С установлением новой экономической политики, в соответствии с решениями IX съезда Советов от 6 февраля 1922 г., ВЧК была реорганизована в Особое Государственное Политическое Управление -- ОГПУ. В составе ОГПУ были созданы "Судебные коллегии ОГПУ", а в областных центрах "Особые тройки ОГПУ". Разница между ОГПУ и ВЧК заключалась только в том, что ВЧК уничтожала свои жертвы без всякого оформления, а ОГПУ должно было оформлять этот же акт путем передачи в Судебную коллегию ОГПУ, конечно, ничего общего с судом не имеющую. В этих судебных коллегиях ОГПУ дело слушалось без вызова обвиняемого и без вызова свидетелей на заседания, т. е. по правилам, применявшимся ранее в ВЧК. Основным отличительным признаком ОГПУ от ВЧК было то, что ОГПУ не рассматривало уголовных преступлений, дела о которых передавались в суды, но и это правило иногда нарушалось. Все контрреволюционные дела попрежнему входили в компетенцию ОГПУ. Размеры террора во время нэпа были несколько смягчены и сокращены, но это было временным явлением: начиная с 1928 года, деятельность ОГПУ вновь приобретает широкие размеры.
Законом от 10 июля 1934 года ОГПУ включено как Главное Политическое Управление Государственной Безопасности (ГУГБ) в созданный этим же постановлением ЦИКа и СНК СССР общесоюзный Народный Комиссариат Внутренних Дел (НКВД), причем часть функций ГУГБ -- НКВД, связанных с рассмотрением контрреволюционных дел, была возложена на военные трибуналы округа, а также на созданные при областных, краевых, железнодорожных и верховных судах специальные коллегии, состав которых был полностью укомплектован из работников НКВД. Результатом постановления ЦИК и СНК СССР от 10 июля 1934 года было то, что наиболее опасные контрреволюционные преступления подлежали передаче на рассмотрение в вышеуказанные судебные органы; за созданным этим же постановлением "Особым Совещанием при НКВД" было сохранено право только ограниченной внесудебной расправы, а именно лишь применение ссылок, высылки и заключение в лагерь на срок до 5 лет. Было ли это постановление об ограничении прав "Особого Совещания" проведено в жизнь, точных данных за период до 1936 года нет; с 1936 года становится известно, что "Особое Совещание" снова приговаривает к заключению в лагери на срок до 25 лет и к смертной казни.
Дела, следствие по которым велось в органах НКВД, распределялись между "Особым Совещанием", специальными коллегиями и военными трибуналами по следующему принципу: если в материалах дела имелись формальные основания для предания суду, то дело передавалось в специальные коллегии или военные трибуналы -- по подсудности; если же этих оснований не было, но в то же время, по мнению органов НКВД, арестованные все же подлежали (в предупредительных целях) осуждению, то дела на них передавались в "Особое Совещание".
К 1936 году "Особое Совещание" было переполнено такими делами и само уже не имело физической возможности их разобрать. Тогда во всех областных городах Советского Союза были созданы отделы "Особого Совещания", т. е. снова были восстановлены те же органы, какие были до реорганизации ОГПУ в НКВД, но тогда называвшиеся особыми тройками ОГПУ при управлениях ОГПУ в военных округах. Разница заключалась в следующем: тройки ОГПУ были только при военных округах, а теперь отделения "Особого Совещания" были созданы во всех областях, следовательно, их стало еще больше, чем было раньше. Кроме того, при областных управлениях милиции были созданы так называемые "милицейские тройки", которые осуждали к лишению свободы на срок до 5 лет, но только "социально-опасный", а не "контрреволюционный" элемент. Под рубрику "социально-опасный элемент" (кроме криминального элемента) входили все лица, в какой-либо мере нарушавшие правила только что введенной паспортной системы. Это относилось к правилам прописки вообще и особенно к режимным зонам столиц, областных городов и крупных индустриальных центров.
Количество осужденных этими "милицейскими тройками" в пределах всего СССР, по всей видимости, достигло одного-двух миллионов человек. Как пример, можно привести тот факт, что в концентрационном лагере, находившемся на восточном берегу Капорского залива (в 110 -- 120 км к западу от Ленинграда), в середине 1930 года из 18 тысяч находившихся там заключенных (15 тысяч мужчин и 3 тысячи женщин) около 40 процентов были лица, осужденные за нарушение паспортной системы, причем в большинстве осужденных во внесудебном порядке. Эти тройки были созданы, главным образом, по той причине, что "Особое Совещание" и его областные отделения были переполнены делами лиц, привлеченных к ответственности за контрреволюцию.
