Благодаря решению Фридриха передать управление Италией самим итальянцам, многие швабские феодалы чувствовали себя обманутыми, так как их лишили выгодных и почетных должностей. Король Конрад, от которого не так легко было получить дарственную грамоту, как и от его злополучного сводного брата Генриха (VII), будучи правителем государства находился в тяжелом положении. Если бы покушение на императора и его ближайших паладинов удалось, все герцогство Швабия должно было быть разделено между сподвижниками папы. В качестве задатка перебежчикам было выплачено 6000 марок серебром. Однако большинство немецких князей все еще не хотели идти на риск и выжидали. Конрад был для них еще «daz kint», чьи приказы значили бы не много, если бы непосредственно за ними не стоял авторитет отца. Фрайданк уже раньше сказал по этому поводу: «Князья как ослы: без хлыста от них ничего не добьешься».
В 1246 году, уготовившем Штауфенам столь жесткие испытания, принес и некоторые утешительные результаты: Конрад IV женился на Элизабет Баварской. Так как Австрия сразу после смерти Фридриха Воинственного, последнего Бабенберга, попала под власть штауфенских генерал-капитанов, короля-противника отделила от ломбардцев группа дружественных императору герцогств.
Когда Генрих Распе следующей весной захотел завоевать швабские города, то потерпел поражение при Ройтлингене и Ульме. Перед зимой он вернулся назад в Тюрингию, и уже 17 февраля 1247 года умер в Вартбурге. За его наследство началась многолетняя война между тремя боковыми ветвями династии. Третья и последняя жена Генриха Рапсе еще в 1250 году, уже будучи супругой графа Вильгельма Фландрии, в одной грамоте назвала себя «...по Божьей милости бывшей римской королевой, во все времена покровительницей государства»!
Приемником Генриха Распе после долгих напрасных поисков претендента в октябре 1247 года стал 19-летний граф Вильгельм Голландский, который даже не был имперским князем и вплоть до смерти Фридриха II не смог расширить свои владения больше нескольких земель по нижнему Рейну. Ничего не изменилось даже тогда, когда Папа подарил ему 30 000 марок серебром.
После восстания в Гроссето император держал Италию в ежовых рукавицах. Войско, которое привел в герцогство Сполето кардинал Райнер, было уничтожено тамошним генеральным викарием, поэтому городская папская партия не отважилось напасть на Сицилию, как это было задумано ранее. Стратегически важный пункт, Парма, не был потерян после бегства подеста Тибальда Франциска, и Эццелино да Романо, который должен был быть убит на одном обеде в гостях, начал в восточной Ломбардии настоящий «пир ужаса», что позднее было характерной чертой тирании Ренессанса. Быстрые успехи Фридриха привели в некоторых городах западной Ломбардии к дальнейшему сопротивлению, и в мае 1247 года удалось мирным путем вернуть даже Витербо.
Планируемый вначале переход через перевал Бреннер в Германию после смерти Генриха Рапсе стал менее срочным. Тогда Штауфен решил походом в Лион дать Папе повод еще раз основательно задуматься над проклятьем и низложением столь успешного противника. В завершении он хотел вторгнуться с сильным войском через Бургундию и штауфенский Эльзас в область рейнских архиепископов и рассчитаться со своими врагами в Германии.
Для этого похода Фридрих как германский император впервые пригласил итальянских рыцарей. Так как путь до стен Лиона был обеспечен родственными отношениями с могущественными городскими родами, а также переговорами с французскими феодалами, Папа мог начинать беспокоиться. Его самой сильной поддержкой был теперь французский король, который не желал терпеть прямого нападения на Святого Отца. Однако и он не был готов предоставить понтифику «политическое убежище» во Франции. Императорское войско уже сумело выступить из Турина в западные Альпы, когда печальная новость заставила прекратить это смелое, но обещающее успех предприятие. Без какой-либо надежной связи с важнейшей транспортной базой, Сицилией, поход был немыслим, а основная дорога, по которой поступало все необходимое, шла через альпийский перевал Ла-Чиза, контролировавшийся Пармой. Второй перевал блокировала враждебная Болонья. Полный глубоко укоренившегося недоверия к жителям Пармы, Фридрих несколько лет назад приказал убрать все оборонительные сооружения города. Это обстоятельство, а также большое торжество, устроенное гибеллинами, использовал бежавший из Пармы Орландо ди Росси – «искуситель» замученного до смерти Тибальда Франциска. С помощью 70 живших в изгнании пармских рыцарей он в одну атаку захватил город. Жители уже привыкли приспосабливаться к сменам власти. Главнокомандующий папско-ломбардского войска, бессменный Грегор фон Монтелонго, сразу же привел подкрепление и приказал возвести импровизированные укрепления. Король Энцио, который незадолго до этого прибыл в Парму, мог бы, по мнению хрониста, легко отвоевать город обратно, но он не отважился на штурм. Через 16 дней после потери города к нему подтянулись главные императорские силы, но защитники города тоже не теряли времени. Император был вынужден прибегнуть к длительной осаде, которая расценивалась всеми как последняя проба сил.
