Весною того же 1654 года царь Алексей Михайлович сам повел войско к Смоленску и осенью взял этот город, а на следующий год взял Вильну, столицу литовскую, Ковно, Гродно. Но эти успехи были остановлены смутою в Малороссии. Богдан Хмельницкий умер в 1657 году, и выбранный на его место гетман Выговский изменил, передался полякам; изменник не долго продержался на своем месте; но и другие гетманы, бывшие после Выговского, тоже изменяли и тоже не долго оставались гетманами, потому что народ на восточной стороне Днепра не хотел слышать о поляках, хотел оставаться за русским государем; только на западной стороне Днепра часть казаков оставалась за Польшею, и у них был особый гетман. Смуты в Малороссии дали время полякам оправиться; к тому же крымские татары, боясь, чтобы Россия не взяла большой силы, помогали полякам. Война затянулась, а долгая война была невозможна для тогдашней России: людей и денег было мало; с торговых людей собирали особую подать на войну, а торговля была плохая; и купцам было не в силу платить. Поэтому в 1667 году заключено было с поляками перемирие в деревне Андрусове, недалеко от Смоленска: за Россией остался Смоленск, Северская страна и Малороссия по восточную сторону Днепра, а на западной только Киев.
В тот же самый год, когда кончилась война с поляками, царю Алексею Михайловичу дали знать, что на Дону собирается много казаков, хотят идти разбойничать на Волгу. Казаки эти были беглые господские люди и крестьяне. Начальники старых донских казаков, давно живших на Дону, неохотно смотрели на этих новых, пришлых казаков, которые назывались голутвенными людьми, т. е. голью, голяками; прибежавши ни с чем на Дон, они хотели поскорее понажиться, «добыть себе зипуны», как они сами говорили, т. е. пограбить чужих, а если нельзя чужих, то и своих. Эти голутвенные нашли себе предводителя в донском казаке Степане Разине. Сначала он хотел было поживиться на счет турецкого города Азова, находившегося при устье Дона, но старые казаки не пустили его под Азов, потому что были в мире с азовцами; тогда Разин перекинулся на Волгу, с Волги на Яик, или Урал, из Яика выплыл в Каспийское море, грабил все суда, шедшие из Персии в Астрахань, приставал к персидским берегам, опустошал села, города, разбил персидский флот. Летом 1669 года он приплыл с большою добычею в Астрахань и принес повинную государю. Алексей Михайлович простил его с условием, чтоб он отдал всех пленных, пушки, суда и спокойно возвратился на Дон.
Разин отправился из Астрахани на Дон и еще на дороге начал буйствовать; а когда пришел на Дон, то опять стали собираться к нему голутвенные; счастливые разбои на Каспийском море сделали имя его славным между ними; он прослыл колдуном, шла молва, что его ни ружье, ни сабля не берут и пушки по нем не стреляют. Разин стал предводителем особого большого войска и не хотел знать атамана донских казаков Корнила Яковлева, который был верен государю и не хотел пускать казаков на бунт. В 1670 году Разин со своею шайкою опять перекинулся с Дона на Волгу, захватил города Царицын, Камышин, Астрахань, оттуда поплыл вверх по Волге, взял Саратов, Самару; казаки его рассеялись по нынешним губерниям Нижегородской, Тамбовской, Пензенской, всюду поднимали бунт, разглашая, что у Разина находится царевич Алексей Алексеевич, недавно перед тем умерший, лучших людей истребляли. Разин осадил Симбирск; но здесь был задержан целый месяц, а между тем подоспело царское войско; Разин вступил с ним в битву, но потерпел поражение и бежал на Дон. Неудача отняла у Разина всю силу; непобедимость страшного колдуна исчезла, теперь никто не шел к нему, никто не заступался за него; атаман Корнил Яковлев схватил Разина и отослал в Москву, где его казнили смертью.
