Новгородцы и Югру причисляли к своим волостям; но мы видели, как непрочно было там их владычество. В 1465 году Иоанн велел устюжанину Василию Скрябе воевать Югорскую землю; с ним пошли охочие люди, пошел также князь Василий Ермолаич Вымский с вымичами и вычегжанами. Выведши много полона, они привели Югорскую землю за великого князя, двоих князей доставили в Москву, где великий князь пожаловал их опять югорским княжением и отпустил домой, наложивши дань. Давно уже вогуличи нападали на русские владения в Перми; мы видели, что епископ Питирим, один из преемников св. Стефана, пал их жертвою. В 1467 году 120 человек вятчан вместе с пермяками воевали вогуличей и взяли в плен князя их Асыку. В 1481 году вогуличи напали на Великую Пермь, проникли до Чердыни, но здесь настигли их устюжане под начальством Андрея Мишнева и побили. Асыка каким-то образом успел освободиться из плена, и в 1483 году великий князь послал на него воевод — князя Федора Курбского Черного и Салтыка Травина с устюжанами, вологжанами, вычегжанами, вымичами, сысоличами, пермяками. На устье Полыми встретили они вогуличей и разбили с потерею только семи человек своих, отсюда пошли вниз по Тавде, мимо Тюмени в Сибирскую землю, дорогою воевали, добра и пленных взяли много; от Сибири пошли вниз по Иртышу, с Иртыша на Обь, в Югорскую землю, где взяли в плен большого ее князя Молдана и других, и возвратились в Устюг 1 октября, вышедши оттуда 9 мая. В 1485 году по старанию пермского епископа Филофея князья югорские, кодские — Молдан, отпущенный из плена с детьми, да трое других — заключили мир под владычним городом Усть-Вымским с князьями вымскими — Петром и Федором, с вычегодским сотником и с владычним слугою, клялись лиха не мыслить и не нападать на пермских людей, а пред великим князем вести себя исправно; для подкрепления клятвы пили воду с золота, по своему обычаю. В последний год XV века был последний поход на Югорскую землю, на вогуличей, ходили воеводы: князь Семен Курбский, Петр Ушатый и Заболоцкий-Бражник с 5000 устюжан, двинян, вятчан; разными реками и волоками достигли Печоры, построили на берегу крепость и отсюда отправились за Уральские горы, которые перешли с большим трудом.
Так утверждение русского владычества на Каме, в Перми имело необходимым следствием подчинение и отдаленнейших стран северо-восточных, переход через Уральские горы, потому что дикие жители этих стран нападали на Пермь и тем самым вызывали на себя русское оружие. Но, вдаваясь все более и более на северо-восток по искони принятому направлению, распространяясь легко на счет диких финских племен, редко разбросанных по огромным пространствам, русские владения не могли с такою же легкостию распространяться на юго-восток, ибо там еще стояли своими вежами татары, ослабленные разделением на несколько орд, потерявшие для Руси прежнее значение безусловных повелителей, но в первую половину княжения Иоаннова еще не отказывавшиеся от притязаний на дань и долго после опасные, как разбойники неукротимые. Казань благодаря усобице между детьми Ибрагимовыми была приведена в волю великого князя московского, но отложилась перед смертью Иоанна и после долгих усилий окончательно была покорена только при внуке его. Золотая Орда рассыпалась окончательно при Иоанне III, но перед падением своим привела в сильный страх Московское государство, не оставляя своих притязаний на господство над ним. Увлекаемый новгородцами в борьбу с московским князем и не имея досуга и средств к этой борьбе, Казимир литовский хотел остановить Иоанна посредством татар. В 1471 году он послал в Золотую Орду к хану Ахмату татарина Кирея Кривого, холопа Иоаннова, бежавшего от своего господина в Литву. Приехавши к Ахмату, Кирей начал говорить ему от короля на московского князя многие речи лживые и обговоры, поднес богатые дары хану и всем вельможам его и бил челом, чтоб вольный царь пожаловал, пошел на московского князя со всею Ордою, а король с другой стороны пойдет на Москву со всею своею землею; вельможи были за короля, но хану в это время был недосуг; целый год продержал он у себя Кирея, не имея с чем отпустить его, а между тем вятчане, приплывши Волгою, овладели Сараем во время отсутствия хана, разграбили город, взяли пленных множество.
