Лопес мужественно перенес этот удар. Во время долгой болезни он много читал. Его внимание прежде всего привлекли жития святых, а в особенности история жизни двух основателей нищенствующих орденов: Св. Доминика и Св. Франциска Ассизского.
Тогда, видимо, и пришла молодому дворянину мысль всецело посвятить себя служению Христу. В марте 1522 г. Лопес тайно покинул родительский замок и отправился в Манрес, где находился монастырь бенедиктинцев. Поселившись при монастырской больнице, он проводил дни в молитве и сборе подаяния, терпеливо снося насмешки детей и взрослых. Под рубищем на нем были навешаны камни и вериги. Спал Лопес на голой земле и строго постился.
Вскоре все эти подвиги казались ему уже недостаточными. На скалистом берегу реки он разыскал неприступную пещеру и поселился в ней. Здесь среди постов и молитв он написал первый, еще не совершенный вариант своих «Духовных упражнений».
В начале 1523 г. Лопес объявил монахам о своем намерении отправиться в Иерусалим и проповедовать там Слово Божие мусульманам-сарацинам. С большим трудом, перенеся множество лишений и опасностей, он в сентябре того же года добрался до Палестины и посетил все места, освященные земной жизнью Спасителя. Что касается главной цели паломничества — обращения мусульман, то от нее пришлось отказаться из-за совершенно незнания языков, мусульманского вероучения и еще многих других вещей, необходимых для этого непростого дела. Лопес двинулся в обратный путь и в январе 1524 г. добрался до Венеции. Распущенность нравов этого веселого города повергла его в ужас. Лопес решил обратить на путь истинный хотя бы местных горожан и выступил с несколькими проповедями. Увы, никто не воспринял его слова всерьез. Местные священники к тому же без труда доказали ему, что он круглый невежда в богословии.
Сознавая справедливость их упреков, Лопес решил заняться своим образованием. Он переехал в Барселону и в возрасте 33 лет поступил в тамошнюю школу. Два следующих года он вместе с детьми местных горожан упорно занимался изучением латыни. Достаточно преуспев в этом нелегком деле, он некоторое время обучался на курсах при университете Алкала де Генарес, а в 1528 г. отправился продолжать образование в Париж, в коллегии Монтегю. В число студентов он записался под фамилией Лойолы, образовав ее от названия своего родового замка. Через полтора года он перешел на философские курсы в коллегию Св. Варвары. В 1532 г. он закончил их с ученой степенью магистра искусств и поступил на богословские курсы в доминиканский монастырь на улице Св. Иакова.
Занимаясь богословием у доминиканцев, Лойола приступил к созданию духовного братства, мысль о котором родилась у него, видимо, еще во время паломничества в Палестину. Вскоре к нему присоединились шестеро молодых людей, очень религиозных и фанатично преданных католической религии. Много повидавший и испытавший на своем веку Лойола пользовался среди них непререкаемым авторитетом, и они были готовы следовать за ним туда, куда он укажет. 15 августа 1534 г., в одном из подземелий Монмартра, где, по преданию, был замучен епископ парижский св. Дионисий, все семеро дали торжественный обет целомудрия и вечной бедности. По окончании учения все они обещали ехать в Палестину или отдаться в полное распоряжение Римского Папы. Фактически в этот день родился орден иезуитов.
В январе 1537 г. Лойола вместе со своими учениками, число которых к этому времени выросло до девяти человек, приехал в Венецию, откуда они собирались плыть в Палестину. Время, когда они предприняли путешествие, отличалось особенной напряженностью. Заразительный пример Лютера вызвал появление сотни религиозных реформаторов, благодаря которым престол римского первосвященника заколебался в самом своем основании. От папы отпали Англия, Швейцария, Франкония, Гессен, Бранденбург, Дания, Швеция и Норвегия. Идеи протестантизма нашли отклик в Пьемонте, Савойе, Франции, Шотландии и Польше. Гугеноты обосновались в Наварре. В самой Италии феррарская герцогиня Рене, кузина Маргариты Наваррской, училась богословию у Кальвина. В ожидании отъезда в Палестину члены братства решили получить благословение Рима.
Ближайшие сподвижники Лайолы Лефевр и Ксавье добились аудиенции у папы Павла III. Тот благосклонно принял их, благословил на миссионерский труд и разрешил принять сан у любого епископа. 24 июня 1537 г. в Венеции состоялось торжественное рукоположение в священники самого Лойолы и его единомышленников.
