Убийство Освальда, произошедшее всего лишь два дня спустя после трагической гибели Кеннеди, породило многочисленные подозрения в существовании заговора против президента. Однако, согласно официальным выводам комиссии Уоррена, Ли Харви Освальд действовал в одиночку. Доклад специальной комиссии был опубликован в печати в сентябре 1964 года, явившись своеобразным «резюме» 26 томов свидетельских показаний, засекреченных до 2029 года «в связи с государственной безопасностью». Члены комиссии заслушали 552 свидетеля, получили более трех тысяч отчетов судебных и правоохранительных органов, которые, в свою очередь, провели около 26 тысяч бесед. Однако доклад, который должен был пролить свет на таинственные обстоятельства «преступления века», вызвал всеобщее разочарование. Свидетели преступления с удивлением обнаружили замалчивание, искажение или прямую фальсификацию собственных показаний, заверенных по всей форме. Кстати, некоторые из свидетелей скончались от «тех или иных причин» в течение нескольких последующих лет.
Официальный отчет комиссии Уоррена резко критиковал ЦРУ, ФБР и полицию Далласа за то, что они не смогли предотвратить гибель президента. Основываясь на докладе, в котором было множество неточностей, противоречий и ошибок, комиссия, тем не менее, дала однозначное заключение, что заговора против президента не существовало. Однако ни американская, ни мировая общественность так и не удовлетворилась официальным выводом комиссии Уоррена. Продолжали возникать все новые версии трагедии.
Джона Фицджеральда Кеннеди любили одни и ненавидели другие. Он вошел в историю как харизматичный лидер, на время правления которого выпали одни из самых тяжелых страниц мировой истории XX в. — Берлинский и Кубинский кризисы, когда две мировые сверхдержавы СССР и США — стояли на пороге ядерной войны. Во многом благодаря блестящему политическому дару Кеннеди тогда удалось сохранить мир. Естественно, людям была не безразлична история гибели такого человека. Люди хотели знать правду. Действительно ли президента убил Ли Харви Освальд? Если да, то каковы мотивы этого преступления? Действовал он в одиночку или же это был заговор? Кто такой Джек Руби? Что заставило его убить Освальда? И если существовал заговор, то кто стоял за ним — мафия, кубинцы, русские, ЦРУ?
Одна из существующих версий такова: американец Ли Харви Освальд был использован кубинской спецслужбой с подачи КГБ. Президента США убили в отместку за попытку его администрации организовать покушение на Фиделя Кастро. Якобы убийство инспирировал и оплатил сам Кастро, для которого это был отчаянный шаг самозащиты. Сторонники этой версии считают, что роль «кубинцев» в самом сенсационном убийстве XX века была известна преемнику Кеннеди Линдону Джонсону, но он предпочел замять кубинский «след», опасаясь, что в противном случае общественное мнение США заставит его вторгнуться на остров Свободы, а это чревато угрозой ядерного конфликта с СССР. Линдон Джонсон также опасался, что кубинская версия приведет к «правому бунту» в Америке, который на два поколения закроет Демократической партии путь к власти. Секретарь Линдона Джонсона Джозеф Калифано опубликовал в своих мемуарах слова Джонсона, который тот якобы сказал ему: «Кеннеди пытался прикончить Кастро, но Кастро его опередил».
Другие исследователи считают, что Освальд был использован заговорщиками «втемную», т. е. он принял участие в покушении, полагая, что убить собираются губернатора Техаса Коннали. Ли Харви Освальду якобы было поручено стрелять в Конналли, что он и сделал, а Джон Кеннеди получил смертельную пулю от другого снайпера. Эксперты уверяли, что так и не смогли с достоверностью определить — был ли убит президент пулями, выпущенными из винтовки Освальда. Но о том, что выстрелы были слышны не только со стороны склада — сзади по движению кортежа, а также спереди и сбоку, свидетельствовали многие очевидцы трагедии.
