Бедствия Смутного времени: городские восстания, казачьи грабежи и разбои, нападения интервентов, татарские набеги и карательные действия правительственных войск — нанесли огромный урон мирному населению и опустошили ряды служилых людей Русского государства. Колоссальные потери понесла и верхушка служилого сословия — думные и московские чины и выборное дворянство. Эта ситуация, как и обстановка гражданской войны в целом, привела к определенному упрощению «разрядной» структуры московской рати. От обычного в годы правления Бориса Годунова «разряда на пять полков» (Большой, Передовой, Сторожевой, Правой и Левой руки), постоянно вызывавшего местнические споры между воеводами, правительство царя Василия Шуйского отказалось уже в 1606–1608 гг. Последним (и единственным за всю Смуту) Государевым походом, с разрядом на 7–8 полков, стал поход Василия Шуйского на Тулу против Болотникова и Лжепетра в 1607 г. После этого даже главные силы русской армии, в походах на Волхов (1608) или Смоленск (1610), стали расписываться не более чем на три полка — Большой, Передовой и Сторожевой. А с восстанием городов против правительства Семибоярщины и сбором Подмосковного ополчения и эта структура естественным образом отмерла — полки в Подмосковных таборах подчинялись своим уездным воеводам и головам, выбор которых был одобрен советами земских людей на местах.
Правительство царя Михаила Федоровича, хоть и возродило обычай разбора местнических споров, ограничило область традиционного деления рати на три полка «украинным разрядом» против татар — группировкой, которая в 1613–1618 гг. имела ничтожное стратегическое значение. В остальных случаях во главе войска назначались по два воеводы и дьяк, которым подчинялись сотенные и стрелецкие головы и казачьи атаманы. Эта практика военного времени уничтожала целую область возможных местнических споров, до крайности осложненных последствиями Смуты: возвышением родственников нового царя, приближением ко двору лидеров уездных корпораций и их сородичей и угасанием многих древних знатных родов. Впоследствии, с созданием полков «нового строя», разряд армии на «титульные» полки потерял всякое практическое значение и появлялся лишь иногда как дань традиции — преимущественно в торжественных Государевых походах.
Наивысшее напряжение усилий ратных людей и всего общества, имевшее место в Смутное время, не могло не оказать влияния на тактику и вооружение русской армии. До совершенства доводились привычные приемы боя, перенимались и перерабатывались тактические формы иноземных армий. Неравная борьба с профессиональной конницей вынудила наибольшее внимание уделять средствам обороны — от полевых укреплений до построений пикинеров. На широкую ногу ставится производство огнестрельного оружия. Уровень вооруженности войска зависел от степени его поддержки крупными городами — ремесленными и торговыми центрами. О разбитых Федором Шереметевым черемисах писали, что «огненного де бою у них нет — всё лучной» (конец 1608 г.). В противоположность им у ратных людей Русского Севера, как правило, был «зелью расход велик: с пищальми людей много…», и из городов в это войско постоянно шли обозы с новым оружием, порохом и свинцом. Зато жители Путивля и Рыльска в 1605 г. смогли быстро восполнить нехватку гусарских копий («древок»), утраченных конницей Лжедмитрия I после разгрома при Добрыничах.
«Дети боярские» долгое время сохраняли тактику «лучного боя», опираясь в боях с польской конницей на поддержку «обозов» с пехотой, эскадронов служилых немцев и, в 1609–1610 гг., на взаимодействие со шведскими союзниками. Всадники стремились избегать прямого контакта с польскими копейщиками, отступая перед ними и подводя под огонь пехоты или фланговые удары других сотен.
Роты наемной шляхты в армиях самозванцев, как и в польско-литовском войске, строились в несколько линий (от 2 до 5–6), которые вводились в бой поочередно, причем начинали бой казаки или легковооружённые пятигорцы, а копейщики наносили главный удар. При Добрыничах часть гусар была распределена по пятигорским ротам, а одна гусарская рота оставалась в резерве. Похоже, «дети боярские» северорусских уездов, бывшие в стане Лжедмитрия II в 1608–1609 гг., начали вооружаться по примеру поляков длинными копьями. Впрочем, без навыка обращения с таким оружием они годились лишь на роль поддержки гусар и пятигорцев, и с возвращением на сторону Москвы вновь отказались от него.
