На первом пленарном заседании Ялтинской конференции 4 февраля Большой Тройке был представлен доклад генерала Антонова о ходе советского наступления. В нём очень часто указывалось на то, что наступление началось раньше по просьбе западных союзников и подчёркивалось, что это вызвало значительные переброски сил с запада на восток, включая войска для обороны Берлина вдоль линии Одера.
Из этого Антонов сделал заключение, что западные союзники могут начать своё наступление в середине февраля, и что они могут предпринять шаги для того, чтобы немцы начали переброску сил на западный фронт. Со своей стороны Сталин, вступив в обсуждение, указал, что начав своё выступление раньше, Советы превысили свои обязательства, принятые в Тегеране, по координации военных действий с западными союзниками, намекая, но не утверждая, что он рассчитывает на взаимность Черчилля и Рузвельта.
Согласно американской записи первого пленарного заседания: «Он прощупывал важный для (военного) командования вопрос о летнем наступлении против Германии, так как не был уверен, что война закончится до лета». В ходе обсуждения с британским и американским начальниками штабов Антонов совершенно ясно заявил, что советское наступление будет прервано весенней погодой, которая сделает дороги непроходимыми, и что главные наступательные действия не закончатся до лета.
Возможно, что Антонов был проинструктирован Сталиным, чтобы одурачить западных союзников в отношении советских намерений по Берлину, но более вероятно, что оба они действительно думали, что наступление Красной Армии постепенно выдохнется. Так всегда было при советских наступательных действиях в 1942, 1943 и 1944 годах: зимнее наступление проходило хорошо, но теряло энергию весной, и вновь начиналось летом.
Относительный сталинский пессимизм по поводу хода военных действий должен был усилиться прерванным маршем Красной Армии на Берлин в середине февраля. Естественно, Сталин восхвалял достижения своих войск, продвигавшихся так быстро от Вислы к Одеру. Однако, он не устанавливал жёсткого срока для окончательной победы, избегая говорить, что она будет скоро и опасаясь, что в конце сражение будет особенно тяжёлым:
«Полная победа над немцами приближается. Но победа никогда не приходит сама — она одерживается в тяжёлых сражениях и требует огромных усилий. У своего дома враг бросает в сражение последние силы, отчаянно сопротивляется, старается избегнуть сурового возмездия. Он идёт и будет идти на крайние, и грязные способы борьбы. Победа близка, именно поэтому необходимо помнить о высочайшей бдительности усиливая наши удары по врагу».
В течении марта, в то время, как Красная Армия громила немцев в Восточной Пруссии и Померании, Сталин был поглощён политическими проблемами, такими, как споры с западом о реконструкции польского правительства, и правительственный кризис в Румынии. В конце марта Сталин получил сообщение от Эйзенхауэра, информировавшего его об англо-американских стратегических планах. Эйзенхауэр сообщил Сталину, что его непосредственной задачей был разгром немецких сил, обороняющих Рур.
Затем он намеревался захватить Эрфурт, Дрезден и Лейпциг, и соединиться с советскими силами в этом районе. Существовала вероятность, что западные силы будут введены при последующем продвижении к Регенсбургу-Линцу, с целью сорвать немецкие планы установить редут на юге страны. Отвечая на вопрос Сталина о его планах, Эйзенхауэр заключил, что Восток и Запад должны координировать действия против Германии.
Послание Эйзенхауэра было передано Сталину вечером 31 марта в его кабинете Гарриманом, Кларком Керром, британским послом и генералом Дином, американским военным представителем в Москве. Двенадцатью минутами позже, когда они ушли, Сталин поговорил с Жуковым, Антоновым и Штеменко, вероятно знакомя их с содержанием (письма). На следующий день Сталин ответил американскому командующему, что западные и советские стратегические планы совпадают.
Он согласился, что советские и западные войска встретятся на линии Эрфурт-Лейпциг-Дрезден, и сказал, что главное наступление Красной Армии будет в этом направлении. Что касается Берлина, Сталин сказал, что «его потеря имеет в первую очередь стратегическое значение. Следовательно советское командование думает выделить только второстепенные силы для Берлина». Главное советское наступление, сообщил Сталин Эйзенхауэру, начнётся во второй половине мая, включая, если обстановка не изменится, второстепенный удар на юге, в направлении на Линц и Вену.
