27 января белые казнили парламентеров Тряпицына. Бои закипели с новой силой. Когда положение интервентов стало безнадежным, они заявили, что готовы придерживаться нейтралитета. 29 февраля красные вошли в Николаевск-на-Амуре. Здесь были установлены порядки, мало отличавшиеся от других городов, занятых красными. Тряпицын считал, что в зоне военных действий говорить об установлении анархии не приходится. Исполком совета занялся организацией снабжение населения и… сбором экспонатов для краеведческого музея. Власть в Николаевске была многопартийной — было создано Бюро левых советских партий, в которое входили большевики, анархисты и максималисты. Была установлена твердая дисциплина, наказания за пьянство и мародерство — вплоть до расстрела.
В это время по инициативе РКП(б) началось формирование буфера между Советской Россией и Японией, каковым должна была стать формально независимая Дальневосточная республика (ДВР). ДВР должна была строиться на многопартийной основе. Гражданская война в Приморье на время прекратилась, партизанские отряды вошли в города и сосуществовали с остатками белых сил. Японцы рассматривали сложившуюся ситуацию через призму задачи закрепиться на Дальнем Востоке. Буфер под контролем левых сил их не устраивал, им нужно было марионеточное прояпонское правительство.
Особенно японцев интересовал Сахалин, северная часть которого принадлежала России, и его административная столица — расположенный на материке Николаевск-на-Амуре. Выманив партизан в города, японцы завершали подготовку к удару по красным на Дальнем Востоке. В ночь на 12 марта японцы внезапно напали на армию Тряпицына, вероломно нарушив соглашение о нейтралитете. Из-за применения японцами зажигательных ракет в деревянном Николаевске возникли пожары. Тряпицын был дважды ранен в ногу. В этой обстановке командир Рогозин расстрелял заключенных тюрьмы.
Натиск японцев удалось отбить, к 15 марта их батальон был уничтожен. В плен попали 128 японцев, в основном обслуживающий персонал оккупационных сил, в том числе женщины из публичного дома.
После этого инцидента Тряпицын по радио стал выступать против перемирия с японцами, предупреждая, что они могут нарушить его в любой момент и устроить резню. Тряпицын выступал и против идеи буфера, который дает возможность белым готовить вероломное нападение вместе с японцами. «Злопыхатели много времени спустя будут обвинять уже мертвого Тряпицына в подстрекательстве к войне с Японией. К сожалению, апрельские события подтвердили правоту Тряпицына и его штаба», — комментирует историк Г. Левкин. Предупреждения Тряпицына вызвали у лидеров коммунистов раздражение — ведь и в РКП(б) на Дальнем Востоке было немало противников как буфера, так и переговоров с японцами, которые могли оказаться ловушкой. Агитация Тряпицына могла сорвать игру.
Тряпицын не убедил лидеров приморских большевиков. Многим из них это будет стоить жизни. Игру сорвали японцы. В ночь на 5 апреля, в разгар переговоров о выводе японских войск с Дальнего Востока, японцы начали резню красных на Дальнем Востоке — Николаевск был только репетицией. Погибло более 7000 человек, в том числе лидер приморских партизан Сергей Лазо.
22 апреля, выстраивая армию ДВР после первого японского удара, главком Генрих Эйхе назначил Тряпицына командующим Охотским фронтом, в зону ответственности которого входил и Хабаровск. Это показывает, что красное командование рассчитывало, что именно армия Тряпицына, как лучше всего сохранившаяся после удара японцев, будет наступать на Хабаровск.
Но японцы не были намерены отдавать Тряпицыну инициативу и высадились под Николаевском. Естественный путь отступления для него был в сторону Хабаровска, но тогда на Амуре армия Тряпицына была бы зажата с двух сторон — от Хабаровска шли японские канонерки с десантом. Комфронта находит остроумное решение — отступать на реку Амгунь, впадающую в Амур. Таким образом, фронт красных располагался близ Николаевска, сковывая японцев, тыл располагался в селе Керби — достаточно далеко от Николаевска и от моря, что исключало его быстрый захват японцами. Но в случае поражения Охотского фронта все равно оставалась возможность отступать на занятый красными Благовещенск. Во всех отношениях удачная позиция, если бы речь шла только о войне с Японией.
