Получив в подкрепление немецких наемников, адмирал Колиньи продолжал сопротивляться в течение всего лета. Вместе отряды протестантов возглавляли два Генриха – король Наваррский и Конде, сын убитого принца, принявший после смерти отца его титул. 3 октября 1569 г. гугеноты вновь были разбиты герцогом Анжуйским при Монконтуре.
Колиньи отступил на юг, собрал новые силы и летом 1570 г., перейдя в наступление, вторгся в долину Луары. Угрожая Парижу, он вынудил правительство пойти на заключение мира. По Сен-Жерменскому договору, подписанному 8 августа 1570 г., протестанты получили такие же права на отправление своего культа, какими владели до войны, а также четыре крепости, где в течение двух лет могли располагаться их войска.
Колиньи, вернувшийся после заключения мира ко двору Карла IX, был тепло принят королем. Пользуясь расположением монарха, старый адмирал попытался убедить его выступить против Испании и оказать помощь нидерландским кальвинистам. Он утверждал, что такая война сплотит французское дворянство, заставив забыть о религиозной розни. Этим планам решительно воспротивилась Екатерина Медичи, считавшая, что борьбы с Испанией Франция не вынесет. Королева-мать попыталась добиться примирения враждующих конфессий при помощи иного средства брака своей дочери Маргариты с одним из вождей гугенотов Генрихом Бурбоном, королем Наварры.
Свадьба состоялась 18 августа 1572 г. Для участия в праздничной церемонии в Париже съехался весь цвет протестантского дворянства. Торжества затянулись на несколько дней. В пятницу 22 августа адмирал Колиньи, выходя из Лувра, был ранен в руку выстрелом из аркебуза. Нападавший скрылся, но очевидцы опознали в нем Морвеля, дворянина из окружения Гизов. Дом, откуда был произведен выстрел, также принадлежал одному из людей Гизов. Вожди гугенотов, собравшиеся у постели адмирала, угрожали отомстить, о чем заявили королю, когда тот пришел навестить раненого.
В пятницу и в субботу Екатерина Медичи и герцог Анжуйский совещались в Тюильри со своими приближенными, определяя, как действовать в этой критической ситуации. Было решено нанести превентивный удар и уничтожить гугенотских лидеров, пока те не покинули Париж. О том, кому именно принадлежала инициатива данного шага, ни современники, ни авторы исторических работ, к единому мнению так и не пришли. Как бы то ни было, вечером 23 августа королева-мать получила согласие Карла IX на убийство протестантских вождей, убедив короля, что они затевают заговор. Власти города получили соответствующие распоряжения. Ворота Парижа были закрыты, городская милиция приведена в готовность.
В ночь на 24 августа, праздник святого Варфоломея, по сигналу набата началось избиение гугенотов. Сторонники Генриха Гиза (сына покойного Франциска Гиза) и королевские гвардейцы ворвались к Колиньи и убили его. Затем отряды Гиза и герцога Анжуйского, а также городская милиция принялись истреблять гугенотов по всему городу. Жертвами резни стали не только приехавшие в Париж дворяне, но и постоянно жившие здесь протестанты из числа горожан. Генрих Наваррский и принц Конде сохранили свои жизни, лишь приняв католичество. В общей сложности погибло до 2 тыс. человек.
По-видимому, масштабы бойни оказались неожиданны для короля. Уже наутро он отдал приказ прекратить беспорядки, но потом, не имея возможности сопротивляться движению, охватившему практически все католическое население столицы, взял на себя ответственность за происшедшее и заявил, что по его приказу разгромлен протестантский заговор. Вместе с тем, условия Сен-Жерменского мира были подтверждены, за исключением пункта о праве гугенотов иметь свои крепости.
В последующие недели волна погромов прокатилась по многим городам Франции, унеся жизни нескольких десятков тысяч протестантов. Гугеноты ответили восстанием. Началась четвертая Религиозная война. Причем, если раньше французские кальвинисты вели борьбу под лозунгом «освобождения» короля от влияния непримиримых католиков, то после Варфоломеевской ночи появились многочисленные памфлеты, в которых протестантские публицисты-монархомахи («тираноборцы») доказывали, что правитель, нарушивший свой долг блюсти благо подданных, является тираном и подлежит замене.
Правительство попыталось подавить гугенотское восстание, но армии герцога Анжуйского не удалось взять крепость Ла-Рошель. А в июне 1573 г. и сам герцог покинул Францию, чтобы занять на польский престол. В июле Булонский эдикт Карла IX положил конец войне. Протестанты получили право на публичное отправление культа в городах Ним, Монтобан и Ла-Рошель и в частных домах высшей аристократии.
