То, что спасло Австрию и Моравию в начале войны от чехов, спасло её и теперь от Торстенсена. Правда, Ракоци со своим двадцатипятитысячным войском прорвался до берегов Дуная почти к самому шведскому лагерю, но его недисциплинированные буйные полчища лишь опустошали страну и усиливали нужду в шведском лагере, вместо того чтобы целесообразными действиями помогать выполнению планов Торстенсена. Добыть от императора дань, от подданного деньги и добро — такова была цель, ради которой воевал Ракоци, как и Бетлен Габор, и оба возвращались восвояси, как только она была достигнута. Чтобы избавиться от этого варвара, Фердинанд согласился на все его требования и, пожертвовав немногим, освободил свои владения от столь страшного врага.
Меж тем долговременная стоянка под Брюнном сильно ослабила главную армию шведов. Напрасно Торстенсен, сам руководивший здесь операциями, истощал в продолжение четырёх месяцев всё своё осадное искусство. По силе и стойкости сопротивление ничуть не уступало натиску, и отчаяние удваивало мужество коменданта де Суш, шведского перебежчика, которому не приходилось ждать пощады. Вспышки разных эпидемий, порождённых в этом изнурительном, заражённом лагере голодом, грязью и потреблением незрелых плодов, и поспешное отступление князя Семиградского вынудили, наконец, шведского полководца снять осаду. Все проходы по Дунаю были заняты, а войско Торстенсена уже сильно уменьшилось вследствие болезней и голода. Поэтому он отказался от своих планов в отношении Австрии и Моравии, удовлетворившись тем, что оставил в захваченных им замках шведские гарнизоны, тем самым сохраняя в своих руках ключ к обеим областям. Он направился в Чехию, куда по его следам двинулись императорские войска под предводительством эрцгерцога Леопольда. Те потерянные крепости, которые Леопольд ещё не успел отвоевать, были взяты после его ухода императорским генералом Бухгеймом, так что австрийская граница в следующем году была снова совершенно очищена от неприятеля, и поверженная было в прах Вена отделалась страхом. В Чехии и Силезии шведы также защищались с весьма переменным успехом и метались из одной провинции в другую, не кмея сил удержаться ни в той, ни в другой. Но если успех военных действий Торстенсена не вполне соответствовал их многообещающему началу, то для Швеции он имел самые важные последствия: Дания была вынуждена заключить мир, Саксония — бездействовать; император во время мирного конгресса был уступчивее, Франция — мягче, и сама Швеция в своих сношениях с другими держазами вела себя более самоуверенно и смело. Выполнив столь блестящим образом свой великий долг, виновник этих успехов, увенчанный лаврами, возвратился в уединение частной жизни и предался поискам средств, способных облегчить его мучительный недуг.
Хотя после отхода Торстенсена император мог уже не бояться неприятельского вторжения из Чехии, однако вскоре со стороны Швабии и Баварии на границы Австрии надвинулась новая опасность. Тюренн, отделившийся от Кондо и повернувший в Швабию, был в 1645 году разбит у Мергентгейма генералом Мерси, и победоносные баварцы под начальством своего храброго предводителя вторглись в Гессен. На помощь разбитому войску тотчас поспешил герцог Энгьенский со значительными силами из Эльзаса, Кенигсмарк — из Моравии, гессенцы — с Рейна, и баварцы были оттеснены до противоположных границ Швабии. У деревни Аллерсгейм, неподалёку от Нердлингена, они, наконец, остановились, чтобы прикрыть границы Баварии. Но бешеная отвага герцога Энгьенского не знала препятствий. Он повёл свои войска на неприятельские окопы, и произошла битва, вследствие геройского сопротивления баварцев запечатлённая в истории как одна из самых упорных и кровопролитных всей долгой войны; но, наконец, смерть доблестного Мерси, хладнокровие Тюренна и железная стойкость гессенцев решили бой в пользу союзников. Однако и это новое варварское уничтожение человеческих жизней не оказало большого влияния на ход войны и мирных переговоров. Французская армия, истощённая кровавой победой, ещё более ослабела после ухода гессенцев, а баварцы получили от императора приведённые Леопольдом вспомогательные войска; поэтому Тюренну пришлось поспешно отступить за Рейн.
