Вплоть до второй четверти XIX века политику правительства характеризовало стремление к сокращению численности приходов. Время от времени проводились «разборы» лиц духовного сословия (причетников и детей духовенства) на государственную и военную службу. Несмотря на все принимавшиеся правительством меры, происходил постепенный рост числа приходов и духовенства, однако этот рост был непропорционален росту населения. На рубеже XIX и XX столетий на душу населения приходилось в два раза меньше храмов и в шесть раз меньше священнослужителей, чем два века назад.
Если XVIII век был, по выражению протоиерея Георгия Флоровского, временем «вавилонского пленения» Русской Церкви, то XIX век стал временем постепенного преодоления западных влияний в духовном образовании и отхода от тех крайностей в области государственной политики по отношению к Церкви, которые были допущены в ходе петровских реформ. Синодальная система продолжала функционировать, в Синоде продолжал присутствовать обер-прокурор, постановления Синода продолжали выходить под грифом «По указу Его Императорского Величества». Однако Синод XIX века — это уже не та безвластная и безликая «духовная коллегия», которая была задумана Петром I, это орган, наделенный реальными полномочиями и способный к достаточно эффективным действиям. Среди членов Синода было немало блестящих и выдающихся иерархов, оказавших влияние на судьбу Русской Православной Церкви в целом. Впрочем, оказать влияние на церковную жизнь можно было и не участвуя в заседаниях Синода.
Это подтверждает судьба одного из самых выдающихся иерархов за всю историю мирового Православия — святителя Филарета, митрополита Московского (1782–1867). Его церковная карьера является типичной для России XIX века. Будучи сыном диакона, он окончил духовное училище, семинарию и академию, а в 1808 году, после принятия монашества, был назначен преподавателем философии в Санкт-Петербургскую духовную академию. В 1811 году Филарет возведен в сан архимандрита и в 1812 году назначен ректором академии. В 1817 году хиротонисан во епископа Ревельского, в 1819 году переведен на Тверскую кафедру, затем в Ярославль, а в 1821 году — в Москву. В 1826 году архиепископ Филарет возведен в сан митрополита Московского и назначен членом Святейшего Синода. В 1842 году он перестал ездить в Санкт-Петербург на заседания Синода, однако вплоть до кончины продолжал участвовать во всех серьезных церковных делах, будучи самым авторитетным иерархом своего времени. Московской митрополией Филарет управлял на протяжении 46 лет, и этот период стал «эпохой Филарета» не только для Московской кафедры, но и для всей Русской Церкви. В отсутствие патриарха Филарет сумел авторитетом своей личности в значительной степени восполнить тот канонический вакуум, который образовался после упразднения патриаршества. Не случайно после кончины Филарета обер-прокурор Синода А. Н. Муравьев писал: «Мы лишились великого светильника и поборника Православия, который, не будучи патриархом по сану, был для нас как истинный патриарх, ибо он решал все трудные вопросы церковные по данной ему свыше премудрости, и долго будет Церковь Русская чувствовать сие мнение».
Отношение Филарета к государственной власти было почтительным и благоговейным: в царе он видел помазанника Божия, который «всю законность свою получает от церковного помазания». Из этого напрямую вытекает обязанность царя защищать интересы Церкви.
Будучи предан царю и отечеству, Филарет в то же время боролся за большую независимость Церкви от государственной власти.
Обер-прокурором Синода в это время был граф Н. А. Протасов — человек властный и деспотичный, из-за разногласия с которым многие члены Синода лишались своего места. Причиной ухода Филарета из Синода было его недовольство всевластием Протасова: «Шпоры графа Протасова цепляются за мою архиерейскую мантию», — якобы сказал он по этому поводу. Филарет не был сторонником восстановления патриаршества и считал синодальную власть вполне подходящей для церковного управления. Однако он полагал, что Церкви должна быть предоставлена большая степень самоуправления.
С именем Филарета связаны многие исторические начинания. В 1821 году он по поручению Святейшего Синода составил православный катехизис, получивший общецерковное признание. В 1858 году по его настоянию был издан первый русский перевод Библии: работа над этим переводом велась на протяжении более сорока лет при непосредственном участии Филарета. По инициативе Филарета началась систематическая работа по переводу и изданию творений святых отцов на русском языке: эта работа осуществлялась силами четырех духовных академий — Московской, Санкт-Петербургской, Киевской и Казанской. Издание творений отцов Церкви способствовало освобождению русского богословия от влияния латинской схоластики, которое было определяющим на протяжении всего XVIII века.
Заботясь о повышении уровня образования духовенства, митрополит Филарет в то же время принимал живое и деятельное участие в проектах Николая I по улучшению светского образования. При участии Филарета была открыта целая сеть новых учебных заведений, увеличены средства на содержание школ, началось издание новых российских учебных пособий.
Велик вклад Филарета и в развитие монашеской жизни. Уже при первом объезде Московской епархии в 1821 году святитель заметил, что значительная часть монастырей не придерживалась общежительного устава, и в дальнейшем стремился к введению этого устава в подведомственных ему монастырях и к укреплению в них дисциплины. Особое внимание святитель уделял ТроицеСергиевой лавре, которую он посещал многократно в течение каждого года. Значительное число проповедей Филарета посвящено дням памяти преподобного Сергия: в этих проповедях святитель раскрывает свои взгляды на монашество и на внутреннюю духовную жизнь. Авторитет Филарета был в середине XIX века высок не только в среде духовенства, аристократии и в простом народе, но и в монастырях, где его справедливо считали одним из представителей великой традиции «умного делания».
Возрождение монашеской жизни в России началось в последней четверти XVIII века и продолжалось в течение всего XIX века. Причиной этого возрождения было как изменение государственной политики в отношении монастырей, так и внутренние процессы, охватившие широкие круги монашества и связанные с распространением в России старчества — феномена, известного с византийской эпохи. Родоначальником русского старчества считается преподобный Паисий (Величковский) (1722–1794), современник греческого движения колливадов. В 13 лет Паисий поступил в Киевскую академию, однако дух латинской схоластики, царивший там, был ему глубоко противен. Покинув академию, Паисий отправился в странствия по украинским монастырям, а затем поселился на Афоне, где стал настоятелем русского Ильинского скита. В жизнь скита Паисий ввел давно забытую практику «умного делания».
Особое внимание Паисий уделял изучению и переводу творений отцов Церкви. В святоотеческой литературе Паисий видел главное руководство к духовной жизни. В Нямецком монастыре Паисий собрал многочисленную группу учеников, которых обучал греческому языку: под его руководством они переводили святоотеческие книги и переписывали их.
Однако деятельность Паисия этим не ограничивалась. Он был выдающимся духовным руководителем и наставником «умного делания». Влияние Паисия в конце XVIII и в XIX веке распространилось более чем на сотню монастырей благодаря более чем 200 его ученикам, которые разошлись по