Из переписки Громыко и Щетиниуса, американского гос. секретаря, на конференции в Сан-Франциско в июне 1945 года видно, что США намеревались поддержать советское участие в предложенной ими системе опеки. Это давало определённые гарантии, и в Потсдаме Советы подняли вопрос о территориях, взятых под опеку под наблюдением Большой Тройки, или отдельных стран, ответственных за эти территории. Сталин и Молотов проталкивали обсуждение этих вопросов, но было согласовано рассмотрение их на первой встрече недавно созданного Совета министров иностранных дел, запланированной на сентябрь в Лондоне.
После Потсдама Москва ужесточила свою позицию по вопросам опеки и приняла решение требовать, чтобы Триполитания (западная Ливия) стала советской опекаемой территорией, что означало для Сталина возможность иметь порт в Средиземном море. Советы стремились достичь своих целей в отношении Триполитании, не останавливаясь ни перед чем, что соответствовало их намерению получить базу снабжения для торгового флота.
В Потсдаме часть поставленных вопросов была перенесена для рассмотрения на будущие переговоры министров иностранных дел Большой Тройки. Но некоторые вопросы, которые должны были быть обсуждены в дальнейшем, разрешились уже на конференции. Первым и главным было будущее Германии. Эта проблема рассматривалась на отдельном пленарном заседании совместно с министрами иностранных дел и экспертами рабочей комиссии.
Наиболее трудным пунктом стали репарации. В Ялте было принято принципиальное решение, что Советский Союз получит репарации от Германии на общую сумму 10 миллиардов долларов. Репарации должны осуществляться в виде изъятия демонтированных немецких предприятий и транспорта, и поставок товаров. Трудность составляло то, что немецкая промышленность была сосредоточена в основном в западных оккупационных зонах страны, таких, как Рур.
Британцы и американцы не были заинтересованы в получении репараций таким путём, поэтому возникли опасения, что это может помешать и получению советских репараций из их зон. Они предпочитали, чтобы советские репарации изымались только из собственно советской зоны оккупации в Германии и, если такие репарации будут осуществляться из западной зоны, то в обмен должны поступать продовольственные продукты из восточной.
В конце переговоров было согласовано, что 10 % немецкой индустрии будет демонтировано из западной зоны, как часть выплаты советских репараций, и другие 15 % будут демонтированы и переведены на восток в обмен на продукты питания, и сырьевые материалы. Весьма важно, с точки зрения Сталина, что соглашение предусматривало для немцев «полное разоружение и демилитаризацию», и уничтожение военного потенциала. Сталинские взгляды на опасность возрождения Германии были хорошо срежиссированы и использовались в переговорах с Трумэном по вопросу перемещения польской границы на запад так далеко, как это только возможно:
Сталин: «Конечно предложение… передвинуть границу на запад создаёт трудности для Германии. Я не ставлю цели создать трудности для Германии. Наша задача состоит в том, чтобы создать наибольшие трудности для Германии…».
Трумэн: «Но не хорошо создавать трудности также и для союзников».
Сталин: «Уменьшение промышленности в Германии улучшит сбыт ваших товаров. Германия не сможет конкурировать с вашими товарами. Это так плохо? Это выглядит очень хорошо, по моему мнению. Мы поставим на колени государство, которое угрожало миру и мирной конкуренции… Это создаст трудности Германии сейчас, но мы не должны бояться этого».
Так же, как и немецкий вопрос, проблема переноса польской западной границы с Германией вызвала продолжительные дискуссии в Потсдаме. В Ялте договорились, что Польша получит компенсации территориальных потерь в пользу Советского Союза за счёт Германии. Но не договорились о точных границах. Возникли разногласия, как далеко на запад будет отодвинута немецко-польская граница. Эти отличия заключались в том факте, что Советы контролировали всю немецкую территорию, которая подпадала под это решение, и они передали её под польский административный контроль. Поляки стали выселять немцев с этой территории не дожидаясь окончательных решений и считая её своей. Начался массовый исход немцев на запад, что создало проблемы для британцев и американцев в их зонах оккупации в Германии.
