорами «Нью?Джерси», «Айова», 3 крейсерами, 8 эсминцами поспешил к проливу Сан?Бернардино. Однако время, потраченное на заправку эсминцев, помогло Курите прорваться. На отходе он потерял крейсер и эсминец от ударов авианосных групп 3?го флота. Японский флот фактически перестал существовать.
После упорных боев остров Лейте был окончательно занят 26 декабря. Американцы бомбардировали Филиппинские острова, истребляли японскую авиацию, боролись с атаками камикадзе. В январе 1945 года 3?й флот обеспечивал высадку на острове Лусон, подавляя авиабазы противника на Филиппинах и Формозе. 9 января американские войска высадились в заливе Лингайен. После этого адмирал получил разрешение адмирала Кинга повести авианосное соединение в Южно?Китайское море. Атаками с воздуха были потоплены десятки судов из конвоев, двигавшихся у берегов Индокитая, затем авианосцы нанесли удары по Формозе, Пескадорским островам и берегам Китая и благополучно ушли, хотя японское радио сообщало, что 38?е соединение закупорено в Южно?Китайском море.
26 января, после возвращения из рейда, Хэлси сдал командование адмиралу Спрюэнсу, а 3?й флот переименовали в 5?й. Вернулся Хэлси на 3?й флот лишь 28 мая, в период борьбы за Окинаву. Атаки камикадзе держали в напряжении моряков. С другой стороны, 2 и 3 июня корабельная авиация продолжила налеты на аэродромы острова Кюсю. Затем по предложению Хэлси с Филиппин на Окинаву для воздушной поддержки армии перебросили 14?ю авиагруппу морской пехоты, после чего адмирал отвел 38?е оперативное соединение в залив Лейте для подготовки к действиям против объектов на Японских островах. 10 июля американцы совершили налет в район Токио. Так как воздушное сопротивление противника оказалось слабым, Хэлси перенес удары на острова Хонсю и Хоккайдо. Кроме ударов с воздуха, берега двух островов обстреляли надводные корабли. Американцы потопили много судов, в том числе паромы, на которых с Хоккайдо доставляли на Хонсю уголь и железную руду. 18 июля был повторен налет на Токио. 24 и 25 июля авианосная авиация нанесла значительные повреждения кораблям японского флота в Курэ. Хэлси не был удовлетворен результатами, и налет на Курэ повторили 28 июля. Японский флот перестал существовать.
2 сентября адмирал участвовал в церемонии подписания капитуляции на борту его флагманского линейного корабля «Миссури». В декабре 1945 года Хэлси стал адмиралом флота пятизвездного ранга и был утвержден сенатом США через четыре месяца. С 1 апреля 1947 года моряк ушел в отставку, занялся бизнесом. В 1951–1957 годах он был президентом компании. Умер Хэлси 16 августа 1959 года в Фишерс?Айленд, штат Нью?Йорк.
Командуя Средиземноморским флотом, почти три года Каннингхэм успешно боролся с итальянским флотом, продемонстрировав военные и дипломатические способности.