«Гуляй-город», хранившийся под Москвой, активно применялся в боях 1606–1609 гг., а коломенский (или серпуховской) был взят ратниками Ляпунова к столице в 1611 г. — после чего упоминания об обоих исчезают из источников. В полевых боях использовались обозы или «таборы» из сцепленных между собой телег (зимой — саней), оснащенных дощатыми щитами с бойницами или просто наполненных сеном. Так, при Добрыничах перелом в ход битвы внесла внезапная массированная пальба стрельцов и пушек, укрытых за возами с сеном, по польской коннице — тот же прием, что был применен против татар при Молодях (1572). Донцы и черкасы умели прорываться с такими обозами сквозь вражеские боевые порядки. По польскому описанию, в 1611 г. ратники Просовецкого шли «гуляй-городом, то есть подвижною оградою из огромных саней, на которых стояли ворота с несколькими отверстиями для стреляния из самопалов. При каждых санях находилось по 10 стрельцов: они и сани двигали, и, останавливаясь, стреляли из них, как из-за каменной стены. Окружая город со всех сторон: спереди, с тыла, с боков, эта ограда препятствовала нашим копейщикам добраться до русских…».
Во время боев 1609 г. стрельцы Фёдора Шереметева применили прием, давно испытанный на Волге в борьбе с татарами: передвигаясь на стругах, они внезапными налетами при содействии конных сотен громили отряды «тушинцев» на переправе. Однако в открытых боях, особенно в безлесной местности Суздальского ополья, сторонники самозванца сохраняли перевес над земскими ратями. Также и посошные северорусских городов в нескольких боях были «посечены как трава» считаными ротами шляхты. Наступление поляков было остановлено ими сначала упорной обороной в крепостях и на засеках. Затем, осторожно продвигаясь к Ярославлю, ратники обязательным образом действовали под прикрытием острогов и засек. Постепенно русская пехота выработала способность везде находить укрытия: в бою с Ходкевичем (август 1612 г.) сбитые со стен Замоскворечья стрельцы и казаки кн. Пожарского засели «по ямам и кропивам», в погребах сгоревших домов, откуда по сигналу перешли в наступление. Отметим еще, что в зимнюю пору русские и финские пешие ратники широко применяли лыжи («рты»), что не только ускоряло передвижение, но и легко позволяло уйти от вражеской конницы по лесу или глубокому снегу.
Опыт, добытый кровью земских ратей, был закреплен и переработан в систему князем Михаилом Скопиным-Шуйским. Воевода добросовестно перенял из нидерландской военной школы метод «блокгаузов», хорошо знакомый ветеранам Делагарди. Постройкой цепи этих небольших укреплений («острожков») с мобильными отрядами внутри можно было надежно блокировать лагерь противника или обезопасить собственное войско на марше. В обозе кн. Скопин-Шуйский стал возить до 2 тыс. готовых острых кольев для частокола. В воеводские наказы русской армии надолго вошло описание разработанного им похода «с большим бережением». Сначала из расположения рати вперед отправлялись надежные дворяне с отрядом, которые тщательно выбирали выгодное место для следующего стана и укрепляли его рогатками. Только после этого остальные ратники выходили в путь под обязательным прикрытием разъездов, с тем чтобы как можно скорее добраться до подготовленного к обороне места и оборудовать там полноценный «острожек». Такая тактика применялась в походах к Москве и Смоленску в 1609–1610 гг., обоими ополчениями в 1611–1612 гг., царским войском под Смоленском, Можайском и в Новгородской земле в 1613–1618 гг. и далее вплоть до 1650-х гг.
Гарнизоны полевых «острожков» нередко состояли из «детей боярских», что послужило важной причиной их перевооружения огнестрельным оружием в 1610-х гг. Впрочем, сыграл роль и материальный фактор: с разорением основных торгово-ремесленных центров страны и общим их упадком обновлять доспехи, закупать качественные саадаки и каленые стрелы стало невозможно для основной массы служилых людей, тогда как огнестрельное оружие и боеприпасы исправно поставлялись всем земским ратникам. Оснащение всадников ручницами перестало считаться чем-то недостойным, и определение «пищальник», как признак ущербного служебного положения, исчез из списков городовых «детей боярских». К 1621 г. подавляющая часть дворянской конницы уже имела на вооружении «езжие пищали», годные и для конного боя, и для обороны укреплений.
Не меньшее значение имел первый опыт освоения западноевропейской — нидерландской пехотной тактики. В августе 1609 г. бойцы посошных ратей кн. Скопина-Шуйского были отданы в обучение ротмистру Христиеру Зомме и его ветеранам, которые усиленно занимались с ними по методике принца Морица Оранского: «Московитских воинов, имевших хорошее вооружение, но пока необученных и неопытных, он в лагерной обстановке заставлял делать упражнения по нидерландскому способу: учил в походе и в строю соблюдать ряды на установленных равных расстояниях, направлять, как должно, копья, действовать мечом, стрелять и беречься выстрелов». Русская пехота с пикинерами упоминается при Клушине в 1610 г. и в Первом ополчении в 1611 г., но затем временно исчезает вместе с практикой боевого использования посошных людей (до 1630-х гг.).