Вместо Павлова командующим Западным фронтом стал генерал А.И. Ерёменко. Когда фронт был преобразован в Направление в середине июля, Ерёменко остался командующим фронтом, Тимошенко был сделан командующим Западного направления, а Шапошников назначен начальником Ген. штаба. В конце июля Шапошникова вызвали в Москву, где он и сменил Жукова на посту начальника Ген. штаба. Жуков стал командовать двумя резервными армиями, формируемыми в тылу Западного направления в центральном секторе около Москвы. Новый пост Жукова имел важное значение. Он должен был начать главное контрнаступление против группы армий Центр в районе Смоленска. Жуков писал в своих мемуарах: «Операция под Ельней была моей первой самостоятельной операцией, первой проверкой моих оперативных способностей в великой войне с гитлеровской Германией». Операция началась в середине августа, и к началу сентября войска Жукова освободили город, и очистили порядочный кусок территории от немцев. В советской прессе успех под Ельней был превознесён, как великая победа. Для иностранных корреспондентов было организовано посещение полей сражений.
Наступление под Ельней было первым из серии операций Красной Армии в смоленском регионе летом 1941 года. Город был взят немцами в середине июля, но жестокие сражения в районе Смоленска продолжались. Оборона советских войск блокировала продвижение немцев к Москве на расстоянии менее 200 километров от неё. Однако Ставка не рассматривала сражение под Смоленском, как оборонительное. Её стратегией оставалось наступление и нанесение контрударов, контратак, и контрнаступлений, подобных ельнинскому. Часто определяют задним числом эту стратегию, как успешную. Немцев задержали под Смоленском на два месяца, и тяжёлый опыт вермахта убедил Гитлера отложить продвижение на Москву, и перевести войска на более лёгкие, как тогда казалось, цели: Ленинград на севере, и Киев на юге. Психологическое превосходство над Красной Армией споткнулось, хотя в ряде случаев группе армий Центр удалось продвинуться весьма значительно. Но цена этих успехов была весьма высока. 100.000-я армия Жукова, например, потеряла треть своего состава под Ельней. И когда немцы возобновили своё наступление на Москву в конце сентября, Красная Армия оказалась не в состоянии их остановить, и потеряла отвоёванные такой дорогой ценой несколькими неделями ранее территории. Общие потери Красной Армии за два месяца сражений с немцами в смоленском сражении составили полмиллиона убитых и пропавших без вести, и четверть миллиона раненых.
Этот пример понесённых Советами потерь при наступлении, которое принесло лишь небольшой успех, часто повторялся на Восточном фронте летом 1941 года. Эта стратегия, которую обычно критикуют, позволила сделать главный вывод, что наступательные операции дают бОльший эффект и обходятся дешевле, и что временами отход выгоднее, чем сражение до последнего человека. Особенно яростно обвиняют Сталина, которого проклинают, как вдохновителя попыток неудачных наступлений летом 1941 года. Однако доктрина наступательных действий не была персональным детищем Сталина, или его ответственностью, но частью стратегических традиций и военной культуры Красной Армии. Сталин принимал это не потому, что это было стратегией, или было созвучно его политике и идеологии. Сталин был прежде всего волюнтаристом, полагающим, что для человека всё возможно. Военные цели, которые он поставил Красной Армии, определялись экономическими и политическими целями, которых он хотел достичь. «Нет крепостей, которые не смогли бы взять большевики», — таков был лозунг, выдвинутый Сталиным. И он постоянно требовал максимального выполнения того, что определялось политическими решениями (обычно выдвигаемыми им самим). К несчастью сталинские военные командиры были не более способны обсуждать и понимать его глобальные расчёты, чем его экономические, и политические кадры (которые «решают всё») обсуждать, и понимать поражения военных. Как отметил Давид Гланц: «Ставка совершенно неправильно понимала возможности своих собственных сил и вермахта… Это было врождённое преувеличение первого и преуменьшение второго. Как следствие, Ставка планировала своим силам нереальные задания. Результатом были предсказуемые бедствия… Неправильное понимание Ставкой того, что эти силы могут свершить, приводило к эффектному поражению».
Сталин полностью разделял это неправильное представление и, как Верховный командующий, нёс бОльшую часть ответственности за гибельные последствия такой практики. Как подчёркивал Тейлор (A.J.P. Taylor), сталинская приверженность наступательной доктрине «привела советские армии к более великим катастрофам, чем у других известных армий». Было много случаев, когда сталинская личная настойчивость приводила к тяжёлым советским потерям. Наиболее известный пример этого — поражение под Киевом в сентябре 1941 года.
