Следует отметить, что обвинение царицы Ирины в неплодии было не совсем справедливым. Она многократно была беременна, но из-за дефекта костей таза, обнаруженного современными антропологами, не могла родить живого ребенка. Ее многочисленные дети погибали во время родов. Б. Ф. Годунов, понимая, что проблема сестры, а может быть, и его собственной жены, состоит в отсутствии квалифицированной медицинской помощи, попытался в 1585 г. пригласить из Англии опытного врача и акушерку Но об этом узнали представители духовенства и заявили, что представители протестантской веры не имеют права принимать роды у русской царицы. В итоге английский врач с акушеркой, отправленные в Россию самой королевой Елизаветой, смогли доехать только до Вологды. Пробыв там некоторое время, они вернулись на родину.
Можно предположить, что английские специалисты помогли жене Б. Ф. Годунова, которая приблизительно в 1587 г. родила дочь Ксению и в 1589 г. сына Федора. Ведь супруга Бориса могла тайно побывать в Вологде. Царице же Ирине приходилось надеяться только на Божию помощь, истово молиться, ездить по церквам и монастырям и делать щедрые вклады. Известно, что на ее средства в Москве был основан Зачатьевский монастырь.
Только в 1592 г. все усилия Ирины Федоровны дали результат — 29 мая она родила дочь, названную в честь отца Феодосией. Однако девочка оказалась слабенькой и 25 января 1594 г. умерла. Для царской семьи это стало настоящей трагедией, отразившейся на всей последующей истории страны.
Отсутствие у царя Федора наследника привело к острому династическому кризису. Борьба различных претендентов за вакантный престол продлилась более 10 лет. Это самым печальным образом сказалось на ситуации в Русском государстве. Оно было опустошено и разорено от междоусобиц и интервенции соседних государств и в итоге лишилось ряда стратегически важных территорий: Смоленска и выхода в Балтийское море. Ликвидировать последствия Смуты пришлось весь XVII век.
С весны 1584 г. последний сын Ивана Грозного царевич Дмитрий с матерью и родственниками Нагими тихо проживал в Угличе. При царском дворе мало кто про него вспоминал, поскольку царь Федор вычеркнул его из числа своих родственников. Можно предположить, что своей наследницей он официально назвал жену, которая пользовалась всеобщим уважением. Затем после рождения у брата царицы Б. Ф. Годунова сына Федора в 1589 г. возникла перспектива и у него унаследовать царский трон. Ведь Федор Иванович был молодым, вполне здоровым мужчиной и мог прожить достаточно долго. Следует заметить, что он был моложе Б. Ф. Годунова на 5 лет.
Царевича Дмитрия в качестве наследника никто не называл. Но Нагие думали иначе. Его мать Мария Федоровна даже поселила при своем дворе колдуна, который, по ее замыслу, должен был наводить порчу на царя и его жену. Слухи о ее происках дошли и до Москвы. Поэтому для присмотра за Нагими приблизительно в 1590 г. в Углич был отправлен государев дьяк Михаил Битяговский с сыном и родственниками. Битяговский прежде всего занялся вопросом сбора налогов и стал проверять, какие государственные повинности выполняют жители Углича. Дело коснулось и казны царевича. Естественно, что это не понравилось царице Марии Федоровне. Она поссорилась с дьяком и стала искать повод, чтобы как-нибудь ему отомстить за излишнюю дотошность при проверках.
Михаил Битяговский в свою очередь грозился сообщить в Москву о колдуне, о чрезмерных тратах царицы, об отказе угличан выполнять государственные повинности.
Все это буквально накалило обстановку в Угличе перед случившейся 15 мая 1591 г. трагедией.
Утро этого дня началось как обычно. Засветло все сходили в храм на службу, потом позавтракали и занялись своими делами. Мария Федоровна начала отдавать распоряжения по хозяйству и отпустила сына Дмитрия гулять во двор с мальчиками-жильцами — сыновьями членов ее двора. Присматривать за царевичем она поручила мамке В. Волоховой и бывшей кормилице И. Тучковой.
Вскоре дети решили поиграть в «тычки» — любимую игру многих мальчиков. Суть ее заключалась в том, чтобы с определенного расстояния, очерченного кругом, попасть острием ножа в нарисованную на земле цель. Дмитрий, желая всех обыграть, взял остро заточенную свайку и начал ее кидать в центр круга. Вскоре азарт настолько его захватил, что у него от нервного перенапряжения начался приступ эпилепсии. Он упал на землю и начал биться в конвульсиях с зажатой в руке свайкой. Мальчики в страхе разбежались. Все знали, что в это время царевич буквально зверел и мог даже сильно покусать. Только кормилица не испугалась и бросилась к Дмитрию. Но было уже поздно — свайкой он случайно задел сонную артерию, и из его шеи хлынула кровь.
