Хотя в последние месяцы жизни Генриха III Генрих Наваррский был его союзником, окружение покойного монарха достаточно настороженно отнеслось к преемнику. Некоторые заняли выжидательную позицию, как, например, покинувший двор герцог д'Эпернон, другие попытались договориться с новым королем. По итогам этих переговоров, Генрих IV подписал в Сен-Клу 4 августа 1589 г. Декларацию, в которой обещал уважать католическую веру и ничего не менять в религиозном устройстве Франции. Через шесть месяцев предполагалось созвать Генеральные штаты.
Не обладая достаточными силами для немедленного наступления на столицу, Генрих IV повел армию в Нормандию, чтобы обеспечить коммуникации с Англией, откуда гугеноты получали финансовую и военную помощь. Туда же во главе армии Лиги направился и герцог Майенский. В сентябре 1589 г. Генрих IV в нескольких боях разбил его под Арком. Окрыленный победой он попытался захватить и Париж, но был выбит из пригородов столицы герцогом Майенским и отступил в долину Луары.
Получив подкрепление из Испании, лигеры весной 1590 г. снова предприняли наступление в Нормандии. Впрочем, уже 14 марта Генрих IV разгромил испанскую кавалерию при Иври, после чего опять двинулся на Париж и в мае осадил столицу. Вскоре в городе начался голод, вспыхнули болезни, однако фанатично настроенное население, чье религиозное рвение усердно подогревалось монахами-проповедниками, стойко переносило лишения. Тех, кто осмеливался подать голос в пользу примирения, казнили. На помощь осажденным пришли испанские войска. После смерти в мае 1590 г. кардинала Бурбона, католического претендента на корону, король Испании Филипп II решил возвести на французский престол свою дочь от брака с Елизаветой Валуа (дочерью Генриха II) и, дабы поддержать ее права, направил во Францию армию. В сентябре 1590 г. испанцы прорвали блокаду Парижа и вынудили Генриха IV снять осаду.
Из-за прямого вмешательства испанцев, все попытки Генриха IV в 1591 г. добиться решающего перевеса над Лигой не увенчались успехом. Тем не менее, в лагере ее сторонников наметились серьезные противоречия. Ведущая роль в органах городского управления Парижа принадлежала наиболее непримиримо настроенным лигерам, опиравшимся на охваченный фанатизмом плебс. Они с недоверием относились к зажиточным буржуа и, в частности, к судейской аристократии, подозревая их в готовности к компромиссу с королем-гугенотом. В ноябре 1591 г. по такому подозрению фанатики без суда повесили президента и двух советников парламента. Этот акт террора испугал городскую элиту, которую все больше тяготило возросшее политическое влияние «низов». В ее рядах усилились настроения в пользу скорейшего прекращения гражданской усобицы и восстановления сильной центральной власти, способной держать плебс в повиновении. Однако принять короля-иноверца не могли даже умеренные лигеры.
Зная о подобных настроениях в лагере Лиги, католические сторонники Генриха IV все настойчивее требовали от него перехода в католицизм. Весной 1592 г., когда их недовольство достигло угрожающих размеров, король обещал им получить наставление в католической вере. Этим шагом он не только удержал их на своей стороне, но и приобрел новых соратников, таких, как герцог д'Эпернон. Кампания 1592 г. оказалась для короля весьма успешной. Его полководцы Ледигьер, д'Эпернон и герцог Генрих Буйонский одержали победы над союзниками Испании и Лиги – герцогами Савойским и Лотарингским. Армия самого Генриха IV вышла на подступы к Парижу.
В январе 1593 г. в Париже собрались Генеральные штаты, на которых были представлены в основном сторонники Лиги. Депутаты намеревались избрать нового короля, но не имели единого мнения относительно его кандидатуры. Герцог Майенский предложил в качестве будущего монарха себя или своего сына. Духовенство высказалось в пользу испанского короля Филиппа II. Парижский парламент, напротив, заявил, что корону Франции должен получить потомок Людовика Святого, француз и католик. Сами же испанцы всеми силами старались добиться избрания на престол дочери Филиппа II. Чтобы повлиять на исход выборов, испанский посол щедро осыпал депутатов золотом, а испанская армия вошла в Париж. Однако столь явное давление вызвало у Генеральных штатов негативную реакцию. Они благосклонно восприняли мирные предложения, сделанные им Генрихом IV, и вступили с ним в переговоры, завершившиеся заключением перемирия.
Придя после долгих колебаний к убеждению, что «Париж стоит мессы», Генрих IV объявил 16 мая 1593 г. о своем предстоящем переходе в католичество. Торжественная церемония перемены им веры состоялась 25 июля в Сен-Дени. Когда весть об этом разошлась по стране, многие города отпали от Лиги и признали власть короля. 27 февраля 1594 г. Генрих IV короновался в Шартре, а 22 марта приветствуемый толпами народа вступил в Париж.
