Похороны Джона Кеннеди состоялись в понедельник 25 ноября, который был объявлен общенациональным днем траура. Процессия от Капитолия направилась к собору Святого Матфея; вдоль улиц по маршруту катафалка выстроилось около 800 тысяч человек. Во главе шли Жаклин Кеннеди и братья президента Роберт и Эдвард. После мессы в соборе траурная процессия двинулась к Арлингтонскому национальному кладбищу. Гроб был доставлен на пушечном лафете, перед которым вели черного жеребца. В стременах были сапоги, направленные шпорами вперед, а носком назад. Именно так хоронили Авраама Линкольна. Гроб с телом Джона Кеннеди был опущен в землю в 15 часов 34 минуты по местному времени, тогда же Жаклин Кеннеди зажгла на могиле вечный огонь. Вся церемония, начиная с движения процессии от Капитолия и заканчивая похоронами, транслировалась тремя общенациональными каналами телевидения.
Вице-президент Линдон Джонсон, который был приведен к присяге всего лишь через несколько часов после смерти Джона Кеннеди, сразу же заявил о создании специальной комиссии для расследования обстоятельств убийства. Он буквально уговаривал председателя Верховного суда США Эрла Уоррена возглавить комиссию по расследованию убийства Кеннеди и дать заключение, которое бы успокоило нацию в условиях, «когда стране грозит раскол и утрата доверия, когда сотрясены ее основы». В состав созданной комиссии вошло шесть сенаторов и конгрессменов, в числе которых были будущий президент Джеральд Форд и бывший шеф ЦРУ Ален Даллес, 14 советников и 20 адвокатов. В распоряжение комиссии было предоставлено 80 агентов ФБР.
24 сентября 1964 года, после десяти месяцев работы, комиссия Уоррена представила президенту Джонсону свой рапорт на 470 страницах. Заключение комиссии гласило, что убийцей Кеннеди является Ли Харви Освальд. Известно, что, решив в свое время эмигрировать из Америки, Освальд три года прожил в СССР. Отказавшись от американского гражданства, он поселился в Минске, в однокомнатной квартире по улице Коммунистической. Работал слесарем на радиозаводе (теперешний «Горизонт»), посещал занятия в охотничьем клубе при заводе, но, как говорят очевидцы, при этом был «никудышным стрелком». После трехлетнего пребывания в Белоруссии Ли Харви Освальд вернулся в США вместе со своей русской женой Мариной Прусаковой. Там он устроился на склад школьных учебников, из окна которого, по версии следствия, и были произведены смертельные выстрелы в Джона Ф. Кеннеди.
Один из очевидцев преступления, Говард Бреннан, в момент стрельбы находившийся напротив книгохранилища, сказал полицейским, что после первого выстрела взглянул на книгохранилище, где, по его мнению, находился источник шума, и увидел в окне шестого этажа стрелявшего человека. Еще один служащий по фамилии Джармен подтвердил, что слышал выстрелы изнутри. Другой сотрудник книгохранилища сообщил полиции, что его подчиненный Ли Харви Освальд покинул здание сразу после выстрелов. Как установила комиссия Уоррена, Освальд действительно покинул здание незадолго до того, как оно было опечатано полицией, спрятав перед этим оружие среди складских ящиков. Орудием убийства Джона Кеннеди был карабин «Каркано» М91/38, который обнаружили полицейский С. Вайцман и заместитель шерифа Ю. Бун на шестом этаже склада.
Согласно материалам следствия, три выстрела, сделанные из этого оружия по открытому лимузину президента, были произведены в течение шести (по другой версии — девяти) секунд. Смертельной оказалась одна из пуль, попавшая в голову Джона Кеннеди. При этом, один из выстрелов, совершенных Освальдом (какой именно по счету, комиссия не определила), не достиг цели. Интервал между выстрелом, ранившим президента в шею, и смертельным выстрелом в голову составил от 4,8 до 5,6 секунды. Это, в частности, подтверждалось тем, что на месте, откуда Освальд предположительно вел огонь, было обнаружено три гильзы. Согласно докладу следственной комиссии, пуля, ранившая Джона Кеннеди в шею, ранила также и губернатора Техаса Конналли. Действительно, выпущенная снайпером сзади и справа от Кеннеди пуля могла, пройдя навылет тело президента, ранить сидевшего впереди него губернатора, потому что в момент выстрела президент США, приветствовавший толпу, сместился к самому краю лимузина. Кроме того, эксперты по баллистике установили, что пуля, ранившая губернатора, на момент попадания потеряла скорость, что, скорее всего, было вызвано «прохождением через ткани тела другого человека».
Этот вывод комиссии исследователи неоднократно подвергали критике, так как подобная траектория пули маловероятна. В связи с этим среди оппонентов официальной теории убийства Кеннеди даже возник иронический термин «magic bullet» («магическая» или «волшебная» пуля). Теория о «волшебной пуле» тесно связана с проблемой наличия второго стрелка: если допустить, что одна и та же пуля не могла ранить Кеннеди, изменить траекторию и ранить Конналли, а Освальд, как установили эксперты, не имел времени, чтобы сделать более трех выстрелов, то единственным возможным объяснением будет наличие, как минимум, еще одного стрелка, которому и принадлежал недостающий выстрел. Другой аргумент противников официальной версии состоит в том, что в теле Конналли якобы было обнаружено больше металлических частиц, чем могла оставить единственная пуля. Однако этот аргумент был опровергнут: в реальности все найденные частицы вполне могли принадлежать одной пуле. Сказать со стопроцентной уверенностью о том, как же на самом деле произошло убийство, не мог ни один эксперт. Споры по поводу «преступления века» продолжались не один год.
И сейчас, более сорока лет спустя, события тех трагических мгновений, отхронометрированные до долей секунды, все еще остаются открытыми для интерпретаций.
Ли Харви Освальд был арестован еще в день убийства, однако до суда не дожил. 24 ноября 1963 г. при переводе из полицейского управления Далласа в окружную тюрьму его застрелил некий Джейкоб Леон Рубинштейн, известный как Джек Руби, профессиональный гангстер, владелец ночного клуба в Далласе. Вот как это произошло. Следствие, предъявив Освальду официальное обвинение в убийстве президента Кеннеди, приняло решение перевезти обвиняемого в окружную тюрьму. К тому времени известие о поимке предполагаемого убийцы уже стало достоянием общественности, и здание полиции, где находился Ли Харви Освальд, осаждали толпы репортеров. Следствие разрешило журналистам снимать обвиняемого на территории подземного гаража здания — перед посадкой в специальный автомобиль. Здесь Освальда и убили. В этот момент его окружала многочисленная толпа репортеров, велась фото-, кино— и телесъемка конвоируемого, поэтому непосредственно момент убийства был заснят репортерами как на фото, так и на кинопленку и даже попал в прямой эфир телевидения. Джек Руби, до того момента находившийся в толпе, внезапно отделился от нее и двинулся в сторону Освальда, а оказавшись на расстоянии одного шага от конвоируемого, выстрелил в него из револьвера, после чего был сбит с ног полицейскими. Ли Харви Освальд получил смертельное ранение, от которого он впоследствии умер в далласской больнице.
Сразу после убийства Джек Руби был схвачен. Впоследствии он признался, что действовал один и хотел убить Освальда, чтобы отомстить за убийство президента Кеннеди и избавить супругу убитого президента от необходимости выступать свидетелем на процессе по убийству главы государства. Теперь началось расследование убийства Освальда, оно было достаточно скоротечным, и в начале 1964 года над Джеком Руби состоялся суд, который 14 марта 1964 года признал его виновным в убийстве и приговорил к смертной казни. Судебное решение было обжаловано адвокатами Руби. Итогом этого явилась отмена приговора апелляционным судом и направление дела на повторное рассмотрение. Однако в декабре 1966 года у Джека Руби, содержавшегося в окружной тюрьме Далласа, был обнаружен рак легких. 3 января 1967 года он умер. Дело против Руби было закрыто в связи со смертью обвиняемого.
Что касается Ли Харви Освальда, то он так и остался «предполагаемым» убийцей. Суд, учитывая «отсутствие» других обвиняемых, было проводить не над кем. Поэтому виновность Освальда так никогда и не была доказана или опровергнута в суде.
Убийство Освальда, произошедшее всего лишь два дня спустя после трагической гибели Кеннеди, породило многочисленные подозрения в существовании заговора против президента. Однако, согласно официальным выводам комиссии Уоррена, Ли Харви Освальд действовал в одиночку. Доклад специальной комиссии был опубликован в печати в сентябре 1964 года, явившись своеобразным «резюме» 26 томов свидетельских показаний, засекреченных до 2029 года «в связи с государственной безопасностью». Члены комиссии заслушали 552 свидетеля, получили более трех тысяч отчетов судебных и правоохранительных органов, которые, в свою очередь, провели около 26 тысяч бесед. Однако доклад, который должен был пролить свет на таинственные обстоятельства «преступления века», вызвал всеобщее разочарование. Свидетели преступления с удивлением обнаружили замалчивание, искажение или прямую фальсификацию собственных показаний, заверенных по всей форме. Кстати, некоторые из свидетелей скончались от «тех или иных причин» в течение нескольких последующих лет.