Гугеноты использовали мирную передышку для перегруппировки сил и формирования собственной политической организации. Собравшаяся в декабре 1573 г. в Мило ассамблея депутатов протестантских общин приняла решение о создании конфедерации. Вошедшие в нее города сохраняли традиционные институты самоуправления и свободы, но каждые три месяца направляли представителей для участия в ассамблее провинции, где избирались генерал и постоянный совет провинции. Последние ведали военными и финансовыми вопросами. Кроме того, советы провинций избирали депутатов в Генеральные штаты, высший государственный орган конфедерации. Таким образом, на Юге Франции, где в городах преобладало протестантское население и куда после Варфоломеевской ночи переселились многие гугеноты из других областей, возникло «государство в государстве», имевшее республиканскую форму правления. Впрочем, несмотря на внешний демократизм конфедерации, реально ведущую роль в ней играло гугенотское дворянство.
Объединив и перегруппировав свои силы, гугеноты в феврале 1574 г. вновь взялись за оружие. Началась пятая Религиозная война. На сей раз вместе с кальвинистами, против королевской власти выступили и умеренные католики, составлявшие так называемую партию «недовольных». Наиболее крупной фигурой среди них был губернатор Лангедока Монморанси-Данвиль. «Недовольные» осуждали Екатерину Медичи и ее окружение, возлагая на них вину за Варфоломеевскую ночь, и выступали за компромиссное решение межконфессионального конфликта.
В разгар кризиса, 30 мая 1574 г., умер Карл IX. Узнав об этом, его брат герцог Анжуйский спешно покинул польский престол и тайком от поляков бежал во Францию, чтобы здесь стать королем Генрихом III. Следуя совету Екатерины Медичи, он занял жесткую позицию по отношению к протестантам и «недовольным».
В июле 1574 г. собрались протестантские Генеральные штаты. «Генерал-губернатором и протектором» гугенотской конфедерации был назначен принц Генрих Конде, накануне бежавший из Парижа, где после Варфоломеевской ночи жил при дворе в качестве почетного пленника. Пока Конде находился в Страсбурге, добиваясь помощи от протестантских князей Германии, его на Юге замещал Монморанси-Данвиль.
В 1575 г. позиции противников Генриха III еще больше упрочились. На их сторону перешел герцог Франциск Алансонский, младший брат короля и наследник престола. Английская королева оказала им финансовую помощь, а курфюрст Пфальца прислал наемников. Правда, Генриху Гизу удалось удержать равновесие, разбив 10 октября одну из протестантских армий при Дормансе, после чего стороны подписали перемирие. В этом сражении Гиз получил шрам, из-за которого его прозвали Меченым.
В феврале 1576 г. Генрих Наваррский покинул Париж и возглавил противников короля. Не имея возможности продолжать борьбу, Генрих III заключил мир в Болье 6 мая 1576 г. По королевскому эдикту, герцог Алансонский получил в управление Турень, Берри и Анжу, став герцогом Анжуйским, Генрих Наваррский – Гиень, Пуату и Ангумуа, принц Конде – Пикардию. Монморанси-Дамвиль подтвердил свои права на Лангедок. Протестантам разрешалось свободное отправление культа повсюду, кроме Парижа и его пригородов. Им также оставили восемь крепостей и дали право поступать на королевскую службу. Монарх выразил сожаление по поводу событий Варфоломеевской ночи и освободил от налогов вдов и детей погибших.
Эдикт в Болье вызвали недовольство непримиримых католиков. Увидев в нем свидетельство слабости королевской власти и ее неспособности противостоять гугенотскому натиску, они начали объединяться, чтобы самостоятельно бороться против «еретиков». В 1576 г. образовалась общефранцузская Католическая лига. Начало ей положили события в Перонне. Дворяне этого пикардийского города отказались признать над собой власть нового губернатора провинции, принца Конде, и призвали единоверцев поддержать их против «еретиков». Это обращение было подхвачено герцогом Гизом. По его призыву, уже существовавшие к тому времени локальные католические союзы объединились в общенациональную организацию, имевшую целью защиту католической веры и королевской власти от посягательств со стороны гугенотов. В Католическую лигу вступали люди всех сословий. Они давали обязательство вместе бороться против врагов веры и беспрекословно повиноваться руководителю Лиги герцогу Гизу.
