Окольничество получили следующие лица: И. И. Сабуров, С. Ф. Сабуров, Я. М. Годунов, Д. И. Вельяминов, князь П. С. Лобанов-Ростовский, князь Д. П. Елецкий, А. П. Клешнин, М. Г. Салтыков, князь А. И. Хворостинин, князь И. В. Гагин, Н. И. Плещеев, Б. П. Засекин, И. М. Бутурлин и И. С. Туренин. Кравчим был назначен А. Н. Романов (брат Ф. Н. Романова и двоюродный брат царя).
В итоге можно так реконструировать состав Боярской думы при царе Федоре Ивановиче.
Боярами являлись: князь Ф. И. Мстиславский, князья B. И. Шуйский, Д. И. Шуйский, Анд. И. Шуйский и И. И. Шуйский, князья Н. Р. и Т. Р. Трубецкие, Д. И. Годунов, Б. Ф. Годунов (конюший), Г. В. Годунов (дворецкий), C. В. Годунов, И. В. Годунов (глава Стрелецкого приказа), Ф. Н. Романов, князь Ф. Д. Шестунов, князь Ф. М. Троекуров, князь И. В. Сицкий, Ф. В. Шереметев, князь Г. А. Куракин, князь А. П. Куракин, князья И. М. Голицын, И. И. Голицын и А. И. Голицын, князь Б. К. Черкасский, князь Ф. И. Хворосинин, князь Д. И. Хворостинин, князь И. М. Воротынский, князь В. А. Гагин.
Окольничими были следующие лица: Я. М. Годунов, С. Ф. Сабуров, Д. И. Вельяминов, М. Г. Салтыков, Н. И. Очин-Плещеев, Б. П. Засекин, И. М. Бутурлин, И. С. Туренин.
В Боярскую думу входили и думные дворяне: P. M. Пивов (глава Ямского приказа), И. П. Татищев, Е. Л. Ржевский, князь Т. И. Буйносов, казначей Д. И. Черемисинов, казначей И. В. Траханиотов, печатник Р. В. Алферьев, думный дьяк А. Я. Щелкалов (глава Посольского приказа), его брат В. Я. Щелкалов (глава Разрядного приказа), дьяк Е. Вылузгин (глава Поместного приказа).
Перечень вошедших в Боярскую думу представителей знати показывает, что Федор Иванович стремился к определенному равновесию между ними и не выделял какую-либо одну фамилию. Это позволяло сохранять устойчивость в обществе.
Хотя некоторые польские современники царя Федора пытались представить его в своих сочинениях слабоумным и недееспособным человеком (Л. Сапега), в 1587 г. на сейме активно обсуждался вопрос об избрании русского государя на польский трон. Препятствием для этого стали только различия в вероисповедании и нежелание Федора Ивановича считаться в первую очередь польским королем, а потом уж русским царем.
Большим достижением царя Федора следует считать учреждение в Москве патриаршества. В официальных документах прямо писалось, что инициатором этого важного дела был сам государь.
Отрывок из Уложенной грамоты об учреждении Московского патриархата. Май 1589 г.
«Изволением человеколюбца Бога и пречистые Богородицы… приде к нам, к великому государю благочестивому царю и великому князю Федору Ивановичу… в царствующий град Москву Еремей, архиепископ Костянтинополя… и святейший вселенский патриарх, а с ним манавасийский митрополит Ерофей, да архиепископ Еласонский Арсений, и архимандриты, и игумены, и священноиноки, и честныя мнихи.
И мы, велиий государь царь и великий князь Федор Иванович… помыслив о сем превеликом деле с нашею з благоверною и христолюбивою царицею великою княгинею Ириною, чтоб з Божиею помощею… в царствующем нашем граде Москве устроити превеликий престол патриарш… и мысль свою царьскую пресветейшему Еремею… объявили…
И слыша таковая от благочестивого великого государя царя и великого князя Федора Ивановича… пресвятейший Еремей… похвалил мысль и изволение благочестивого и христолюбивого… царя… и глаголаше сице: «О благоверный и христолюбивый, и Богом венчанный, и Богом почтенный, и Богом украшенный… царь и великий князь Федор Иванович, всея Великия Росия самодержец и многих государств государь и обладатель, истинный рачитель благочестию… премудрый исходатай и благоразумный поспешник истине, искатель отеческому преданию… хощеши почтити и украсити святую превеликую соборную церковь Пресвятыя Богородицы честнаго ея Успения превысоким престолом патриаршества. И тем превеликим делом царствующий град Москву и все свое великое Росииское царство наипаче прославишь и возвеличишь во всю вселенную…»
И по благодати святого и животворящего духа и изволением благочестивого великого государя царя и великого князя Федора Ивановича… пресвятейший Еремей… изобрал и поставил в патриархи… Иева пресвященного митрополита всеа Руси…
И соборне уложили: быти в великом Российском царствии четырем митрополитом.
В великом государстве Новгородском, в царствующих градех Казани и в Асторахани, в великом княжение града Ростова, близ царствующего града Москвы на Крутицах. Да шесть архиепископов: великого княжения на Вологде, в великом княжении в Суздале, в великом княжение Нижнем Новгороде, в великом княжение в Смоленску, в великом княжение на Резани, в великом княжение во Твери. Да восемь епископов (в Пскове, Ржеве, Великом Устюге, Велоозере, Коломне, Брянске, Чернигове и Дмитрове)». (Идея Рима в Москве XV–XVI века. Рим, 1989. С. 185–191.)
