Японцы в это время приходят к выводу, что они, планируя военные действия, недооценили значимость Порт-Артура. Частью проблемы был флот. Трудно было предсказать степень его будущей возможной подвижности и готовности, рискуя всем, выйти в море. Но исключить из списка возможных вариантов его неожиданной активизации тоже было нельзя. Адмирал Того не имел пока возможности заверить армию, что высадка на Ляодунском полуострове гарантирована от неожиданных ударов, что русские корабли ей не помешают. Он решил еще раз попытаться «запечатать» гавань Порт-Артура. Первым делом вице-адмирал Камимура (командующий Вторым флотом) минировал все подходы к Порт-Артуру — эффективность этого была только-что была так жестоко доказана. Заложены были 75 новых мин.
Тем временем поздняя дальневосточная весна все же пришла и во Владивосток. В заливе Золотой Рог растаял лед, и контр-адмирал Эссен решил использовать возможности своей небольшой эскадры для нападения на японские транспорты и торговые суда. На большее он пока не рассчитывал. Утром 26 апреля 1904 г. четыре самых быстрых крейсера — «Рюрик», «Россия», «Громобой» и «Богатырь» в сопровождении двух торпедных катеров наткнулись в море на японский транспорт «Киншу Мару». Сдача в течение часа или потопление. Час прошел, японцы замерли, и торпедный катер нанес удар. Многие офицеры тонущего корабля совершили хара-кири в своих каютах. Часть команды села в лодки, но солдаты предпочли морскую пучину или удар штыком своего товарища. Не сдался ни один солдат. Русские широко раскрыли глаза. Так начинался век нового типа войны, когда ожесточение преодолевало инстинкт самосохранения.
Теперь на японской стороне задача обеспечения высадки японских войск на Ляодунском полуострове непосредственно легла на плечи адмирала Того, обосновавшегося на своей новой базе — на островах Эллиота. Обратим внимание на этот момент. Война началась недавно, бог войны был заметно благосклоннее к японцам, но в осторожном Токио уже приходят к выводу о недостаточности контингента боевых японских кораблей для блокады сразу двух российских эскадр, для одновременного обеспечения безопасного выхода на евразийский континент, для упреждения эффекта Транссиба, по которому неустанно катились колеса из Европейской России. Заметим, что практически все торговые суда Японии были мобилизованы и использовались в качестве транспортов для Второй армии. При этом японская армия считала свой выход на сопки Маньчжурии более важным, чем потопление того или иного корабля. Судьба войны решится в крупномасштабных полевых сражениях, а не в морских схватках, какими ожесточенными и эффектными они ни были.
Японской стороне нужно было спешить. Именно этим объясняется конечное согласие верховного командования в Токио на формирование новой группы самоубийц, готовых рисковать собой ради полного закрытия гавани Порт-Артура. В короткий срок нашли 12 очень старых кораблей. Погибнуть за империю вызвались 224 офицера и солдата. Им запретили писать письма, операция проводилась в обстановке строжайшей секретности. 1 мая начался этот поход 12 кораблей, груженных бетоном и камнями, сопровождаемых всем Объединенным флотом. Погода была хорошая, а море спокойным; благоприятные условия заранее предсказывались и в пункте назначения головного японского отряда. В этом участке пути два грузовых корабля отстали по техническим причинам, остальные десять прошли в последний путь мимо «Микасы». Теперь им могла «помочь» только судьба или случай. Японцев начинают преследовать неудачи — еще два корабля повернули назад. К Порт-Артуру идут 8 судов-самоубийц, а погода, вопреки предсказаниям, начинает портиться.
Случилось то, чего японцы боялись более всего — прожекторы порта нащупали неприятеля. Капитан старого «Тотоми» посчитал место уже подходящим и взорвал свое судно. Он поспешил. Семь кораблей-смертников стали мишенями, и еще одно судно — «Асагао Мару» («Утренняя слава») выбросилось на берег, где его экипаж подорвал себя. К одному из кораблей приблизилась русская команда, чтобы только отпрянуть: экипаж совершил сеппуку (просьба прощения у императора), когда японцы убивают друг друга мечами. Были найдены и бутылки из-под сакэ, но ясно было, что не в этом дело. Россия воевала со страной, жители которой ценили славу, лояльность и победу больше своей единственной жизни. Отрезвление наступало не для японцев, бросившихся в ледяное море, а для русских, пораженных боевым духом своего противника.