Отступление французов дало теперь неприятелю возможность направить все свои силы в Чехию против шведов. В 1646 году главнокомандующим шведской армией, в которую, кроме летучего отряда Кенигсмарка и множества рассеянных по империи гарнизонов, входило ещё до восьми тысяч конницы и пятнадцати тысяч пехоты, был назначен Густав Врангель, достойный преемник Ваннера и Торстенсена. Подкрепив свою двадцатичетырёхтысячную армию двенадцатью конными полками баварской кавалерии и восемнадцатью полками пехоты, эрцгерцог Леопольд двинулся на Врангеля в расчёте численным превосходством раздавить его прежде, чем шведский полководец успеет соединиться с Кенигсмарком или французы сделают диверсию. Но Врангель, не дожидаясь его, поспешил через Верхнюю Саксонию к Везеру, где взял Гекстер и Падерборн. Отсюда он двинулся в Гессен на соединение с Тюренном и, расположившись лагерем в Вецларе, присоединил к своему войску летучий отряд Кенигсмарка. Однако Тюренн, связанный приказами Мазарини, который был рад возможности положить конец военным успехам и возраставшей заносчивости Швеции, сослался на более настоятельную необходимость оборонять сопредельные с Нидерландами области Франции, потому что голландцы не предприняли обещанной ими на этот год диверсии. Но Врангель продолжал настаивать на своём справедливом требовании, а дальнейшее упорство Франции могло возбудить в шведах подозрения и, пожалуй, даже склонить их к отдельному миру с Австрией; поэтому Тюренн получил, наконец, желанное разрешение поддержать шведскую армию.
Соединение войск произошло у Гисена, и теперь союзники чувствовали себя достаточно сильными, чтобы встретиться с неприятелем, преследовавшим шведов вплоть до Гессена, чтобы лишить их провианта и воспрепятствовать соединению с Тюренном. Ни то, ни другое им не удалось. Императорские войска, отрезанные от Майна, после потери своих складов испытывали сильные лишения. Воспользовавшись их бессилием, Врангель выполнил маневр, задуманный с целью придать войне совершенно иной оборот. Он держался правила своего предшественника — стараться перенести войну в пределы Австрии; но, устрашённый неудачей Торстенсена, он рассчитывал достичь той же цели иным путём, более надёжно и основательно: Врангель решил идти вдоль Дуная и вторгнуться в Австрию через Баварию. Такой план намечал ещё Густав-Адольф, но не успел привести его в исполнение, так как мощь Валленштейна и опасность, грозившая Саксонии, слишком рано отозвали его со стези побед. Примеру Густава-Адольфа следовал герцог Бернгард. К нему счастье было благосклоннее, чем к Густаву-Адольфу, и его победоносные знамёна развевались уже между Изаром и Инном, когда численное превосходство неприятельских войск, находившихся поблизости, побудило его приостановить своё победоносное шествие и отступить. То, что не удалось им обоим, рассчитывал теперь успешно выполнить Врангель, тем более что императорско-баварские войска стояли далеко позади него на Лане и могли явиться в Баварию, лишь проделав дальний путь через Франконию и Верхний Пфальц. Быстро подойдя к Дунаю, он разбил баварский корпус у Донауверта и перешёл эту реку, так же как и Лех, не встретив сопротивления. Затем, однако, предпринятая им неудачная осада Аугсбурга дала императорским войскам передышку, использованную ими, чтобы выручить этот город и оттеснить Врангеля к Лауингену. Но когда они, с целью отвлечь войну от границ Баварии, снова обратились против Швабии, Врангель быстро воспользовался случаем, перешёл оставленный без прикрытия Лех и затем в свою очередь преградил императорским войскам путь через реку. Теперь ему был открыт доступ в беззащитную Баварию; бурным потоком хлынули туда французы и шведы, и солдаты чудовищными насилиями, грабежами и вымогательствами вознаграждали себя за все испытанные опасности. Прибытие императорских и баварских войск, у Тиргаунтена, наконец, переправившихся через Лех, лишь усугубило бедствия страны, которую наперебой грабили друг и недруг.
Теперь, наконец, впервые за всю войну, поколебалось стойкое мужество Максимилиана, в течение двадцати восьми лет не поддававшееся самым тяжким испытаниям. Фердинанда II, его сверстника и друга его юности в Ингольштадте, уже не было в живых. Со смертью этого друга и благодетеля порвалась одна из крепчайших нитей, соединявших курфюрста с интересами Австрии. С отцом он был связан давней привычкой, сердечной склонностью и признательностью; сын был чужд его сердцу, и лишь государственные интересы могли заставить его хранить верность новому властителю.
Это могущественное побуждение и было использовано коварными французами, чтобы отвлечь Максимилиана от союза с Австрией и склонить его к прекращению военных действий. Обширны были замыслы, заставившие Мазарини побороть свою зависть к возрастающему могуществу Швеции и позволить французским войскам сопровождать шведов в Баварию. Баварию обрекли в жертву всем ужасам войны, в расчёте на то, что несчастья и отчаяние преодолеют, наконец, упорство Максимилиана и император лишится первого и последнего своего союзника. Бранденбург под властью своего великого курфюрста теперь придерживался нейтралитета. Саксонию суровая необходимость принудила к тому же; война с французами не давала испанцам возможности участвовать в германской войне; Данию удалил с театра войны мир со Швецией; Польша была обезоружена долгосрочным перемирием. Если бы удалось в заключение отвлечь от союза с Австрией и курфюрста Баварского, то у императора во всей Германии не осталось бы ни одного приверженца, и ему, беззащитному, пришлось бы отдаться на милость враждебных держав.