Петр не выдал Щепотева Шереметеву и не умалил значения шереметевского дела вследствие донесений Щепотева. В ответ на извещение о взятии Астрахани он писал фельдмаршалу: «Письма ваши принял и за неизреченную божию милость господа бога благодарили с изрядным триумфом, которою викториею над сими проклятыми воры вам, яко виновным оной виктории, поздравляем; за который ваш труд господь бог вам заплатит, и мы не оставим». Это неоставление заключалось в денежном окладе и пожаловании более 2400 дворов; сын Шереметева был назначен из комнатных стольников в полковники. Когда Меншиков объявил Шереметеву царскую милость, то фельдмаршал был очень весел и обещался больше на болеть. Но и Щепотев получил от государя также письмо: «Благодарствуем вам за ваши труды и прочее. По получении сего письма вы поезжайте к нам наперед тогда, как фельдмаршал с полками из Астрахани к Смоленску пойдет». По отъезде Шереметева управлять успокоенною Астраханью назначен был князь Петр Ив. Хованский.
Астраханский бунт, ограниченный одною местностию, нетрудно было затушить, когда донские козаки не дали ему разгореться. Мы видели причину этому; видели, как Петр был приятно изумлен невмешательством козаков, тем более что вести о волнениях на Дону не переставали приходить в Москву. Летом 1700 года дано было знать с персидской границы, что козаки, которые, учиня воровство, побежали с Дону к персидским границам человек с 500, осаждены от тамошних разных владельцев близ Каспийского моря, а которые из них вышли было на море для воровства над торговыми судами, разобраны ратными людьми, высланными из Астрахани. В том же году стольник и воевода князь Петр Дашков дал знать с Камышенки, что, собравшись, воровские козаки пришли под табуны и отогнали у ратных людей много лошадей. Воевода послал за ворами отряд войска, который отбил лошадей и захватил четырех воров; в расспросе и с пыток воры сказали: пошли они в прошлых годах из дворцовых сел, а в нынешнем 1700 году зимою с Медведицы городка Чернагая козак Нестерко Зиновьев прибрал к себе воров из разных козачьих городков и стал с ними станом на реке Медведице в луке, откуда посылал отгонять лошадей из полку князя Дашкова; на этих лошадях хотел атаман Нестерко ехать по городкам, по Медведице и Дону, звать вольницу и ехать на Аграхань через степь к козаку Костке Иванову, который прежде был в Паншине атаманом: присылал Костка товарища своего Губана с Аграхани на Дон для подговору в разные козачьи городки; в совете были и хотели идти на Аграхань поп Максимка Григорьев, Филка Архипов, прозвище Кисельная Борода, и множество других козаков из разных мест; умышляли — пришед на Аграхань, выходить на море и на Волгу-реку под Царицын для воровства и разоренья всяких людей и стругов. Прежний вор и раскольщик Митька Татаркин, который жил на Медведице в раскольничьем городке и ушел оттуда во время приходу государевых людей, теперь живет на Медведице же, в Черкасове, в юртовских гулебных станах, с товарищами, человек с 20, с женами и детьми, и к нему писали с Дону из Черкаского о совете два козака, чтоб им, соединясь, идти на Аграхань для воровства; Митька всем им велел готовиться, и к воровскому походу теперь готовы и хотят идти многолюдством, а как он, Митька, пойдет, и от него во всех верховых козачьих городках немногие люди останутся, потому что к его воровству все пристанут и слушают его во всем.
На это известие о воровских замыслах государь отвечал указом: «От великого государя на Дон войсковому атаману Илье Григорьеву и всему Войску Донскому: указали мы вам сего настоящего лета верховых донских городков козаков, которые живут по Хопру и Медведице и по разным рекам, перевесть и поселить по двум дорогам к Азову, одних до Валуйки, а других от Рыбного к Азову же, чтоб те оба пути впредь были населены и жилы, а буде вы, атаманы и козаки, нынешнего лета козаков не сведете и не поселите, и по нашему указу те хоперские и медведицкие козаки поселены будут в иных местах».
Ненависть к боярству, наклонность к самозванцам не переставала проглядывать на Дону. В августе 1701 года велено было взять в Преображенский приказ с Дону козаков: городка Тишанки Андрея Поминова с матерью, Левку Сметанина, городка Нижнего Чиру Игнатку Пчелинца. Левка говорил: «Царь Иван Алексеевич жив и живет в Иерусалиме для того, что бояре воруют; царь Петр полюбил бояр, а царь Иван чернь полюбил. Сказывал Левке про царя Ивана пришлый человек Авилка, который живет на реке Калитве Белой, впадающей в Донец; пришел Авилка Из Иерусалима, и донские козаки почитают его за святого, потому что он им пророчествует: в первый Азовский поход сказал, что Азова не возьмут, а во второй сказал, что возьмут; Авилка держится раскола». Пчелинец говорил про Петра: «Он не царь, антихрист; царица Наталья родила царевну, девицу, а вместо той царевны своровали бояре, подменили иноземца, Францова сына Лефорта». Козак Назарка Смирной говорил: «Азову за государем не долго быть: донские козаки, взяв его, передадутся к турскому султану по-прежнему».
Недовольные козаки говорили: «Теперь нам на Дону от государя тесно становится; как он будет на Дон, мы его приберем в руки и отдадим турецкому султану, а прибрать его в руки нам и малыми людьми свободно: ходит он по Дону в шлюпке с малыми людьми». Таким образом, сами недовольные признавались, что у них мало людей. Это малолюдство и давало донской старшине возможность прибирать их в руки при малейшем движении; это-то малолюдство дало старшине возможность удержать Дон от участия в астраханском бунте.
На западной Украйне козаки также не давали покою. Гетман Мазепа слал письмо за письмом о запорожских поведениях. «О злом намерении проклятых запорожцев мало не чрез всякого гонца моего и чуть не чрез всякую почту как великому государю, так и вашей вельможности я писал, а никакого ответа не имею», — писал Мазепа Головину. «Не так страшны они, запорожцы, понеже малое их собрание, и не так страшны пересылки с ними хана крымского, как то зело рассуждати надобно, что чуть не вся Украйна тем же запорожским духом дышет, понеже обыкность та, что народ посполитый своеволю любит, и всякий под властию пребывающий желает оной над собою не имети». Мазепа доносил, что запорожцы заключили союз с юртом Крымским, будучи особенно недовольны тем, что подле них царь строит крепость Каменный Затон.
Для объяснений по этим делам поехал к гетману знаменитый прибыльщик Курбатов, и Мазепа объявил ему, что в Каменный Затон необходимо сейчас же прислать два или три полка доброй пехоты на случай соединения запорожцев с ханом крымским: задержанных в Москве запорожцев и жалованье прислать к нему, гетману, или в Севск, чтоб можно было отослать их немедленно же в Запорожье, если запорожцы усмирятся, а после думать, как наказать их за прежние преступления. Изгнать запорожцев из жилищ их или привести в совершенное покорение трудно, во-1) потому, что если сядут в Сече в числе 5000, то идти на них надобно будет генеральною войною, что ныне невозможно, а Белгородским разрядом их не прогнать. Во-2) будет им помощь от хана. В-З) если, испугавшись большого войска, выйдут из Сечи, то пойдут во владения хана, поселятся на Кардашине, в низ Днепра к морю, или в прогноях, пущее разорение будут чинить, и иные к ним будут перебегать, а что турки хотят войны — это ясно, потому что без их позволения хан не заключил бы с запорожцами союза. Предложение было принято, задержанные запорожцы отпущены в Сечь. На Запорожье поехал стольник Протасьев с жалованьем и с требованием, чтоб запорожцы присягнули на верность великому государю. Козаки объявили Протасьеву, что им креста целовать не для чего, потому что они великому государю крест целовали прежде и потом не изменяли, хану крымскому никогда не присягали и посылали к нему не для измены, а для того, что прежде они знали, зачем ходили посланники из Москвы к туркам и в Крым, а теперь ни о чем не знают: ходят послы из Москвы и от гетмана в Турцию и в Крым мимо Сечи; для того они и посылали в Крым, чтоб подлинно обо всем осведомиться. Протасьев настаивал, чтоб целовали крест. «Присягнем тогда, — отвечали запорожцы, — когда прикажет великий государь снесть Каменный Затон и подтвердит грамотою права наши на земли по Днепру и Самаре». Все старания Протасьева привести их к присяге остались тщетными. По этому случаю Мазепа писал Головину: «Вижу, дондеже того проклятого пса, кошевого Кости Гордеенка, не станет, по тех мест не надеяться к твердой и всецелой от запорожцев верности. Не знаю, какой другой изобрести способ, дабы не токмо того безбожного тот уряд, но и дни его прекратити. Ныне паки пишу к желательным моим в Сечь, желая, чтоб сыскался и поднялся такой человек, дабы его, проклятого пса, не стало». Царь велел Мазепе приехать в Москву, а до тех пор не делать запорожцам никаких тяжких насилий.
Желание гетмана исполнилось: в июле 1703 года он писал Головину: «Слава господу богу! радением и неусыпным моим старанием проклятый пес Костя кошевой если не испустил проклятой своей души, то по крайней мере с кошевства с бесчестием скинут; понеже все поспольство на него восстало за то, что с разбойниками знался и добычу у них брал, и если б из Сечи в луга не ушел, то, конечно, не был бы жив. После сего побега выбрали в кошевые Герасима Крысу, и теперь можно надеяться, что войско низовое будет в надлежащем великому государю послушании». Но радость гетмана была непродолжительна: в сентябре он уже писал Головину: «Запорожцы своим желательством ко мне вновь отозвались: не только бедных людей селитреные майданы, нечаянно напав, совсем разорили, но и мой, гетманский, до основания снесли и учинили мне убытку на 8000 рублей. Не знаю, что с такими бездушниками впредь делать, понеже их никаким способом, ни милостию, ни дачами, ни вольностию, не можно усмирить». Новый кошевой сокрушается, что не может исполнить своего обещания, данного в Москве и в Батурине: со всех сторон прибывающее гультяйство над постоянным, добрым товариществом взяло силу и похваляется Новобогородицкий и другие городки разорять. В декабре новые вести: Крысу сменили и на его место снова выбрали Костю Гордеенка, который в начале 1704 года объявил прямо царскому посланцу: «Каменнозатонский воевода Шеншин чинит нам всякие обиды, лошадей отнимает, меня и все поспольство бранит и называет подданными своими, всячески угрожает, говорит, будто солдаты, бегая из Каменного Затона, живут у нас в Сече. Но у нас таких беглых солдат в Сече нет, а хотя б и были, то у нас издревле такое поведение: кто придет, тех принимаем, и, кто захочет, тот у нас живет. Да он же, воевода, присылает на кош людей своих для проведывания, что между нами чинится, а у нас мало ли какие есть пьяные козаки, говорят, кто что хочет, и того слушать у них нечего, да он же, воевода, держит нашего запорожского козака в колодке безвинно. И если он, воевода, и впредь будет так делать, то нам уже терпеть больше будет нельзя; чтоб от его злых поступков не учинилось какого возмущения, которое может обхватить и весь север, не возмутить бы этим и всю Малую Россию».