Тем не менее, война продолжалась. 5 июня 1595 г. французский король одержал победу над испанцами при Фонтэн-Франсез, весть о которой вызвала в стране бурный всплеск патриотизма. В сентябре Римский Папа признал права Генриха IV на французскую корону. В ноябре сложил оружие герцог Майенский, а вслед за ним – и другие руководители Лиги, получившие за это от короля весьма круглые суммы. Испанцам, правда, еще удалось добиться некоторого успеха в 1596 г., заняв Кале, но уже год спустя Генрих IV разбил их под Амьеном. 2 мая 1598 г. в Вервене был подписан мир, по которому Филипп II отказался от всех завоеваний, сделанных им во Франции за время последней Религиозной войны. В том же году Генрих IV, подчинив Бретань, погасил последний очаг гражданской смуты. Религиозные войны закончились.
Установление прочного мира было невозможно без компромиссного решения межконфессионального конфликта. Таким компромиссом стал Нантский эдикт, изданный королем 13 апреля 1598 г. после достижения соответствующей договоренности с представителями «гугенотской конфедерации». Признавая католицизм государственной религией, Нантский эдикт, в то же время, разрешал протестантам свободное отправление их культа повсюду, где это открыто делалось к августу 1597 г., а также во владениях крупных сеньоров, если на то будет их воля. На остальной же территории кальвинистские богослужения допускались лишь в строго определенных местах, а в Париже, при дворе и в армии не разрешались вовсе. Протестанты получили равные с католиками права на занятие государственных должностей. Секретные статьи эдикта предусматривали предоставление гугенотам на 8 лет 144 крепостей, где они могли за счет государственной казны держать свои гарнизоны. Государство также брало на себя выплату жалования протестантским проповедникам и преподавателям коллежей. Нантский эдикт вызвал недовольство Римского Папы и радикально настроенных католиков внутри Франции, но Генрих IV давлению не уступил и лично добился регистрации закона парламентом.
Состав новой свиты короля также олицетворял собой политику компромисса. Генрих IV приблизил ко двору своих прежних врагов, сделав Главным камергером герцога Майенского, а герцога Гиза (сына Меченого) – адмиралом. Правда, это были скорее почетные должности. На ключевые же посты в правительстве король поставил старых соратников. Герцога Сюлли, командовавшего в его армии артиллерией, он назначил сюринтендантом финансов, а Монморанси-Данвиля – коннетаблем. Впрочем, Генрих IV использовал также в правительстве и способных администраторов из числа своих бывших противников. Вильруа, некогда приближенный Екатерины Медичи, стал государственным секретарем по иностранным делам, а бывший лигер Жаннен – интендантом финансов.
Одной из сложнейших проблем, с которой столкнулось правительство Генриха IV, была проблема огромного дефицита бюджета. Продолжительные военные расходы, а затем щедрые выплаты вождям Лиги в обмен на замирение, привели государственные финансы в катастрофическое состояние. В 1596 г. государственный долг составлял 200 млн ливров, при годовых доходах в 10 млн и расходах в 16 млн.
Сюлли, руководивший финансовой политикой, предпринял энергичные и решительные меры по наполнению казны и экономии средств. Поставив зарубежных кредиторов перед угрозой государственного банкротства Франции, он добился от них списания большей части ее внешнего долга. Внутренние ренты также подверглись пересмотру.
Не имея в казне средств на выкуп находившихся под залогом земель королевского домена, Сюлли заключил соглашение с финансистами о том, что они за свой счет осуществят эту операцию, будут пользоваться в течение 16 лет выкупленным имуществом, а затем передадут его государству. При этом деятельность самих финансистов была поставлена под строгий контроль. В 1601–1602 и 1605–1607 гг. специально созданные палаты правосудия расследовали их злоупотребления, накладывая на провинившихся большие штрафы. Одного из финансистов за махинации даже повесили.
Сюлли упорядочил взимание тальи, обеспечив ее более равномерное распределение среди податного населения. Общий размер прямых налогов был существенно сокращен, а разница компенсирована за счет увеличения косвенных налогов. Важным источником пополнения казны стала введенная в 1604 г. полетта – ежегодно вносимая плата оффисье за право передавать свою должность по наследству. Совокупность мер, предпринятых сюринтендантом финансов, обеспечила регулярное пополнение казны и положительное сальдо бюджета. В 1610 г. в казначействе находилось 11,5 млн ливров. Кроме того, существовал еще особый фонд в размере 5 млн, хранившийся в Бастилии.