Возмущенный Салтыков вырвал саблю из рук Хлопова и сердито заявил, что тот ничего не смыслит в оружии, поэтому так и говорит. В итоге между спорщиками произошла перепалка, чуть было не перешедшая в драку. С этого времени между Салтыковыми и Хлоповыми началась открытая вражда, самым отрицательным образом сказавшаяся на царской невесте.
Как-то раз Михаил Салтыков предложил Марии выпить некоего снадобья из аптеки, улучшающего аппетит. Девушка попробовала его, но потом почувствовала боли в животе, а через некоторое время у нее началась рвота. Больше к этой настойке она не прикасалась. На самом деле у Марии был весьма неплохой аппетит. Особенно любила она всякие сладости: засахаренные фрукты, орешки, медовые коврижки, фигурки из сахара, заменявшие в то время конфеты. Всего этого было вдоволь в царских кладовых, и никто не запрещал царской невесте лакомиться от души. Однако через некоторое время у нее вновь началась рвота. Пришлось обратиться за помощью к Михаилу Салтыкову, ведавшему вопросами здоровья царской семьи. Тот позвал доктора Валентина Бильса и лекаря Балцера. Врачи осмотрели Марию и пришли к выводу, что у нее легкое заболевание печени от неправильного питания. Девушке посоветовали исключить из рациона сладости, жирные и острые блюда.
О нездоровье невесты сына стало известно и Марфе Ивановне. Она решила все точно разузнать у племянников. Главное, что ее волновало, сможет ли Мария рожать здоровых детей? Михаил и Борис решили, что пора отомстить Хлоповым и, используя болезнь Марии как предлог, выгнать соперников из дворца. Они тут же заявили, что болезнь невесты неизлечимая и что детей у нее, скорее всего, не будет. Это известие напугало Марфу. Она решила, что Хлоповы умышленно обманули Михаила и попытались подсунуть ему свою больную дочь, чтобы приблизиться к трону. Обо всем она доложила сыну и ближайшим родственникам. На общем совете было решено наказать обманщиков и отправить их вместе с Марией в ссылку в Тобольск. Так несчастная девушка без всякой вины со своей стороны оказалась в изгнании в Сибири.
Михаилу, видимо, было трудно забыть свою детскую любовь, поэтому вопрос о женитьбе отложили до лучших времен. К тому же в следующем году резко обострились отношения с Речью Посполитой. Дело дошло до того, что королевич Владислав во главе войска вторгся на русскую территорию. Сначала он попытался взять ряд приграничных городов, а потом двинулся к Москве. Осенью 1618 года началась осада столицы.
Марфа Ивановна поняла, что для ее сына сложилась крайне опасная ситуация. В случае измены подданных он мог в лучшем случае попасть в польский плен, в худшем — лишиться жизни. Однако среди москвичей не нашлось ни одного предателя. Все мужчины, способные держать в руках оружие, встали на крепостные стены. Марфе пришлось только истово молиться Богоматери и всем святым. Вероятно, Бог услышал мольбы старицы и совершил чудо — два французских инженера, служивших полякам, сообщили москвичам, что Владислав собирается взорвать Арбатские ворота и через них ворваться в город. Это дало возможность защитникам достойно встретить врага и дать отпор. Неудача заставила Владислава сесть за стол переговоров. В декабре 1618 года было подписано Деулинское перемирие, одним из его условий было возвращение пленных, в том числе и Филарета. Для Марфы и Михаила это стало большой радостью. Однако долгожданная встреча произошла только через полгода. Под разными предлогами пленника постоянно задерживали.
14 июня 1619 года Михаил вместе с боярами отправился к Никитским воротам, где было все готово к встрече с отцом. Когда повозка с Филаретом приблизилась, царь соскочил с коня и бросился навстречу. У отца и сына из глаз полились реки слез. Оба долго не могли сказать ни слова и лишь крепко обнимались. Марфе по этикету не полагалось присутствовать при официальной встрече. С бывшим мужем она свиделась только вечером. Снова было пролито много слез, а наговориться все вместе не могли до самого утра.
Истосковавшийся по активной деятельности Филарет тут же захотел принять участие в управлении государством. Чтобы это можно было сделать на законном основании, 22 июня, т. е. через 8 дней после возвращения, он был наречен патриархом и затем произведен в сан патриархом Иерусалимским Феофаном. Царь Михаил не был уверен, что русское духовенство единодушно изберет его отца главой, поэтому специально пригласил в Москву восточного иерарха. Таким образом, все церковные дела перешли из ведения Марфы к Филарету. Возможно, старица не сокрушалась по этому поводу, поскольку у нее и своих дел было предостаточно.
На семейном совете решили всячески наградить тех людей, которые помогали Романовым во время годуновской ссылки. Филарет захотел отметить монахов Антониево-Сийского монастыря. Марфа пригласила в Москву толвуйского священника Ермолая, и он получил должность благовещенского протопопа.
В благодарность за возвращение Филарета из плена Марфа и Михаил решили предпринять грандиозную поездку по северным монастырям. В конце лета 1619 года отправились в путь. Фактически они повторили тот маршрут, по которому ехали в 1613 году из Костромы. Сначала был Троице-Сергиев монастырь, потом — Ростов, затем — Переславль-Залесский, Ярославль, Кострома и т. д. до Макарьевской обители на Унже. Одним из пунктов стало село Домнино. Там от местных крестьян путешественники узнали о подвиге Ивана Сусанина. После возвращения Михаил издал указ о награждении его зятя Богдана Собинина и всех его потомков. Поездка продолжалась почти месяц. Под конец погода совсем испортилась, начались холодные осенние дожди, и дороги стали непроходимыми. Поэтому было решено домой возвращаться водным путем. В заключение Михаил занялся рыбалкой. Выловив несколько стерлядей, осетров и белуг, он распорядился отправить их побыстрее в дар отцу.
Вернувшись домой, Марфа Ивановна обнаружила, что ее влияние при дворе начинает падать. Никто уже не приходил к ней советоваться по поводу новых назначений, никто не просил ее помощи в различных делах. Властной рукой Филарет начал наводить при дворе свой порядок: смещать неугодных придворных, назначать на ведущие должности своих ставленников. Салтыковым-Морозовым приходилось отходить на вторые роли.
С 1622 года отец Михаила официально стал его соправителем, получив титул Великого государя святейшего патриарха Филарета Никитича. Марфе же пришлось довольствоваться должностью игуменьи Вознесенского монастыря. Но деятельная женщина не опустила руки. Вместе с сестрой она активизировала работу золотошвейной мастерской, поставив цель украсить покровами, пеленами и воздухами не только все кремлевские соборы, но и многие монастырские храмы. После Смуты большинство церквей центральных районов было разграблено и не имело красивого убранства. Первоначально мастерицы использовали старую царскую одежду, с которой спарывали украшения и использовали их для своих изделий. Потом из казны стали выделять средства для покупки
