бухарского правительства требовалась и для того, чтобы нанять рабочих и купить строительные материалы, хотя поначалу Министерство иностранных дел считало, что моральная поддержка эмира важнее любой материальной помощи, которую он может оказать. Эту материальную помощь следовало строго ограничить, чтобы она не сказалась на благополучии бухарского населения и, таким образом, не настроила его против России.
Несмотря на сопротивление Музаффара, 22 июня Чарыков успешно выполнил свою миссию, эффективно направив беседу с эмиром на то, что железная дорога позволит России лучше защитить Бухару против Афганистана, если Кабул продолжит вести себя враждебно. Чарыков урегулировал все детали с кушбеги, и 25 июня они подписали протокол, согласно которому Бухара соглашалась на строительство железной дороги, оставляя за Россией выбор маршрута; обещала передать бесплатно все общественные земли, необходимые для прохождения полотна дороги и строительства связанных с ней сооружений; содействовать приобретению частных земель по справедливой цене, а также покупке строительных материалов и найму рабочих. 3 декабря 1885 года протокол получил императорскую ратификацию. По просьбе эмира соглашение не было предано огласке, чтобы избежать нежелательной общественной реакции в Бухаре. Кроме того, Музаффар попросил, чтобы железная дорога прошла как минимум в шести милях от столицы, что тоже должно было развеять опасения его подданных. В ответ на свое сотрудничество эмир попросил, чтобы в случае русско-афганской войны Бухаре было позволено вернуть себе афганский Туркестан, утраченный ею четверть века назад. Чарыков передал просьбы Музаффара в Министерство иностранных дел.
Нерешенной оставалась проблема выбора маршрута железной дороги от Мерва до Самарканда. Южный маршрут через Бурдалык и Карши был самым прямым и имел стратегическое преимущество, поскольку проходил вблизи афганской границы. Однако северный маршрут через Чарджоу и столицу эмира больше соответствовал интересам политики и торговли, поскольку открывал доступ к экономическому и политическому сердцу ханства. И Министерство иностранных дел, и генерал-губернатор Розенбах склонялись к северному маршруту, который в конце концов и был одобрен в октябре 1885 года. Железная дорога дошла до Чарджоу в конце 1886 года. Оттуда она протянулась вдоль Амударьи, пересекла Бухару и в мае 1888 года дошла до Самарканда, где остановилась на десятилетие. До Ташкента ее продлили в 1898 году. Несмотря на то что железная дорога была построена и управлялась Военным министерством для выполнения стратегических нужд, ее экономическая полезность вскоре затмила первоначальные цели.
Воцарение Абдул-Ахада
Соглашение о строительстве железной дороги стало последним важным делом Музаффара, поскольку 31 октября 1885 года случилась его давно ожидаемая смерть в возрасте 62 лет. Эмир, как обычно, уехал на лето в Карши, чтобы избежать крайне неприятной и нездоровой погоды, наступавшей в столице в это время года, но тем не менее именно в Карши его настигла эпидемия, вызванная плохой водой и отсутствием гигиены. Уже будучи смертельно больным, Музаффар вернулся в свою резиденцию рядом со столицей. Вечером 30 октября кушбеги Мухаммад и сводный брат эмира диван-беги Астанакул, предвидя неминуемый конец и опасаясь уличных беспорядков и мятежа, когда новость выйдет наружу, перевезли эмира в его дворец в столичной цитадели, где было более безопасно. Там Музаффар и умер. Мухаммад и Астанакул держали смерть эмира в секрете, а тем временем отправили посыльного к официальному наследнику Абдул-Ахаду, который находился в 40 милях от столицы, в Кермине. Абдул-Ахад немедленно выехал в Бухару вместе со своей свитой. Через 11 миль пути ему посчастливилось нагнать генерал-лейтенанта М.Н. Анненкова, руководившего строительством Центральноазиатской железной дороги, который возвращался из Ташкента в Мерв с последними планами по строительству. Анненков сопроводил Абдул-Ахада в Бухару, продемонстрировав тем самым, что Россия поддерживает наследника. 1 ноября Абдул-Ахад въехал в столицу, и через три дня его короновали.
Известия о смерти Музаффара и коронации Абдул-Ахада дошли до Ташкента из Бухары по телеграфу 1 ноября. Чарыков быстро организовал получение от Министерства иностранных дел приказа, на такой случай заблаговременно утвержденного императором. Приказ предписывал генерал-губернатору немедленно признать Абдул-Ахада и содействовать ему всеми доступными средствами. Губернатору Сырдарьинской области генералу Н.И. Гродекову, исполнявшему обязанности генерал-губернатора на время отсутствия Розенбаха, оставалось только подчиниться, хотя он был одним из тех, кто ратовал за аннексию Бухары. Новому эмиру послали поздравительную телеграмму; войска в Самарканде привели в состояние боеготовности, чтобы при необходимости выступить в Бухару; военные разведчики были отправлены в Гиссар, Шахрисабз и Карши, чтобы сообщить о ситуации; к Абдул-Ахаду направили официальное посольство. Но военные приготовления русских оказались не нужны, поскольку новый эмир с самого начала уверенно взял ситуацию в руки. Он лишил постов двух своих братьев, беков Гиссара и Чарджоу, которых заподозрил в сговоре с Абдул-Маликом, выдал замуж бездетных жен претендента на трон и отправил в тюрьму двух других его жен вместе с их отпрысками.
Благодаря предосторожностям бухарских и русских властей Бухара успешно пережила переход к новому правлению, которое, как давно предсказывали многие наблюдатели, стало прелюдией к ликвидации ханства и аннексии его Россией. Абдул-Ахад спокойно воцарился на троне отца, отчасти благодаря предварительному согласию России и своевременной демонстрации ее поддержки.
Русские политические агентства
Решение Петербурга провести Центральноазиатскую железную дорогу через Бухару в Самарканд в конце концов разрешило разногласия между Министерством иностранных дел и Ташкентом по поводу учреждения поста политического агента при дворе эмира. Огромное количество вопросов, которые неизбежно должны были возникнуть по ходу строительства железной дороги и, как следствие, наплыва в ханство непредсказуемого числа русских подданных, требовало присутствия постоянного представителя для принятия немедленных действий на месте. Таким образом, Министерство иностранных дел добилось своего. На основании статьи 16 договора 1873 года 12 ноября 1885 года в Бухаре было учреждено Российское императорское политическое агентство, подчиненное Министерству иностранных дел. К работе оно приступило 1 января 1886 года. Тем же самым указом с параллельным вычетом 5500 рублей из бюджета генерал-губернатора, последний лишался права обмениваться посольствами с эмиром, а также ликвидировался пост дипломатического чиновника в Ташкенте. Однако в 1894 году этот пост был восстановлен.
Несмотря на победу Министерства иностранных дел, поражение Ташкента не было полным, так как учреждение политического агентства открывало новый официальный канал связи между Россией и Бухарой, не закрывая первоначальный канал. Поскольку политический агент являлся членом российского дипломатического корпуса, кем-то большим, чем консул, но меньшим, чем посол в суверенном государстве, он отвечал перед Министерством иностранных дел. Таким образом, на деле Абдул-Ахад имел прямые отношения с императорским правительством, которых так долго и безуспешно добивался его отец. Вместе с тем право генерал-губернатора Туркестана поддерживать отношения с соседними ханствами никогда не отменялось. Напротив, временное положение 1890 года, которым учреждалась автономия Закаспийской области, специально подтверждало юрисдикцию генерал-губернатора Туркестана над всеми отношениями с эмиром Бухары и ханом Хивы. Однако с 1885 года