Даже после того, как на трон сел Абдул-Ахад, Ташкент по-прежнему проявлял беспокойство по поводу британского вмешательства в пользу Абдул-Малика. В декабре 1885 года русское пограничное командование сообщало в Самарканд, что в Каратегине ходят слухи о тайном сборе повстанцев Абдул-Малика, Сари-хана (изгнанного в 1869 г. бека Куляба) и других принцев, изгнанных из Кохистана и Коканда и стремившихся вернуть свои утраченные владения. В мае 1886 года губернатор Ферганской области предупредил Ташкент, что в Шугнане концентрируются афганские войска и ходят слухи о военном совете в Калькутте с участием британского вице-короля, эмира Афганистана, Абдул-Малика и Абдул-Карима (претендента на власть в Коканде). Предполагалось, совет принял решение об использовании британской и афганской помощи для приведения к власти в Бухаре Абдул-Малика, а в Коканде – Абдул-Карима. Кроме того, до Ташкента дошли слухи о передвижении британских войск в Бадахшане в направлении верховий Амударьи. Наконец, в июле 1888 года бухарский купец из бекства Гиссар известил чиновника русской пограничной службы, что Абдул-Малик и сын Сари-хана взяли Куляб, о чем было без промедления доложено в Самарканд и Ташкент. Несмотря на то что эти слухи были сильно преувеличены, а часто совершенно необоснованны, Россия не могла себе позволить игнорировать их, поскольку британские интриги в этот период повышенной международной напряженности вызывали большие опасения.
Россия не просто приняла во внимание признаки того, что британцы поддерживают центральноазиатских самозванцев. Во время обострения англ о-русского кризиса, последовавшего за инцидентом в Пенджехе и продлившегося до августа 1885 года, было решено повторить военные демонстрации 1878 года. В рамках подготовки к возможным действиям в Северном Афганистане войска из русского Туркестана двинулись в сторону Амударьи. От Музаффара было получено согласие на строительство моста где-то между Керки и Патта-Гиссар, а из флотилии на Аральском море реквизировали пароход «Ташкент», который перевели в Амударью. Осенью 1885 года напряженность спала. Угроза войны между Россией и Британией уступила место затянувшемуся кризису вокруг Афганистана и Болгарии, который продлился до начала 1888 года. Русские военные отказались от вооруженной демонстрации на границе с Афганистаном и переключились на создание сильной военной позиции на Амударье.
В начале 1886 года Абдул-Ахад написал генерал-губернатору Розенбаху, сетуя, что Бухара под угрозой, поскольку британцы вооружают и обучают афганские войска. Розенбах повторил свое предложение защитить Бухару с помощью размещения постоянного русского гарнизона и по одному батальону в Чарджоу и Керки. Недавно назначенный политическим агентом в Бухаре Чарыков провел переговоры с эмиром, который согласился на предложение Розенбаха, но взамен попросил, чтобы ему прислали в подарок 12 000 винтовок Бердана. В июле 1886 года русские гарнизоны появились в Чарджоу, и эмиру была отправлена 1000 винтовок. Абдул-Ахад, видимо, не был полностью удовлетворен такой сделкой, потому что 18 ноября Чарыков телеграфировал в Ташкент с просьбой прислать еще 1000 винтовок для эмира (получил он их или нет, осталось неизвестным). 28 октября Военное министерство одобрило размещение гарнизона в Чарджоу и Керки, ссылаясь на необходимость укрепления позиций России в Центральной Азии, чтобы противодействовать интригам Британии в Афганистане, защитить Бухару от угрозы нападения со стороны афганского Туркестана, а также нейтрализовать британскую политику в Азии и на Ближнем Востоке. В начале 1887 года силами ссыльных бухарцев была проложена дорога из Чарджоу в Керки вдоль левого берега Амударьи. Русским она не стоила ничего, и в мае 1887 года в Керки разместился русский гарнизон.
В 1886 году исполняющий обязанности генерал-губернатора генерал Анненков отказался от идеи строительства моста в среднем течении Амударьи в пользу создания на реке постоянной флотилии из двух быстроходных пароходов под контролем генерал-губернатора Туркестана. Флотилия была бы гораздо менее уязвима для нападения, чем мост длиной в три четверти мили. Кроме того, пароходы можно было бы использовать для поддержания связи и снабжения будущего гарнизона в Керки. Несмотря на то что по договору 1873 года Россия получила единоличный контроль над судоходством по участку Амударьи, являвшемуся русско-хивинской границей, а также право свободного прохода по бухарскому участку реки, она прекратила дальнейшие изыскания на Амударье и не пыталась организовать там регулярную навигацию. На фоне не спадающей напряженности между Россией и Британией предложения Гродекова и Анненкова были одобрены, и в конце лета 1887 года два парохода, оснащенные боевыми орудиями, прибыли в Чарджоу по железной дороге. К ноябрю 1887 года они были собраны и спущены на воду и следующей весной начали ходить по реке, используя в качестве опорной базы Чарджоу. С этого времени все девять месяцев, которые река была свободна ото льда, Амударьинская флотилия курсировала между Петро-Александровском и Керки, расположенных на расстоянии 375 миль, и служила линией связи и поставок между этими удаленными аванпостами империи и железнодорожной станцией в Чарджоу. Благодаря этой флотилии отпала необходимость в дороге Чарджоу – Керки, она перестала использоваться и пришла в запустение.
Усиление русской военной позиции на Амударье доказало свою полезность летом 1888 года, когда в Афганистане вспыхнуло восстание Исхак-хана, правителя афганского Туркестана и двоюродного брата эмира Абдуррахмана. В ожидании исхода восстания, которое в случае свержения Абдуррахмана могло иметь серьезные последствия для Британии, Россия увеличила свой гарнизон в Керки. Через несколько месяцев восстание было подавлено, Исхак-хан и многие афганские узбеки бежали через Амударью в Бухару, а сам Исхак-хан нашел убежище сначала в Карши, а затем в Самарканде. После окончания восстания русский гарнизон в Керки сократили с четырех до трех батальонов. Гарнизон в Чарджоу в то время состоял из двух батальонов.
С 1885 по 1888 год граница по Амударье была сценой постоянных мелких стычек между Бухарой и Афганистаном. В конце 1885 года некие бухарские туркмены совершили набег на афганскую границу и угнали несколько отар овец. По настоянию британцев Россия убедила власти эмира добиться возвращения украденных овец. Несколько раз афганские войска вторгались в левобережный Дарваз и переходили Амударью в Кулябе. В январе 1887 года из Бухары в русский Туркестан пришло сообщение, что Абдуррахман готовится провести кампанию к северу от реки. Однако мир удалось сохранить, и самым важным результатом затянувшейся англ о-русской напряженности в Центральной Азии после демаркации русско-афганской границы стало усиление русского военного присутствия в Бухаре.
Русские поселения
Вслед за землемерами, предварявшими строительство железной дороги, но еще до его окончания в Бухаре появились частные русские коммерсанты. Производители русского текстиля, искавшие новые источники сырья, сразу оценили полезность железной дороги, позволявшей быстро и дешево доставлять хлопок из Центральной Азии на русский рынок, а также политического агентства, защищавшего их деятельность. Несколько таких фирм выступили с предложением купить неиспользуемые бухарские государственные земли, расположенные в бекстве Чарджоу по берегам Амударьи, чтобы использовать их