После того, как падение Пармы стало известным фактом, во всех генеральных викариатах вспыхнули восстания, которые были быстро подавлены, но привели к рискованному расколу штауфенских вооруженных сил. Кроме того, необходимо было предотвратить попытки ломбардцев снять осаду. В качестве примера жестокости воюющих может стать тот факт, что ежедневно несколько пленных жителей Пармы обезглавливалось перед стенами их города.
Чтобы и зимой держать Парму мертвой хваткой, император приказал возвести поблизости настоящий укрепленный город, который в ожидании верной победы был назван «Виттория». Следующей весной капитуляция казалась близкой, когда беспечность осаждавших, это порождение привычки, привела к роковому ответному удару.
Утром 18 февраля 1248 года Фридрих отправился на соколиную охоту на близлежащие болота (это он делал практически ежедневно). В это время защитники Пармы совершили вылазку, подготовленную шпионами, но все еще казавшуюся безнадежной. Небольшому отряд удалось выманить из ворот Виттории главнокомандующего ослабевшей от многих параллельных операций армии осаждающих. После этого на лагерь было совершено нападение, он был захвачен и подожжен. Напрасно подоспевший император пытался организовать сопротивление. Только большими усилиями ему удалось наконец отступить с немногими сопровождающими в Кремону. Верховный судья Таддеус фон Суэсса и другие члены императорского совета нашли в горящей крепости свой конец, а вместе с ними и 1 500 населения Виттории, в то время как победители увели в плен около 3000. Была потеряна вся государственная казна с драгоценными инсигниями, роскошными одеждами и украшениями. Были утеряны также невосполнимый охотничий штат, «гарем» Фридриха – охраняемые евнухами сарацинские рабыни -, а также загадочные рисунки придворных астрологов. Потеряно было и нечто более ценное: слава непобедимого императора.
Во всей центральной и северной Италии эта катастрофа воспринималась как приговор Господа против Фридриха. То, что император уже через три дня повел свои войска против в Пармы, не могло изгладить это психологическое впечатление. Жители Пармы воспрянули духом, поэтому императорским войскам показалось правильнее напасть сначала на другие города и разжечь во всей центральной Италии костры войны. После нового отделения Равенны (май 1248) была потеряна большая часть Романьи.
В общем положение Фридриха в Италии было достаточно стабильным, поэтому ни в коем случае нельзя утверждать – как это делали исследователи старшего поколения -, будто бы вместе с Витторией погибла фортуна Штауфена. Так как все генеральные викариаты были почти полностью заняты близкими родственниками императора, попыткам Папы переманить людей на свою сторону была противопоставлен мощный барьер. К «управленческой верхушке» принадлежали: король Энцио; Эццелино да Романо, зять императора; Манфред, сын одной итальянской возлюбленной; Фридрих Антиохийский, чья мать предположительно находилась где-то на Востоке; Генрих, сын третей императрицы, Изабеллы Английской; граф Ричард фон Тит, еще один внебрачный сын императора; графы Томас Аквинский и Ричард фон Касерта, а также генуэзский маркграф фон Каретто, молодые зятья Фридриха II; позднее и его внук Фридрих, сын короля Генриха (VII); графы Савойские, после того, как Манфред (будущий король) женился на дочери графа Амадеуса; наконец к ним присоединился и одноглазый угрюмый маркграф Уберто Паллавичини, как приемник короля Энцио единственный «король второго порядка», не принадлежащий императорскому дому.
С помощью беспощадно жестокой системы – причем взятие заложников и массовые изгнания сыграли свою зловещую роль – Фридрих смог наконец-то утвердить свою власть в городах и городах-государствах, где прежде у власти сменялись гвельфы и гибеллины. Его войска одерживали победы прежде всего в марке Анкона, в Венетии (где не доверяли понтифику-генуэзцу) и в Пьемонте. Когда в июле 1248 года Людовик IX Французский, который нуждался в Сицилии как в опорном пункте для своего крестового похода, хотел заставить Папу пойти на уступки, ситуация, казалось бы, прояснилась, но ничто не могло заставить Иннокентия IV пойти на мирные переговоры с «Антихристом». Борьба в Ломбардии продолжала подрывать экономические силы враждующих. Потерю государственной казны перед Пармой император попытался возместить введением специального налога, так что в королевстве Сицилия налоговое бремя увеличилось вдвое (вместо 60000 золотых унций в 1242 году было собрано 130000, которые один исследователь 1927 года оценил в 7,8 млн. рейхсмарок). Вскоре на Север потекли транспорты с деньгами, чтобы удовлетворить требования нетерпеливых наемных рыцарей.