Не раз говорили и о причастности к этому громкому делу пресловутой «руки Москвы». Утверждали, что Ли Харви Освальд якобы прошел обучение в Комитете государственной безопасности СССР, который и заказал ему убийство Джона Фитцджеральда Кеннеди. Известно, что в период своего проживания в Белоруссии Ли Харви Освальд действительно находился под плотным присмотром КГБ. Однако серьезных подозрений в том, что он был профессионально связан с Комитетом госбезопасности СССР, нет. После внимательного изучения образа жизни и поведения американца, в КГБ пришли к выводу, что использовать его в качестве агента, который бы работал на советскую разведку в США, нецелесообразно. Известно, что документы, касающиеся Ли Харви Освальда, которым занималась внутренняя служба Комитета госбезопасности СССР, вскоре после убийства Джона Кеннеди были переданы Соединенным Штатам. КГБ прежде всего хотел исключить подозрения, что Освальд был связан с органами безопасности СССР. Поэтому версия о Ли Харви Освальде как о некоей фигуре, использовавшейся Комитетом государственной безопасности СССР, имеет место, но вряд ли она правдоподобна. Советское руководство тех лет при всех его недостатках вряд ли могло принять такое самоубийственное решение. Все понимали, что убийство президента США — это объявление войны. Поэтому в СССР всеми силами велась очень серьезная, систематическая и последовательная работа на привлечение внимания мировой общественности к факту участия в убийстве Джона Кеннеди консерваторов, спецслужб, в частности, ЦРУ и ФБР, кубинских эмигрантов, которые были на содержании у ЦРУ, военно-промышленного комплекса. Эти версии активно прорабатывались и внедрялись в массовое сознание. В КГБ умело пользовались всякого рода слухами и домыслами, придавая им характер версий, которые требовали рассмотрения и будоражили общественное мнение.
В 1966 году окружной прокурор Нового Орлеана Джим Гаррисон начал собственное расследование убийства Джона Кеннеди. Его версия основывалась на том, что существовал заговор с участием бывшего частного детектива и пилота гражданской авиации Дэвида Ферри и бизнесмена Клея Шоу, которые планировали убийство президента и с которыми был знаком Ли Харви Освальд. Дэвид Ферри умер до суда, как было установлено — от естественных причин (хотя смерть вскоре после утечки в прессу информации о расследовании и обнаруженные предсмертные записки породили почву для слухов о самоубийстве или убийстве), поэтому обвинение предъявили только Клею Шоу. По версии Джима Гаррисона, убийство было организовано группировкой, объединявшей ультраправых активистов, подготовленных ЦРУ диверсантов из числа кубинских эмигрантов — противников режима Кастро и бывших и действующих сотрудников ЦРУ. Целью убийства были дестабилизация обстановки внутри страны и изменение курса внешней политики в отношении социалистического лагеря на более жесткий.
Джим Гаррисон отвергал выводы комиссии Уоррена о том, что смертельный выстрел был сделан Освальдом, и считал, что убийство было совершено несколькими профессионалами, стрелявшими с разных точек, а доказательства против Освальда были сфальсифицированы, после чего от него избавились. Позиция Гаррисона держалась во многом на показаниях основного свидетеля, Перри Руссо, правдивость которых оспаривается многими исследователями. В результате Клей Шоу был оправдан судом присяжных. Процесс Шоу примечателен тем, что стал единственным процессом, касавшимся убийства Джона Ф. Кеннеди, в ходе которого кому-либо было предъявлено официальное обвинение. Вместе с тем доказательства и выводы Джима Гаррисона по сей день оцениваются неоднозначно и остаются предметом споров.
Спустя 13 лет после далласской трагедии Конгресс США в результате недоверия к решению суда и к выводам комиссии Уоррена назначил новую следственную комиссию — комитет Стокса (Луис Стокс — конгрессмен, возглавлявший команду следователей). У комитета Стокса было больше времени, возможности и средств, чем у комиссии Уоррена, он в течение двух лет вел работу без давления со стороны президента (у власти тогда находился Джимми Картер) и пришел к выводу: Кеннеди был убит «скорее всего» не убийцей-одиночкой Ли Харви Освальдом, а группой заговорщиков, в которой Освальду с самого начала была отведена роль козла отпущения. Но заговорщики остались неназванными, ибо документального подтверждения их вины найти не удалось.
Пересмотра решения суда, естественно, не последовало, и доклад комитета Стокса остался практически неизвестным общественности. Сегодня каждый образованный американец знает выводы комиссии Уоррена, но едва ли один из ста сумеет ответить на вопрос: «Что такое комитет Стокса?» Расследование 1978–1979 годов было умело отодвинуто в тень влиятельными политиками, судьями, адвокатами и журналистами, которые в свое время поддержали выводы комиссии Уоррена и репутация которых сильно пострадала бы, если бы эти выводы были опровергнуты.