Тринадцать священников, связанных между собою клятвой, были готовы ехать в землю Обетованную, но в это время вспыхнула война с турецким султаном. Поездка откладывалась на неопределенное время, и Лойола предложил членам братства рассеяться по Италии, вербуя сторонников, а потом собраться в Риме и отдаться в распоряжение папы, как они и договаривались в монмартрских катакомбах. В скором времени ученики Лойолы появились в Виченцо, Тревизо, Бассано, Падуе, Вероне и других городах, проповедуя против ересей, распущенности духовенства и вербуя новых членов в свой кружок. Сам Лойола выбрал местом проживания Альбанетту, расположенную под стенами аббатства Монте-Кассино в области Терра ди Лаворо Неаполитанского королевства. С этого времени он начинает из простого члена братства и учителя превращаться в полновластного владыку и поступать как подобает генералу будущего всемирного ордена. Оставаясь по-прежнему в обращении с людьми тихим, мягким и ласковым, при надобности Лойола обнаруживает непреклонную стойкость и пламенное красноречие, называя своих сторонников «боевой дружиной», а религиозный кружок — «Братством Иисуса».
Осенью 1538 г. Лойола отправился в Рим, получил аудиенцию папы и предоставил себя самого и своих сторонников в полное распоряжение папского престола. Павел III был польщен покорностью людей, уже снискавших себе некоторую известность.
Лойола выразил желание создать духовный орден, члены которого имели бы своей задачей обходить весь свет, поражать дурных людей словесным мечом, исправлять возникающее зло, разрушать дьявольские наваждения и всеми силами стараться возвратить католической церкви ее блеск и величие. Хотя папа был противником создания новых орденов, эта идея ему понравилась. В пост 1539 г. в Риме начались заседания будущего Духовного братства. На первом же из них Лойола сказал: «Небо закрыло нам путь в землю Обетованную с той целью, чтобы отдать нам весь мир.
Немного нас теперь для такого дела, но мы умножаемся и начинаем формировать батальон. Однако никогда отдельные члены не окрепнут в достаточной степени, если между ними не будет общей связи; поэтому нам необходимо создать устав для семьи, собранной здесь во имя Бога, и дать не только жизнь новоучреждаемому обществу, но и вечность. Помолимся же вместе, а также и каждый отдельно, чтобы воля Господня исполнилась». Когда возник вопрос о названии ордена, Лойола предложил: «Если вы мне доверяете, то мы назовем наше общество «Товариществом Иисуса».
Зимой 1539 г. Лойола составил проект устава и передал его папе. Помимо трех обычных монашеских обетов, здесь был четвертый: «Посвятить свою жизнь постоянному служению Христу и папе, исполнять военную службу под знаменем креста, служить только Иисусу и римскому первосвященнику как его земному наместнику; только настоящий папа и его преемники будут повелевать орденом…»
Павел III сразу понял, что в лице общества, основанного Лойолой, он приобретает надежного союзника в борьбе с ересями. В качестве испытания он послал некоторых его членов с поручениями в города Италии. 27 сентября 1540 г. он подписал буллу, которой учреждалось «Товарищество Иисуса», или «орден иезуитов». Наступило время избрания генерала. Понятно, что на этот пост рассматривалась только одна кандидатура — Игнатия Лойолы. Он дважды отказывался от предложенной ему чести, но в конце концов, видя в единодушии членов братства неисповедимую волю Божию, дал свое согласие. На страстной неделе, 17 апреля 1541 года, этот выбор был утвержден Павлом III.
Приняв сан генерала, Лойола избрал местом своего постоянного пребывания Рим.
Управляя многосторонней деятельностью своих последователей, он продолжал работать в созданной им небольшой школе, куда даже богатые родители охотно помещали своих детей — так велика была его известность как педагога. Кроме того, Лойола регулярно посещал еврейские кварталы, проповедуя христианство, а также рыночные площади, дома терпимости и притоны, где наставлял падших женщин. В городе были созданы два приюта, для раскаявшихся грешниц и для бедных девушек из благородных семей. Но главным делом Лойолы оставалась разработка организационной структуры ордена. Папа разрешил создание общества, основываясь только на проекте его устава. Со второй половины 1541 г. и до самой своей смерти, которая последовала 31 июля 1556 г., Лойола продолжал работать над этим документом.