26 сентября в Таллине, с целью обсуждения советских предложений, состоялось совместное заседание комиссий по иностранным и военным делам Государственной думы и Государственного совета. Всем присутствовавшим было ясно, что предложение Москвы является ультиматумом, непринятие которого приведет к военному конфликту, а навязываемый Эстонии договор — не что иное, как форма протектората. Было очевидным и то, что после разгрома Польши и начала войны в Европе реальной помощи ждать неоткуда. Главнокомандующий вооруженными силами генерал Йохан Лайдонер прямо заявил, что в столкновении с Советским Союзом поражение и гибель государства неизбежны: «Кроме всего прочего, трудно начинать войну, когда тебе предлагают договор о помощи. Это было бы пропагандистским поводом для России, воздействие которого нетрудно представить. Мы в таком положении, что нам очень трудно оказать сопротивление. Нас ставят в такое положение, что мы должны сделать первый выстрел». Оказавшись перед небогатым выбором: договор или война, эстонское руководство единогласно решило подписать соглашение, дабы сохранить «физическое существование нации». Общее мнение выразил член Госсовета И. Пухк: «Мы попытаемся сохранить свой народ, так как если Россия явится сюда, то всех нас вывезут на ее территорию. Договор России с нами сейчас — лишь начало, он может быть распространен на Финляндию и другие страны. По крайней мере, можно ожидать этого. Постараемся заключить только хороший договор, насколько это возможно».
27 сентября эстонская делегация во главе с Сельтером вновь вылетела в Москву, где приземлилась одновременно с самолетом Риббентропа. Почти сразу по прибытии эстонцев, чтобы не терять зря время, пригласили в Кремль для продолжения переговоров.
Все предшествующие дни советская пресса продолжала раздувать психоз по поводу «иностранных подводных лодок, скрывающихся в Балтийском море», засекреченной диверсионной базы «где-то недалеко от берегов Эстонии» и многочисленных перископов, которые наблюдаются советскими кораблями. Наконец, 27 сентября в 20.00 ТАСС бабахнуло сообщение о торпедировании в 18.00 неизвестной субмариной парохода «Металлист» в Нарвском заливе, 15 членов экипажа удалось спасти, пятеро пропали без вести. Несомненная провокация была разыграна как по нотам (Согласно показаниям эстонских пограничников, они наблюдали с берега сопровождаемое советскими эсминцами гражданское судно спустя 40 минут после его «утонутия». По некоторым данным, героиней этой «оперы» была подводная лодка Щ-303 «Ёрш»). Уже в 20.30 Молотов огорошил едва усевшуюся за стол переговоров эстонскую делегацию «плохими вестями»: в Лужской бухте торчат черт знает чьи перископы, потоплен советский пароход, погибли члены команды, «общая картина» изменилась, а безопасность Советского Союза требует уже не только размещения на территории Эстонии морских и воздушных баз, но и права «в течение нынешней войны в Европе держать в разных ее местах 35 000 человек пехоты, кавалерии и авиации», то есть армию, по численности почти вдвое превосходящую эстонские вооруженные силы. Таким способом Красная Армия предотвратит втягивание Эстонии и Советского Союза в войну и обеспечит «внутренний порядок» в Эстонии.
Ошарашенный Сельтер заявил, что новое советское предложение означает не договор о военном сотрудничестве, а фактическую оккупацию и потому совершенно неприемлемо. Тогда по предложению Молотова в переговорах принял участие Сталин. Генсек разъяснил тугодумным эстонцам привычным языком, что крупный советский контингент нужен для их же блага: гнездящиеся в стране реакционные международные силы и «плохие деятели», недовольные заключенным с СССР договором, могут устроить «распри и диверсии», а при наличии сильного соединения Красной Армии «никто не осмелится предпринять подобное». К тому же это временная мера, после того «как минует война», мы свои войска выведем. Однако делегация, готовая обсуждать вопрос о численности советского персонала, категорически отвергла тезис о том, что чужие солдаты будут обеспечивать в Эстонии внутренний порядок. Спор зашел в тупик, и совещание было прервано.
