Важную роль в утверждении абсолютизма играла церковная реформа. В 1700 году умер патриарх Адриан, и Пётр I запретил избирать ему преемника. Управление церковью поручалось одному из митрополитов, выполнявшему функции «местоблюстителя патриаршего престола». Начатая церковная реформа была направлена на ликвидацию самостоятельной политической роли церкви. Церковь превращалась в составную часть чиновничье-бюрократического аппарата абсолютистского государства. Параллельно с этим государство ужесточило контроль над доходами церкви, при этом систематически изымалась значительная их часть на нужды казны. Эти действия Петра I вызывали недовольство церковной иерархии и чёрного духовенства и явились одной из главных причин их участия во всякого рода реакционных заговорах. Во второй половине XVII века позиции Русской православной церкви были весьма прочными, она сохраняла административную, финансовую и судебную автономию по отношению к царской власти. Последние патриархи Иоаким в 1675—1690 годах и Адриан в 1690—1700 годах проводили политику, направленную на укрепление этих позиций. Церковная политика Петра, как и его политика в других сферах государственной жизни, была направлена, прежде всего, на как можно более эффективное использование церкви для нужд государства, а конкретнее – на выжимание из церкви денег на государственные программы, прежде всего на строительство флота. Пётр, руководствуясь просветительской идеей об общественном благе, для которого необходим продуктивный труд всех членов общества, развернул активное наступление на монахов и монастыри.
Ключевой фигурой в деле организации Духовной коллегии (Святейшего Синода) был малороссийский богослов, ректор Киево-Могилянской Академии Феофан Прокопович (1681—1736 гг.), который отличался необыкновенной даровитостью, любовью к наукам, многознанием и живостью характера. Феофан Прокопович из Киева отправился учиться за границу, где, отрекшись от православия, учился в Львове, Кракове и Риме. Иезуитское воспитание не только не увлекло его в сторону латинства, но возбудило в его душе полное отвращение и от схоластики, и от иезуитов, и от всей системы католичества. B 1704 году, воротясь в Киев и снова присоединившись к православию, он поступил на службу в академию и постепенно проходил в ней должности учителя, префекта и ректора. Β 1706 году Пётр I встретил Феофана Прокоповича в Киеве при закладке Печерской крепости. В 1711 году Феофан Прокопович был при Петре в Прутском походе. В начале июня 1718 года Феофан был наречён в псковские епископы, а затем был посвящён в архиерейский сан в присутствии государя. С этого времени он становится главным помощником Петра в делах духовного управления. Вскоре Феофану Прокоповичу и было поручено составление проекта создания Духовной коллегии.
В 1721 году Феофан Прокопович составляет Духовный регламент, который предусматривал уничтожение института патриаршества и образование нового органа – Духовной коллегии, которая вскоре была переименована в Святейший Правительствующий Синод, официально уравненный в правах с Сенатом. Президентом его стал Стефан Яворский, вице-президентами – Феодосий Яновский и Феофан Прокопович. Создание Синода явилось началом абсолютистского периода русской истории, так как теперь вся власть, в том числе и церковная, была сосредоточена в руках Петра. Таким образом, абсолютизм включил в свою бюрократическую систему и церковь.
В состав Святейшего Синода входили: президент, два вице-президента, четыре советника и четыре асессора (в число их входили представители чёрного и белого духовенства). То есть состав Синода был типичным для светских коллегий. При нём были даже духовные фискалы, которые должны были тайно наблюдать за правильным и законным течением дел церковной жизни. Святейший Синод стал высшим государственным органом церковно-административной власти в Российской империи, заменявшим собой патриарха в части общецерковных функций и внешних сношений, а также соборы всех епископов поместной церкви, то есть Поместный Собор.
Представителем царя в Святейшем Синоде был обер-прокурор. Первым обер-прокурором Синода был назначен полковник Каргопольского драгунского полка, герой Полтавы, Иван Васильевич Болтин. Главной обязанностью обер-прокурора было вести все сношения Синода с гражданской властью и голосовать против решений Синода, когда они не согласовывались с законами и указами Петра. Сенат дал обер-прокурору особую инструкцию, являвшуюся почти полной копией с инструкции генерал-прокурору Сената.
Следует также отметить, что церковная реформа Петра I носила явно утилитарный характер. Духовный регламент обязывал епархиальных архиереев создавать училища для детей духовенства, институционализировал духовную цензуру, упразднял не признанные Синодом места «чудесных явлений» и запрещал мужчинам становиться монахами до 30 лет. Монахи должны были исповедоваться и причащаться не менее четырёх раз в год. Им запрещалось посещать женские монастыри и частные дома. В свою очередь, монахиням запрещалось принимать окончательный обет до 50-ти лет. Кроме того, в монастырях вводился обязательный труд.
Кроме того, царь сохранял функции высшего судьи в государстве. Он возглавлял все вооруженные силы. Все акты органов власти, управления и суда издавались от его имени, в его исключительной компетенции было объявление войны, заключение мира, подписание договоров с иностранными государствами. Монарх рассматривался как верховный носитель законодательной и исполнительной власти. Усиление власти монарха, свойственное абсолютизму, выразилось и в некоторых внешних атрибутах, важнейшим из которых явилось провозглашение Петра императором.
В 1721 году в связи с победой России в Северной войне Сенат и Святейший Синод преподнесли Петру титул «Отца Отечества, Императора Всероссийского». Этот титул со временем был признан зарубежными державами и перешёл к его преемникам.
В 1722 году был издан указ о престолонаследии, согласно которому монарх по своему усмотрению назначал себе преемника. Таким образом, избрание царей на заседаниях соборов, осуществляемое в XVII веке, не стало традицией. Теперь воля императора определяла судьбу престола, а подданные должны были соглашаться с его решением. Пётр I по разным причинам лишился сыновей от обеих жён. Коронация супруги Петра Марты-Екатерины, не подкреплённая в соответствии с установленным законом обязательным завещанием и провозглашением официального наследника, усугубила династический кризис и обусловила его преодоление с помощью военной силы после смерти императора.
Кроме того, следует указать, что в ходе реформы 1718—1720 годов были сформированы органы отраслевого управления – коллегии. По замыслу Петра они должны были заменить неповоротливую систему приказов и внести в управление два новых начала: систематическое разделение ведомств (ранее приказы часто подменяли друг друга, выполняя одну и ту же функцию, что вносило хаос в управление) и совещательный порядок решения дел. Форма новых центральных органов управления была заимствована в Швеции и в Германии. Основой для регламента коллегий послужило шведское законодательство. И уже в 1718 году был принят реестр коллегий:
Коллегия иностранных дел (внешняя политика).
Камер-коллегия, или Коллегия казённых сборов (управление государственными доходами: назначение лиц, заведовавших сбором государственных доходов, установление и отмена податей, соблюдение равенства между податями в зависимости от уровня доходов)
Юстиц-коллегия (суд).
Коммерц-коллегия (торговля).
Штатс-контора (ведение государственных расходов и составление штатов по всем ведомствам).
Берг-Мануфактур-коллегия (промышленность и добыча полезных ископаемых).
Ревизион-коллегия
Военная коллегия (армия).
Адмиралтейств-коллегия (флот).
В 1720 году был создан на правах коллегии Главный магистрат. Этот орган координировал работу всех магистратов и являлся для них апелляционной судебной инстанцией. В 1720 году была учреждена Юстиц-коллегия Лифляндских и Эстляндских дел, с 1762 года получившая название Юстиц-коллегия Лифляндских, Эстляндских и Финляндских дел, занимавшаяся административно-судебными вопросами присоединённых шведских провинций, а также вопросами деятельности протестантских церквей на всей территории империи. В 1721 году учреждена Вотчинная коллегия, заменившая Поместный приказ. В 1722 году Берг-Мануфактур-коллегия разделена на Берг-коллегию и Мануфактур-коллегию, а также учреждена Малороссийская коллегия, заменившая Малороссийский приказ.
В отличие от приказов, решения принимались коллегиально. Каждую коллегию возглавляли президент, вице-президент, несколько советников. Для руководства деятельностью коллегий были изданы Генеральный регламент и регламенты каждой коллегии. Центральное место в системе управления занимала тайная полиция. Делами о государственных преступлениях ведал Преображенский приказ, а затем Тайная канцелярия. Они находились в ведении самого императора.
