Военно-морской флот состоял из дивизиона подводных лодок «Спидола» и «Ронис», дивизиона тральщиков «Вирсайтис», «Иманта», «Виестурс» и гидроавиадивизиона из пяти самолетов. Почти весь латышский военный флот общим водоизмещением около 2000 тонн был построен в 1926 году. За исключением самой крупной боевой единицы «Вирсайтиса», являвшего собой снятый с камней и отремонтированный германский тральщик 1917 года выпуска. Основными базами флота были Рига, Вентспилс и Лиепая, на которых базировалась и морская авиация.
Кроме того, в Латвии взрослая часть населения — около 40 тысяч человек — объединялась в военизированную организацию «Айзсардги» («Охранники»), частично взявшую на себя функции полиции и погранстражи и имевшую в своем составе 19 уездных, 1 железнодорожный и 1 авиационный полк. Руководство организацией осуществлял штаб во главе с бывшим министром общественных дел Альфредом Берзиныием. Каждый охранник имел винтовку, пистолет, запас патронов и являлся резервистом национальных вооруженных сил.
В случае мобилизации планировалось развернуть армию в 300 тысяч человек.
Вооруженные силы Литвы при населении 2,88 миллиона человек состояли из сухопутной армии и авиации и, насчитывали 28 тысяч солдат и офицеров. Командование армией осуществлял генерал В. Виткаускас, подчинявшийся военному министру бригадному генералу К. Мустейкису. Призыв осуществлялся на основе всеобщей воинской повинности. Сухопутные войска состояли из 3 пехотных дивизий, 1 кавалерийской бригады и технических частей. 1 — я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Вильно — Расейняй — Паневежис — Купишкис. 2-я пехотная дивизия была размещена в районах Каунас — Ионава — Шауляй — Мариамполь. 3-я дивизия располагалась в районах Шауляй — Плунге — Таураге. Отдельные части кавбригады находились в Каунасе, Вильнюсе, Таураге и Вилькавишкис. В составе армии имелись инженерный батальон, броневой отряд, батальон связи, автоотряд, а также военно-учебное судно «Президент Сметона» — бывший германский тральщик времен Первой мировой войны. Главной ударной силой являлся броне-отряд из 45 танков и отдельный полк бронепоездов, имевший в своем составе: «Гедиминаса», «Кейстутиса» и «Железного волка». На вооружении состояло 400 орудий и 1650 пулеметов.
ВВС Литвы под командованием бригадного генерала Густайтиса включали 4 авиагруппы — 132 самолета, зенитный батальон, прожекторную роту, 5 рот ПВО, роту звукоулавливания, батальон охраны аэродромов и роту постов наблюдения. В республике имелось 7 аэродромов и 4 посадочные площадки.
В Литве также существовала военизированная организация «Шаулю Саюнга», подразделявшаяся на 20 отрядов, общей численностью 60 тысяч человек.
Таким образом, все вместе государства Прибалтики обладали вооруженными силами общей численностью 565 тысяч человек, имели на вооружении 1200 орудий, 147 танков и бронемашин, 292 самолета. Теоретически, в случае войны, они могли призвать под ружье 427 тысяч человек, вот только не было у них ни ружей, ни патронов к ним. Это стало одной из причин, по которой были подписаны октябрьские соглашения: «Прежде всего и главным образом именно проблема снабжения полностью исключала возможность длительного сопротивления. Принимая во внимание огромные размеры, в которых современные сражения требуют оружия и боеприпасов, приходилось считаться с непреложным фактом, что имеющиеся запасы были бы исчерпаны за пару недель. После этого ружьям и пулеметам пришлось бы умолкнуть, ведь ни в Эстонии, ни в соседних небольших государствах не было сколько-нибудь значительного промышленного производства боеприпасов, не было и возможности достать оружие и боеприпасы за границей. Все страны, снабжавшие Балтийские государства оружием в мирное время, сами лихорадочно вооружались, так как или уже воевали, или же видели в этом единственную возможность не оказаться вовлеченными в войну».
Весной прибалты были надежно отрезаны от любой помощи извне, да и ждать ее было неоткуда, и потому всеми силами старались не обострять отношений с СССР.
Из речи министра Пийа в Государственной думе Эстонии 17 апреля 1940 года: «Неоднократно наше правительство пользовалось возможностью заявить, что оно намерено выполнять этот пакт лояльно и четко, то же самое мы слышали и в заявлениях правительства нашего партнера по договору, которое также подчеркивало свою готовность к доверительному выполнению пакта, уважая независимость Эстонского государства и существующий государственный и социально-экономический строй».