2 апреля Сталин встретился с Жуковым, Антоновым и Штеменко снова. К беседе присоединился Конев, и она продолжалась два часа. Четыре генерала вернулись 3 апреля для короткой беседы. В этот же день Сталин подписал директиву Жукову и Коневу. Задачей Жукова было начать наступление для захвата Берлина и выхода на реку Эльба (договорная линия раздела Германии на советскую и западную части) через 12–15 дней после начала операции. Задачей Конева было нанесение удара южнее Берлина и выход к Дрездену через 10–12 дней, и затем продолжение наступления на Лейпциг.
Разграничительной линией между 1-м Белорусским и 1-м Украинским фронтами было зафиксировано направление на Люббен, городок в 50 милях юго-восточнее Берлина. Двойное наступление началось 16 апреля. Основной план для Жукова: нанести удар в направлении немецкой столицы и обойти город с севера, в то время, как силы Конева окружат город с юга. Поддерживающую роль должен был сыграть 2-й Белорусский фронт Рокоссовского, который начал своё наступление в направлении Берлина 20 апреля с целью защиты правого фланга Жукова от немецкой контратаки с севера.
Многие историки доказывают, что Эйзенхауэр был введён в заблуждение Сталиным, и, что Берлин был основной целью, которую советский диктатор желал захватить раньше западных союзников. Однако, с точки зрения Сталина, это было совершенно не обязательно. В 1948 году он привёл довод о берлинской операции в беседе с Беделлом Смитом, тогдашним послом США, который был, в своё время, начальником штаба Эйзенхауэра. Согласно Сталину, Берлин был вторичной целью, и поэтому только силы Жукова получили задачу взять немецкую столицу.
Но наступление Жукова было задержано немцами, тогда как Конев и Рокоссовский ему помогли. Это превратило Берлин из второстепенной в главную мишень. Сталин показал Смиту приказы из военных архивов, отданные им на Берлинскую операцию. Сталин объявил, поскольку Берлин находится по договору в советской зоне оккупации Германии, то с моральной и стратегической точки зрения правильно, чтобы Красная Армия взяла город.
Cталинская версия событий в основном совпадает с ходом операции. Первоначально планировалось взятие Берлина только силами Жукова, но 1-й Украинский фронт продвигался быстрее, и 17 апреля возник удобный случай перенацелить часть войск Конева для атаки Берлина с юга. Так как советские войска пробивались к центру Берлина, то было запланировано водрузить красный флаг над руинами здания рейхстага, недалеко от которого Гитлер совершил самоубийство в своём бункере.
Удачно для Сталина, три солдата, которые установили флаг над рейхстагом 30 апреля 1945 года были: грузин, русский и украинец. Позднее советский фотограф Евгений Халдей повторно снял сцену водружения Знамени Победы с двумя другими солдатами, создав памятную картину завоевания Берлина Красной Армией, аналогично подъёму «звёзд и полос» американскими солдатами на Иводзиме парой месяцев раньше.
Победа досталась не дёшево. Красная Армия потеряла 300 000 человек, включая около 80 000 убитых в ходе финального штурма Берлина. Наиболее дорогую цену пришлось заплатить на подступах к Берлину — больше, чем в самом городе. Но обширное длительное сражение на улицах города, имевшее место в Сталинграде в 1942 году, не повторилось, в отличие от Будапешта, который был взят после свирепого продолжительного боя.
Советские потери были даже меньше, чем у немцев, но теневой стороной триумфального марша Красной Армии стали зверства и грабежи, совершённые «меньшинством» советских солдат. Особенно ужасающим было большое число изнасилований бойцами Красной Армии. По приблизительной оценке было совершено от десятков тысяч до миллиона таких преступлений. Истинная цифра лежит где-то посередине, но наибольшее число изнасилований имело место в Большом Берлине, городе, где в 1945 году было очень много женщин. Берлинки были не одиноки, страдая от массовых изнасилований. В Вене было от 70 000 до 100 000 изнасилований. В Венгрии по приблизительным оценкам от 50 000 до 200 000 женщин были изнасилованы солдатами Красной Армии. Такие случаи были в Румынии и Болгарии, а также в освобождённых странах: Польше, Югославии и Чехословакии, хотя и в меньших количествах.
Трудно выяснить, знал ли Сталин обо всём, что происходило в это время, но он был склонен извинить поведение своих мужчин. В марте 1945 года он говорил прибывшей с визитом чехословацкой делегации:
