Пока в Ставке Гитлера спорили о том, куда нацелить главные силы, на Москву или на фланги, Гудериан занимался ликвидацией угрозы своему правому крылу. Армия Потапова и Центральный фронт, создавшие своеобразный клин, обращенный к западу, сковывали действия фон Бока и фон Рундштедта. В Генеральном штабе появился своеобразный термин «гомельская колода». Ее предстояло «выломать». Гудериан и Вейхс начали свое движение на юг, прежде всего с этой целью.
8 августа 2-я германская армия и 2-я танковая перешли в наступление в направлении на Гомель и Стародуб. Войска Центрального фронта, прикрывавшие эти направления, не выдержали внезапных и сильных ударов и начали отступать. 19 августа 2-я армия захватила Гомель, 21 августа 47-й мотокорпус взял Почеп, а 24-го 24-й мотокорпус овладел Новозыбковом. «Гомельская колода» была ликвидирована. Теперь не только был обеспечен южный фланг группы армий «Центр», но и открылись перспективы нового успеха на юге.
В конце августа генерал Потапов по приказу Ставки отвел 5-ю армию за Днепр. Войска Рундштедта всем своим фронтом вышли к Днепру.
Наконец, к разочарованию Гудериана, последовал приказ Гитлера, в котором говорилось: «Важнейшей целью до наступления зимы считать не захват Москвы, а захват Крыма, индустриального и угольного Донбасса и лишение русских доступа к кавказской нефти; на севере важнейшей целью считать блокирование Ленинграда и соединение с финнами… немедленно предпринять операцию, которая должна быть осуществлена смежными флангами групп армий «Юг» и «Центр». Целью этой операции должно явиться не простое вытеснение 5-й армии русских за линию Днепра только силами нашей 6-й армии, а полное уничтожение противника до того, как он достигнет линии река Десна — Конотоп — Суда». Таким образом, 2-я танковая группа должна была развивать наступление в южном направлении во фланг войскам Юго-Западного фронта, ближайшей целью являлся Конотоп.
21-я советская армия отходила от Гомеля на Чернигов. Ударные группировки противника глубоко вклинились в боевые порядки ее войск. Генерал Кирпонос срочно выдвинул на рубеж реки Десны, от Шостки до Воловицы, 2-й воздушно-десантный корпус, 2 стрелковые, пополненную машинами 10-ю танковую дивизии, 5-ю противотанковую бригаду и отряд войск НКВД. Они заняли оборону и задержали врага. В последующем эти соединения явились основой 40-й армии, которая была сформирована по решению Ставки. Ее командующим стал генерал-майор К.П. Подлас.
1 сентября германские войска прорвались к Десне на конотопском направлении и захватили плацдарм на левом берегу реки в районе Шостки, потеснив правофланговые соединения 40-й армии. Бои в этом районе носили исключительно упорный характер, но немцы сохранили плацдарм за собой. Учитывая тяжелое положение на правом крыле фронта, генерал Кирпонос передал из своего резерва в состав 40-й армии 3-й воздушно-десантный корпус.
В этих условиях Ставка приказала командующему Брянским фронтом нанести фланговый удар по танковой группировке Гудериана, рвущейся на юг. Брянский фронт в то время включал в себя четыре армии. Правофланговая, наиболее сильная, 50-я армия состояла из 6 стрелковых и 1 кавалерийской дивизий. Она оборонялась за Десной, северо-западнее Брянска, от железной дороги Рославль — Киров до Жуковки. Командовал армией бывший командир 17-го мехкорпуса генерал-майор М.П. Петров. Южнее, на западных подступах к Брянску на участке между Жуковкой и Почепом, занимала позиции новая 3-я армия генерал-майора Я.Г. Крейзера, В армии было пока только 2 стрелковые дивизии. Левее, от Почепа до Новгород-Северского, оборонялась 13-я армия генерал-майора A.M. Городнянского. У нее значилось 8 стрелковых, 50-я танковая и 2 кавдивизии.
Кроме того, за правым флангом этой армии готовилась к вводу в бой подвижная группа в составе 108-й танковой дивизии, 141-й танковой бригады и 4-й кавдивизии. Эти войска только выгрузились из эшелонов и нацеливались для удара в направлении Погара. Возглавлял группу генерал Ермаков. Группу Ермакова должны были поддержать ВВС фронта. Фланговое положение войск Брянского фронта открывало заманчивые перспективы для ударов по 2-й танковой группе. Особое положение занимала 21-я армия, прикрывавшая северные подступы к Чернигову. В нее входили 8 стрелковых дивизий.