Советские полпреды, солдаты и командиры РККА если не чувствовали себя, как дома, то уж вели себя точно по-хозяйски. Так, в феврале Урбшис передал через литовского посла Наткявючиса «челобитную» следующего содержания: «Как вам известно, после занятия нашими войсками Вильно местные поляки организовали в городе беспорядки, советские танкисты разъехались по всему городу. По нашим сведениям, это было сделано даже без запроса в Москву, чтобы произвести должное впечатление на поляков. Сам полпред Поздняков заявил литовскому правительству, что оно ведет политику в Вильнюсском крае чересчур добродушно и сентиментально. Он подчеркнул, что если зимой диверсанты скапливались в горах, то весной они уйдут в леса и оттуда будут совершать диверсионные акции. Он дал ясно понять, что в таком случае советским гарнизонам придется вмешаться и подавить беспорядки». Далее министр иностранных дел просил обратить внимание господина Молотова на то, что не следовало бы советским дипломатам делать подобные заявления, противоречащие «духу и букве» договора и наносящие вред «добрососедским отношениям».
Советское командование требовало все больше территорий под неуклонно расширяющиеся базы, аэродромы, береговые укрепления, танковые полигоны и военные городки, например, предоставления «в исключительное пользование Военно-морского флота СССР города и района Палдиски». При этом отчуждение земли, эвакуация жителей и возмещение ущерба эстонским гражданам осуществлялись за счет эстонского же бюджета. В Таллине, военной базой по договору не являющемся, моряки-балтийцы занимали городские здания и дома, купленные и арендованные якобы для служащих советского торгпредства, обустраивали в них военные учреждения и выставляли на входе вооруженных часовых. Советские командиры, несмотря на протесты эстонской стороны, всюду ходили с личным оружием, ибо: «Оружие — принадлежность формы».
Численность войск постоянно увеличивалась и начинала превышать установленный порог. Но когда посланник Рей обратился к Потемкину с вопросом, почему на 7 феврале советский контингент в Эстонии уже превысил 27 000 человек, Владимир Петрович, не моргнув глазом, ответил, что гарнизоны береговых батарей ВМС не относятся к сухопутным силам, а потому «не считаются». В начале марта Молотов поставил вопрос о дополнительном вводе в Эстонию еще 2000 бойцов и двух инженерно-строительных батальонов. Отвергая возражения Рея, Молотов указал посланнику на тот факт, что пактом обусловлено право СССР держать в целях охраны баз и аэродромов определенное количество наземных и воздушных сил, «то есть количество морских сил в данном случае не ограничено» (то есть 25 000 солдат предназначены для охраны советских объектов, сколько войск размещено на самих объектах — наше дело; при таком подходе стоило, пожалуй, сформировать дивизию морской пехоты, а лучше три). А кроме того, эстонцы вообще не умеют считать: «Советский Союз даже не использует предоставленного для соглашения лимита и содержит в Эстонии только около 22 тыс. человек. Что же касается строительных батальонов, то это не войска, а организованные по-военному рабочие», и потому тоже «не считаются». В итоге 7 марта эстонское правительство, идя навстречу всем пожеланиям, «охотно разрешило» ввод на советские военно-морские базы 9 инженерных батальонов по 1200 человек в каждом, 5000 специалистов по морским техническим работам и 1200 человек инженерно-технического персонала.
Правда, при этом в связи с испытываемыми финансовыми затруднениями просило Москву выделить хоть какие-нибудь средства на проведение планируемой массовой эвакуации населения (целыми поселками) и возмещение убытков. Денег они так и не получили. Согласно объяснению, данному Молотовым 28 апреля, Эстония «не участвует в наших расходах по военному строительству, несмотря на пакт о взаимопомощи», но должна заплатить за то, что «избегла возможности быть вовлеченной в войну». А между тем обстановка сегодня «более тревожная», чем осенью прошлого года, первое место должны занимать стратегические интересы, они у нас — обоюдные, а не только советские.
Согласно постановлению, подписанному генералом Лайдонером, в городах, располагавшихся поблизости от советских баз, иногородние граждане могли пребывать не более трех дней либо брать разрешение у полиции. Не имеющие разрешения, в том числе и местные жители, подлежали принудительной высылке. Фактической цензуре подвергалась пресса.
