единоличной власти патриарха коллегиальной властью Синода созревало у Петра I на протяжении многих лет, и главной причиной этого решения было нежелание императора видеть в патриархе возможный параллельный центр власти (как это было при патриархах Филарете и Никоне). Император решил сам возглавить Церковь и максимально приблизить систему церковного управления к той, что существовала в протестантских странах. Идеологическая основа реформы была разработана фаворитом Петра архиепископом Псковским Феофаном Прокоповичем (1681–1736), автором «Духовного регламента», в котором прямо говорилось об опасности патриаршей власти для государства. После смерти Стефана Яворского Феофан Прокопович фактически возглавил Синод (с 1726 года в звании первого вице-президента). Феофан был одной из самых мрачных фигур в истории русского Православия. Мстительный и жестокий, он безжалостно расправлялся со своими идейными противниками, которых у него было немало. В период его единовластия в Синоде несколько архиереев, которых Прокопович считал своими врагами или которые выступали против петровской реформы, были лишены сана и сосланы в заточение в монастыри. Расправы над непокорными архиереями продолжились и после смерти Прокоповича, что к концу правления Анны Иоанновны практически положило конец сопротивлению высшего духовенства петровской реформе. В ходе реформы Петра I, направленной на превращение Церкви в социально полезный государственный институт, сокрушительный удар был нанесен по монашеству. В 1722 году было издано прибавление к «Духовному регламенту», касающееся монастырей и монашества, а в 1724 году Петр I подписал специальный указ о монахах и монастырях. Монашество здесь рассматривается как узаконенное тунеядство, с которым следует всеми возможными средствами бороться. При Петре I было запрещено основание новых монастырей без специальной санкции Синода, небольшие монастыри были объединены с более крупными, а некоторые вообще упразднены; имущество ряда монастырей было конфисковано. Репрессии против монастырей, начатые при Петре, продолжились при Екатерине I и Анне Иоанновне. В 1730 году монастырям было запрещено приобретать земли, а в 1734 году был введен запрет на монашеские постриги кого бы то ни было, за исключением вдовых священнослужителей и отставных солдат. Монастыри подвергались «разборам», осуществлявшимся Тайной канцелярией: монахов, постриженных в обход закона, лишали монашеского звания, подвергали телесным наказаниям и ссылали. Число монашествующих в период с 1724 по 1738 год сократилось на 40 процентов. Послабления в отношении монастырей и монашества наступили в царствование Елизаветы I, при которой были восстановлены многие обители. В 1761 году было дозволено постригать представителей всех сословий. Однако при Петре III началась секуляризация монастырских земель вместе с проживавшими на них крепостными крестьянами. Секуляризация продолжилась при Екатерине II. В 1764 году вышел указ о секуляризации всех церковных владений, включая имения Синода, архиерейских кафедр и монастырей. Более половины монастырей было упразднено: в частности, из 881 великорусского монастыря было упразднено 469. Численность монашествующих в великорусских губерниях сократилась вдвое — с 11 тысяч до 5450 человек. В XIX веке положение монашества опять стало изменяться к лучшему. Наряду с закрытием старых монастырей (в общей сложности в период между 1701 годом и серединой XIX века было закрыто 822 монастыря) начали возникать новые обители. В течение XIX столетия многие ранее закрытые монастыри были возобновлены. В период с 1810 года число монастырей выросло с 452 до 1025.
Начатые Петром I и продолженные его преемниками реформы, нанесшие сокрушительный удар по высшей церковной власти и монашеству, способствовали в то же время развитию духовного образования. Это напрямую вытекало из взглядов Петра на необходимость просвещения народа и на Церковь как на один из институтов, который должен этому способствовать. Духовные школы начали открываться в Московской Руси еще до Петра: в частности, в 1685 году братья Иоанникий и Софроний Лихуды открыли в Москве Славяно-греко-латинскую академию, впоследствии преобразованную в Московскую духовную академию.
Однако при Петре I, особенно после издания «Духовного регламента», открытие духовных школ приобрело систематический характер. Только в период между 1721 и 1725 годами семинарии и училища открылись в Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде, Харькове, Твери, Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, Рязани, Вологде и Пскове. Духовные школы продолжали открываться в течение всего XVIII века. К 1808 году в России насчитывалось 150 духовных школ, а к 1825 году, после учебной реформы императора Александра I, их было уже 340, в том числе 3 духовных академии (Киевская, Московская и Санкт-Петербургская), 39 семинарий, 128 духовных училищ и 170 церковно-приходских школ. Характерной особенностью духовных школ, созданных в петровскую и послепетровскую эпоху, было то, что преподавание в них велось на латыни, а учебная программа копировала программу западных иезуитских школ XVII века. Это было вызвано влиянием Киевской академии и ее выпускников, которые, приезжая в Московскую Русь, становились здесь архиереями, ректорами и преподавателями духовных школ. На латыни читались лекции, писались сочинения, принимались экзамены. В библиотеке Московской духовной академии до сих пор хранятся диссертации ее выпускников XVIII века, написанные на латыни. Надо отметить, что и архиереи того времени, в особенности выпускники Киевской академии, лучше изъяснялись на латыни, чем на русском. С судьбой духовных школ неразрывно связана судьба ученого монашества как особого класса внутри Русской Церкви. Концепция «чиновного ученого монашества» была закреплена высочайшим авторитетом еще в 1724 году, когда Петр I разделил монашеское сословие на два класса: тех, кто становится монахами «для удовольствования немощной совести», и тех, кто принимает монашество «для архиерейства и прочих учителей церковных». Сформулированная Петром I идея ученого монашества на два последующих столетия стала определяющей в жизни Русской Церкви. В отличие от монастырского монашества ученое монашество в XVIII веке не только не подвергалось гонениям, но, наоборот, выделилось в привилегированный класс, в руках которого сосредоточилось церковное управление. Как правило, выпускников духовных академий, изъявивших желание принять монашество, сразу же постригали, рукополагали в священный сан и назначали на преподавательскую должность в семинарию или академию. Наиболее одаренные становились затем инспекторами и ректорами академий, получая, кроме того, в управление монастыри; настоятелями монастырей они числились, как правило, номинально, заезжая туда на день-два или и вовсе их не видя. Последним звеном в карьерной цепи была епископская хиротония. Уже во второй половине XVIII века епископы не из числа ученых монахов стали большой редкостью. Такое положение сохранялось на протяжении всего XIX века.
Петровские реформы изменили положение приходского духовенства, которое в XVIII веке окончательно выделилось в отдельное общественное сословие. Дети священнослужителей, вне зависимости от их собственного выбора, были обязаны учиться в духовных учебных заведениях. Выход из духовного сословия был практически невозможен, так же как практически невозможно было (по крайней мере вплоть до середины XIX века) представителю иных сословий стать священнослужителем. Священный сан нередко передавался по наследству от отца к сыну или же переходил от тестя к зятю; выборность приходского духовенства, характерная для Московской Руси, в синодальный период была уничтожена.
