Вечером 8 июня в городе Лида состоялось секретное совещание командного состава поднятых по тревоге войск Белорусского округа, на котором заместитель командующего генерал-лейтенант Ф.И. Кузнецов проинформировал собравшихся о «возможных действиях против Литвы». Там же 11 июня прошло еще одно совещание с участием сменившего М.П. Ковалева на посту командующего войсками БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова, изложившего план боевых действий и задачи войск, которые должны были нанести стремительное поражение литовской армии, не допустить ее отхода в Восточную Пруссию и за три-четыре дня занять Литву, а также продиктовал командирам собственные указания, вроде: «власть в городах и прилегающих к ним местностях переходит к начальникам гарнизонов, первые слова в их приказах: «Сдать оружие»; за удар в спину расстреливать на месте; отличившихся награждать немедленно» и прочее.
Согласно боевому приказу от 12 июня войска 11-й армии под командованием генерала Ф.И. Кузнецова совместно с частями 16-го особого корпуса должны были окружить и уничтожить противника в районе Каунаса. Расквартированному в Литве 16-му особому корпусу ставилась задача удержать районы своей дислокации, захватить основные мосты на реках Неман и Нярис и обеспечить высадку 214-й воздушно-десантной бригады в 5 км южнее железнодорожной станции Гайжуны, где предполагалось десантировать 935 человек. Совместно с частями 16-го корпуса десантники должны были захватить основные объекты Каунаса, на аэродром которого было переброшено 475 десантников. Для разведки места десантирования в район Гайжун 13 сентября была выброшена парашютная группа.
Подготовку операции, какое совпадение, предполагалось завершить к утру 15 июня. С 21.30 предыдущих суток радиостанции дислоцированных в Прибалтике советских войск должны были работать исключительно на прием, ожидая условного сигнала о начале операции, что-нибудь вроде: «Над всей Литвой безоблачное небо». В общем, готовились продемонстрировать красный блицкриг во всей красе.
У юго-восточных границ Литвы и Латвии сосредоточивалась 3-я армия В.И. Кузнецова в составе 4-го, 24-го стрелковых и 3-го кавалерийского корпусов (5 стрелковых, 2 кавалерийские дивизии, 2 танковые бригады), управление которой 10 июня передислоцировалось из Молодечно в Поставы. 11-я армия Кузнецова, штаб которой находился в Лиде, состояла из 10-го, 11-го стрелковых и 6-го кавалерийского корпусов (6 стрелковых, 2 кавалерийские дивизии, 4 танковые бригады) и занимала исходные позиции на южной границе Литвы. Войска Ленинградского и Калининского военных округов, выделенные для операции, развертывались у восточных границ Эстонии и Латвии. Между Финским заливом и Чудским озером сосредоточились части 11-й стрелковой дивизии. Южнее Псковского озера были развернуты войска 8-й армии в составе 1-го, 19-го стрелковых корпусов и Особого стрелкового корпуса из состава войск Калининского округа (6 стрелковых дивизий, 1 танковая бригада). Для усиления войск указанных округов с 8 июня началась переброска частей 1-й мотострелковой, 17-й, 84-й стрелковых дивизий и 39-й, 55-й легких танковых бригад из Московского, 128-й мотострелковой дивизии из Архангельского и 55-й стрелковой дивизии из Орловского военных округов.
На границах Литвы войска завершили сосредоточение и развертывание в исходных районах к 15 июня, на границах Латвии и Эстонии — к 16 июня. Всего для проведения Прибалтийской кампании было выделено 3 армии, 7 стрелковых и 2 кавалерийских корпуса, 20 стрелковых, 2 мотострелковые, 4 кавалерийские дивизии, 9 танковых и 1 воздушно-десантная бригада. Кроме того, войска НКВД выделили один оперативный полк и 105-й, 106-й, 107-й погранотряды, сосредоточенные в Гродно.
Таким образом, советская военная группировка на границах Прибалтики, с учетом развернутых на ее территории особых корпусов, насчитывала 435 тысяч человек, до 8000 орудий и минометов, свыше 3000 танков, более 500 бронеавтомобилей. Для участия в операции было выделено 18 среднебомбардировочных, 3 дальнебомбардировочных, 5 тяжелобомбардировочных, 3 легкобомбардировочных, 2 штурмовых и 16 истребительных авиаполков, насчитывавших 2601 самолет. Как докладывал Военному совету БОВО командующий 3-й армией, в ходе маршей отрабатывались вопросы их организации, разведки, управления и охранения, по возможности велась боевая подготовка. «Политико-моральное состояние частей 3-й армии здоровое. Весь личный состав в полной решимости выполнять любые задания партии и правительства».