Не успевши вовремя отвлечь Иоанна от Новгорода, Ахмат пришел к московским границам только летом 1472 года, когда новгородский поход был уже кончен и великий князь мог направить все свои силы в одну сторону. Узнавши, что хан под Алексином, Иоанн велел идти к Оке братьям своим и воеводам и сам немедленно поехал в Коломну, а оттуда в Ростиславль, куда велел следовать за собою и сыну Иоанну. В Алексине было мало ратных людей, не было ни пушек, ни пищалей, ни самострелов, никакого городного пристрою, и потому великий князь велел воеводе алексинскому Беклемишеву оставить город по невозможности держаться в нем, но воевода не хотел выйти из города, не взявши посула с жителей; те давали ему пять рублей, но он требовал шестого для жены, и, в то время как происходила эта торговля, татары повели приступ. Воевода бросился с женою и слугами на другой берег, татары кинулись также в Оку догонять его, но поймать не могли, потому что в это время приспел на берег князь Василий Михайлович Верейский и не дал им переправиться. В тот же день пришли к Оке двое братьев Иоанновых, Юрий из Серпухова и Борис с Козлова Броду, да воевода Петр Челяднин с двором великого князя. Хан велел своим взять Алексин, но граждане храбро оборонялись и побили много татар. Скоро, однако, нечем стало более обороняться, не осталось ни стрелы, ни копья; татары зажгли город, и он сгорел с людьми и добром их; кто же выбежал из огня, те попались в руки татарам. Князь Юрий Васильевич и воеводы стояли на другом берегу и плакали, но помочь не могли по глубине Оки в этом месте. После хан спросил одного пленника: «Куда девались алексинцы? Сгорело их мало и в плен попалось также мало?» Пленник, которому посулили свободу за открытие, объявил, что более тысячи человек со всем добром забежали в тайник, выведенный к реке; татары взяли тайник, и тут уже ни один алексинец не ушел от них. Истреблением Алексина, впрочем, и ограничились все успехи Ахмата; слыша, что сам великий князь стоит в Ростиславле, царевич Даньяр Касимович с татарами и русскими — в Коломне, брат великого князя Андрей Васильевич — в Серпухове, видя перед собою многочисленные полки князя Юрия, как море колеблющиеся в светлом вооружении, хан двинулся назад, в свои улусы. По некоторым же известиям, Ахмат принужден был отступить вследствие моровой язвы, открывшейся в его войске; впрочем, страх Ахматов будет понятен и без моровой язвы, если справедливо известие одного летописца, что у русских было 180000 войска, стоявшего в разных местах на пространстве 150 верст.
После этого, как видно, заключен был мир между Ахматом и великим князем; под 1474 годом встречаем известие о приходе из Орды Никифора Басенка с Ахматовым послом Кара-Кучуком, который привел с собою 600 татар, принадлежавших к посольству, получавших поэтому пищу от великого князя, кроме 3200 купцов, приведших на продажу более 40000 лошадей. В 1476 году приехал в Москву новый посол от Ахмата звать великого князя в Орду; Иоанн отправил с ним к хану своего посла Бестужева, неизвестно с какими речами. Известно только то, что эти речи не понравились; есть известие, впрочем сильно подозрительное, что когда хан отправил в Москву новых послов с требованием дани, то Иоанн взял басму (или ханское изображение), изломал ее, бросил на землю, растоптал ногами, велел умертвить послов, кроме одного, и сказал ему: «Ступай объяви хану: что случилось с его басмою и послами, то будет и с ним, если он не оставит меня в покое». Гораздо вероятнее другое известие, что великую княгиню Софию оскорбляла зависимость ее мужа от степных варваров, зависимость, выражавшаяся платежом дани, и что племянница византийского императора так уговаривала Иоанна прервать эту зависимость: «Отец мой и я захотели лучше отчины лишиться, чем дань давать; я отказала в руке своей богатым, сильным князьям и королям для веры, вышла за тебя, а ты теперь хочешь меня и детей моих сделать данниками; разве у тебя мало войска? Зачем слушаешься рабов своих и не хочешь стоять за честь свою и за веру святую?» К этому известию прибавляют, будто по старанию Софии у послов и купцов татарских взято было Кремлевское подворье, будто София уговорила Иоанна не выходить пешком навстречу к послам ордынским, привозившим басму, будто древние князья кланялись при этом послам, подносили кубок с кумысом и выслушивали ханскую грамоту, стоя на коленях; будто Иоанн для избежания этих унизительных обрядов сказывался больным при въезде послов ханских; но можно ли допустить, чтоб отец и дед Иоаннов подвергались этим обрядам, если даже допустим, что иностранцы, свидетельствующие о них, и сказали полную правду?
Как бы то ни было, вероятно, что Ахмат не был доволен поведением Иоанна и в 1480 году, заслышав о восстании братьев великого князя и согласившись опять действовать заодно с Казимиром литовским, выступил на Москву; летописцы говорят, что и на этот раз король был главным подстрекателем. Получивши весть о движении Ахмата, великий князь начал отпускать воевод на берега Оки: брата, Андрея Меньшого, отправил в Тарусу, сына, Иоанна, — в Серпухов и, получивши весть, что хан приближается к Дону, отправился сам в Коломну 23 июля. Но хан, видя, что по Оке расставлены сильные полки, взял направление к западу, к Литовской земле, чтоб проникнуть в московские владения чрез Угру; тогда Иоанн велел сыну и брату спешить туда; князья исполнили приказ, пришли к Угре прежде татар, отняли броды и перевозы.