В ужасе все присутствующие закричали. Тут же прибежала царица Мария Федоровна, но увидела лишь, что ее сын умирает. Помочь ему было уже нельзя. Осознав, какое горе ее постигло, она схватила полено и стала бить им мамку В. Волохову. Потом сорвала с ее головы платок, желая этим окончательно унизить замужнюю женщину. Одновременно она стала громко звать всех своих родственников во двор. Находившийся неподалеку местный пономарь по прозвищу Огурец ударил в набат, созывая угличан на площадь у дворца царевича. Когда те собрались, царица закричала, что ее сына убил дьяк Битяговский со своими родственниками, сыном Данилой и племянником Н. Качаловым. С ними, по ее утверждению, в этом преступлении участвовал и сын В. Волоховой Осип.
Можно предположить, что Осипа царица назвала потому, что его сестра незадолго до этого стала женой Никиты Качалова. В итоге Волоховы породнились с дьяком Битяговским, которого Мария ненавидела.
Михаил Битяговский, который до этого спокойно обедал у себя дома, прибежал на шум одним из последних. Угличане тут же набросились на него и убили, потом они поймали в доме дьяка его сына и племянника и расправились с ними. Осип Волохов, предупрежденный о смертельной опасности, пытался скрыться, но его нашли и убили.
Только к вечеру жители города успокоились и начали думать, что делать дальше. Опомнились и Нагие. Царица поняла, что ее ложь может раскрыться, поэтому велела брату измазать куриной кровью ножи и положить их к трупам убитых угличанами ни в чем не повинных людей: дьяка, его сына Даниила, племянника Никиты и Осипа. Это должно было свидетельствовать о том, что именно они зарезали царевича Дмитрия.
Чтобы понять поведение царицы Марии Нагой и ее родственников, следует обратиться к истории их рода. Они вели свое родословие от тверских бояр, которые до конца XV в. служили великим князьям тверским — соперникам московских князей. После присоединения Твери к Москве в 1485 г. Нагие были вынуждены переехать в столицу и перейти на службу к Ивану III. Поскольку около него уже давно сформировалось свое окружение, то их взяли на службу дети великого князя, удельные князья. Служить им, конечно, было не столь выгодно, как государю. В 1549 г. Нагим удалось породниться с царской семьей. Дочь Александра Михайловича Евдокия стала женой Владимира Старицкого, двоюродного брата Ивана Грозного. Правда, она вскоре умерла, но и это оказалось выгодным для Нагих, поскольку в 1553 г. у царя возник конфликт с Владимиром.
Родство с Иваном IV способствовало успешной службе Нагих. Брат А. М. Нагого, Федор, сначала стал ловчим, а потом получил чин окольничего. Его сыновья Афанасий и Федор служили воеводами в разных городах, участвовали в Ливонских походах. Вскоре у Афанасия Федоровича обнаружились дипломатические таланты, и он стал главным специалистом по контактам с Крымским ханством и Турцией. Вероятно, именно он сосватал племянницу Марию за стареющего царя в 1580 г. После свадьбы Нагие надеялись занять самые главные места у царского трона, но Иван Грозный дал окольничество только отцу Марии Федору Федоровичу. В 1583 г. тот скончался, не успев помочь многочисленным родственникам получить выгодную службу. В этой ситуации Нагие, несомненно, чувствовали себя обойденными и мечтали о большем.
В Москве о событиях в Угличе 15 мая 1591 г. узнали очень быстро. Городовой приказчик Русин Раков тут же отправил туда гонца. Царь Федор сразу же собрал Боярскую думу и на заседании предложил отправить в Углич следственную комиссию. Во главе ее был поставлен князь В. И. Шуйский, недавно вернувшийся из ссылки. Его назначение говорило о желании царя получить объективные данные о случившемся. Вторым членом комиссии стал окольничий А. П. Клешнин, состоявший в родстве с Нагими — его зятем был младший брат царицы Марии Г. Ф. Нагой. От духовных властей послали крутицкого митрополита Геласия. Составлять протоколы допроса свидетелей должен был дьяк Е. Вылузгин.
Через короткое время следственная комиссия прибыла в Углич и начала опрашивать свидетелей. Первыми были вызваны родственники царицы, ее родной брат Михаил и двоюродные братья Александр и Григорий. Саму Марию Федоровну никто допрашивать не имел права, поскольку она была царицей.
