Наказания, обрушившиеся на Романовых и их родственников, были очень жестокими. Из следственного дела известно, что Федор Никитич после пострига стал монахом Филаретом. Его поместили в маленькую келью Антониево-Сийского монастыря без права ее покидать и общаться с кем-либо. Его жена Ксения стала монахиней Марфой. На почве переживаний у нее начались нервные припадки, которые потом мучили ее до самой смерти. Их маленьких детей, Татьяну — 7–8 лет и Михаила — 4 лет, отправили с родственниками в Белозерскую тюрьму. Там их дядя Б. К. Черкасский тяжело заболел и скончался. В плохом состоянии была и их тетка Марфа Никитична. Вторая тетка Анастасия была еще подростком.
Получалось, что жестоким репрессиям по надуманному поводу были подвергнуты не только взрослые мужчины, но и женщины с детьми. Опасность же для царя Бориса представлял только Федор Никитич Романов, двоюродный брат царя Федора Ивановича и старший среди братьев. У него как у кровного родственника умершего царя было больше прав на престол, чем у Б. Ф. Годунова.
Ф. Н. Романов был старшим сыном видного боярина Н. Р. Юрьева, приходившегося братом первой жене царя Ивана Грозного Анастасии. Он родился в его первом браке с В. И. Ховриной в 1554/55 гг. На правах царского родственника Федор Никитич все время служил при дворе, но боярство получил только в 1586 г. после смерти отца.
Федор Романов достаточно долго считался одним из наиболее завидных женихов Москвы. Он любил гарцевать на коне и одевался по последней моде. Голландский купец И. Масса так описал его: «Красивый мужчина, очень ласковый ко всем, так хорошо сложенный, что московские портные откровенно говорили, когда платье сидело на ком-нибудь хорошо: «Вы — второй Федор Никитич». Считается, что Федор Никитич женился довольно поздно, около 1590 г., когда ему было уже больше 30 лет. Его супругой стала Ксения Ивановна Шестова, принадлежащая к седьмому колену боярского рода Морозовых. В качестве приданого она получила костромское село Домнино с 57 деревнями и починками и село Клементьево с 14 деревнями около Углича. Первые дети в семье, близнецы Борис и Никита, умерли вскоре после рождения в 1592 г. Затем появилась на свет дочь Татьяна, в 1593 г. За ней в 1596 г. родился сын Михаил, будущий царь, и, наконец, вновь два сына: Лев и Иван, которые умерли в младенчестве.
При царе Федоре Ивановиче карьера Федора Никитича складывалась удачно. В Боярской думе он занимал почетное место, во время военных походов входил в состав Дворового полка. Его приглашали на все дворцовые праздненства, в том числе и на семейные. При царе Борисе сначала его положение оставалось прежним. Но потом выборный государь стал видеть в нем соперника и обрушил на него опалу вместе со всеми членами семьи и родственниками.
(Преображенский A. A., Морозова Л.E., Демидова Н. Ф. Первые Романовы. М. 2007. С. 31–32.)
После года с лишним пребывания Романовых в ссылке приставы были вынуждены сообщить в Москву что особенно тяжелое положение у белозерских узников. Они истощены от постоянного недоедания, одежда уже стала походить на лохмотья. Это заставило царя Бориса облегчить участь женщин и детей, которые не могли представлять для него угрозу Их перевели в селение Клин, находящееся в одной из бывших вотчин Романовых. Жизнь там была немного легче, чем на Белоозере, хотя и под наблюдением приставов. Но здоровье Михаила и Татьяны оказалось настолько подорванным, что до старости им не удалось дожить. Татьяна умерла в 18 лет либо от туберкулеза, либо от хронического малокровия. Михаил всю жизнь страдал от рахита и цинги.
Более печальной оказалась участь Александра, Михаила и Василия Никитичей. Первого отравили угарным газом, второй умер от голода и холода в земляной тюрьме, третий скончался от гангрены ног. Она началась у него от кандалов, в которые его заковал пристав Некрасов. Выжил только младший из братьев, Иван. С детских лет он страдал от церебрального паралича, поэтому тюремная стража была к нему достаточно милостива. К тому же для царя Бориса он не представлял угрозу, поскольку не мог претендовать на трон.
В итоге после репрессий Годунова выжить удалось только Федору-Филарету и Ивану Романовым. Никто из них уже не мог быть соперником ни царя Бориса, ни его сына Федора.
Дело Романовых, несомненно, произвело самое негативное впечатление на русское общество. Ведь пострадали не только они сами, но и их многочисленные родственники, а также все люди, которые им служили. По царскому указу никто не имел права нанимать их на службу, и их ждали высылка в отдаленные места и голодная смерть. Однако наиболее активные из боевых холопов Романовых бежали на южные окраины страны и влились в состав вольных казаков, живших на границе со степью. Там они стали мечтать о том, чтобы отомстить царю Борису, который только прикидывался милостивым и справедливым, а на самом деле жестокостью напоминал Ивана Грозного. Количество беглецов вскоре резко увеличилось из-за начавшегося в 1601 г. в северных и центральных районах России страшного голода.
Автор «Истории в память сущим» так писал об этом: «И яко сих ради Никитичей Юрьевых вскоре… и за всего мира безумное молчание, еже о истине к царю не смеющее глаголати о неповинных погибели, омрачи Господь небо облаки, и толико дождь пролися, яко вси человецы во ужас впадоша. И преста всяко дело земли, и всяко семя сеянное возрастши, разседеся от безмерных вод, лиемых от воздуха, и не обвея ветр травы земныя за десять седмиц дней, и прежде простертия серпа поби мраз сильный всяк труд дел человеческих в поле и в виноградех, и яко от огня поядена бысть вся земля. Году же сему прешедшу, ох, ох горе, горе всякому естеству воскличущу, и во вторый злейши бысть, такожде и в третье лето». (Сказание Авраамия Палицына. С. 253.)
Таким образом, из-за резкого похолодания в 1601–1603 гг. и трехлетних неурожаев в Русском государстве начался массовый голод. В деревнях люди ели коренья, кошек, собак, всевозможную падаль, а иногда даже занимались людоедством. В одиночку в то время путешествовать вообще было нельзя. Не лучше обстояло дело и в городах. На рынках, правда, продавали продукты, но за огромные деньги. Они были только у очень богатых людей. Остальным приходилось умирать прямо на улицах. Для организации их похорон царь был вынужден организовать особые команды, которые свозили трупы за город и закапывали в больших ямах.
Надеясь смягчить положение бедноты, Б. Ф. Годунов решил раздать им деньги из казны. Но сумма, которую получал каждый бедняк, была так мала, что не позволяла прокормиться. На раздаче денег нажились только нечестные дьяки. Зная, где будут их давать, они отправляли туда своих домочадцев в рваной одежде. Все вместе они приносили домой значительные суммы.
Тогда царь попытался установить контроль за ценами на продовольствие, но это привело к тому, что продукты вообще перестали поступать на рынки. Ничего не дала и продажа дешевого хлеба из государственных запасов. Крупные торговцы его просто скупили оптом, а потом вновь стали продавать уже по завышенным ценам.
Один современник так написал о ситуации в русском обществе в это время: «По всем градам и по всей России началось великое торжество сребролюбия». Некоторые жадные люди начали выгонять на улицу сначала своих холопов, а потом и домочадцев, не желая их кормить. Тем приходилось либо бежать на юг к казакам, либо умирать под открытым небом. Всего же за три года голода в одной только Москве умерло более 100 тысяч человек. Большую их часть похоронили в трех скудельницах (ямах) за городом. Некоторым посчастливилось быть погребенными около 400 церквей. В целом же население центральных областей России существенно уменьшилось.
Следует отметить, что в то время любое стихийное бедствие считалось карой Господней за грехи. Трехлетний голод, по убеждению русских людей, могло вызвать только какое-то очень серьезное преступление, и не рядового человека, а самого царя. Недруги Бориса сразу же вспомнили загадочную смерть царевича Дмитрия в Угличе и начали подумывать о том, не является ли Годунов цареубийцей.
В соседней Речи Посполитой король Сигизмунд III, все время мечтавший взять реванш за утрату Смоленска и северских городов, и представители католического духовенства зорко следили за ситуацией в России. Их лазутчики доносили, что голод ослабил страну, центральные области опустели, недовольство правлением царя Бориса растет и его положение становится все более шатким. Для свержения Годунова необходим был лишь тот, кто нанесет ему окончательный удар. И такой человек вскоре был найден.
Мнительный царь Борис постоянно чувствовал, что положение его непрочно. Ведь он не принадлежал к царскому роду и поэтому не имел законных прав на престол. Желая укрепить свое положение, он решил женить старшую дочь Ксению на одном из отпрысков европейских королевских домов.