Уложенная грамота свидетельствует, что идея учреждения патриаршества в Москве принадлежала лично царю Федору Ивановичу. Переговоры же с патриархом Иеремией было поручено вести Б. Ф. Годунову и думному дьяку А. Щелкалову. Такова была традиция царского двора.
Церемония избрания первого Московского патриарха прошла 26 января 1589 г. на заседании Освященного собора. Им стал митрополит Иов.
Духовная карьера будущего патриарха началась в 1569 г. В это время он был монахом Успенского монастыря в Старице. Посещавший обитель царь Иван Грозный тут же заметил статного инока, обладавшего красивым голосом и хорошо знавшего Священное Писание. В 1571 г. по указанию царя Иова переводят в Москву и назначают архимандритом крупного Симонова монастыря. В 1576 г. он переходит в Ново-Спасский монастырь, который со временем стал усыпальницей Романовых, родственников царицы Анастасии. В 1581 г. вновь по указанию царя Иова назначают коломенским епископом. Здесь он особенно прославился проповедями, которые «как огнем, опаляли сердца и души слушателей». Так вспоминали об Иове современники. Естественно, что и царь Федор с женой, приезжая в Коломну на богомолье, не мог не заметить видного иерея. В январе 1586 г. он получает новое назначение — становится Ростовским архиепископом. Осенью этого же года после высылки митрополита Дионисия Иов получил высший церковный чин — стал Московским митрополитом. Исключительно покладистый характер помог ему легко найти общий язык «с сильными мира сего» и сблизиться не только с царем Федором, но и с окружавшими его лицам, в первую очередь с Годуновыми.
К числу значительных успехов царя Федора Ивановича можно отнести возвращение выхода в Балтийское море, который был утрачен его отцом в ходе неудачной Ливонской войны. Для этого ему пришлось лично возглавить войско и штурмом взять Иван-город в устье реки Наровы, впадающей в Балтийское море.
В Разрядных книгах данный поход царя описан со всеми подробностями. Подготовка его началась еще в сентябре 1589 г. Тогда были составлены росписи основных полков и начался сбор дворян. Одновременно в Новгород были отправлены окольничий П. С. Лобанов-Ростовский и думный дворянин P. M. Пивов для подготовки дворов для размещения царя и войска. Всего было сформировано семь полков.
Большой полк возглавили Ф. И. Мстиславский и И. В. Годунов; полк Правой руки — Ф. М. Трубецкой и Б. Ю. Сабуров; Передовой полк — Т. Р. Трубецкой и Д. И. Хворостинин; Сторожевой полк — И. И. Голицын и Н. И. Плещеев, полк Левой руки — В. В. Голицын и Ф. И. Хворостинин; артиллерию — И. И. Сабуров и Г. И. Морозов. Кроме того, около царя был сформирован особый Дворовый полк, в который вошли Б. Ф. Годунов и Ф. Н. Романов.
В середине декабря возглавляемое Федором Ивановичем войско выступило из Москвы по направлению к Новгороду Там было решено, что основные полки во главе с царем двинутся к Иван-городу, а вспомогательные — к Копорью и Яму В итоге в конце февраля после непродолжительной осады Иван-город (по-шведски — Ругодив) сдался, были захвачены и Ям с Копорьем.
Окончательно выход в Балтийское море был закреплен за Русским государством после ряда походов царских воевод в Карелию и подписания в мае 1595 г. Тявзинского мирного договора.
В правление Федора Ивановича произошло последнее нападение крымского хана Казы-Гирея на Москву Оно произошло в июле 1591 г. После этого степняки уже не осмеливались так глубоко вторгаться на русские территории.
Казы-Гирей рассчитывал, что внезапный набег его огромного войска на русскую столицу принесет ему успех. Он хотел повторить поход своего предшественника Девлет-Гирея в 1571 г., после которого Москва превратилась в обгоревшие развалины, а жители либо погибли, либо были уведены в плен. В Крыму знали, что основное царское войско стоит в Новгороде из-за непрекращающихся военных действий со Швецией, поэтому защищать столицу почти некому.
Царь Федор узнал о грозящей опасности 10 июня. Он тут же повелел полкам Береговой охраны, стоящим на берегу Оки, собраться в Серпухове и сформировать единое войско. К 28 июня его указание было выполнено. Новое воинское формирование возглавили князья Ф. И. Мстиславский, М. П. Катырев, В. В. Голицын, Н. Р Трубецкой, Т. Р. Трубецкой и В. А. Тюменский. Большинство из них Федор Иванович пригласил в Москву на военный совет. На нем было решено, что остановить крымцев у переправы через Оку сил не хватит, следовало организовать оборону самой столицы. Для этого было решено создать у стен Данилова монастыря Гуляй-город — походную крепостицу, состоящую из закрытых деревянными щитами телег с пушками. За ней должны были расположиться Береговые полки, которые в срочном порядке были переброшены из Серпухова. В помощь им должны были прибыть все служители царского двора.