В качестве агента абвера Бонхёффер в 1941–1942 годах ездил не только в Швецию, но также в Рим и Швейцарию. Он постоянно находился под подозрением гестапо и как-то раз даже удалился на три месяца от мира в монастырь бенедиктинцев, расположенный в горах к югу от Мюнхена, где написал и спрятал первые главы своей книги «Этика». В то время он писал: «Любовь, когда она действительно живая, не уходит от реальности, чтобы поселиться в возвышенных душах, изолированных от мира. Она сносит реалии окружающего мира со всей его жестокостью. Мир исчерпал свою ярость против тела Христова, и церковь должна стремиться рискнуть своим существованием ради мира».
На тайной встрече в Женеве, состоявшейся в 1941 году, Бонхёффер заявил, что молится о поражении своей страны. «Только в поражении, — сказал он, — мы можем искупить чудовищные преступления, совершенные против Европы и всего мира».
Бонхёффер был необычным священнослужителем и временами абсолютно антиклерикальным в своих суждениях. Ему дважды доводилось испытывать любовь. Во второй раз он влюбился в 1942 голу и обручился с девушкой девятнадцати лет по имени Мария фон Ведермайер, жившей на ферме недалеко от Бад-Шенфлис. Ее мать была против этого брака из-за большой разницы в возрасте между будущими супругами. Несмотря на свою жизнерадостность и неизменный энтузиазм, Бонхёффер всегда интуитивно чувствовал, что умрет молодым. Это ощущение усилилось, когда он неразрывно связал свою жизнь с судьбой Германии. Еще в 1933 году он сказал своему другу пастору Циммерману, что хочет пожить полной жизнью и умереть молодым в возрасте тридцати восьми лет. Удивительно, но именно этого возраста он достиг, когда в 1945 году был убит нацистами.
В апреле 1942 года соперничество между абвером и разведкой Шелленберга, подчинявшейся Гиммлеру, достигло такой стадии, когда стали возможными прямые решительные действия. Агент абвера, арестованный в октябре 1942 года, на допросе дал показания против Донаньи — блестящего австрийского юриста, который был зятем Бонхёффера и помощником Остера. Этот агент также проговорился о действительных причинах, по которым Бонхёффер ездил в Швейцарию, равно как и о беседах Йозефа Мюллера со священнослужителями из Ватикана. И все же ставшие следствием этого признания аресты были отложены до апреля следующего года по причинам, о которых можно только догадываться.
В день ареста Бонхёффер навещал своих родителей в Берлине. Он позвонил сестре, жене Донаньи, и, когда по телефону ответил незнакомый голос, пастор понял, что произошло несчастье. Обернувшись к родителям, он сказал: «Скоро придут за мной». Он немедленно уничтожил все документы, которые могли свидетельствовать против него, после чего отправился к старшей сестре, чтобы как следует подкрепиться. Гестаповцы явились за ним в три часа пополудни и препроводили в военную тюрьму Тегель. В момент ареста пастору было только тридцать шесть лет.
Бонхёффер описал, как с ним обращались: «Формальности, связанные с приемом нового заключенного, были выполнены правильно. В первую ночь меня заперли в одиночной камере. Одеяла на дощатой койке издавали такую отвратительную вонь, что, несмотря на холод, укрываться ими было невозможно. На следующее утро в камеру швырнули кусок хлеба — мне пришлось поднимать его с пола. Днем я впервые услышал снаружи голоса — персонал всячески оскорблял заключенных. С тех пор такие звуки я слышал каждый лень — с утра до ночи. Когда меня поставили в ряд с другими вновь прибывшими, тюремщик назвал нас грязными бродягами. Каждого спросили о причине ареста. Когда я ответил, что не знаю, тюремщик злобно осклабился и сказал, что очень скоро я все узнаю. Прошло полгода, прежде чем мне предъявили ордер на арест. Меня отвели в одиночную камеру в самом дальнем углу верхнего этажа. Дальше висела табличка, запрещающая проход без специального разрешения. Мне сказали, что я лишен права переписки до особого распоряжения. Оказалось, что я также лишен ежедневной получасовой прогулки, положенной заключенным внутренним распорядком. Я не получал ни газет, ни табака. Через сорок восемь часов мне, наконец, вернули Библию. Ее тщательно осмотрели и убедились, что я не спрятал в корешке лезвие или нечто подобное. Если не считать этого, на протяжении следующих двенадцати дней дверь камеры открывалась только для того, чтобы передать мне еду и одеяла. Никто не разговаривал со мной. Я понял, что заключенный, находящийся под следствием, здесь уже считается преступником, который в случае несправедливого обращения не может требовать уважения его прав. Это открытие потрясло меня».