По непонятным причинам Того объявил третью попытку замкнуть Порт-Артур успешной. (Не мог признаться в третьей неудаче?) Благодаря этому высадка десанта Второй армии против Порт-Артура была определена всего в 100 километрах от него, опасная близость, на которую решилось, обнадеженное японским адмиралом верховное командование в Токио. Теперь Того был просто обязан защитить идущие к Ляодуну транспорты — пять часов хода. И это при том, что эскадра в Порт-Артуре безусловно еще сохранила свою боевую силу и могла выйти «на сечу». К выходу готовился транспортный флот в 70 кораблей.
В корейском порту Ченампо, где японские транспорты были собраны в ожидании исхода битвы на реке Ялу, жителям было запрещено покидать город. Японское командование ввело на контролируемых землях свирепую дисциплину. Готовилась решающая десантная операция. На борту отдельного японского транспортного корабля было до 4 тысяч солдат. По описаниям английских газет, «они сбились в кучу как крысы». Однако победа генерала Куроки на Ялу вызвала у японских войск огромный прилив энтузиазма, закрепленного сообщением адмирала Того о «закрытии» Порт-Артура. Шестнадцать японских транспортных кораблей устремились к высадке примерно в 50 километрах от города Дальний. Ради сохранения секретности, японцы, вопреки всем правилам, отказались даже от разведки. Они шли на большой риск. И этот риск оправдался, когда 5 мая 1904 г. первая партия десанта начала высадку буквально под носом у портартурской эскадры. Зачем тогда России был необходим Тихоокеанский флот?
Эскадра в Порт-Артуре не рискнула. Наместник Алексеев запросил царя, что он должен делать. Император Николай разрешил наместнику отбыть из Порт-Артура — всего 100 км от места высадки. Когда Алексеев решил покинуть Порт-Артур, он приказал контр-адмиралу В.К. Витгефту осуществить «акцию» против японских транспортов. Но не дал прямого приказания предотвратить японскую высадку. А тот сказал, что не собирается выводить корабли за пределы гавани, что его задача — укрепить морскую базу. Флот ослаблен, и любые новые потери не позволят ему помочь Балтийской эскадре, когда та придет на помощь.
Странное наступило время. Все были уверены, что японцы со дня на день высадятся на достаточно близком участке побережья, но ничего не предпринимали, чтобы это вторжение остановить или предотвратить. В результате превосходная эскадра Порт-Артура стояла до конца войны свидетелем происходящих событий, хотя могла бы, если не сорвать, то значительно осложнить процесс высадки японских войск в Маньчжурии. Все это было медленным самоубийством, начиная с того, что русский флот сам позволил замкнуть себя в тесной для общей стоянки гавани, позволил пеперезать «пуповину жизни» — трассу КВЖД, по которой дальневосточный порт сообщался с большой Россией.
Поезда еще шли к Порт-Артуру: поезд с амуницией проследовал 10 мая 1904 г… 10 же мая два огромной длины поезда вывезли из Порт-Артура гражданских, женщин и детей. По пути их уже осмелился обстрелять японский диверсионный отряд. Знамение времени: русские сидят в крепости, а японцы овладевают местностью. Командор Семенов писал в газете «Расплата»: «Едва сдерживаемое возмущение господствует в эскадре и становится все более ожесточенным с каждым днем. Фактом является, что мы еще владеем тремя нетронутыми эскадренными броненосцами, одним бронированным крейсером, тремя крейсерами первого класса, и одним бронированным крейсером второго класса, четырьмя канонерскими лодками и двадцатью миноносцами. С этой силой мы могли бы воспрепятствовать высадке, которая происходила всего в шестидесяти милях».
Тем временем вице-адмирал Скрыдлов, опытный и умелый офицер, получил назначение командовать 1-й и 2-й эскадрами; его штаб размещался во Владивостоке. Второй эскадрой, формируемой на Балтике, стал командовать адмирал Рожественский. Но уже ощутимо было смятение. Вице-адмирал Петр Алексеевич Безобразов никак не мог достичь Порт-Артура и оставался во Влвдивостоке. Адмирал Витгефт стал играть в скромность — он был «просто старшим морским офицером» в Порт-Артуре — он сам признал свои слабые места: «Господа, я надеюсь, что вы поможете мне и словами и делами. Я не являюсь руководителем флота». Многие, считали подобное самобичевание излишним, вносящим сумятицу. Постепенно Тихоокеанская эскадра превращалась в плавающую казарму. Окружающие удивлялись, почему боевые корабли не выходят на бой, в городе стало возникать определенное взаимоотчуждение. Сухопутные офицеры перестали понимать своих морских коллег.