Параллельно с выкручиванием рук эстонцам в Москве вечером 27 сентября проходили переговоры с Германией, на которых были затронуты и прибалтийские проблемы. Риббентроп, уже будучи в курсе советских предложений Эстонии и полагая, что это «следует понимать как первый шаг для реализации прибалтийского вопроса», просил советское правительство сообщить, «как и когда оно собирается решить весь комплекс этих вопросов». Выслушав заявление Сталина о намерении создать военные базы в Эстонии «под прикрытием договора о взаимной помощи», Риббентроп поинтересовался, «предполагает ли тем самым Советское правительство осуществить медленное проникновение в Эстонию, а возможно, и в Латвию». Сталин ответил положительно. Латвии Советское правительство намерено сделать аналогичные предложения о заключении пакта. Если же Латвия не проникнется в полной мере необходимостью обеспечить безопасность СССР, то Красная Армия с ней расправится в самые короткие сроки.
Что касается Литвы, то в случае подписания соглашения с Германией об обмене территориями Советский Союз незамедлительно предпримет «особые меры для охраны своих интересов» (Вопрос был поставлен весьма своевременно, поскольку в Берлине еще 20 сентября был подготовлен проект секретного договора о защите Литвы германскими войсками. В документе говорилось, что Литва при сохранении своей государственной независимости становится «под охрану» Третьего Рейха. А 25 сентября Гитлер подписал директиву № 4, согласно которой следовало «держать в Восточной Пруссии наготове силы, достаточные для того, чтобы захватить Литву, даже в случае ее вооруженного сопротивления»).
Иосиф Виссарионович полагал, что после показательного разгрома Польши от прибалтов «в настоящее время не предвидятся никакие эскапады, потому что все они изрядно напуганы». В итоге переговоров Литва была передана в сферу интересов СССР, при этом, в целях устранения затруднений при проведении пограничной линии, часть литовской территории на юго-западе страны предназначалась для передачи Рейху. Имперский министр просил «оставить эту полосу литовской территорий неоккупированной». Таким образом, используя в документах дицломатические формулировки и дефиниции, высокие договаривающиеся стороны прекрасно понимали, что речь идет именно об оккупации и растянутой по времени аннексии.
28 сентября, пока Риббентроп лорнировал балерин на «Лебедином озере», продолжались выработка текста договора и споры с делегацией Эстонии о местах базирования советского флота. Основные дебаты развернулись по поводу желания Москвы устроить свою военно-морскую базу в Таллине, против чего эстонцы энергично возражали, резонно полагая, что столица не/может быть превращена в военную базу чужой страны, и вопроса о численности вводимого в страну контингента. Эстонское правительство полагало, что для обслуживания и обороны советских аэродромов и баз вполне достаточно пяти тысяч военнослужащих. Иосиф Виссарионович назвал цифру в 25 000 человек минимально необходимой, пояснив по-дружески: «Не должно быть слишком мало войск — окружите и уничтожите». Новоприобретенные сталинские союзники были шокированы: «Это оскорбительно. Мы заключаем союзный договор, а Вы говорите так, будто мы злейшие враги, которые должны все время опасаться нападения друг друга».
«Делегация пришла к выводу, — писал в отчете Сельтер, — что пожелания Советского Союза в части спорных вопросов очень тяжелые. Все же делегация, исходя из чувства ответственности перед государством и народом Эстонии, которую на нее возложила история, не могла действовать иначе, как продолжить переговоры, делать все что возможно для смягчения условий и в итоге заключить договор. Тем самым делегация выполнила бы наказ правительства и свой долг перед народом. В противном случае ему угрожали бы не война и завоевание, но и частичное уничтожение».
Наконец в полночь Пакт о взаимопомощи между Эстонской республикой и СССР сроком на 10 лет, предусматривавший взаимную «всяческую помощь» в случае нападения или угрозы нападения «со стороны любой великой европейской державы» и ввод 25-тысячного контингента Красной Армии, был согласован и подписан. Советский Союз добился права разместить свои базы на островах Сааремаа, Хийумаа и городе Палдиски. В течение двух лет советские военные корабли могли заходить в Таллинский порт для стоянки и пополнения запасов. Эстония получила заверения в неприкосновенности своего суверенитета и Соглашение о торговом обороте на период с 1 октября 1939-го до 31 декабря 1940 года. Пакт вступал в силу 4 октября, после обмена ратификационными грамотами. Сталин, довольный исходом дела, поздравил Сельтера: «Могу Вам сказать, что правительство Эстонии действовало мудро и на пользу эстонскому народу, заключив соглашение с Советским Союзом. С Вами могло бы получиться, как с Польшей. Польша была великой державой. Где теперь Польша?» И подарил каждому члену эстонской делегации по двадцать бутылок кавказского вина — запить пилюлю.