Но в то самое время как одно царское войско укрощало бунт Разина на Волге, другое войско осаждало Соловецкий монастырь, где засели бунтовщики-раскольники. Не было человека благочестивее царя Алексея Михайловича, и каково же ему было, когда при нем открылась в России смута церковная, раскол. До половины XVI века книги священные и богослужебные были у нас рукописные; благочестивый человек или сам переписывал, или нанимал писца и оставлял переписанную книгу у себя или жертвовал в церковь. Переписчик ошибался, не разбирал, или, не разобравши, от себя придумывал слово, выражение, сам делал толкование — смотреть за этим, поправлять каждую рукопись было нельзя. Но вот в 1563 году царь Иоанн Васильевич Грозный заводит в Москве первую типографию; как же печатать книги? Великая польза от типографии была та, что церковное начальство могло теперь взять издание книг под свой надзор, смотреть, чтоб в них все, было правильно; нужно было собрать рукописи, выбрать из них лучшую, самую правильную; но и в хорошей рукописи могут быть ошибки, перемены, надобно справиться с другими рукописями, как в них написано это слово, особенно, как оно написано в древнейших рукописях; если и тут недоразумение, если и древнейшие рукописи разнятся, надобно обратиться к подлиннику; так как наши книги переведены с греческого языка, то надобно справиться, какое слово в греческом подлиннике, и перевести его ближе, точнее. Но как было это делать у нас в XVI и XVII веках, когда не было училищ, не было ученых людей, которые бы и свой язык древний и новый знали хорошо, да и по-гречески бы хорошо знали? Стали исправлять, как умели: иные исправители, по невежеству, еще больше испортили; другим удалось поправить, выкинуть, например, лишнее; а невежды кричат: зачем это выкинуто, слово важное! Зачем такую ересь затевать, выкидывать слова из церковных книг! Так был обвинен в ереси и подвергся гонению знаменитый Дионисий, архимандрит Троице-Сергиева монастыря. А между тем греки, приезжавшие в Москву, говорили царю и патриарху, что в русском богослужении они замечают отступление от богослужения восточной церкви. Как тут быть? Своих ученых нет; надобно призвать из-за границы ученых, чтоб исправили как следует книги и уничтожили разницу в богослужении. Но эти заграничные ученые прежде всего, разумеется, должны быть православными. Такими могли быть греки и также малороссийские духовные: мы видели, что в Малороссии уже были училища, и потому между малороссийскими духовными были люди ученые. Царь Алексей Михайлович велел вызвать из Киева ученых монахов да греков и дал им исправлять книги. Этим обиделись прежние, московские исправители, которые до сих пор считались людьми знающими, искусными, а теперь на их место призвали из-за границы других исправителей, которые говорят, что прежние исправители делали дело не так, ошибались по невежеству. Чтобы защитить себя, поддержать свое достоинство, старые исправители начали толковать, что новым исправителям верить нельзя, греки живут под турецким игом, а малороссияне под польским, там у них уния. Слышались такие речи от людей, которые слыли знатоками дела, и вот между простыми людьми началось волнение: как это священные книги переменяют, пишут, печатают самое святое имя по-новому, Иисус вместо Исус, велят креститься не так, тремя пальцами вместо двух! Раздались вопли: до чего мы дожили, последние времена пришли, веру православную переменяют, антихрист народился! По старым книгам святые отцы молились и спаслись; а теперь по этим старым книгам не велят молиться, раздают новые, значит, царь, патриарх и все духовенство, которое приняло новые книги, изменили древнему благочестию, православной вере, впали в ересь; не надобно их слушать, ходить в их церковь, сообщаться с ними! Многие простые люди действительно поверили, что старое благочестие, православие гибнет от исправленных книг, и решили, что надобно стоять за старые книги и за старый крест во что бы то ни стало. Раскольники засели в Соловецком монастыре и выдержали в нем долгую осаду; царское войско должно было брать его приступом.
Исправление книг, против которого восстали раскольники, было решено на соборе 1654 года. Собор этот созвал патриарх Никон; он же и привел в исполнение решение собора и строго поступал с людьми, которые возмущали народ, крича о погибели древнего благочестия от исправления книг. Поэтому раскольники так и ненавидят Никона, приписывая ему все дело, тогда как он только исполнял решение собора. Сначала царь Алексей Михайлович очень любил и уважал Никона, который был человеком умным, деятельным, распорядительным, большим начетчиком в Святом писании и, по-тогдашнему, красноречивым. Царь, который был очень благочестивым, поступал во всем по совету патриарха. Никон, будучи от природы властолюбивым, воспользовался этим расположением к себе царя и приобрел себе большую власть и в светских делах, чем возбудил против себя вражду вельмож, которым тяжело было ему подчиняться, и тем более тяжело, что у Никона был раздражительный и жесткий характер, вовсе несогласный со званием патриарха; все имевшие дело с Никоном встречали в нем не кроткого пастыря церкви, не отца, а строгого господина, скорого на гнев, и гнев неумеренный. С течением времени и сам царь Алексей Михайлович увидал, что Никон заходит слишком далеко, и самому царю стал он тяжел, выходило, что в России два царя, и часто не знали, которого из них больше слушаться. Царь Алексей Михайлович, по своему мягкому характеру, никак не мог прямо объясниться с Никоном, твердо сказать ему, чтобы он переменил свое поведение, не забирал себе лишней власти. Алексей Михайлович, которому тяжело стало при Никоне, начал от него удаляться, избегать свидания. Никон, заметив это удаление царя, рассердился, и в Успенском соборе, после обедни, торжественно при всем народе объявил, что оставляет Москву, и уехал в Воскресенский монастырь, который сам отстраивал и назвал Новым Иерусалимом.