Дискуссия по этому вопросу в Потсдаме явила редкий пример дипломатического тактического отхода Сталина. Ранее, на конференции, Трумэн и Черчилль подняли вопрос, как понимать термин «Германия». Сталин заявил, что «Германия» означает либо чисто географическую концепцию, либо её нужно рассматривать по реальной ситуации, «какой она является в 1945 году». Но советский вождь сделал ошибку, согласившись, что «Германию» следует рассматривать, как государство, существовавшее до 1937 года (т. е. до гитлеровской аннексии Австрии и захвата Судетской области Чехословакии).
Эта уступка дала возможность Трумэну и Черчиллю утверждать позднее, что немецкие территории, отошедшие полякам, были внутрисоюзническим вопросом, а не двусторонней проблемой советско-польских отношений, поскольку Германия была под общей оккупацией союзников. Сталин возразил, что эта территория находится де-факто под польским контролем, так как немцы ушли на запад, но не дал реального ответа на доводы, что немецко-польская граница должна определяться на мирной конференции. Однако, в конце концов, демаркационная линия между Германией и Польшей была признана, как и польская администрация, британцами, и американцами, «в ожидании окончательного признания польской западной границы» на будущей мирной конференции.
Третьим пунктом спора в Потсдаме стали отношения Большой Тройки с давними немецкими союзниками в ходе 2-й мировой войны — Италией, Болгарией, Финляндией, Венгрией и Румынией. Предполагалось, что британцы и американцы найдут для Италии специальную процедуру, тогда как Сталин старался защищать интересы тех стран, которые попали в его сферу влияния в Восточной Европе. Спор начался с западного предложения допустить Италию в состав Объединённых Наций. Советы не возражали, но Сталин, в свою очередь, не видел, почему бы в отношении четырёх других бывших враждебных государств не поступить подобным образом.
Британская и американская стороны не имели с этими государствами дипломатических отношений, и, таким образом, не считали возможным их допуск в Объединённые Нации, пока не будут подписаны мирные договоры. Компромисс был окончательно достигнут на том, чтобы установить дипломатические отношения и подписать мирные договоры между Большой Тройкой, и Италией, что сделает возможным принятие страны в Объединённые Нации. Чувствительность Советов была успокоена обязательством британцев и американцев ускорить признание правительств Болгарии, Финляндии, Венгрии, и Румынии.
По окончании Потсдамской конференции 2 августа 1945 года участники торжественно продекларировали, что «усилились связи… и расширился размах их сотрудничества, и взаимопонимания», и что укрепилась вера в способность установить «справедливый, и продолжительный мир». В коммюнике конференции было объявлено, первое, что образован Совет министров иностранных дел, как постоянный форум трёхстороннего сотрудничества и, второе, приняты планы по послевоенной Германии, включая порядок выплаты репараций.
Далее следовали другие решения, такие, как передача Кёнигсберга СССР и договор о польской западной границе. Итоговое коммюнике также открывало путь для включения большинства стран в Объединённые Нации, включая страны, которые были нейтральными в ходе войны. По отношению к режиму Франко Сталин и Советы предлагали ряд строгих мер, но британцы, и американцы отклонили их. Вместе с опубликованным коммюнике был принят протокол конференции, который не публиковался, и в котором была расписана сделка по делёжке немецкого военного, и торгового флотов, а также необходимость изменения режима черноморских проливов.
Советская оценка Потсдама была очень позитивной, и не только в прессе, где конференцию ставили выше Тегерана, и Ялты. Особенно интересны были конфиденциальные утверждения, записанные югославским послом в Москве: «Согласно Молотову и Вышинскому на конференции можно было убедиться, а также видеть по её результатам, что англичане, и американцы поняли, и признали, что потеряли Восточную Европу, и Балканы… Молотов сказал, что на всех заседаниях конференции была хорошая атмосфера, хотя и не без жёсткой полемики, и резких слов.
Выяснилось, что по всем вопросам были достигнуты компромиссные договорённости… О Трумэне он отозвался, как о человеке вполне культурном, выказавшем полное понимание европейских проблем». В своём дневнике Георгий Димитров записал следующее: «Говорил с Молотовым о Берлинской конференции и, особенно, о решении по Болгарии, и Балканам. Основой этих решений стало наше преимущество. В результате эта сфера влияния признана нашей». В докладе, направленном советским послам, Молотов писал, что «конференция закончилась с вполне удовлетворительными результатами для Советского Союза».