Максимального развития деятельность "Особого Совещания" достигла в период ежовщины (1936 -- 1938). Какое количество людей было отправлено в концентрационные лагери в этот период, неизвестно, но совершенно достоверно можно сказать, что оно равно не одному, а нескольким миллионам человек (в лагерях арестованные во время ежовщины носили название "ежовского набора" в отличие от предыдущего "набора", который назывался "кировским", т. е. состоял из арестованных после убийства Кирова на протяжении 1935 года: Киров был убит 1 декабря 1934 года). Усиленная деятельность "Особого Совещания" продолжалась до конца 1938 года, т. е. до снятия Ежова с поста народного комиссара внутренних дел; после этого она немного сократилась, но не надолго.
С начала войны в Европе работа НКВД снова начала принимать массовые размеры. Это стало особенно заметным с начала финской войны и присоединения Западной Украины и Западной Белоруссии, когда НКВД, кроме усиления репрессий в отношении населения старых областей Советского Союза, стало проводить большие репрессии по очищению территории вновь присоединенных областей от антисоветского элемента. Началась эта кампания с арестов так называемых "осадников" (так назывались польские военные поселенцы-колонисты в Западной Украине и Западной Белоруссии). Применение репрессий против "осадников" было только поводом к широкой чистке всего населения Западной Украины и Западной Белоруссии. Этот факт с достаточной очевидностью подтверждается уже тем обстоятельством,. что количество арестованных в этих областях достигло 13 процентов20 всего населения, в то же время как количество "осадников" едва ли превышало 2 -- 3 процента населения. Вся эта работа проводилась ГУГБ-НКВД и оформлялась "Особым Совещанием". После Западной Украины и Белоруссии наступила очередь и Прибалтийских республик.
С началом второй мировой войны и объявления на военном положении почти всей Европейской части Советского Союза деятельность нормальных гражданских судов, по существу, совершенно прекратилась. Почти по всему СССР народные и областные суды были упразднены и взамен их были образованы областные и районные военные трибуналы. Деятельность этих трибуналов протекала под непосредственным контролем органов НКГБ и они только формально подчинялись Народному Комиссариату Юстиции. Это касалось тылов Советского Союза, а во фронтовой полосе все судопроизводство было в руках Особых отделов армий, т. е. фактически в руках того же НКГБ.
Во второй период войны началась большая работа по очищению от "контрреволюционного элемента" территорий, бывших под немецкой оккупацией, а с ее окончанием началась проверка депортированных немцами советских граждан. Вся эта работа была проведена органами Министерства Государственной Безопасности. Народный Комиссариат Внутренних дел был в 1941 году разделен на Народный Комиссариат Государственной Безопасности (НКГБ) и Народный Комиссариат Внутренних дел (НКВД).
Во второй период войны Президиумом Верховного Совета СССР был издан указ от 19 апреля 1943 года, вводивший новые меры наказания -- смертную казнь через повешение и каторжные работы. Этот указ получил особо широкое применение. Меры репрессий по этому указу осуществлялись, главным образом, органами Министерства Государственной Безопасности, т. е. его "Особым Совещанием", и, в значительно меньшей степени, военными трибуналами, находившимися также под фактическим контролем МГБ. Следствие по всем этим делам велось исключительно в МГБ.
Расширенное толкование о применении указа от 19 апреля 1943 года органами МГБ приняло исключительные размеры. В подавляющем большинстве случаев применение на практике этого закона ничего общего с действительным содержанием и назначением указа от 19 апреля 1943 года не имело. Всякое малейшее соприкосновение советских граждан с немцами в занятых ими областях квалифицировалось военными трибуналами и органами МГБ как "пассивная измена" или "сотрудничество с немцами". Такие "преступления" как стирка белья немцам или работа на немецкой кухне или уборка помещений, занятых немцами, подводились под действие этого указа. Осуждались за эти "преступления" обычно женщины и подростки которые, чтобы не умереть с голоду, были принуждены работать у немцев. Они за это признавались "пособниками преступников войны" и приговаривались по указу к каторжным работам в лагерях на срок до 20 лет. Лица же, в действительности имевшие какое-либо отношение к управлению, организованному немцами в оккупированных областях (старосты, бургомистры и т. д.), приговаривались к смертной казни через повешение.