Чтобы не дать японцам возможности создать в Николаевске удобную базу, Тряпицын приказал 1 июня сжечь город, эвакуировав население в Керби. Такое поведение в стиле 1812 г. значительно снизило ценность Николаевска для японцев. Шокирующее воздействие на Японию произвело другое решение Тряпицына — перед отходом из города захваченные в плен подданные Японии были расстреляны. Страна восходящего солнца была шокирована, Северная экспедиция повернулась к ней жутким лицом террора. Тряпицын поступил с японцами (правда, не совсем уж мирными, учитывая, что они в большинстве своем прибыли для обеспечения агрессии и участвовали в боях) так же, как японцы привыкли поступать с русским населением Дальнего Востока. Так, 22 марта 1919 г. японцы сожгли село Ивановка вместе с 257 жителями. И это — только один из случаев.
Население Николаевска отправилось в Керби на пароходах, а армия отходила по болотистой местности и измоталась. Обострились конфликты. В этих условиях против Тряпицына возник заговор части командиров.
1 июля он был арестован и 9 июля расстрелян вместе с частью соратников и женой, а его армия распалась. Коммунисты ДВР отнеслись к этому перевороту благожелательно — Тряпицын был врагом японцев, а с ними предстояло потом мириться.
Тем временем Красная Армия вернулась на Украину. 5 января 1920 г. в занятый махновцами Александрова прибыли и части 45-й дивизии РККА. На переговорах с представителями красного командования Махно и представители его штаба потребовали выделить им участок фронта для борьбы с белыми и сохранить за ними контроль над их районом. Махно и его штаб настаивали на заключении формального соглашения с советским руководством. 6 января 1920 г. командарм 14-й армии И. Уборевич приказал Махно выдвигаться на польский фронт. Это была ловушка — в случае согласия махновцев планировалось разоружить по дороге. Впрочем, красное командование не рассчитывало на доверчивость Махно. Не дожидаясь ответа, Всеукраинский ревком 9 января 1920 г. объявил Махно вне закона под предлогом невыполнения им приказа идти на польский фронт. Красные напали на штаб Махно в Александровске, но он сумел 10 января 1920 г. уйти в Гуляйполе.
На совещании комсостава в Гуляйполе 11 января 1920 г. было решено предоставить повстанцам месячный отпуск. За это время можно было подлечиться от тифа и сориентироваться в новой ситуации. 22 января 1920 г. Махно ответил на требования большевиков: «Повстанческая армия, имея перед собой не заслуги перед революцией, а только честно исполняя до сих пор свой долг тружеников, считает предложение со стороны советских войск о разоружении плодом печальных недоразумений, оскорбляющих повстанческую армию». Махно заявил о готовности «идти рука об руку» с РККА, сохраняя самостоятельность. В это время более двух дивизий красных атаковали, разоружали и частично расстреливали махновцев, в том числе больных. Махно на время болезни перешел на нелегальное положение, скрывался на хуторе Белом.
После выздоровления Махно с начала февраля махновцы возобновили боевые действия против красных. Зимой — весной махновцы нападали на небольшие отряды, работников большевистского аппарата, склады, раздавая крестьянам запасы хлеба. В районе действия махновцев большевики были вынуждены уйти в подполье и открыто выступали только в сопровождении крупных воинских частей. 29 мая 1920 г. был избран Совет революционных повстанцев Украины (махновцев) во главе с Махно.
Попытки Врангеля установить союз с Махно закончились расстрелом эмиссара белых по решению СРПУ и штаба махновцев.
В марте — мае 1920 г. отряды под командованием Махно сражались с частями 1-й Конной армии, ВОХР и др. силами РККА. Летом 1920 г. армия под общим командованием Махно насчитывала более 10 тысяч бойцов.
11 июля 1920 г. армия Махно начала рейд за пределы своего района, в ходе которого взяла города Изюм (17 июля), Зеньков (9 августа), Миргород (16 августа), Старобельск (3 сентября), Миллерово (13 сентября).
29 августа 1920 г. в бою под Петровкой Махно был серьезно ранен в ногу (всего Махно имел более 10 ранений). После этого командармом стал С. Каретников. Красное командование не знало, что делать с этим рейдом, — пока стягивали силы к одному занятому махновцами городу, они уже брали другой.
Война с Польшей и другие нужды «военного коммунизма» требовали ресурсов — отсюда новый нажим продразверстки, новые реквизиции — новый рост поддержки повстанчества крестьянами.