Так как Юго-Западный фронт обладал наибольшим количеством дивизий, включая танковые, то он и добился бОльших успехов в торможении немецкого наступления после 22 июня 1941 года, чем его коллеги в центре и на севере России. Однако, в начале августа группа армий Юг подошла к Киеву, и военные «советники» стали убеждать Сталина, что нужно оставить украинскую столицу. 18 августа, однако, Сталин и Ставка издали директиву, что Киев не должен быть сдан врагу. В конце августа Красная Армия отошла к линии обороны вдоль реки Днепр, и Киев оказался на конце длинного уязвимого выступа. В этот момент генерал Гейнц Гудериан, известный немецкий танковый командир, и его 2-я танковая армия были отделены от группы армий Центр, и направлены на юг, чтобы атаковать Юго-Западный фронт с тыла, и угрожать окружением советских сил в Киеве, и вокруг него. Ставка наблюдала это продвижение, но Сталин был уверен, что свежесформированный Брянский фронт под командованием Ерёменко был в состоянии справиться с угрозой. 24 августа произошёл телеграфный разговор с Ерёменко, в котором Сталин спросил его, какие нужно выделить дополнительные силы его фронту для уничтожения мерзавца Гудериана. Ерёменко ответил: «Что касается этого мерзавца Гудериана, то нет сомнений, что мы постараемся выполнить задачу, поставленную вами по его уничтожению». 2 сентября, однако, Сталин засомневался и отправил Ерёменко следующее послание: «Ставка не довольна вашей работой… Гудериан и его группа должны быть разбиты вдребезги. Если этого не случится, то все ваши заверения об успехах ничего не будут стоить. Мы ожидаем вашего доклада об уничтожении группы Гудериана». Согласно Василевскому, 7 сентября военный совет Юго-Западного фронта запросил разрешение на отвод части сил к реке Десна для защиты своего правого фланга от наступления Гудериана. Василевский и Шапошников пошли к Сталину с этим предложением, намереваясь убедить его, что сдача Киева и отход восточнее Днепра сильно запаздывают. «Беседа была жёсткой и бескомпромиссной», — отмечает Василевский. «Сталин упрекал нас говоря, что (подобно маршалу Будённому) мы пошли по линии наименьшего сопротивления — отступать, вместо того, чтобы бить врага».
9 сентября Сталин утвердил частичный отвод, но «простое упоминание о необходимости оставить Киев», писал Василевский, «приводило Сталина в ярость, и он моментально терял контроль над собой. Мы очевидно не имели достаточно власти, чтобы устоять перед этой вспышкой неконтролируемой ярости, или (? ума, чтобы?) как следует понять нашу ответственность за надвигающуюся катастрофу». В телефонном разговоре с Шапошниковым 10 сентября Будённый, командующий Юго-Западным направлением, указал на провал сил Ерёменко по выполнению задачи и сказал, что без подкреплений он будет вынужден приказать отходить. Будённый попросил Шапошникова передать его мнение Верховному Командующему, но на следующий день он получил телеграмму со сталинской директивой: «Военный совет Юго-Западного фронта считает, что в ситуации, которая возникла, необходимо позволить общий отход фронта в тыл… Отсрочка отступления Юго-Западного фронта приведёт к потере войск и снаряжения. Запрашиваемое разрешение на отступление из района Киева безусловно поможет Юго-Западному фронту избежать окружения со всеми войсками и снаряжением». Позже в этот же день Сталин говорил с Кирпоносом, командующим Юго-Западным фронтом, и сказал ему: «Вы предлагаете отвести войска… Мы видим опасность…». Он приказал Кирпоносу прекратить думать об отступлении и направить все силы на борьбу с врагом. Сталин также принял в тот день решение отстранить Будённого от командования Юго-Западным направлением и назначить Тимошенко на его место. 13 сентября начальник штаба Кирпоноса подал рапорт Шапошникову заявив, что катастрофа произойдёт через пару дней. Приведённый в ярость Сталин продиктовал ответ лично:
«Генерал-майор Тупиков прислал паническое донесение… в Генеральный штаб. Ситуация напротив, требует, чтобы командиры всех степеней без исключения проявили ясный ум и сдержанность, но один запаниковал. Все войска на фронте должны понять необходимость упорно сражаться не оглядываясь назад. Каждый должен непоколебимо выполнять приказы товарища Сталина».