Генерал Еременко 25 августа в разговоре по прямому проводу со Сталиным и Шапошниковым заверил Ставку, что «безусловно разобьет подлеца Гудериана». 29 августа по 2-й танковой группе были нанесены контрудары с востока, юга и запада. Гудериан в это время наступал только двумя мотокорпусами (4 танковые и 2 моторизованные дивизии), так как 46-й корпус все еще находился в районе Смоленска. Головной 24-й моторизованный корпус вел бои южнее и севернее Десны. Его 3-я танковая дивизия после переправы через реку действовала в районе Шостки и расширяла плацдарм. 10-я мотодивизия форсировала Десну под Коропом, за ней выдвигалась 4-я танковая. 47-й мотокорпус группы в составе 17-й и 18-й танковых и 29-й моторизованной дивизий наступал на участке 13-й армии на Трубчевск.
Контрудар 13-й армии силами трех стрелковых дивизий и оперативной группы Ермакова с востока на запад от Трубчевска на Погар превратился во встречное сражение советских войск с корпусом группы Гудериана. С обеих сторон в сражении приняло участие большое количество танков и авиации. Тяжелые танковые бои под Трубчевском продолжались в течение нескольких суток. 31 августа части 47-го мотокорпуса были оттеснены на запад от Десны, войска группы Ермакова завязали бои под Погаром. Три германские дивизии не смогли разбить 12 советских. В этот же день по головному корпусу Гудериана нанесли удары в правый фланг четыре пехотные дивизии 21-й армии, а с юга — 10-я танковая дивизия и 2-й воздушно-десантный корпус. В результате переправившаяся у Коропа 10-я мотодивизия была отброшена за Десну, но танковые свои плацдармы сохранили. Гудериан писал об этом критическом для него моменте:
«29 августа крупные силы противника при поддержке авиации предприняли с юга и запада наступление против 24-го танкового корпуса. Корпус вынужден был приостановить наступление 3-й танковой дивизии и 10-й мотодивизии… 10-я мотодивизия достигла пункта севернее Короп, но в результате стремительной контратаки русских была отброшена обратно на противоположный берег; крупные силы противника наступали также и на ее правый фланг. Введением в бой последних сил — личного состава хлебопекарной роты — с большим трудом удалось избежать катастрофы на правом фланге. Учитывая наступление противника против моих флангов и его активные действия перед фронтом… мне показалось сомнительным возможность продолжать наступление имеющимися наличными силами. Поэтому я снова обратился к командованию группы армий «Центр» с просьбой предоставить в мое распоряжение весь 46-й танковый корпус и, кроме того, перебросить мне 7-ю и 11-ю танковые дивизии и 14-ю мотодивизию, которые, как мне было известно, в тот период не принимали участия в боях. Я выразил мнение, что только при наличии таких крупных сил можно будет быстро завершить операцию по овладению Киевом».
Но ни одного танкового соединения и ни одного танка Гудериан не получил. В последний день августа ему были переброшены от Смоленска дивизия СС «Рейх» и 1-я кавалерийская, которые прикрыли правый фланг корпуса фон Гейера. Обеспечение левого фланга этого корпуса в районе Новгород-Северского было усилено полком «Великая Германия». Этому полку совместно с 29-й мотодивизией удалось оттеснить части 13-й армии (!) обратно за Десну и захватить Ямполь.
2 сентября начались намеченные Ставкой общие контрудары войск Брянского и смежных с ним фронтов. Резервный фронт наступал на ельнинском направлении, что вынуждало фон Бока держать в Ельнинской дуге 10-ю танковую дивизию. Брянский фронт наносил удары в направлениях Рославль, Стародуб и Новгород-Северский с общей задачей разбить во взаимодействии с 40-й армией Юго-Западного фронта группу Гудериана. Первую неделю сентября бои принимали самый ожесточенный характер. Самое время задать вопрос: имел ли генерал Еременко возможность разгромить 2-ю танковую группу? Несомненно, что это была вполне реальная задача. Гудериан осуществлял свой прорыв на Конотоп силами 8 дивизий и одного элитного полка. Против них в общей сложности были задействованы войска трех советских армий и оперативной группы Ермакова — 13 дивизий и 7 бригад, при наличии советского превосходства в воздухе (в воздушной операции против 2-й танковой группы приняли участие 464 боевых самолета, в том числе 230 бомбардировщиков и 55 штурмовиков).
В организации наших контрударов имели место прежние недостатки: не было создано достаточно сильных группировок, части бросались в бой поэшелонно и в разных направлениях и прочее, прочее. Между тем, маневрируя силами, Гудериан успешно сдерживал давление противника на свои фланги, а его 24-й моторизованный корпус двумя танковыми дивизиями, имевшими на 4 сентября лишь 90 исправных машин, продолжал продвигаться налог.