В приграничных округах была развернута сеть госпиталей. 14 июня 1940 года начальник Генерального штаба распорядился призвать весь личный состав и автомашины для укомплектования эвакогоспиталей и военно-санитарных поездов. Всем мобилизуемым следовало объяснять, что это обычные учебные сборы. В округах развертывались тыловые части и учреждения, необходимые для обеспечения полноценной боевой деятельности войск.
Сосредоточивавшиеся войска соблюдали меры маскировки и вели наблюдение за сопредельной литовской территорией. 14 июня 1940 года была установлена морская и воздушная блокада Прибалтики. В тот же день генерал Павлов издал приказ об обращении с военнопленными, согласно которому их передача НКВД должна была осуществляться на границе на станциях Бигосово и Свенцяны для 3-й армии, Солы и Марцинканцы для 11-й армии. Определялись нормы довольствия военнопленных, запрещалось изъятие личных вещей, а на реквизированные ценности следовало выдавать квитанции. Чекисты готовили лагеря для приема 50–70 тысяч пленных, а пограничникам было приказано обеспечить переход границы частями Красной Армии, для чего предусматривалось создание ударных и истребительных групп. В их задачу входило ведение разведки д рекогносцировки, выбор места перехода границы, подготовка переправ и плавсредств, а после начала боевых действий — уничтожение штабов и подразделений пограничной службы противника, средств связи, заграждений, минных полей.
Военные советы и начальники политуправлений получили директиву о политработе во время похода в Прибалтику, в которой перечислялись «вины» прибалтов перед миролюбивой Страной Советов и обосновывалась необходимость «обеспечить безопасность СССР»:
«Незадачливые правители Прибалтийских государств, не желая добросовестно выполнять договор с Советским Союзом, встали на путь провокаций в отношении нашей Родины и частей Красной Армии, расположенных в Эстонии, Латвии и Литве.
Советское правительство, идя навстречу литовскому народу, передало Литовскому государству г. Вильнюс и Виленскую область. Несмотря на это, в силу антисоветской ориентации литовского правительства за последнее время в Литве имел место целый ряд случаев похищения красноармейцев и их истязаний с целью добыть «языка» о наших частях. После протеста Советского правительства литовские власти под видом расследования и принятия мер в отношении виновных расправляются с друзьями СССР.
В период войны с белофиннами правительства Эстонии, Латвии и Литвы, подстрекаемые Англией и Францией, вели между собой переговоры о нападении на советские корпуса, дислоцированные в Прибалтике. Они мечтали сбросить части Красной Армии в море (?). Врайонйх расположения советских войск насаждаются шпионские гнезда. Под флагом свободы печати в газетах и по радио ведется разнузданная антисоветская пропаганда, в то же самое время преследуются граждане за чтение газеты «Известия»…
Вся провокационная деятельность эстонского, латвийского и литовского правительств преследует цель срыва договоров о взаимопомощи, заключенных с Советским Союзом. Тем самым они подчеркивают свою готовность превратить Прибалтику в плацдарм войны против нашей Родины.
Наша задача ясна. Мы хотим обеспечить безопасность СССР, закрыть с моря на крепкий замок подступы к Ленинграду, нашим северо-западным границам. Через головы правящей в Эстонии, Латвии и Литве антинародной клики мы выполним наши исторические задачи и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков».
От политорганов требовалось «всей партийно-политической работой создать в частях боевой подъем, наступательный порыв, обеспечивающий быстрый разгром врага… Задача Красной Армии, как указано выше, — защита границ Советского Союза, захват плацдарма, который империалисты хотят использовать против СССР. На своих знаменах Красная Армия несет свободу трудовому народу от эксплуатации и гнета. Рабочие будут освобождены от капиталистического рабства, безработице будет положен конец, батраки, безземельные и малоземельные крестьяне получат помещичьи земли. Налоги будут облегчены и временно совсем сняты. Литва, Эстония и Латвия станут советским форпостом на наших морских и, сухопутных границах. Подготовка к наступлению должна проводиться в строжайшей тайне. Решительно бороться с болтливостью. Каждый должен знать лишь ему положенное и в установленный срок».