Тегель — это военная тюрьма. Вскоре распространилась информация о том, что Бонхёффер не просто святой человек, обладающий удивительным терпением. Он — племянник генерала фон Хазе — военного коменданта Берлина. Мать Бонхёффера была его сестрой. Хазе, в действительности поддерживавший Сопротивление, посетил племянника в тюрьме, и Бонхёффер получил возможность убедиться, что отношение к нему тюремщиков разительно изменилось, когда стало известно о его родственных связях. Он не желал никаких преимуществ, но быстро обнаружил, что в определенных пределах они существенно облегчают участь. Семье позволили принести ему книги, бумагу, чистую одежду и еду. Камера стала его кабинетом, где он много размышлял и работал. 3 августа 1943 года он написал: «Я мало ем и пью, спокойно сижу за столом, и работа над книгой продвигается хорошо. В промежутках я радую мою душу и желудок теми приятными вещами, которые вы мне принесли. Что же касается перевода на другой этаж, я не стану обращаться к администрации с такой просьбой. Не думаю, что это будет справедливо по отношению к другому заключенному, которому придется мучиться в моей жаркой камере. Ведь весьма вероятно, что ему придется обходиться без томатов и других вкусных вещей, которые вы мне прислали. Увы, я знаю, что Ганс плохо переносит жару, и сочувствую ему».
17 августа: «Пожалуйста, не волнуйтесь обо мне. Я все смогу перенести, и я спокоен. Здесь в камере неизбежно приобретаешь беспристрастность, независимость суждений, и это очень важно. За последние несколько недель, коим сопутствовало постоянное нервное напряжение, я почти не занимался творческой работой, но сейчас я вернулся к ней. У меня зародилась идея пьесы…»
И снова в конце месяца, 31 августа: «За последние дни мне хорошо работалось, я сумел много написать. Когда после нескольких часов абсолютной погруженности в мысли обнаруживаешь себя в тюремной камере, всегда немного удивляешься. Любопытно наблюдать за собственной постепенной адаптацией. Когда неделю назад мне вернули нож и вилку, они показались мне не такими уж необходимыми. Я уже привык намазывать маргарин на хлеб ложкой…»
В канун Рождества он записал: «С точки зрения истинного христианина, Рождество, проведенное в тюремной камере, не должно быть проблемой. Возможно, в этом скорбном доме некоторые из нас могут отпраздновать Рождество глубже, с большей пользой для души. Невзгоды, страдания, нищета, одиночество, беспомощность или даже чувство вины представляются разными глазу Бога и человека. Тот факт, что взгляд Господа обращается к тому месту, от которого человек обычно спешит отвернуться, или воспоминание о том, что Христос родился в стойле, поскольку другого места для этого просто не нашлось, — все это ощущается узником острее, чем кем бы то ни было другим».
Для Бонхёффера, как и для многих других христиан, проблема участия в насилии и прощения была самой важной. «Понятие свободной ответственности, — писал он, — идет от Бога, который требует свободного свидетельства веры в ответственном действии и который обещает прощение и покой тому, кто в процессе этого становится грешником». То, что пришлось сделать, вполне может оказаться греховным. Грешник должен положиться на милосердие Господа. «Гитлер, — провозгласил Бонхёффер, — антипод Христа. Поэтому мы обязаны продолжать свою работу, независимо от того, будет она успешной или нет».
Другой участник событий, пастор Циммерман, вспоминает о встрече, состоявшейся в его доме примерно за два месяца до ареста Бонхёффера. Тогда Бонхёффер познакомился со штабным офицером лейтенантом Вернером фон Хефтеном, который позже в качестве адъютанта Штауффенберга сопровождал последнего во время выполнения исторической миссии 20 июля. Хефтен поставил вопрос ребром. Он сказал, что завтра будет у Гитлера, и спросил, должен ли застрелить его. Ответ Бонхёффера был осторожным. Он объяснил, что дело не просто в убийстве отдельного человека. Стреляя в Гитлера, следует помнить о политических последствиях. Должно быть сформировано правительство, готовое приступить к руководству страной, иначе последствия могут быть катастрофическими. Он добавил, что ни у кого нет права указывать Хефтену, стрелять в Гитлера или нет. В конечном счете это должно стать решением человека, который берет в руки оружие. Он может только попросить совета у окружающих относительно политических обстоятельств, сопутствующих устранению Гитлера. Решение убить должно идти от глубоких личных убеждений, что сей ужасный акт является морально оправданным и неизбежным. Фабиан фон Шлабрендорф, который тоже знал Бонхёффера, утверждает, что в 1942 году пастор поведал ему о своей убежденности в необходимости убийства Гитлера, но все ответственные члены Сопротивления знали: убийство без следующего за ним переворота было бы бесполезным.